genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  229  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64803477--64803543	34	2.0	34	100	0	134	28	8	14	47	1.75
64804435--64804463	14	2.1	14	100	0	58	13	6	44	34	1.71
64812040--64812080	19	2.2	19	95	0	73	51	4	17	26	1.65
64814604--64814676	16	4.3	16	69	27	53	49	1	0	49	1.09
64814647--64814753	28	3.8	25	70	21	63	49	0	2	46	1.22
64815582--64815643	6	10.3	6	98	0	115	17	0	51	30	1.46
64816828--64816890	26	2.4	26	89	5	92	39	1	6	52	1.37
64823457--64823835	24	15.8	24	98	0	668	36	25	18	20	1.95
64830912--64831290	24	15.8	24	98	0	668	36	25	18	20	1.95
64842873--64842917	22	2.0	22	95	0	81	15	35	11	37	1.83
64852661--64852779	43	2.8	42	77	11	125	31	16	23	27	1.96
64854850--64854902	27	2.0	27	92	0	88	20	15	22	41	1.89
64855065--64855124	28	2.2	27	84	3	75	23	23	25	28	2.00
64856104--64856243	27	5.2	28	88	5	175	35	22	24	18	1.96
64856346--64856421	26	2.8	27	88	4	100	31	11	21	35	1.89
64857834--64857943	26	4.2	26	95	0	175	36	23	5	34	1.78
64858934--64858973	20	2.0	20	85	9	55	32	5	17	45	1.70
64862990--64863037	16	3.1	15	82	8	51	16	10	0	72	1.10
64879508--64879625	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64879476--64879639	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
64887089--64887206	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
64887057--64887220	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64893385--64893419	14	2.6	14	95	4	63	5	25	45	22	1.74
64911877--64912029	42	3.7	41	78	5	146	27	26	17	28	1.98
64914667--64914804	24	5.8	24	96	0	242	35	26	18	20	1.95
64922440--64922578	24	5.8	24	97	0	251	35	26	17	20	1.95
64925677--64925786	31	3.6	31	75	14	102	31	23	7	37	1.82
64926796--64926834	11	3.6	11	82	3	53	41	12	5	41	1.65
64928810--64929046	106	2.2	106	94	1	411	25	17	25	31	1.97
64935861--64935992	35	3.6	37	82	10	164	32	10	23	33	1.89
64943333--64943464	35	3.6	37	82	10	164	32	10	23	33	1.89
64948483--64948531	20	2.5	20	96	0	89	38	26	0	34	1.57
64951621--64951678	24	2.4	24	97	0	107	48	29	3	18	1.65
64952341--64952476	29	4.7	29	77	7	132	24	27	11	36	1.89
64952332--64952498	87	1.9	88	86	1	237	23	27	13	34	1.93
64952334--64952476	58	2.5	58	77	2	153	23	26	12	37	1.91
64956106--64956214	6	17.8	6	69	14	62	48	12	18	20	1.80
64956117--64956214	37	2.6	37	85	0	124	48	12	18	20	1.79
64956127--64956224	31	3.2	31	75	8	94	47	12	19	20	1.81
64956411--64956585	67	2.6	67	92	1	289	31	22	28	18	1.97
64956450--64956500	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
64956516--64956567	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
64956803--64957020	27	8.1	27	85	0	274	39	6	23	29	1.81
64957029--64957099	27	2.6	27	86	0	97	29	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64958952--64959061	6	17.8	6	71	15	82	48	13	19	19	1.81
64958952--64959061	31	3.4	31	80	14	130	48	13	19	19	1.81
64958952--64959039	37	2.4	37	90	0	140	46	13	20	19	1.83
64958940--64959061	37	3.5	37	76	13	130	49	12	18	19	1.79
64959240--64959389	67	2.2	67	92	0	246	31	19	28	20	1.97
64959611--64959826	54	4.0	53	90	3	315	42	7	20	29	1.79
64959616--64959833	27	8.1	27	84	0	274	41	7	21	29	1.80
64959839--64959896	27	2.1	27	81	6	64	31	15	18	34	1.93
64964876--64965075	108	1.8	109	87	5	298	35	18	24	23	1.96
64964869--64965122	53	4.8	52	79	8	185	37	17	24	21	1.94
64965290--64965320	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
64972440--64972649	55	3.9	53	79	8	235	35	17	25	21	1.95
64972447--64972647	108	1.8	110	90	4	327	35	17	25	21	1.95
64974023--64974190	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
64974039--64974188	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
64982026--64982193	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
64982042--64982191	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
64991231--64991438	55	3.8	53	76	7	222	36	17	24	22	1.95
64994681--64994745	27	2.4	27	86	2	85	29	9	16	44	1.79
64994777--64994868	27	3.4	27	86	0	121	40	7	22	29	1.82
65006750--65006871	43	2.9	42	68	7	111	28	22	14	34	1.94
65007955--65007980	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65010166--65010273	40	2.7	40	94	0	189	25	18	27	27	1.98
65011636--65011878	40	6.1	39	85	5	267	24	27	24	23	2.00
65011655--65011879	79	2.8	78	83	4	256	24	28	24	22	2.00
65012696--65012729	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
65017248--65017286	19	2.1	19	85	0	51	41	7	15	35	1.76
65024752--65024982	24	9.6	24	95	0	408	35	25	18	20	1.95
65038411--65038446	14	2.5	15	91	8	58	22	13	5	58	1.56
65038405--65038568	88	1.9	87	88	3	249	26	15	18	39	1.91
65038511--65038733	55	4.0	55	94	2	385	28	15	16	39	1.89
65038678--65038823	73	2.0	73	79	2	159	28	16	21	33	1.95
65038838--65038945	54	2.0	54	92	3	182	31	12	14	40	1.84
65040090--65040119	15	2.1	14	93	6	51	0	10	0	90	0.47
65040165--65040202	13	2.8	14	88	4	51	73	2	2	21	1.07
65040798--65040855	16	3.5	17	79	9	57	37	1	1	58	1.18
65044079--65044339	42	6.2	42	87	0	344	32	21	19	26	1.97
65044079--65044339	125	2.1	126	87	2	373	32	21	19	26	1.97
65050455--65050506	20	2.6	20	84	0	77	11	26	36	25	1.90
65052661--65052724	31	2.1	31	87	0	92	25	20	15	39	1.92
65052917--65053052	23	6.0	23	85	9	181	29	23	20	26	1.99
65052931--65053054	45	2.7	46	91	5	198	29	23	19	27	1.98
65053103--65053169	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
65053103--65053158	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65053206--65053253	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
65060755--65060818	31	2.1	31	87	0	92	23	23	17	35	1.95
65061026--65061130	23	4.4	24	95	3	178	29	21	20	28	1.98
65061179--65061239	20	3.0	20	92	0	104	34	21	11	32	1.89
65063549--65063611	28	2.3	26	91	5	99	34	28	7	28	1.85
65063717--65063805	27	3.2	27	87	6	126	19	24	23	32	1.97
65063717--65063830	55	2.1	55	83	9	144	18	24	21	35	1.96
65071414--65071478	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
65071583--65071672	27	3.2	27	85	7	119	18	25	23	32	1.97
65079107--65079141	18	1.9	18	88	0	52	14	5	5	74	1.19
65079125--65079159	15	2.5	14	86	13	54	20	5	0	74	1.02
65087171--65087274	55	1.9	55	82	4	129	23	26	31	18	1.97
65089367--65089517	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
65089404--65089533	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
65089731--65089776	23	2.0	23	83	8	58	36	0	30	32	1.58
65097364--65097514	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
65103959--65104142	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
65103999--65104187	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
65105691--65105791	40	2.5	41	90	3	154	22	18	30	27	1.98
65111106--65111140	14	2.6	13	86	8	52	65	5	0	28	1.15
65119331--65119365	15	2.3	15	95	0	61	31	22	20	25	1.98
65130523--65130834	47	6.7	47	78	9	286	29	19	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65131108--65131155	24	2.0	24	95	0	87	14	33	6	45	1.70
65133406--65133610	40	5.2	39	84	6	254	23	21	28	26	1.99
65133402--65133610	77	2.7	80	86	5	291	23	21	27	26	1.99
65141386--65141591	40	5.2	39	83	7	256	23	20	29	26	1.99
65141382--65141591	78	2.7	79	88	5	309	23	20	28	26	1.99
65151936--65152102	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
65158800--65158917	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
65158768--65158931	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
65162101--65162199	29	3.5	28	70	9	74	24	20	25	30	1.99
65165276--65165316	2	21.5	2	85	9	59	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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