genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  103  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27265565--27265694	55	2.4	53	83	5	163	23	23	17	35	1.95
27268378--27268630	57	4.4	57	75	8	153	33	20	15	30	1.94
27285426--27285512	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
27285883--27285940	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
27287246--27287274	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
27289788--27289963	46	3.8	45	75	10	167	20	20	28	30	1.98
27289785--27289956	93	1.8	93	90	2	274	20	20	28	29	1.98
27293912--27293954	23	1.9	22	90	4	68	20	20	16	41	1.90
27307326--27307461	41	3.3	41	82	7	161	31	29	22	16	1.96
27308478--27308521	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
27310504--27310612	26	4.2	26	96	1	175	33	5	24	35	1.79
27312227--27312339	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
27312225--27312339	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
27314190--27314226	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
27322227--27322329	41	2.5	42	85	4	129	33	28	20	17	1.95
27325878--27325985	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
27333058--27333228	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
27333050--27333230	46	3.9	46	80	9	224	27	29	21	21	1.99
27335638--27335704	26	2.6	26	92	0	107	35	20	8	34	1.84
27336037--27336120	26	3.2	26	93	0	141	35	5	22	35	1.79
27337733--27337894	27	5.9	27	85	9	188	19	23	22	33	1.97
27345610--27345719	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27347500--27347775	137	2.0	137	96	0	507	25	18	23	32	1.97
27350355--27350379	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
27354932--27355022	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
27355062--27355261	48	4.2	48	96	0	355	31	27	6	35	1.82
27355253--27355490	49	4.9	49	92	2	399	29	28	9	33	1.88
27355253--27355492	96	2.5	97	93	1	401	29	28	9	32	1.88
27361124--27361262	41	3.4	41	84	6	176	31	30	21	16	1.95
27361489--27361533	22	2.0	22	100	0	90	46	13	4	35	1.63
27361616--27361642	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27364565--27364608	16	2.6	17	82	7	54	43	0	2	54	1.12
27364561--27364601	14	2.7	16	81	7	50	39	0	2	58	1.11
27365714--27365828	27	4.3	26	85	5	140	36	22	23	17	1.95
27365714--27365828	54	2.1	54	87	3	160	36	22	23	17	1.95
27367446--27367555	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
27369374--27369485	41	2.8	40	76	9	102	29	16	25	29	1.96
27370224--27370249	13	2.0	13	100	0	52	23	0	30	46	1.53
27375205--27375286	33	2.4	34	84	6	105	29	23	19	28	1.98
27375274--27375401	27	4.5	28	78	14	136	25	28	19	26	1.99
27375274--27375439	87	1.9	87	85	8	230	25	27	19	27	1.99
27379719--27379823	41	2.5	42	89	3	167	33	31	20	14	1.93
27383588--27383681	39	2.4	39	80	5	102	26	29	23	20	1.99
27383655--27383780	39	3.2	39	89	0	189	26	26	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27383617--27383780	78	2.1	78	80	5	190	26	27	23	23	2.00
27390988--27391146	29	5.6	29	92	3	250	25	32	15	27	1.95
27398921--27399060	29	4.9	29	94	3	241	26	31	14	27	1.95
27403081--27403206	39	3.2	39	90	0	198	26	27	21	23	1.99
27403043--27403206	78	2.1	78	82	5	199	26	28	21	23	1.99
27403989--27404116	39	3.3	38	85	3	130	25	28	23	22	1.99
27404007--27404132	39	3.2	39	91	0	198	26	27	22	23	1.99
27402639--27405243	926	2.8	918	96	1	4776	35	20	12	31	1.91
27404921--27405046	39	3.2	39	87	0	171	28	28	19	23	1.98
27407744--27407811	27	2.5	27	85	2	91	26	14	25	33	1.94
27409447--27409498	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
27410977--27411084	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
27415154--27415183	11	2.9	10	90	9	51	56	10	10	23	1.62
27416425--27416476	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
27417957--27418090	26	5.2	26	95	0	241	35	24	7	32	1.83
27422143--27422320	31	5.7	31	90	0	275	28	16	26	28	1.97
27427850--27427905	20	2.7	21	83	5	69	23	7	17	51	1.70
27428211--27428258	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
27428667--27428710	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
27430852--27430896	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
27434320--27434349	16	1.9	15	93	6	51	0	23	3	73	0.98
27435882--27435918	17	2.2	16	95	4	65	21	2	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27436015--27436086	14	5.0	14	89	1	90	20	0	2	76	0.91
27436024--27436086	7	8.9	7	85	3	81	19	0	1	79	0.82
27436011--27436111	7	12.9	8	77	12	52	25	0	2	71	1.00
27436584--27436666	14	5.8	14	73	9	78	25	1	21	51	1.55
27436584--27436666	28	2.9	28	87	3	103	25	1	21	51	1.55
27436676--27436728	14	3.7	14	87	2	70	15	1	43	39	1.57
27437457--27437599	41	3.5	41	93	0	243	22	23	22	31	1.98
27437456--27437664	41	5.1	40	86	4	240	21	22	21	34	1.96
27440497--27440528	15	2.1	15	94	0	55	21	15	25	37	1.93
27442247--27442302	20	2.7	20	86	5	67	21	7	19	51	1.70
27447262--27447464	40	5.1	40	83	8	238	24	22	27	25	2.00
27447262--27447443	79	2.3	81	84	8	232	24	22	27	25	2.00
27447315--27447478	79	2.1	78	83	7	199	25	21	27	25	1.99
27455430--27455632	40	5.1	40	84	7	238	24	21	28	25	1.99
27455430--27455611	79	2.3	80	84	6	228	24	21	28	25	1.99
27455463--27455646	79	2.3	77	81	10	210	26	21	26	25	1.99
27458497--27458535	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
27459192--27459256	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
27462089--27462123	15	2.3	15	90	0	52	42	2	5	48	1.41
27462110--27462171	24	2.6	23	77	7	61	27	11	8	53	1.64
27464451--27464586	41	3.3	40	80	7	150	26	14	27	31	1.95
27465696--27465831	65	2.1	65	83	2	166	22	29	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27467399--27467467	31	2.2	31	97	0	129	24	21	14	39	1.91
27467663--27467805	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
27467663--27467804	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
27467662--27467805	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
27467855--27467914	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
27467957--27468004	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
27469241--27469584	134	2.6	133	86	3	483	40	8	22	28	1.83
27469241--27469584	27	12.8	27	87	3	408	40	8	22	28	1.83
27469535--27469759	27	8.3	27	83	7	174	31	8	21	38	1.84
27469580--27469759	81	2.2	81	84	3	220	28	8	22	40	1.83
27469634--27469759	27	4.7	27	93	0	207	29	7	21	42	1.79
27472565--27472628	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
27472820--27472962	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
27472820--27472961	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
27472819--27472962	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
27473013--27473071	19	3.0	20	90	5	102	33	20	11	33	1.89
27473114--27473161	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
27474396--27474741	27	12.8	27	87	3	401	40	8	22	28	1.82
27474691--27474916	27	8.4	27	82	7	176	30	8	21	38	1.84
27474737--27474916	81	2.2	81	84	3	220	28	8	22	40	1.83
27474791--27474916	54	2.3	54	91	0	207	29	7	21	42	1.79
27476190--27476476	137	2.1	137	96	0	520	32	24	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27478257--27478392	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
27483813--27483861	15	3.3	15	75	18	50	61	2	2	34	1.19
27483827--27483874	18	2.7	17	81	12	53	62	4	2	31	1.26
27483922--27483965	21	2.2	20	87	4	61	56	4	9	29	1.50
27483905--27483957	27	2.0	26	81	3	61	60	3	7	28	1.41
27484267--27484347	25	3.1	25	76	16	67	55	1	6	37	1.33
27484296--27484372	41	2.0	40	87	7	113	55	2	3	37	1.32
27484317--27484452	25	5.3	26	71	23	92	52	3	6	37	1.45
27484343--27484452	27	4.2	24	75	18	78	50	4	7	37	1.50
27484407--27484485	41	1.9	42	82	7	99	50	5	8	35	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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