genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  266  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76651082--76651189	53	2.0	53	92	0	180	28	15	13	41	1.86
76651802--76651849	20	2.3	21	79	13	55	52	4	12	31	1.58
76653364--76653396	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
76653443--76653501	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
76653472--76653520	26	2.0	24	88	8	71	30	0	6	63	1.19
76653799--76653847	25	2.0	24	84	4	62	46	0	2	51	1.12
76664294--76664359	33	2.0	33	93	0	114	18	39	3	39	1.66
76668619--76668664	22	2.2	22	84	7	60	26	0	4	69	1.07
76668635--76668694	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
76679069--76679127	23	2.6	23	88	0	91	15	30	32	22	1.94
76681268--76681394	40	3.2	39	76	8	130	22	28	24	24	2.00
76681284--76681434	40	3.8	40	77	6	137	23	26	23	26	2.00
76681284--76681433	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	26	2.00
76684716--76684971	129	2.0	129	96	0	467	37	19	15	27	1.92
76685188--76685276	44	2.0	44	95	0	160	32	16	10	40	1.82
76688544--76688651	44	2.5	44	83	1	128	27	13	23	35	1.93
76690406--76690452	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
76693869--76693918	22	2.3	23	79	10	59	12	28	44	16	1.83
76705235--76705268	17	1.9	18	94	5	61	8	5	2	82	0.93
76705500--76705618	26	4.3	26	76	9	103	58	2	4	34	1.31
76705497--76705556	26	2.3	27	94	2	104	61	3	3	31	1.28
76705585--76705618	10	3.2	10	88	12	50	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76705583--76705619	12	3.2	12	81	18	51	56	0	0	43	0.99
76706433--76706484	20	2.7	20	82	8	54	32	5	1	59	1.32
76706514--76706607	33	2.7	35	80	8	93	31	1	3	63	1.17
76706524--76706617	8	11.0	8	73	7	53	30	1	3	64	1.16
76706561--76706657	49	2.0	49	81	0	113	35	1	4	59	1.23
76708451--76708552	9	11.4	9	72	15	61	36	2	0	59	1.19
76708454--76708554	35	2.9	33	77	20	100	36	2	0	59	1.19
76708454--76708519	19	3.5	19	81	2	71	37	1	1	59	1.16
76708455--76708590	25	6.0	23	74	19	108	36	4	2	56	1.32
76708453--76708551	11	8.5	11	72	10	63	36	3	1	59	1.20
76708489--76708591	45	2.2	45	82	14	122	34	4	2	57	1.35
76708760--76708784	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
76708860--76708911	26	2.0	26	84	0	68	28	9	3	57	1.48
76709345--76709480	26	5.2	26	96	0	227	34	5	23	36	1.77
76714655--76714736	23	3.4	23	76	18	71	14	4	3	76	1.09
76714647--76714718	37	1.9	38	83	8	94	13	6	4	75	1.17
76714663--76714737	7	9.7	7	72	21	53	14	5	4	76	1.12
76714654--76714748	15	5.9	15	77	18	68	16	4	4	74	1.13
76714663--76714746	22	3.6	23	75	17	66	15	4	4	75	1.15
76715689--76715740	25	2.1	25	92	7	88	38	1	19	40	1.63
76719078--76719121	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
76719218--76719325	43	2.6	42	77	2	110	29	23	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76723814--76723958	43	3.4	42	80	6	150	32	22	14	30	1.94
76727710--76727806	12	8.6	11	71	23	69	53	2	1	43	1.19
76727732--76727807	21	3.5	20	80	10	80	53	1	0	44	1.08
76727733--76727806	22	3.4	22	83	10	73	54	1	0	44	1.08
76727732--76727817	43	2.0	42	81	4	100	56	1	0	41	1.06
76727886--76727959	38	1.9	38	86	5	105	56	0	0	43	0.99
76727892--76727971	38	2.1	39	84	9	103	57	0	0	42	0.98
76727925--76728003	23	3.3	24	79	15	92	55	2	0	41	1.13
76727862--76727980	60	2.0	60	85	6	159	55	0	0	43	1.05
76727998--76728051	24	2.2	24	81	12	58	72	9	1	16	1.19
76730462--76730491	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
76731237--76731298	18	3.3	18	72	16	63	79	8	6	6	1.07
76731939--76732006	33	2.1	33	88	0	100	42	0	4	52	1.21
76731926--76732070	65	2.2	65	81	11	156	42	1	2	53	1.23
76732012--76732067	24	2.2	25	78	15	62	41	1	0	57	1.09
76732878--76732934	25	2.3	24	79	8	62	29	1	7	61	1.32
76740060--76740169	15	7.4	15	65	20	52	49	1	1	47	1.23
76740115--76740151	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
76748599--76748922	101	3.2	101	80	3	368	26	14	18	40	1.89
76748757--76749107	181	1.9	182	84	2	474	25	14	19	40	1.90
76748846--76749003	81	2.0	80	84	3	210	25	13	20	40	1.89
76748926--76749264	101	3.3	101	81	5	416	26	13	18	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76748644--76749204	282	2.0	284	84	4	731	25	13	19	40	1.89
76749277--76754277	101	51.3	101	76	8	4052	27	15	17	39	1.90
76749807--76749999	86	2.2	88	86	3	266	23	14	20	40	1.90
76749277--76754190	389	12.6	390	77	10	3597	26	15	17	39	1.90
76750207--76750561	88	4.1	87	81	6	423	27	15	16	40	1.88
76750003--76754292	289	14.7	290	73	12	2526	27	15	17	39	1.90
76750196--76750766	175	3.1	174	78	14	535	26	15	16	41	1.88
76750748--76750779	13	2.5	13	94	0	55	6	6	43	43	1.54
76751677--76751842	87	1.9	87	86	0	233	28	16	13	40	1.87
76752056--76752237	88	2.1	88	84	6	235	27	15	14	42	1.86
76753532--76753703	88	2.0	88	84	2	229	28	17	15	38	1.90
76753464--76754083	288	2.1	289	79	5	680	28	15	16	39	1.90
76753820--76754004	88	2.1	88	83	2	228	29	13	18	38	1.89
76753822--76754371	189	2.9	186	79	6	520	29	13	17	40	1.87
76753934--76754366	188	2.3	188	80	5	473	29	13	16	40	1.86
76755785--76756057	40	6.8	40	81	7	184	23	25	23	28	1.99
76755827--76756057	80	2.9	80	82	4	295	23	25	22	27	2.00
76755827--76756051	120	1.9	121	83	2	292	24	25	22	28	2.00
76756767--76756792	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76761700--76762292	100	6.2	100	72	16	362	25	15	18	40	1.89
76761946--76762213	88	3.1	88	80	6	312	25	15	16	43	1.86
76762110--76762389	100	2.8	99	77	6	287	25	13	18	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76762338--76762443	54	2.0	54	85	7	144	27	13	9	50	1.72
76762390--76765615	101	32.6	102	78	7	2703	26	14	17	40	1.89
76762965--76765615	201	13.4	201	78	7	2266	26	14	18	40	1.89
76763357--76763533	87	2.0	87	79	6	189	24	15	16	43	1.87
76763946--76764139	88	2.2	88	83	0	244	25	12	19	42	1.86
76764432--76764457	13	2.0	13	100	0	52	30	15	30	23	1.95
76765152--76765335	88	2.1	86	83	7	219	29	14	15	40	1.87
76765776--76765826	3	16.7	3	83	4	57	37	5	0	56	1.23
76769511--76769684	50	3.5	50	87	0	240	35	15	22	26	1.94
76769660--76769839	31	5.8	31	83	2	236	27	17	26	28	1.98
76769939--76770064	49	2.7	48	87	9	174	28	13	26	30	1.94
76770000--76770111	42	2.7	42	87	2	154	31	14	25	28	1.95
76771147--76774211	101	30.9	100	78	7	2552	26	14	17	40	1.89
76771825--76771854	13	2.3	13	94	0	51	10	6	43	40	1.64
76772444--76772712	88	3.1	87	79	2	306	26	15	15	42	1.87
76773791--76774098	110	2.9	111	82	6	289	26	15	17	40	1.89
76773925--76774216	100	2.9	100	91	1	458	26	16	17	39	1.91
76774541--76774582	22	2.0	22	85	4	59	7	14	0	78	0.95
76774776--76775076	155	2.0	153	86	6	430	43	4	10	40	1.59
76776299--76778685	100	24.4	99	75	10	1796	26	15	18	39	1.90
76776607--76776976	188	2.0	187	82	5	453	26	15	17	41	1.89
76777085--76778664	101	16.1	99	72	13	750	26	15	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76777580--76777756	87	2.0	88	88	1	266	26	15	17	40	1.90
76777475--76778647	188	6.1	188	76	8	968	26	15	17	40	1.90
76776826--76778647	976	1.9	967	80	6	2149	27	15	17	39	1.90
76776538--76778445	391	4.9	385	76	11	1346	27	15	17	39	1.90
76778163--76778326	88	1.9	88	87	2	240	28	17	14	39	1.89
76778158--76778346	88	2.1	87	83	6	238	26	16	18	38	1.92
76777869--76778647	189	4.1	188	76	8	680	26	15	18	39	1.90
76793494--76793666	46	3.7	46	80	6	174	30	28	20	20	1.98
76793976--76794020	20	2.2	20	96	0	81	17	26	6	48	1.72
76798009--76798073	6	10.8	6	76	18	57	20	1	0	78	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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