genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  291  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83925385--83925494	40	2.8	39	76	4	121	46	24	14	14	1.82
83929622--83929652	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
83930977--83931001	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
83933745--83933778	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
83937861--83937994	42	3.2	42	85	5	180	28	9	26	35	1.88
83937863--83938026	85	1.9	84	83	1	202	30	10	25	34	1.89
83940293--83940350	30	2.0	29	82	3	71	41	3	25	29	1.72
83940689--83940943	55	4.8	53	77	9	229	35	17	25	21	1.95
83940696--83940896	108	1.8	110	87	4	300	33	17	25	23	1.96
83941135--83941165	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83944128--83944166	21	1.9	21	89	5	62	23	28	35	12	1.91
83948082--83948121	5	7.8	5	85	2	53	42	20	0	37	1.52
83950009--83950248	48	4.9	49	80	7	258	29	19	25	25	1.98
83955851--83955903	20	2.8	19	86	8	72	43	1	0	54	1.11
83955857--83955898	20	2.1	20	95	0	75	47	0	0	52	1.00
83963155--83963218	32	2.0	32	96	0	119	31	7	15	45	1.75
83970200--83970238	14	2.8	13	85	14	51	48	20	0	30	1.50
83970330--83970384	23	2.3	23	96	3	101	23	10	0	65	1.24
83972511--83972600	26	3.3	27	86	6	110	27	21	12	38	1.89
83972521--83972600	28	2.9	28	88	3	110	26	22	11	40	1.87
83976137--83976177	19	2.2	18	86	4	55	41	0	14	43	1.45
83976370--83976414	22	2.0	22	95	0	81	48	17	11	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83983549--83983888	47	7.3	47	91	1	540	27	29	7	34	1.85
83983810--83983885	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
83983551--83983888	186	1.8	188	92	1	581	27	29	7	34	1.85
83988216--83988309	47	2.0	47	91	0	152	31	11	20	36	1.88
83997332--83997361	15	2.0	15	100	0	60	66	0	6	26	1.16
84000253--84000324	36	2.0	35	86	2	99	40	0	9	50	1.36
84010883--84010958	31	2.5	31	82	4	100	47	13	3	35	1.61
84014573--84014606	17	2.0	17	100	0	68	17	23	23	35	1.95
84017890--84017997	45	2.4	45	81	6	130	22	11	28	37	1.88
84017966--84018100	44	2.9	44	83	8	153	20	14	28	35	1.93
84027990--84028187	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
84028056--84028173	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
84028024--84028187	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
84035471--84035668	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
84035537--84035654	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
84035505--84035668	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
84039291--84039551	137	1.9	136	79	6	294	44	3	9	42	1.54
84039613--84039655	23	1.9	23	85	4	61	46	6	11	34	1.67
84041073--84041182	18	6.1	18	79	4	114	32	14	16	36	1.89
84041198--84041244	18	2.6	18	86	6	60	34	4	19	42	1.70
84043081--84043111	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
84043142--84043203	30	2.1	30	93	0	106	27	0	12	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84045674--84045699	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
84046981--84047005	11	2.3	11	100	0	50	76	0	16	8	1.02
84046992--84047042	16	3.2	16	73	15	52	70	3	15	9	1.29
84046971--84047023	27	2.0	28	85	7	74	71	1	16	9	1.21
84046994--84047055	32	2.0	31	84	9	81	67	4	19	8	1.34
84048068--84048128	18	3.4	18	81	0	77	34	9	14	40	1.79
84050409--84050491	41	2.0	41	92	0	139	34	15	20	28	1.94
84050595--84050619	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
84056234--84056297	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
84063818--84063865	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84063909--84063967	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
84063913--84063967	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
84064017--84064183	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
84064017--84064184	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
84064375--84064469	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
84067320--84067349	15	2.0	15	93	0	51	30	23	13	33	1.93
84069840--84069941	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
84077659--84077717	29	2.1	29	81	6	68	28	22	15	33	1.94
84079584--84079621	13	2.9	13	100	0	76	23	52	15	7	1.69
84079707--84079747	21	2.0	21	85	0	55	36	12	9	41	1.76
84079755--84079794	21	1.9	21	89	0	62	30	12	0	57	1.36
84085344--84085493	76	2.0	76	95	0	273	39	4	19	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84085934--84085967	17	2.0	17	94	0	59	73	0	26	0	0.83
84086529--84086581	3	17.3	3	96	3	97	33	0	0	66	0.92
84086928--84086988	18	3.4	18	83	0	77	29	9	21	39	1.85
84093936--84093997	30	2.1	30	100	0	124	35	22	16	25	1.94
84096557--84096593	17	2.0	19	85	15	51	37	21	10	29	1.88
84103891--84104047	43	3.7	43	77	6	133	26	21	26	26	2.00
84103891--84104047	85	1.8	85	81	5	192	26	21	26	26	2.00
84105561--84105745	40	4.7	40	89	5	252	27	27	21	24	1.99
84105561--84105745	79	2.3	82	85	7	256	27	27	21	24	1.99
84113761--84113895	40	3.4	39	91	4	207	28	26	20	24	1.99
84113893--84113923	16	1.9	16	100	0	62	35	12	32	19	1.90
84116846--84116953	25	4.3	25	80	6	121	36	21	14	27	1.93
84116828--84116953	50	2.5	50	88	0	171	37	22	12	27	1.90
84134860--84134899	18	2.3	17	86	4	53	55	25	5	15	1.60
84135994--84136044	10	5.0	10	79	9	50	3	19	17	58	1.54
84147481--84147678	57	3.5	57	78	5	195	32	17	17	32	1.93
84148852--84148895	22	2.0	22	95	4	81	13	34	31	20	1.92
84156219--84156426	40	5.2	40	83	0	209	26	22	25	25	2.00
84156224--84156426	80	2.5	80	83	3	230	26	22	26	25	2.00
84159370--84159585	46	4.6	46	77	11	179	27	17	30	24	1.97
84162113--84162419	49	6.3	49	94	0	487	31	7	30	29	1.86
84165026--84165064	21	1.9	21	89	5	62	10	35	30	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84182830--84182884	29	1.9	29	85	3	76	25	21	29	23	1.99
84201296--84201462	49	3.4	49	77	4	151	27	18	27	26	1.98
84216655--84216752	24	4.2	23	77	13	85	34	18	23	23	1.96
84220226--84220445	73	3.0	73	94	1	379	37	11	13	37	1.82
84221318--84221413	50	1.9	50	89	8	151	51	7	10	31	1.63
84222483--84222535	20	2.6	20	74	14	54	28	13	0	58	1.35
84223066--84223115	20	2.6	19	81	12	57	32	2	2	64	1.16
84223729--84223762	16	2.2	15	89	5	50	14	0	5	79	0.91
84224133--84224210	16	5.4	14	75	20	63	43	1	3	51	1.28
84224640--84224686	25	2.0	23	83	8	58	51	4	4	40	1.41
84226293--84226460	46	3.6	46	74	6	133	23	27	19	29	1.98
84233443--84233599	38	4.1	38	89	2	235	21	21	24	33	1.97
84237041--84237139	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
84244714--84244812	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
84248030--84248145	46	2.6	45	80	6	128	26	28	16	28	1.97
84248570--84248627	30	1.9	30	89	0	89	29	24	12	34	1.91
84260669--84260733	27	2.4	27	79	5	69	27	24	9	38	1.86
84268006--84268104	27	3.6	27	84	1	126	33	23	13	30	1.92
84271023--84271067	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
84271896--84271940	19	2.4	19	80	0	54	42	11	20	26	1.85
84276096--84276136	21	2.0	21	85	0	55	43	0	7	48	1.30
84290246--84290278	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84290564--84290837	46	6.0	46	89	0	352	20	23	14	40	1.90
84305972--84306010	20	2.0	20	100	0	78	20	2	25	51	1.60
84308713--84308809	43	2.3	43	83	0	113	25	18	25	29	1.98
84308728--84308817	43	2.1	43	85	4	119	22	17	27	32	1.97
84318474--84318592	42	2.9	41	83	3	150	30	20	22	26	1.98
84322783--84322819	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
84333548--84333617	34	2.1	34	97	0	131	48	15	2	32	1.60
84335202--84335250	24	2.0	24	100	0	98	46	0	28	24	1.53
84343524--84343695	93	1.8	93	86	2	247	29	26	19	23	1.98
84343566--84343695	46	2.8	48	78	14	155	30	26	20	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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