genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  224  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63303396--63304042	48	13.4	48	91	4	1027	36	7	26	30	1.83
63303396--63304033	194	3.3	194	91	4	1049	36	7	26	30	1.83
63305417--63305702	27	10.7	27	84	1	378	27	23	8	40	1.84
63305417--63305702	81	3.6	81	91	0	459	27	23	8	40	1.84
63305684--63305928	27	9.2	27	76	7	180	40	21	8	30	1.82
63305687--63305928	53	4.5	52	70	14	145	40	21	8	30	1.82
63305708--63305876	80	2.1	79	82	7	200	42	23	7	27	1.80
63305725--63305930	53	3.8	53	77	7	166	41	21	7	29	1.81
63305921--63306134	27	7.9	27	83	6	263	35	17	21	25	1.95
63306339--63306406	24	2.8	25	84	2	84	23	23	23	29	1.99
63311967--63312041	22	3.3	22	68	23	64	29	9	32	29	1.88
63311967--63312232	49	5.5	48	92	1	378	31	8	30	30	1.87
63312328--63312449	37	3.3	37	94	0	208	24	19	33	22	1.97
63316434--63316516	42	2.0	42	87	0	121	21	19	32	26	1.97
63319825--63319898	36	2.1	36	94	5	132	37	18	8	35	1.81
63322372--63322409	20	1.9	20	100	0	76	13	21	21	44	1.85
63329169--63329269	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
63331242--63331331	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
63331242--63331348	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
63331326--63331386	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
63331337--63331547	27	7.8	27	89	2	262	28	23	8	39	1.84
63331418--63331749	27	12.2	27	78	9	122	36	20	8	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63331283--63331558	81	3.4	81	76	6	227	30	23	8	37	1.85
63331526--63331665	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
63331526--63331693	54	3.1	54	75	10	148	39	21	8	30	1.83
63331541--63331695	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
63331808--63331872	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
63333090--63333146	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
63333088--63333158	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
63333099--63333153	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
63333203--63333369	23	7.1	23	93	2	271	28	21	20	29	1.98
63333202--63333391	24	8.0	23	90	4	265	28	21	21	28	1.99
63333201--63333369	47	3.6	47	91	3	277	28	21	20	28	1.98
63333582--63333645	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
63336355--63336444	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
63336355--63336460	54	2.0	53	81	9	126	38	19	10	31	1.86
63336450--63336658	81	2.6	81	86	4	282	28	22	8	40	1.83
63336450--63336660	27	7.9	27	84	6	220	28	22	8	40	1.83
63336556--63336860	27	11.2	27	78	10	113	37	19	8	34	1.82
63336396--63336685	81	3.6	81	77	6	225	31	21	8	38	1.84
63336637--63336776	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
63336637--63336804	54	3.1	54	75	10	148	39	21	8	30	1.83
63336652--63336806	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
63336918--63336982	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63338196--63338252	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
63338194--63338264	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
63338205--63338259	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
63338311--63338476	23	7.1	23	93	4	271	28	21	21	28	1.98
63338309--63338476	47	3.6	47	91	4	277	28	22	20	28	1.98
63338311--63338497	93	2.0	95	92	2	315	27	21	21	28	1.99
63338689--63338752	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
63340653--63340730	29	2.7	29	81	0	93	21	32	17	28	1.96
63348495--63348572	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
63350087--63350248	27	6.0	27	87	2	195	27	21	9	41	1.84
63350145--63350448	27	11.2	27	78	10	120	37	19	8	34	1.82
63350161--63350364	54	3.8	52	79	10	137	36	19	7	35	1.81
63350226--63350364	53	2.6	53	85	4	181	39	20	7	31	1.82
63350226--63350475	53	4.6	53	72	10	168	39	20	8	32	1.82
63350507--63350571	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
63351790--63351846	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
63351788--63351858	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
63351799--63351853	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
63351905--63352070	23	7.1	23	92	4	262	28	21	21	29	1.98
63351904--63352092	23	8.0	23	89	5	256	28	21	21	28	1.99
63351903--63352070	47	3.6	47	90	4	268	28	21	20	29	1.98
63352285--63352348	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63356021--63356093	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
63364066--63364138	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
63365409--63365473	33	2.0	33	100	0	130	12	29	6	52	1.63
63366792--63366941	33	4.5	34	80	5	137	39	35	9	16	1.80
63370329--63370493	40	4.1	40	88	3	249	24	22	23	29	1.99
63377393--63377419	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
63378237--63378401	40	4.1	40	89	3	249	24	21	23	30	1.99
63380082--63380178	35	2.8	35	90	3	142	38	27	12	21	1.89
63382347--63382424	26	3.0	26	90	0	129	32	24	10	33	1.89
63384979--63385013	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
63385128--63385187	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
63385168--63385225	25	2.4	24	79	2	71	56	5	6	31	1.47
63385194--63385235	22	1.9	22	85	0	57	59	7	4	28	1.44
63385254--63385384	25	5.5	25	72	15	91	55	3	5	35	1.38
63385863--63385961	30	3.3	30	88	0	153	19	5	48	27	1.69
63386651--63386985	87	3.7	92	78	10	305	36	19	16	27	1.93
63386912--63387051	69	2.0	70	87	4	203	42	20	16	20	1.89
63386816--63387241	162	2.6	161	78	9	429	38	19	16	26	1.92
63387082--63387465	73	5.2	73	82	7	465	34	19	16	29	1.94
63387098--63387465	146	2.5	146	93	0	610	33	19	16	30	1.94
63387600--63388017	75	5.4	75	81	10	447	32	19	16	31	1.94
63387084--63388297	561	2.1	560	83	7	1518	35	19	16	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63388120--63388164	13	3.4	13	81	6	54	73	6	8	11	1.25
63387956--63388224	100	2.7	101	88	3	393	37	19	18	23	1.94
63388144--63388311	73	2.3	74	88	1	248	33	21	17	27	1.95
63388228--63388397	91	1.9	89	87	6	252	34	21	17	27	1.96
63403334--63403368	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
63403481--63403542	23	2.8	23	69	18	60	54	4	6	33	1.47
63403549--63403590	22	1.9	22	85	0	57	59	7	4	28	1.44
63403608--63403739	25	5.6	25	72	15	93	56	3	5	35	1.38
63403535--63403653	30	4.3	29	73	13	99	57	4	5	31	1.41
63403606--63403722	48	2.4	49	77	16	116	54	3	5	36	1.39
63404219--63404317	30	3.3	30	91	0	162	16	5	51	27	1.65
63404250--63404307	18	3.6	17	68	27	54	18	5	50	25	1.68
63407181--63407251	23	3.1	23	91	0	115	19	25	21	33	1.97
63407938--63407999	26	2.3	27	88	2	90	30	22	6	40	1.79
63407938--63408000	27	2.4	27	89	2	92	30	22	6	41	1.78
63407938--63408011	27	2.8	26	82	8	87	31	18	8	41	1.80
63411718--63411797	31	2.6	31	88	3	119	13	28	35	22	1.92
63413272--63413309	20	1.9	20	94	0	67	36	28	13	21	1.91
63414154--63414178	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
63414660--63414742	30	2.8	30	73	0	85	27	14	27	30	1.95
63417012--63417096	30	2.8	30	77	7	91	12	18	2	65	1.36
63417099--63417129	12	2.6	12	89	0	53	22	16	16	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63419235--63419259	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
63419743--63419825	30	2.8	30	73	0	85	27	14	27	30	1.95
63423240--63423270	4	7.8	4	92	0	53	22	0	22	54	1.44
63426329--63426369	22	1.9	21	85	5	55	21	29	39	9	1.86
63427480--63427706	47	4.9	48	79	11	222	21	31	19	27	1.97
63427527--63427743	46	4.6	45	78	8	195	22	30	19	27	1.98
63427573--63427744	94	1.8	92	83	4	229	22	30	20	27	1.98
63430075--63430179	52	2.0	52	100	0	210	28	17	18	36	1.93
63431349--63431397	7	6.9	7	79	4	53	44	26	0	28	1.54
63431366--63431421	15	3.7	15	80	0	58	48	26	0	25	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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