genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.323.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  323  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94197748--94197914	83	2.0	85	80	6	189	32	23	16	26	1.96
94204885--94204924	14	2.9	13	88	3	53	77	2	2	17	0.99
94211948--94212048	27	3.7	27	87	0	148	31	17	14	35	1.91
94212137--94212186	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
94212453--94212487	18	1.9	18	94	0	61	20	17	14	48	1.81
94216766--94216883	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
94216735--94216897	71	2.3	71	98	1	319	34	17	28	19	1.94
94218421--94218548	27	4.7	27	89	0	193	34	14	14	35	1.88
94218540--94218602	27	2.3	27	86	0	81	41	17	20	20	1.91
94218455--94218575	54	2.2	54	81	5	138	36	14	16	32	1.90
94218637--94218686	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
94218940--94218990	18	2.9	18	85	2	59	15	21	17	45	1.86
94219095--94219142	24	2.0	24	95	0	87	33	10	20	35	1.87
94239402--94239561	43	3.7	43	78	10	141	32	28	15	23	1.95
94239447--94239576	44	3.0	44	80	7	151	33	27	14	23	1.94
94241066--94241357	53	5.5	52	72	9	176	40	20	8	30	1.82
94241074--94241302	80	2.9	79	83	6	257	40	20	9	30	1.83
94241074--94241358	80	3.5	80	79	7	222	40	21	8	30	1.82
94241074--94241358	27	10.7	27	77	7	224	40	21	8	30	1.82
94241350--94241809	108	4.3	108	91	3	660	37	17	19	25	1.93
94241342--94241809	27	17.3	27	87	0	585	37	17	19	25	1.93
94242157--94242215	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94242373--94242454	28	3.0	27	79	11	87	19	23	21	35	1.96
94242572--94242669	6	15.8	6	70	17	67	21	19	11	47	1.80
94242572--94242657	25	3.4	25	86	0	127	20	20	11	46	1.82
94251870--94251914	21	2.1	21	87	0	63	33	8	13	44	1.75
94259693--94259868	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
94259689--94259860	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
94262772--94262850	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
94262763--94262849	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
94265225--94265400	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
94265221--94265392	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
94268299--94268377	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
94268290--94268376	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
94270752--94270927	46	3.8	46	79	4	201	21	21	29	28	1.98
94270749--94270920	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
94278808--94278955	40	3.7	40	88	0	215	21	17	27	33	1.96
94282056--94282112	28	2.0	28	96	0	105	50	3	19	26	1.63
94284020--94284142	42	2.9	42	82	7	135	33	25	17	23	1.97
94288403--94288528	48	2.6	48	88	0	180	35	7	26	30	1.85
94288414--94288557	48	3.0	47	81	6	164	34	8	27	30	1.86
94288687--94288767	37	2.2	37	90	0	126	20	22	30	25	1.98
94296213--94296383	43	4.0	43	74	15	151	32	23	17	26	1.97
94297815--94297895	3	27.0	3	100	0	162	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94299602--94300091	45	10.8	43	72	11	252	27	20	19	32	1.97
94301629--94301779	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
94301666--94301795	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
94323475--94323507	17	1.9	18	88	11	52	48	12	24	15	1.78
94329183--94329246	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
94329460--94329578	23	5.1	23	91	3	186	31	20	19	29	1.97
94329639--94329713	9	7.7	9	69	16	51	34	18	9	37	1.83
94329633--94329715	20	4.2	20	92	0	139	31	19	12	37	1.88
94329646--94329704	11	5.7	11	69	15	54	32	18	11	37	1.87
94337527--94337644	23	5.0	24	89	9	172	27	22	21	28	1.99
94337703--94337777	9	7.7	9	72	16	60	34	20	9	36	1.84
94337697--94337779	20	4.2	20	95	0	148	31	20	12	36	1.89
94337710--94337768	11	5.7	11	73	15	63	32	20	11	35	1.89
94337816--94337863	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
94341814--94341998	47	3.9	48	75	10	175	28	18	28	24	1.98
94341827--94341949	50	2.6	45	80	10	124	29	18	26	25	1.98
94354029--94354069	21	2.0	21	90	9	66	39	2	24	34	1.69
94355740--94355837	33	3.0	33	81	3	108	25	24	16	33	1.96
94373276--94373321	19	2.3	20	81	3	58	39	4	15	41	1.67
94373892--94373925	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
94374426--94374488	21	2.9	22	65	15	58	19	15	22	42	1.88
94375446--94375535	27	3.2	27	78	7	92	32	23	23	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94375642--94375704	28	2.2	28	88	0	99	33	7	25	33	1.85
94381722--94381799	27	2.8	28	86	9	106	32	20	25	21	1.98
94381722--94381811	27	3.2	27	82	7	101	32	22	24	21	1.98
94381917--94381981	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
94388701--94388846	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
94388733--94388884	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
94396812--94396957	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
94396844--94396995	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
94408255--94408329	33	2.3	33	95	0	132	36	24	8	32	1.84
94412878--94412921	6	7.3	6	81	0	52	13	2	6	77	1.07
94412878--94412927	18	2.7	18	90	3	73	12	4	8	76	1.15
94418705--94418731	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
94419269--94419298	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
94420302--94420336	17	2.1	17	94	0	61	45	17	5	31	1.71
94420415--94420439	11	2.3	11	100	0	50	48	24	0	28	1.52
94426694--94426726	2	17.0	2	87	6	50	48	0	0	51	1.00
94427606--94427638	17	1.9	17	93	0	57	75	6	6	12	1.16
94428354--94428397	19	2.3	19	80	7	54	18	0	6	75	1.02
94428364--94428419	9	6.1	9	82	10	60	17	1	3	76	1.01
94428364--94428403	8	4.6	8	82	17	53	12	0	5	82	0.82
94428364--94428413	19	2.7	19	81	9	59	14	2	4	80	0.95
94428928--94428969	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94434311--94434506	39	5.0	39	94	1	304	27	19	30	22	1.98
94434311--94434545	78	3.0	78	89	2	319	25	20	30	22	1.98
94434330--94434545	39	5.5	39	89	2	227	25	22	31	21	1.98
94434326--94434583	78	3.3	77	83	4	203	25	21	29	22	1.99
94443701--94443731	6	5.0	6	96	4	53	64	3	0	32	1.09
94444619--94444712	41	2.3	41	85	7	120	19	20	25	35	1.96
94446894--94447052	77	2.1	77	100	0	318	15	15	27	42	1.87
94448931--94449103	44	4.0	42	78	10	145	25	15	25	33	1.95
94448969--94449094	43	2.9	43	78	9	132	26	15	25	32	1.96
94451467--94451544	33	2.4	33	81	12	106	25	25	16	32	1.96
94452387--94452423	19	1.9	19	100	0	74	62	5	21	10	1.48
94464430--94464513	21	4.0	21	87	0	105	15	30	28	25	1.96
94464433--94464513	42	1.9	42	89	0	126	16	29	28	25	1.96
94473771--94473816	24	1.9	24	90	0	74	45	8	8	36	1.66
94482081--94482132	26	2.0	26	100	0	104	46	3	11	38	1.59
94485239--94485421	40	4.6	40	82	4	235	24	26	24	24	2.00
94485203--94485421	79	2.8	79	83	4	248	25	26	23	24	2.00
94493373--94493512	40	3.6	38	77	11	124	25	26	22	25	2.00
94493366--94493474	39	2.8	39	80	6	123	25	25	22	25	2.00
94496188--94496337	59	2.5	59	79	14	166	41	12	17	28	1.86
94496420--94496585	59	2.8	59	80	7	194	42	14	17	25	1.87
94496447--94496622	59	3.0	58	81	6	196	40	13	18	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94497054--94497118	34	1.9	34	87	0	94	35	9	10	44	1.71
94497877--94497971	39	2.4	39	89	1	145	33	6	26	33	1.82
94508458--94508550	39	2.4	39	90	1	141	32	4	25	37	1.76
94512010--94512064	27	2.1	27	82	3	67	49	16	0	34	1.46
94514660--94514728	31	2.2	31	85	7	95	53	11	4	30	1.56
94515754--94515802	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
94516505--94516550	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
94517776--94517823	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
94522656--94522703	24	2.0	25	87	4	71	35	2	4	58	1.29
94522656--94522703	25	2.0	24	88	12	71	35	2	4	58	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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