genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.277.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  277  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80108519--80108581	31	2.0	31	93	0	108	34	19	9	36	1.84
80111268--80111396	40	3.3	39	74	14	129	24	27	24	24	2.00
80111283--80111433	40	3.8	40	80	6	155	22	27	23	26	2.00
80118243--80118452	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80124814--80124980	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
80131786--80131995	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80136122--80136289	40	4.2	40	78	7	153	23	26	24	26	2.00
80136138--80136287	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
80144464--80144514	25	2.0	25	88	0	75	37	7	13	41	1.74
80148497--80148587	31	2.9	31	83	3	112	46	12	10	30	1.76
80152236--80152319	42	2.0	43	83	2	107	29	29	19	21	1.97
80155674--80155930	46	5.6	47	88	3	371	20	21	13	44	1.85
80155913--80156028	45	2.6	45	80	0	151	19	25	17	37	1.93
80156040--80156192	33	4.6	33	71	12	116	22	26	20	30	1.99
80157756--80157780	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
80159185--80159230	23	2.0	23	95	0	83	45	17	15	21	1.85
80161719--80161750	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
80165406--80165468	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
80165406--80165468	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
80165429--80165517	29	3.1	27	73	19	74	46	0	5	48	1.26
80165398--80165475	34	2.3	33	79	14	88	44	0	2	52	1.14
80165532--80165582	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80165652--80165739	44	2.0	46	81	4	108	34	22	6	36	1.81
80165744--80165784	16	2.5	17	84	7	59	34	26	0	39	1.57
80167780--80167812	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
80168297--80168365	29	2.3	30	80	14	81	68	0	4	27	1.09
80168142--80168466	170	1.9	172	89	5	507	59	2	7	30	1.39
80168622--80168766	10	15.4	10	68	20	57	32	1	1	64	1.10
80168660--80168765	9	11.8	9	73	18	87	32	0	0	66	1.05
80168660--80168766	27	3.9	27	74	18	96	31	0	0	66	1.04
80168935--80169402	93	5.2	92	78	11	468	37	9	16	35	1.82
80168869--80169394	270	2.0	267	82	8	640	37	10	16	36	1.82
80170378--80170411	6	5.7	6	92	0	59	32	50	0	17	1.47
80171831--80171879	24	2.0	24	100	0	98	36	28	4	30	1.76
80173587--80173631	20	2.2	21	80	15	58	35	22	4	37	1.74
80178606--80178637	16	2.0	17	88	11	50	53	9	12	25	1.68
80181125--80181232	26	4.2	26	95	0	180	31	6	25	37	1.81
80182650--80182790	54	2.6	53	89	7	212	19	23	22	34	1.96
80182650--80182808	27	5.9	27	81	11	175	20	23	21	34	1.96
80182650--80182808	81	2.0	80	83	10	200	20	23	21	34	1.96
80188060--80188166	26	4.2	26	95	1	189	31	5	26	36	1.80
80189756--80189896	27	5.2	27	80	11	173	18	24	22	34	1.96
80189753--80189899	54	2.7	54	93	2	242	18	24	22	34	1.96
80189756--80189914	27	5.9	27	80	11	157	19	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80189756--80189914	81	2.0	80	83	10	200	19	24	21	34	1.96
80191541--80191626	34	2.5	34	88	0	118	13	13	33	38	1.85
80192925--80193055	28	4.8	28	76	7	133	26	25	10	37	1.89
80193372--80193777	154	2.6	156	80	2	453	27	19	19	33	1.96
80194023--80194087	14	4.9	13	77	15	55	18	0	43	38	1.50
80194034--80194139	7	14.9	7	67	11	54	22	0	34	42	1.54
80194079--80194117	14	2.8	14	88	0	60	20	0	25	53	1.45
80194047--80194139	22	4.3	22	72	15	68	23	0	33	43	1.54
80194301--80194339	15	2.6	16	84	15	57	25	2	28	43	1.68
80195098--80195140	22	2.0	22	95	0	77	46	18	11	23	1.82
80196515--80196564	26	1.9	26	83	0	64	52	6	6	36	1.51
80196668--80196726	25	2.3	26	76	5	66	54	1	8	35	1.41
80196920--80196982	24	2.5	26	85	10	78	58	4	3	33	1.35
80197212--80197267	28	2.0	28	82	6	69	57	3	10	28	1.49
80200410--80200765	105	3.4	105	94	1	610	35	5	3	56	1.37
80200511--80200765	48	5.0	48	66	15	141	35	5	3	56	1.37
80201040--80201149	9	13.0	9	76	11	74	48	13	1	36	1.54
80201020--80201131	56	2.0	56	87	0	161	49	13	1	35	1.53
80206149--80206177	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
80206590--80206635	21	2.2	21	88	7	67	30	21	47	0	1.51
80206897--80206993	31	3.1	31	89	0	140	16	8	23	51	1.71
80207066--80207246	43	4.2	43	90	1	265	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80210987--80211096	42	2.6	43	88	5	161	20	25	35	19	1.95
80216062--80216113	22	2.4	22	80	6	61	46	5	0	48	1.26
80222090--80222124	8	4.5	8	85	7	54	40	0	2	57	1.14
80226650--80226706	21	2.7	21	91	2	96	21	50	10	17	1.75
80226779--80226832	22	2.7	20	77	11	56	11	1	22	64	1.35
80226806--80226858	19	2.6	21	85	8	74	7	0	26	66	1.18
80227185--80227269	3	28.3	3	73	19	63	31	2	1	64	1.13
80227186--80227250	27	2.3	29	84	7	82	30	3	1	64	1.18
80230091--80230137	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
80232921--80232965	16	2.8	16	77	12	56	84	15	0	0	0.62
80234110--80234236	66	1.9	66	96	0	236	33	19	11	35	1.88
80234288--80234629	128	2.6	130	80	8	358	36	21	21	19	1.95
80234300--80234935	43	14.6	44	73	8	367	36	22	21	20	1.95
80234472--80234759	87	3.3	87	97	0	540	36	23	20	19	1.95
80234517--80234848	130	2.5	130	75	5	346	37	24	19	19	1.94
80234517--80234881	87	4.2	86	88	3	313	36	23	18	20	1.95
80234604--80234881	130	2.1	130	83	3	335	36	24	18	20	1.95
80234691--80234888	88	2.3	88	84	3	231	35	23	18	21	1.95
80234953--80235151	68	2.9	68	89	2	294	28	23	21	26	1.99
80235263--80235989	44	16.5	44	77	8	615	31	18	23	26	1.97
80235351--80235989	132	4.8	132	92	1	980	31	18	23	26	1.98
80235390--80235948	263	2.1	264	96	0	1030	31	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80235351--80235982	263	2.4	264	91	1	1020	31	19	23	26	1.98
80235263--80235989	132	5.5	131	88	3	937	31	18	23	26	1.97
80236357--80236413	21	2.7	21	91	2	96	21	50	10	17	1.75
80236522--80236574	22	2.3	22	87	6	70	9	0	26	64	1.24
80236529--80236574	22	2.1	22	92	4	76	8	0	26	65	1.21
80236900--80236985	3	28.3	3	73	19	65	30	3	1	65	1.17
80236899--80236985	27	3.4	27	71	19	78	29	3	1	65	1.16
80236900--80236989	18	4.7	18	80	13	92	31	3	1	64	1.17
80237209--80237246	16	2.4	16	90	0	58	39	0	0	60	0.97
80238481--80238516	19	1.9	19	88	5	56	80	0	11	8	0.90
80239479--80239521	21	2.0	21	82	8	52	48	2	9	39	1.48
80239902--80240056	38	4.1	38	88	1	213	14	18	30	36	1.90
80242295--80242585	48	6.1	48	84	4	345	35	27	17	18	1.94
80242283--80242585	96	3.2	95	85	2	383	35	28	17	18	1.94
80242295--80242585	144	2.0	144	86	1	404	35	27	17	18	1.94
80243153--80243191	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
80245327--80245559	48	4.9	48	77	4	173	26	26	17	30	1.97
80245284--80245553	96	2.9	96	82	2	316	25	26	18	29	1.98
80255202--80255240	17	2.3	17	95	0	69	61	10	7	20	1.52
80266044--80266160	59	2.0	59	98	0	225	13	36	11	37	1.82
80268525--80268650	46	2.7	46	79	7	137	26	30	15	27	1.96
80269678--80269711	17	2.1	17	88	5	52	20	14	5	58	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80271124--80271202	40	2.0	40	85	5	106	34	32	17	15	1.91
80276440--80276615	72	2.5	72	80	4	187	31	25	17	25	1.97
80283338--80283539	72	2.8	72	82	6	216	28	26	18	26	1.98
80285639--80285663	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
80292222--80292554	48	6.9	50	74	7	283	26	26	18	28	1.98
80292222--80292554	96	3.4	96	84	2	418	26	26	18	28	1.98
80292225--80292555	144	2.3	144	80	3	369	26	26	18	28	1.98
80300424--80300527	27	3.9	27	68	0	73	36	23	7	32	1.83
80300520--80300653	27	5.0	27	84	0	169	35	17	21	24	1.95
80301115--80301155	20	2.0	20	85	0	55	14	17	29	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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