genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6645238--6645286	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
6645534--6645816	135	2.1	135	94	2	498	24	18	25	31	1.97
6647069--6647095	12	2.2	12	100	0	54	11	22	51	14	1.73
6651973--6652082	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
6653536--6653588	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
6653835--6654116	135	2.1	135	97	1	530	24	18	25	31	1.97
6659880--6660090	52	3.9	52	69	17	151	25	13	22	38	1.90
6659808--6660110	114	2.7	115	93	3	515	24	13	23	37	1.92
6659924--6660324	185	2.1	194	80	8	466	24	15	22	36	1.94
6660049--6660230	71	2.5	70	84	4	238	25	14	24	34	1.94
6660247--6660582	87	3.8	87	86	5	435	25	18	21	34	1.96
6660516--6660654	71	1.9	73	88	4	210	29	20	23	27	1.98
6660658--6660817	72	2.1	75	86	8	229	26	20	22	31	1.98
6660807--6660841	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
6660822--6661538	79	9.1	77	69	18	253	29	18	19	32	1.96
6660659--6661678	238	4.2	227	74	18	750	28	18	20	32	1.96
6660822--6661513	75	8.8	76	70	17	242	29	18	19	32	1.96
6660429--6661456	166	6.3	165	90	4	1496	27	19	21	31	1.97
6660898--6661073	92	2.0	89	86	6	248	27	20	19	32	1.97
6661008--6661513	73	6.5	74	70	16	251	30	18	19	32	1.96
6661174--6661515	145	2.3	140	83	6	335	30	17	19	32	1.95
6661173--6661889	79	9.0	76	71	16	429	28	16	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6661532--6661567	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
6661476--6661636	88	1.8	88	84	4	218	26	18	19	35	1.95
6661660--6661721	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
6661301--6661889	251	2.4	247	84	6	766	27	16	18	36	1.93
6662538--6662601	28	2.2	31	91	8	107	70	18	7	3	1.25
6666614--6666645	15	2.1	15	100	0	64	12	31	6	50	1.65
6671041--6671081	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
6676754--6676790	17	2.1	18	95	5	67	5	16	5	72	1.21
6678364--6678400	18	2.1	18	89	0	56	32	0	5	62	1.18
6678500--6678533	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
6681232--6681282	23	2.2	24	85	3	68	43	0	1	54	1.11
6681358--6681403	18	2.6	18	85	0	56	34	10	8	45	1.70
6683919--6683952	13	2.8	12	86	8	50	44	0	8	47	1.34
6683964--6684023	10	6.0	10	88	0	84	20	8	3	68	1.30
6689177--6689249	18	4.1	18	85	0	101	31	17	13	36	1.89
6692334--6692418	42	2.0	42	97	0	161	32	15	29	22	1.94
6696078--6696108	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
6697715--6697855	72	2.0	72	89	0	219	27	12	19	40	1.87
6705549--6705617	34	2.0	34	100	0	138	33	17	28	20	1.95
6706639--6706676	15	2.5	15	83	12	51	76	2	0	21	0.91
6707470--6707534	24	2.7	23	81	11	60	30	4	7	56	1.48
6707856--6707898	23	1.9	22	86	13	61	37	2	6	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6708030--6708063	2	17.5	2	87	6	52	44	0	2	52	1.16
6708020--6708063	23	1.9	23	85	0	61	40	0	2	56	1.11
6708148--6708176	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
6721752--6721872	53	2.3	53	82	5	138	23	23	14	38	1.92
6728537--6728581	2	22.5	2	95	0	81	46	0	0	53	1.00
6728535--6728585	12	4.3	12	92	2	77	43	0	0	56	0.99
6738820--6738861	20	2.1	20	95	0	75	52	2	14	30	1.54
6739265--6739299	10	3.5	10	88	0	52	65	0	0	34	0.93
6743087--6743115	15	2.0	15	93	6	51	48	3	34	13	1.60
6752940--6753072	54	2.5	54	88	2	196	31	15	22	30	1.94
6752944--6753072	18	7.2	18	84	0	168	31	14	23	30	1.94
6760459--6760499	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
6772351--6772400	10	5.7	9	76	21	52	76	0	2	22	0.89
6772346--6772405	15	3.9	15	79	10	52	76	0	1	21	0.87
6772358--6772407	5	10.4	5	79	16	61	78	0	2	20	0.86
6772346--6772406	22	2.6	25	80	15	76	77	0	1	21	0.86
6772358--6772407	14	3.5	14	86	8	66	78	0	2	20	0.86
6774511--6774540	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
6775308--6775349	19	2.3	18	84	12	50	28	9	4	57	1.51
6776681--6776714	18	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
6788837--6788869	14	2.3	15	89	5	50	3	12	0	84	0.72
6795657--6795705	21	2.3	21	85	0	62	26	16	36	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6796029--6796072	23	1.9	23	85	0	61	25	18	13	43	1.86
6801279--6801303	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
6805735--6805775	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
6808672--6808714	22	2.0	21	81	4	50	41	0	4	53	1.21
6811074--6811197	28	4.1	28	68	22	72	45	30	3	20	1.67
6811075--6811214	64	2.2	64	92	2	228	43	30	4	21	1.72
6813129--6813492	138	2.7	136	81	7	415	32	17	18	30	1.95
6812838--6813492	131	4.9	132	76	6	419	33	18	19	28	1.95
6820553--6820593	14	2.9	14	85	0	64	39	31	7	21	1.81
6820932--6820996	30	2.2	30	82	0	76	67	4	3	24	1.24
6829401--6829433	17	1.9	17	88	11	50	51	0	0	48	1.00
6838663--6838757	31	3.1	31	96	0	181	42	10	28	18	1.84
6842004--6842044	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
6848797--6848850	27	2.0	27	100	0	108	22	14	25	37	1.93
6853893--6853933	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
6862031--6862082	4	13.5	4	76	8	54	67	3	3	25	1.25
6862031--6862074	20	2.2	20	100	0	88	65	4	4	25	1.30
6862120--6862157	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
6862252--6862412	65	2.4	64	77	14	159	56	5	4	33	1.42
6862378--6862424	20	2.3	20	88	0	67	61	4	4	29	1.34
6862439--6862500	24	2.7	23	80	5	63	53	4	4	37	1.44
6862382--6862503	57	2.1	56	80	8	131	54	5	4	34	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6862684--6862728	23	2.0	22	82	4	54	48	2	4	44	1.35
6863031--6863096	22	3.0	22	70	16	57	60	4	3	31	1.32
6863042--6863116	28	2.8	28	75	15	68	65	1	1	32	1.09
6865817--6865888	18	4.0	18	78	7	74	33	22	11	33	1.89
6865818--6865887	36	1.9	36	82	0	86	32	22	10	34	1.88
6878193--6878249	9	6.1	9	75	15	53	31	3	1	63	1.22
6878193--6878253	20	3.1	19	81	6	68	32	3	1	62	1.21
6878302--6878335	18	1.9	17	88	5	50	26	2	0	70	1.01
6880932--6880979	18	2.5	19	76	6	53	52	2	0	45	1.12
6885867--6885906	21	1.9	21	89	0	62	42	0	17	40	1.49
6889685--6889923	72	3.3	72	91	4	401	31	11	17	40	1.84
6890236--6890355	41	2.9	41	82	2	134	36	25	14	23	1.92
6891694--6891891	71	2.8	70	90	3	276	33	16	28	21	1.95
6891728--6891891	71	2.3	71	97	0	310	34	17	28	19	1.94
6893344--6893395	22	2.4	22	76	0	59	50	32	0	17	1.47
6893502--6893557	21	2.6	22	88	2	78	25	0	26	48	1.52
6893518--6893565	14	3.4	14	77	5	60	25	0	27	47	1.52
6893504--6893600	35	2.9	34	72	22	82	25	0	24	49	1.50
6893516--6893600	29	2.6	33	83	12	106	25	0	24	49	1.51
6893525--6893572	14	3.4	14	74	5	51	25	0	25	50	1.50
6893816--6893849	15	2.3	15	89	0	50	23	2	20	52	1.60
6894038--6894189	40	3.8	39	79	2	160	36	18	18	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6897078--6897114	15	2.7	14	84	15	51	54	2	0	43	1.14
6897789--6897896	9	12.0	9	69	13	53	46	15	0	37	1.46
6897807--6897863	27	2.0	29	90	6	91	47	12	0	40	1.41
6899676--6899718	14	3.1	14	90	3	70	32	2	11	53	1.50
6906322--6906399	6	13.0	6	75	5	59	23	5	16	55	1.61
6906561--6906665	34	3.2	34	65	20	96	22	17	15	44	1.86
6906583--6906619	16	2.3	16	90	0	56	13	13	21	51	1.75
6906537--6906925	62	6.2	62	93	0	499	24	13	15	47	1.81
6906835--6906869	16	2.2	16	94	0	61	14	17	20	48	1.81
6907209--6907252	15	3.0	15	90	3	72	15	6	38	38	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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