genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  278  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80300959--80301177	96	2.3	98	89	1	325	20	17	26	35	1.95
80301374--80301458	6	13.8	6	71	18	59	17	20	12	49	1.79
80301374--80301440	31	2.2	31	94	0	116	17	20	13	47	1.81
80303521--80303588	26	2.6	27	88	4	102	38	17	17	26	1.92
80303589--80303647	27	2.2	27	81	3	75	38	16	20	23	1.92
80303956--80304173	98	2.2	98	87	0	301	22	18	23	35	1.96
80304374--80304467	6	15.3	6	70	20	52	21	19	10	48	1.78
80304374--80304440	31	2.2	31	97	0	125	22	20	8	47	1.78
80305440--80305797	48	7.5	48	85	0	457	34	25	18	21	1.96
80307926--80307979	21	2.6	21	69	0	54	18	25	20	35	1.95
80308938--80309078	70	2.0	70	81	2	167	28	21	21	27	1.99
80312864--80312904	20	2.0	20	100	0	82	29	19	26	24	1.98
80315266--80315325	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
80321277--80321480	40	5.1	40	84	2	212	25	22	26	25	2.00
80321277--80321480	80	2.5	80	79	0	237	25	22	26	25	2.00
80323582--80323893	47	6.7	45	73	16	187	23	29	18	28	1.98
80323579--80323851	46	5.8	45	75	11	196	23	29	19	27	1.98
80323726--80323896	94	1.8	92	85	7	238	22	28	21	28	1.99
80326657--80326841	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
80326656--80326862	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
80326655--80326862	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
80334631--80334836	40	5.2	39	84	3	232	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80334630--80334836	80	2.6	80	84	4	256	26	22	26	25	2.00
80338650--80338695	19	2.3	20	92	7	85	26	10	15	47	1.78
80339084--80339205	46	2.7	46	89	0	181	40	24	10	24	1.87
80341750--80341789	15	2.7	15	92	0	62	42	12	15	30	1.83
80345434--80345495	30	2.0	31	90	3	99	54	4	24	16	1.61
80346695--80346823	40	3.2	40	83	6	154	24	22	27	25	2.00
80353652--80353818	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80367339--80367522	72	2.6	72	86	3	246	24	20	25	29	1.99
80374003--80374055	26	2.0	26	92	0	88	35	15	18	30	1.92
80375993--80376053	30	2.0	30	83	0	77	42	3	24	29	1.70
80376788--80376971	67	2.8	64	80	7	219	29	16	30	23	1.96
80380026--80380054	12	2.4	12	100	0	58	68	0	0	31	0.89
80379983--80380043	26	2.4	25	84	7	79	65	1	0	32	1.02
80379983--80380069	21	4.0	20	73	22	61	67	2	0	29	1.03
80380119--80380159	15	2.7	16	82	17	52	70	0	0	29	0.87
80382854--80382882	15	1.9	15	100	0	58	48	6	17	27	1.72
80384035--80384063	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
80386064--80386124	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80391308--80391389	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
80392807--80392845	21	1.9	20	84	5	51	20	28	12	38	1.89
80394315--80394512	43	4.6	43	96	0	369	30	33	25	10	1.89
80394510--80394605	38	2.5	38	88	3	131	30	25	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80395587--80395617	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
80399693--80399932	43	5.6	43	92	1	392	31	32	25	11	1.91
80399925--80400048	38	3.2	38	86	2	131	28	25	22	23	1.99
80399699--80399944	128	1.9	128	90	2	388	32	32	23	11	1.90
80400818--80400856	20	2.0	20	90	10	62	41	10	23	25	1.86
80402770--80403103	46	7.3	46	93	2	501	37	14	25	22	1.92
80406644--80406829	54	3.5	53	80	7	207	43	8	22	25	1.81
80406628--80406838	80	2.6	79	76	12	216	43	9	21	26	1.82
80406644--80406834	27	7.1	27	81	5	181	43	8	21	25	1.81
80408238--80408392	42	3.7	42	81	5	170	27	23	17	30	1.97
80418831--80418980	42	3.6	42	79	7	153	30	24	13	31	1.93
80419606--80419732	27	4.7	27	75	0	94	39	15	22	22	1.92
80423006--80423097	27	3.4	27	90	0	112	26	21	9	42	1.84
80423149--80423234	27	3.1	27	76	17	95	39	16	9	34	1.80
80424156--80424225	25	2.8	25	86	0	95	27	24	21	27	1.99
80426794--80426884	27	3.4	27	83	1	103	27	23	7	41	1.81
80426916--80427017	27	3.7	27	77	14	102	43	19	6	30	1.77
80427062--80427135	27	2.7	27	76	12	71	36	21	20	21	1.95
80427942--80428011	25	2.8	24	91	4	104	25	25	24	24	2.00
80427941--80428024	25	3.4	24	83	8	98	28	22	23	25	1.99
80430247--80430272	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
80440254--80440324	21	3.3	21	68	3	61	23	23	32	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80441068--80441094	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
80445992--80446064	37	2.0	37	94	0	128	39	12	9	38	1.76
80448046--80448081	9	4.0	9	88	0	54	61	0	0	38	0.96
80451301--80451356	24	2.4	23	80	8	69	48	0	1	50	1.11
80451835--80451871	7	5.4	7	87	12	51	72	0	0	27	0.84
80454831--80454894	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
80455088--80455229	24	6.0	24	87	5	191	26	21	23	29	1.99
80455107--80455230	47	2.6	47	89	0	203	25	20	22	31	1.98
80455287--80455363	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
80455283--80455365	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
80455283--80455354	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
80456611--80456674	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
80456706--80456941	27	8.7	27	77	5	192	30	8	19	40	1.82
80456817--80456955	54	2.6	54	85	5	183	30	7	22	39	1.82
80456732--80457009	27	10.3	27	79	6	143	33	8	20	37	1.82
80456932--80457144	27	7.9	27	86	4	227	39	8	23	28	1.84
80457150--80457239	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
80457133--80457239	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
80457150--80457254	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
80459704--80459735	17	1.9	17	93	6	57	43	0	37	18	1.51
80461620--80461674	20	2.8	20	83	10	76	41	18	30	9	1.81
80471394--80471439	18	2.6	18	93	3	76	34	13	23	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80474950--80474984	18	2.0	17	94	5	61	28	14	11	45	1.79
80476234--80476332	28	3.5	28	90	0	153	26	35	15	23	1.94
80476555--80476585	16	1.9	16	100	0	62	9	25	19	45	1.81
80476843--80476882	21	1.9	21	84	0	53	37	25	7	30	1.83
80492192--80492228	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
80493598--80493630	17	1.9	17	100	0	66	45	30	0	24	1.53
80496059--80496280	40	5.6	40	92	1	367	22	22	26	28	1.99
80498517--80498546	14	2.1	15	93	6	53	56	0	43	0	0.99
80502715--80502748	16	2.0	17	88	11	52	17	29	38	14	1.90
80506703--80506837	48	2.8	48	78	6	130	28	17	27	26	1.97
80506853--80507013	42	3.8	42	91	0	214	28	14	25	31	1.95
80506861--80507099	90	2.8	83	77	8	237	28	16	26	28	1.97
80526531--80526660	40	3.2	40	81	4	156	23	24	27	23	2.00
80528725--80528823	48	2.1	48	92	0	162	35	16	10	38	1.82
80533829--80533860	16	2.0	16	93	0	55	43	15	18	21	1.87
80538145--80538192	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
80538235--80538295	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
80538345--80538487	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
80538345--80538487	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
80538345--80538488	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
80538679--80538741	31	2.0	31	93	0	108	36	15	23	23	1.94
80540334--80540461	40	3.2	40	93	0	220	21	20	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80540334--80540492	80	2.0	80	86	0	219	23	20	27	28	1.99
80548122--80548147	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80548630--80548804	40	4.4	40	88	0	260	23	20	28	28	1.99
80548630--80548828	80	2.5	80	85	1	202	24	21	26	27	1.99
80552089--80552120	17	1.9	16	93	6	55	25	34	18	21	1.96
80561875--80562006	29	4.6	29	92	0	201	26	32	15	25	1.95
80564067--80564136	22	3.0	22	76	14	68	52	0	4	42	1.20
80569532--80569716	40	4.6	39	83	4	208	28	22	25	24	1.99
80569531--80569737	80	2.6	80	82	4	238	26	21	26	25	2.00
80569530--80569737	40	5.2	39	82	5	202	26	21	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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