genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2742417--2742456	19	2.1	19	95	0	71	50	5	2	42	1.37
2742604--2742638	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2747375--2747445	30	2.3	30	80	2	79	42	1	9	46	1.46
2747573--2747609	18	2.0	19	89	5	58	45	0	0	54	1.00
2750021--2750056	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2751475--2751522	20	2.4	21	76	20	57	20	8	12	58	1.60
2751531--2751566	18	2.0	18	88	0	54	11	16	5	66	1.40
2753314--2753357	18	2.3	19	84	7	54	50	2	9	38	1.47
2753346--2753386	20	2.0	20	85	4	55	63	0	2	34	1.08
2759036--2759062	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
2760235--2760287	26	2.0	26	85	7	72	54	9	1	33	1.43
2760327--2760372	23	2.0	23	83	8	58	17	19	2	60	1.46
2761870--2761910	21	1.9	22	85	5	57	73	0	7	19	1.07
2765655--2765684	15	2.0	15	100	0	60	6	6	13	73	1.24
2766965--2767002	4	9.5	4	100	0	76	23	0	26	50	1.50
2773168--2773243	37	2.1	37	100	0	152	27	22	13	36	1.91
2775437--2775747	3	103.7	3	65	20	68	31	5	3	58	1.39
2775668--2775699	11	3.0	11	95	4	57	37	6	0	56	1.25
2775843--2775958	21	5.2	21	70	17	83	34	2	2	60	1.24
2775842--2775893	9	5.2	9	77	20	50	32	0	1	65	1.04
2775856--2775958	24	4.5	23	73	13	88	34	2	2	59	1.27
2775843--2775968	44	2.8	45	81	11	143	34	2	3	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2775958--2775994	16	2.2	17	90	4	58	24	0	24	51	1.49
2776140--2776203	31	2.0	32	90	3	103	35	6	6	51	1.52
2787895--2787945	14	3.4	14	76	23	59	70	0	3	25	1.04
2787897--2787945	16	3.1	16	72	16	57	71	0	4	24	1.03
2789061--2789098	20	2.0	20	89	5	60	63	0	0	36	0.95
2794448--2794481	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2796032--2796063	14	2.3	14	94	0	55	0	9	0	90	0.45
2800073--2800182	26	4.2	26	90	0	166	35	23	6	34	1.80
2800073--2800182	52	2.1	52	93	0	184	35	23	6	34	1.80
2800178--2800202	10	2.5	10	100	0	50	32	12	8	48	1.69
2801899--2802129	113	2.0	113	95	0	417	35	19	12	32	1.89
2808469--2808522	18	3.0	18	91	0	90	25	20	18	35	1.95
2812786--2812812	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
2813985--2814037	26	2.0	26	85	7	72	54	9	1	33	1.43
2814077--2814122	23	2.0	23	83	8	58	17	19	2	60	1.46
2815619--2815659	21	1.9	22	85	5	57	73	0	7	19	1.07
2819403--2819432	15	2.0	15	100	0	60	6	6	13	73	1.24
2820712--2820749	4	9.5	4	100	0	76	23	0	26	50	1.50
2824795--2824828	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
2826378--2826409	14	2.3	14	94	0	55	0	9	0	90	0.45
2830419--2830528	26	4.2	26	90	0	166	35	23	6	34	1.80
2830419--2830528	52	2.1	52	93	0	184	35	23	6	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2830524--2830548	10	2.5	10	100	0	50	32	12	8	48	1.69
2832244--2832469	113	2.0	113	94	0	398	36	19	11	31	1.89
2855007--2855096	36	2.4	37	87	9	130	70	18	7	3	1.26
2855025--2855105	36	2.3	35	89	8	130	75	13	8	2	1.14
2855043--2855102	18	3.3	18	72	13	61	76	13	6	3	1.11
2855145--2855174	12	2.5	12	100	0	60	10	43	0	46	1.37
2855651--2855691	17	2.3	19	83	8	50	39	2	4	53	1.35
2855719--2855780	25	2.5	25	84	5	81	38	6	4	50	1.50
2857717--2857752	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
2862964--2863170	70	3.0	70	80	5	258	25	14	24	35	1.94
2862788--2863286	257	1.9	257	97	0	944	26	14	23	35	1.93
2863097--2863402	116	2.6	115	94	2	533	24	14	23	37	1.92
2863339--2863522	72	2.5	73	84	4	239	25	15	25	34	1.95
2863545--2863815	75	3.5	75	84	6	312	31	16	21	30	1.96
2863773--2863944	93	1.8	93	83	2	229	27	19	19	32	1.97
2863844--2864057	77	2.7	77	85	7	254	29	18	17	34	1.94
2863867--2864229	77	4.5	76	75	12	244	28	17	19	34	1.94
2863631--2864440	256	3.3	240	82	8	850	28	17	19	35	1.94
2864106--2864440	84	4.0	82	69	13	259	26	15	18	38	1.91
2864211--2864272	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
2864274--2864507	88	2.7	83	74	11	134	29	16	19	34	1.94
2867202--2867237	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2868905--2869006	37	2.6	38	75	20	95	57	4	4	32	1.41
2869188--2869289	38	2.9	33	74	16	80	51	3	6	37	1.47
2869697--2869722	12	2.2	12	100	0	52	46	0	46	7	1.31
2873606--2873658	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
2875139--2875235	32	3.0	32	92	0	167	39	22	5	32	1.76
2877036--2877069	9	3.8	9	85	14	52	47	2	8	41	1.50
2879951--2879980	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
2880666--2880706	21	2.0	21	90	0	64	39	26	2	31	1.70
2882160--2882191	16	2.0	16	100	0	64	50	31	0	18	1.48
2882288--2882345	27	2.1	28	83	3	73	27	6	0	65	1.18
2882471--2882513	21	2.0	21	100	0	86	37	30	0	32	1.58
2883190--2883228	19	2.1	19	100	0	78	46	20	0	33	1.51
2886713--2886848	26	5.2	26	95	1	238	33	3	22	40	1.72
2892387--2892563	43	4.1	43	88	2	248	31	22	19	27	1.97
2898212--2898321	26	4.2	26	90	0	166	35	23	7	33	1.83
2900177--2900240	7	9.0	7	74	3	56	45	34	1	18	1.59
2900178--2900228	15	3.6	14	82	12	52	45	33	0	21	1.52
2900246--2900301	14	4.0	14	77	6	60	32	50	0	17	1.47
2900310--2900344	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
2900382--2900602	41	5.4	41	91	1	336	20	26	23	30	1.98
2900687--2900802	40	2.9	41	76	6	121	38	18	8	34	1.81
2908152--2908192	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2912811--2912838	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2916751--2916787	19	1.9	19	100	0	74	56	10	5	27	1.55
2919110--2919147	12	3.2	12	77	7	51	28	7	0	63	1.23
2919886--2919918	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
2920414--2920462	22	2.2	22	82	7	55	16	18	8	57	1.63
2923563--2923599	19	1.9	19	100	0	74	21	16	18	43	1.88
2924138--2924185	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
2926646--2926703	29	2.0	29	100	0	116	44	20	20	13	1.85
2929323--2929370	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
2931821--2931861	20	2.0	20	86	9	57	19	46	12	21	1.82
2932650--2932684	9	3.9	9	88	0	52	40	14	2	42	1.60
2933954--2934010	3	20.0	3	75	10	57	3	29	0	66	1.08
2933948--2934010	22	3.0	22	74	17	64	3	31	0	65	1.09
2936148--2936189	20	2.1	20	100	0	84	66	4	9	19	1.38
2938344--2938433	27	3.6	27	75	17	111	38	26	3	31	1.73
2938355--2938424	21	3.0	21	70	21	68	40	25	1	32	1.65
2939854--2939960	28	3.8	28	75	12	94	34	17	14	33	1.90
2939819--2939960	58	2.5	57	82	10	157	33	17	14	34	1.91
2939823--2939918	28	3.2	30	80	12	110	34	16	14	34	1.90
2942529--2942586	16	3.8	15	75	24	59	27	5	1	65	1.23
2942529--2942586	15	3.7	15	78	15	64	27	5	1	65	1.23
2942528--2942590	31	2.0	31	93	6	110	26	7	1	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2942930--2942986	15	4.1	14	76	17	64	61	5	0	33	1.18
2942933--2942969	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
2944595--2944648	11	5.0	11	81	4	65	31	5	44	18	1.73
2948690--2948764	18	4.2	18	78	0	78	33	14	24	28	1.94
2949299--2949339	21	2.0	21	95	0	73	29	0	48	21	1.50
2949299--2949339	10	4.0	10	87	6	64	29	0	48	21	1.50
2954361--2954400	15	2.8	14	84	3	53	5	7	15	72	1.24
2954714--2954770	28	2.0	28	100	0	114	17	3	17	61	1.48
2959350--2959377	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2959566--2959616	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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