genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  114  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30166820--30166870	25	2.0	25	84	0	66	33	11	21	33	1.90
30171584--30171962	49	7.7	49	93	0	605	32	8	29	29	1.87
30172011--30172097	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
30176078--30176167	27	3.3	27	82	3	110	41	17	8	32	1.81
30176078--30176184	54	2.0	54	81	7	128	39	20	9	30	1.84
30176162--30176222	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
30176173--30176383	27	7.8	27	86	4	246	28	23	8	39	1.84
30176362--30176592	27	8.5	27	75	10	148	38	19	9	32	1.83
30176362--30176501	54	2.6	54	82	4	183	40	20	7	32	1.80
30176377--30176531	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
30177954--30178010	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
30177952--30178014	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
30178069--30178258	24	8.0	24	88	3	260	28	22	22	26	1.99
30178067--30178258	71	2.7	71	87	5	262	29	22	22	26	1.99
30178068--30178259	47	4.0	47	87	4	269	29	22	21	26	1.99
30178452--30178515	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
30180527--30180553	7	3.9	7	100	0	54	14	0	40	44	1.46
30180552--30180748	48	4.1	48	84	3	247	26	15	30	26	1.96
30180552--30180748	96	2.1	96	88	3	290	26	15	30	26	1.96
30184951--30184975	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
30185096--30185538	41	10.8	40	85	2	427	30	22	22	24	1.99
30185012--30185538	123	4.3	122	78	3	461	31	21	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30185692--30185717	7	3.7	7	100	0	52	15	0	26	57	1.38
30186458--30186501	14	3.1	14	80	9	54	20	0	47	31	1.50
30186853--30186928	20	3.6	21	75	10	66	25	0	31	43	1.55
30186792--30186928	7	19.4	7	67	10	55	24	0	32	43	1.60
30188325--30188379	24	2.2	26	78	12	62	38	7	1	52	1.40
30191659--30191795	9	14.6	9	72	8	103	45	20	2	32	1.63
30191659--30191793	57	2.4	57	84	0	171	45	20	2	31	1.64
30197831--30197986	43	3.6	43	80	1	134	23	27	23	25	2.00
30197915--30198184	43	6.3	42	78	8	244	21	20	27	30	1.98
30197718--30198200	86	5.6	85	78	6	345	22	20	26	30	1.98
30197872--30198143	129	2.1	129	78	6	275	20	22	27	29	1.99
30197915--30198184	129	2.1	128	80	7	289	21	20	27	30	1.98
30204035--30204094	30	2.0	30	83	0	75	35	21	25	18	1.96
30205384--30205418	18	2.0	18	88	5	54	22	28	31	17	1.96
30207154--30207189	18	2.1	18	94	5	65	27	0	5	66	1.13
30207138--30207195	19	3.1	19	80	16	68	29	0	5	65	1.14
30207262--30207365	51	2.0	51	100	0	208	39	13	11	35	1.81
30220996--30221060	27	2.4	27	94	0	112	33	12	6	47	1.66
30224424--30224470	21	2.2	21	82	14	53	38	2	2	57	1.23
30224469--30224608	61	2.4	59	83	8	169	43	0	4	52	1.21
30224571--30224622	26	2.0	26	88	3	79	50	0	0	50	1.00
30230269--30230314	17	2.8	16	87	6	65	43	0	2	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30232752--30232785	17	2.1	17	89	10	54	67	0	26	5	1.13
30232785--30232834	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
30235770--30235795	12	2.2	12	100	0	52	30	7	0	61	1.24
30236549--30236600	18	2.8	19	79	5	61	34	13	9	42	1.77
30239523--30239589	32	2.1	32	100	0	134	59	8	7	23	1.53
30245176--30245212	17	2.1	17	90	5	56	67	0	2	29	1.04
30251763--30251818	29	1.9	29	88	0	85	28	12	26	32	1.93
30251866--30251903	18	2.2	18	86	9	53	63	0	13	23	1.30
30252154--30252184	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
30253242--30253276	6	5.5	6	93	6	52	80	0	5	14	0.89
30253236--30253276	19	2.2	19	91	8	66	80	0	7	12	0.90
30260976--30261008	16	2.0	17	88	5	50	51	0	3	45	1.16
30261614--30261651	20	1.9	20	84	10	51	52	2	0	44	1.14
30262449--30262489	21	2.0	20	95	4	73	26	0	24	48	1.51
30263107--30263161	29	1.9	28	92	3	92	16	20	29	34	1.94
30265334--30265474	27	5.2	27	80	11	164	34	21	24	19	1.97
30265334--30265477	54	2.7	54	92	2	236	34	21	25	19	1.97
30267095--30267202	26	4.2	26	90	0	171	36	24	7	32	1.83
30270859--30271027	46	3.7	45	78	12	191	20	19	30	29	1.97
30276195--30276335	27	5.2	26	85	10	194	34	22	24	18	1.96
30276195--30276338	54	2.7	54	93	2	245	34	22	25	18	1.96
30276439--30276514	26	2.8	25	83	15	82	31	11	22	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30277954--30278060	26	4.2	26	90	2	171	35	23	8	32	1.85
30277958--30278059	51	2.0	52	94	1	179	34	23	8	33	1.86
30286759--30286795	19	2.0	19	89	5	58	35	0	2	62	1.10
30288246--30288293	23	2.2	22	85	7	62	25	8	8	58	1.55
30288252--30288294	23	1.9	22	90	4	68	23	9	9	58	1.58
30288972--30288996	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
30312631--30312802	46	3.7	46	77	13	199	29	27	20	22	1.98
30312639--30312809	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
30312631--30312825	46	4.2	44	73	18	141	29	27	20	22	1.99
30313231--30313286	29	1.9	29	88	0	85	30	23	8	37	1.85
30319288--30319325	16	2.2	18	86	9	53	52	2	18	26	1.58
30323180--30323272	30	3.1	30	95	0	150	24	29	34	11	1.91
30323185--30323267	15	5.5	15	68	11	62	26	28	34	9	1.88
30325143--30325301	34	4.7	34	85	3	212	33	18	16	31	1.93
30325550--30325598	19	2.5	19	83	9	55	63	4	4	28	1.31
30329678--30329706	13	2.1	14	93	6	51	20	0	31	48	1.50
30341296--30341400	50	2.1	50	91	3	167	20	22	26	30	1.98
30343473--30343525	25	2.1	25	82	6	63	45	3	3	47	1.39
30348137--30348182	20	2.2	21	81	14	60	28	0	2	69	1.00
30351808--30351892	38	2.3	38	87	2	118	24	23	5	45	1.75
30351868--30351917	26	1.9	26	84	15	68	18	30	8	44	1.78
30356173--30356224	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30358074--30358125	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
30358081--30358133	24	2.2	25	80	10	65	45	13	3	37	1.61
30364381--30364417	17	2.2	17	100	0	74	56	5	5	32	1.45
30364914--30364952	3	13.3	3	94	5	71	66	0	0	33	0.92
30368693--30368727	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
30371120--30371158	12	3.2	12	81	0	51	76	7	12	2	1.09
30371938--30371973	17	2.1	17	89	0	54	11	11	22	55	1.66
30372072--30372943	465	1.9	461	96	0	1609	28	12	18	40	1.87
30375237--30375261	12	2.1	12	100	0	50	68	0	32	0	0.90
30375466--30375531	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
30376423--30376470	24	2.0	24	95	0	87	39	0	18	41	1.51
30376858--30376901	18	2.4	19	84	3	54	50	4	2	43	1.35
30376977--30377022	19	2.4	19	88	3	74	47	15	10	26	1.78
30379124--30379158	17	2.1	17	100	0	70	37	22	11	28	1.89
30387817--30387896	40	2.0	40	97	0	151	40	7	11	41	1.69
30388968--30389110	72	2.0	72	93	2	243	26	23	13	36	1.92
30389863--30389906	21	2.1	21	100	0	88	43	4	18	34	1.70
30393321--30393349	15	1.9	15	100	0	58	20	6	20	51	1.70
30395020--30395048	15	1.9	15	100	0	58	20	6	20	51	1.70
30396720--30396748	15	1.9	15	100	0	58	20	6	20	51	1.70
30400650--30400728	31	2.7	29	82	11	81	25	13	7	53	1.66
30400447--30400830	174	2.2	173	79	5	434	34	13	9	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30407884--30408107	40	5.7	40	87	6	289	24	22	27	25	2.00
30407884--30408105	79	2.8	80	86	6	299	24	22	27	25	2.00
30407884--30408140	79	3.3	79	81	7	229	25	21	27	25	2.00
30410090--30410425	170	2.0	169	88	2	505	34	12	21	31	1.90
30410791--30410832	17	2.5	17	96	0	75	38	4	19	38	1.73
30413623--30413662	20	2.0	20	90	0	62	57	5	0	37	1.21
30421868--30422026	58	2.8	57	83	7	182	44	0	3	51	1.22
30422118--30422209	44	2.0	46	83	8	118	35	23	4	35	1.75
30426562--30426600	16	2.4	16	91	0	60	38	23	0	38	1.55
30428139--30428164	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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