genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  188  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51889277--51889422	27	5.4	26	84	4	166	28	21	7	43	1.79
51889252--51889422	54	3.2	53	80	3	189	29	22	8	40	1.82
51889412--51889548	26	5.2	26	72	12	100	38	21	10	29	1.86
51889454--51889564	26	4.2	26	82	7	125	42	20	6	30	1.77
51889513--51889633	27	4.4	27	75	13	86	42	17	7	32	1.77
51889553--51889638	27	3.1	27	80	14	95	39	12	10	37	1.78
51889679--51889756	27	2.9	27	75	11	70	37	19	20	23	1.95
51890562--51890628	25	2.7	24	88	9	91	25	28	23	22	1.99
51890850--51890932	31	2.7	31	90	3	134	27	16	26	28	1.97
51893146--51893181	19	1.9	19	94	5	65	25	16	36	22	1.94
51893260--51893405	27	5.4	27	92	0	238	28	23	8	39	1.83
51893437--51893531	26	3.6	27	80	9	115	40	20	10	29	1.85
51893404--51893534	53	2.5	52	76	9	122	38	18	13	29	1.89
51893462--51893613	27	5.6	27	78	10	87	42	19	7	29	1.80
51893437--51893556	53	2.3	51	81	4	132	41	20	9	29	1.83
51893515--51893620	27	3.9	27	77	16	110	42	18	6	32	1.76
51893674--51893737	26	2.4	26	82	7	76	35	17	25	21	1.95
51894540--51894606	25	2.7	24	93	4	107	25	26	23	23	2.00
51894539--51894622	25	3.4	24	83	8	89	28	22	22	26	1.99
51896364--51896475	28	4.0	28	77	4	100	29	26	15	28	1.96
51903635--51903702	21	3.2	21	72	4	64	23	25	33	17	1.96
51904380--51904417	17	2.2	17	86	9	51	73	7	18	0	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51910730--51910946	24	9.0	24	90	1	319	27	20	22	29	1.99
51910995--51911061	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
51911098--51911145	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
51926429--51926676	40	6.2	40	89	2	347	25	21	27	26	2.00
51930657--51930841	40	4.6	40	78	7	164	27	23	26	22	2.00
51932246--51932305	28	2.1	28	90	0	93	26	38	15	20	1.91
51935198--51935311	28	4.0	28	89	1	165	26	38	14	21	1.91
51935181--51935311	56	2.3	57	86	2	183	24	37	13	24	1.92
51935283--51935329	19	2.5	19	96	3	87	25	38	12	23	1.90
51943294--51943350	23	2.5	23	100	0	114	56	17	5	21	1.60
51943530--51943554	9	2.8	9	100	0	50	36	12	0	52	1.39
51944596--51944630	17	2.0	18	88	5	54	48	5	2	42	1.41
51947019--51947092	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
51954920--51954993	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
51956158--51956213	15	3.5	15	76	19	60	3	14	1	80	0.93
51960613--51960757	49	2.9	48	82	4	182	25	20	26	27	1.99
51963760--51963824	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
51963756--51963824	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
51967267--51967314	23	2.1	23	96	0	87	33	20	12	33	1.90
51971291--51971598	40	7.6	39	84	8	375	26	27	22	23	1.99
51971291--51971598	83	3.8	82	90	3	464	26	27	22	23	1.99
51971291--51971598	123	2.5	122	84	5	392	26	27	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51972807--51972845	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
51973309--51973399	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
51973504--51973568	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
51980662--51980700	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
51980771--51980809	15	2.3	19	66	33	50	43	15	25	15	1.86
51980775--51980810	15	2.4	15	100	0	72	38	19	25	16	1.92
51981154--51981268	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
51981179--51981268	27	3.2	27	87	7	119	32	23	24	20	1.98
51981374--51981438	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
51990287--51990509	40	5.6	39	84	9	290	25	27	23	23	2.00
51990287--51990509	81	2.8	79	89	6	358	25	27	23	23	2.00
51996231--51996278	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
52002201--52002383	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
52009636--52009818	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
52015780--52016054	9	29.8	9	66	18	77	64	2	1	31	1.19
52015863--52015935	17	4.2	16	73	13	56	68	1	0	30	0.98
52015812--52015936	52	2.4	52	77	9	121	66	1	2	29	1.14
52015803--52015941	17	8.0	17	69	13	52	65	2	2	29	1.19
52015993--52016053	28	2.2	28	85	5	88	68	0	1	29	0.99
52016180--52016219	16	2.6	16	88	4	55	25	0	2	72	0.97
52016476--52016534	28	2.1	29	83	3	75	27	5	1	66	1.22
52017031--52017252	9	23.3	9	64	21	53	34	2	3	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52017031--52017102	28	2.6	28	77	4	74	27	2	2	66	1.19
52017020--52017080	18	3.2	18	77	11	61	29	0	1	68	0.99
52017128--52017186	29	2.0	30	83	6	75	47	1	1	49	1.21
52017164--52017242	29	2.8	28	72	11	72	32	1	3	62	1.21
52017219--52017262	20	2.3	19	80	4	52	29	4	2	63	1.26
52017951--52017995	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
52018813--52018852	20	1.9	20	85	10	53	72	7	0	20	1.08
52018804--52018852	21	2.3	22	80	20	59	71	6	0	22	1.08
52028356--52028457	27	3.6	28	84	7	116	27	14	27	30	1.95
52037687--52037993	49	6.3	49	93	2	505	29	28	8	33	1.87
52041285--52041475	40	4.7	40	87	7	278	24	28	22	24	2.00
52041272--52041475	83	2.5	80	89	5	304	25	28	22	24	1.99
52043833--52043909	25	3.2	24	64	17	61	32	31	5	31	1.80
52043830--52044233	49	8.3	49	93	2	647	29	28	8	33	1.86
52049351--52049415	26	2.5	26	100	0	130	33	26	18	21	1.96
52050781--52050915	68	2.0	68	81	8	159	37	20	22	20	1.95
52051365--52051395	14	2.2	14	100	0	62	35	19	22	22	1.96
52051851--52051886	18	2.0	18	94	0	63	36	5	36	22	1.78
52055283--52055317	18	1.9	18	88	0	52	62	5	8	22	1.45
52056200--52056387	104	1.8	104	88	0	286	27	10	25	37	1.88
52056213--52056387	52	3.4	52	84	0	233	26	10	25	37	1.88
52056597--52056649	27	2.0	25	89	7	79	24	16	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52056829--52056867	17	2.3	17	90	0	60	15	15	35	33	1.89
52059976--52060038	31	2.0	31	93	0	108	36	11	20	31	1.88
52062646--52062705	30	2.0	30	100	0	120	36	6	20	36	1.79
52063771--52063838	15	4.5	15	83	0	82	14	14	16	54	1.72
52071265--52071330	20	3.2	20	79	12	80	43	21	21	13	1.86
52071266--52071329	22	3.0	22	82	8	80	43	20	21	14	1.87
52079825--52079923	28	3.5	29	94	5	168	32	27	12	28	1.92
52082184--52082239	25	2.1	27	83	9	71	42	0	1	55	1.10
52090893--52090933	14	2.9	15	78	10	50	68	4	0	26	1.10
52105025--52105198	46	3.8	46	80	11	196	20	21	29	27	1.98
52105029--52105203	45	3.8	46	80	13	225	20	21	29	28	1.98
52108389--52108483	42	2.3	42	90	0	154	24	41	22	12	1.88
52109416--52109446	15	2.1	15	100	0	62	48	6	19	25	1.72
52111381--52111453	34	2.1	34	97	0	137	28	21	23	26	1.99
52113838--52113891	20	2.7	19	72	8	54	33	0	1	64	1.04
52131516--52131633	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
52131484--52131647	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
52138905--52139022	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
52138873--52139036	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
52141482--52141547	30	2.2	30	88	0	105	16	30	31	21	1.95
52144005--52144066	28	2.2	29	88	2	90	27	11	32	29	1.91
52145984--52146152	46	3.6	46	81	10	159	21	31	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52152311--52152351	21	1.9	22	85	5	57	24	26	36	12	1.91
52153523--52153644	46	2.6	46	85	7	149	22	29	18	30	1.97
52156952--52157018	26	2.6	26	92	0	107	20	26	26	25	1.99
52157280--52157312	17	1.9	17	100	0	66	30	3	24	42	1.70
52160454--52160526	25	3.0	24	83	4	83	28	19	23	28	1.98
52160719--52160833	31	3.7	31	91	1	178	33	19	24	22	1.97
52162952--52163095	43	3.4	41	84	5	171	32	25	13	28	1.94
52164547--52164602	27	2.1	27	90	6	87	64	7	5	23	1.40
52165296--52165389	6	15.3	6	69	16	59	50	13	17	19	1.79
52165317--52165386	25	2.8	25	79	14	74	48	14	18	18	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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