genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  248  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70715743--70715802	21	3.0	21	71	26	67	35	15	13	36	1.86
70718183--70718232	21	2.4	21	86	0	64	36	4	36	24	1.74
70718193--70718227	18	1.9	18	88	0	52	34	5	37	22	1.78
70720936--70721000	33	2.0	33	90	0	103	18	23	15	43	1.88
70724309--70724429	43	2.9	42	83	4	145	23	19	26	31	1.98
70724325--70724429	43	2.5	43	89	3	151	23	19	27	29	1.98
70727854--70727951	40	2.5	40	90	5	146	24	24	29	21	1.99
70732575--70732613	20	2.0	20	94	0	69	30	28	10	30	1.90
70736535--70736639	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
70736573--70736695	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
70736594--70736695	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
70739467--70739537	22	3.3	22	74	4	81	21	35	26	16	1.95
70739456--70739539	43	2.0	43	95	0	150	19	30	29	20	1.97
70739456--70739518	22	3.0	21	69	4	63	20	30	28	20	1.98
70744491--70744643	39	3.9	39	92	0	252	23	20	32	23	1.98
70744492--70744673	39	4.6	39	89	0	247	23	21	31	23	1.98
70752475--70752625	38	3.9	39	87	6	218	24	20	31	23	1.98
70752476--70752624	77	1.9	78	91	4	248	24	20	30	24	1.99
70752482--70752655	38	4.5	40	82	2	151	24	22	31	22	1.99
70754453--70754581	27	4.8	27	84	1	161	38	18	11	31	1.87
70754453--70754581	54	2.4	54	89	2	197	38	18	11	31	1.87
70754453--70754597	54	2.7	54	85	2	157	40	17	13	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70755013--70755073	27	2.2	28	85	8	90	21	13	18	47	1.82
70755023--70755086	27	2.4	27	83	0	83	17	15	23	43	1.87
70762047--70762098	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
70762060--70762096	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
70762131--70762167	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
70762179--70762234	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
70762918--70763056	71	2.0	71	86	2	199	23	14	28	33	1.94
70763168--70763220	21	2.5	21	81	0	61	33	16	20	28	1.95
70765213--70765489	48	5.8	48	83	0	302	30	24	18	26	1.97
70765213--70765489	144	1.9	144	85	0	383	30	24	18	26	1.97
70771841--70772164	48	7.0	48	76	9	296	29	22	19	28	1.98
70775079--70775114	19	1.9	19	88	5	56	50	0	0	50	1.00
70777855--70777892	20	1.9	20	88	0	58	52	0	0	47	1.00
70783630--70783739	40	2.8	40	84	2	123	28	16	26	29	1.97
70783648--70783743	40	2.4	40	89	0	138	27	15	29	28	1.96
70788097--70788476	40	9.6	40	82	8	406	24	23	26	25	2.00
70788097--70788476	120	3.2	120	90	3	565	24	23	26	25	2.00
70796260--70796373	27	4.2	27	81	10	135	17	22	23	35	1.95
70796257--70796373	54	2.2	54	95	0	207	17	23	23	35	1.95
70805635--70805708	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
70805692--70805767	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
70805635--70805767	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70813506--70813579	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
70813563--70813638	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
70813506--70813638	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
70819116--70819453	40	8.5	40	95	1	540	23	22	27	25	2.00
70827234--70827530	40	7.5	40	93	2	451	24	22	27	25	2.00
70834769--70834918	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
70834793--70834976	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
70836058--70836086	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
70839217--70839366	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
70839241--70839424	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
70840493--70840521	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
70841222--70841280	28	2.1	28	93	0	100	33	28	13	23	1.93
70843241--70843428	40	4.7	40	88	1	261	25	28	21	23	1.99
70843221--70843432	80	2.7	79	86	3	300	26	27	21	24	1.99
70847860--70848034	49	3.6	49	80	5	169	22	28	21	26	1.99
70848044--70848218	46	3.7	46	81	3	172	22	26	20	30	1.98
70848002--70848218	46	4.7	45	77	9	165	23	27	19	29	1.98
70850510--70850542	17	1.9	17	93	0	57	45	12	0	42	1.41
70850667--70850697	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
70854840--70854911	29	2.5	29	86	4	92	26	30	15	27	1.96
70855550--70855590	2	20.5	2	89	0	64	46	2	2	48	1.28
70858165--70858234	27	2.5	28	88	2	106	30	14	24	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70865926--70866004	29	2.7	29	82	5	97	27	31	15	25	1.95
70869033--70869234	105	1.9	103	86	2	287	31	20	23	25	1.98
70886789--70886950	71	2.3	71	97	2	310	19	28	17	34	1.95
70886789--70886984	71	2.8	70	89	5	249	20	28	17	33	1.96
70894327--70894489	70	2.3	71	98	1	319	19	28	17	34	1.94
70894327--70894523	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	33	1.95
70896420--70896587	40	4.2	40	89	2	232	25	23	26	23	2.00
70906090--70906296	40	5.2	40	83	1	209	26	22	26	25	2.00
70906091--70906296	79	2.6	80	81	6	229	25	22	26	25	2.00
70912870--70913075	79	2.6	79	83	6	245	25	23	26	25	2.00
70912869--70913075	40	5.2	40	81	5	213	25	23	26	25	2.00
70916035--70916171	69	2.0	69	95	0	247	28	9	16	45	1.79
70923678--70923845	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
70932731--70932844	27	4.2	27	81	10	135	17	22	23	35	1.95
70932728--70932844	54	2.2	54	95	0	207	17	23	23	35	1.95
70946154--70946182	14	2.1	14	100	0	58	37	13	13	34	1.85
70948308--70948355	21	2.3	21	82	10	64	58	0	2	39	1.10
70949596--70949628	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
70950026--70950051	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
70952580--70952749	48	3.5	48	86	3	243	25	26	18	29	1.98
70962240--70962378	27	5.1	27	79	6	131	37	22	20	19	1.94
70962240--70962378	54	2.6	54	84	2	181	37	22	20	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70964540--70964577	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
70964802--70964973	46	3.7	46	78	11	199	29	27	20	22	1.98
70972114--70972151	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
70972378--70972544	46	3.6	46	74	7	167	29	28	19	22	1.98
70974160--70974291	59	2.3	58	93	1	219	37	12	23	25	1.91
70974130--70974291	88	1.8	89	87	1	245	36	12	24	26	1.92
70974160--70974291	29	4.5	29	95	1	219	37	12	23	25	1.91
70981460--70981619	29	5.5	29	91	3	241	35	13	24	26	1.93
70981460--70981619	59	2.8	57	90	2	239	35	13	24	26	1.93
70988806--70988939	29	4.6	29	97	0	241	37	14	23	25	1.92
70988779--70988941	29	5.6	29	90	3	213	36	13	24	25	1.92
70990773--70990832	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
70992169--70992276	26	4.2	26	89	2	155	37	21	8	33	1.83
70992169--70992276	52	2.1	52	91	0	171	37	21	8	33	1.83
70995333--70995378	23	2.0	23	83	8	58	26	0	6	67	1.15
70992600--70996067	693	5.0	694	87	2	4806	29	15	12	42	1.84
70999466--70999502	14	2.4	16	82	13	51	27	0	2	70	1.01
71000423--71000463	7	5.2	8	77	16	50	60	0	0	39	0.96
71002221--71002271	27	2.0	25	84	7	66	68	0	1	29	1.00
71005881--71005926	22	2.1	22	91	0	74	39	13	23	23	1.90
71005923--71005991	22	3.2	22	81	2	68	40	8	27	23	1.84
71005943--71006005	22	2.9	22	82	0	72	41	9	26	22	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71005975--71006040	22	3.0	22	84	4	71	46	13	22	16	1.82
71014177--71014222	21	2.2	21	96	0	83	36	0	0	63	0.95
71014671--71014724	26	2.1	26	85	0	72	46	12	14	25	1.81
71021043--71021086	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
71021578--71021634	25	2.2	26	87	6	89	45	12	0	42	1.41
71023317--71023352	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
71031633--71031808	71	2.5	70	86	3	221	28	14	23	32	1.94
71031633--71032152	191	2.7	187	83	7	567	26	15	23	34	1.95
71031893--71032120	127	1.8	126	86	2	332	26	15	23	34	1.94
71032093--71032303	88	2.4	88	84	4	264	27	18	20	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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