genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  315  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91685900--91686369	222	2.1	222	90	1	719	28	28	15	27	1.96
91686105--91686641	178	3.0	177	88	2	774	26	26	18	28	1.98
91687931--91687956	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
91693412--91693452	20	2.0	20	100	0	82	70	4	9	14	1.30
91695472--91695584	44	2.6	43	81	9	133	33	24	17	23	1.96
91695423--91695584	43	3.8	42	76	11	141	33	25	16	24	1.96
91699286--91699357	29	2.5	29	72	0	72	22	6	27	43	1.79
91701079--91701148	35	2.0	35	97	0	131	52	14	15	17	1.74
91701079--91701132	16	3.1	18	67	32	53	51	14	12	20	1.75
91705078--91705142	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
91706625--91706677	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
91708730--91708888	44	3.7	43	78	9	164	22	17	27	32	1.96
91708717--91708888	43	4.0	43	76	13	174	22	16	26	33	1.96
91713262--91713339	29	2.7	29	85	0	84	23	33	16	26	1.96
91721111--91721183	29	2.6	29	80	2	85	21	32	17	27	1.96
91722770--91723181	27	15.5	26	75	8	300	38	14	17	29	1.89
91722762--91723181	53	7.9	53	83	5	479	38	14	17	29	1.89
91724559--91724606	12	4.1	12	86	2	62	22	37	0	39	1.55
91725268--91725575	154	2.0	154	96	0	571	31	21	14	32	1.94
91729573--91729612	20	2.0	21	90	9	66	35	5	12	47	1.63
91730644--91730690	10	4.8	10	78	21	55	23	0	17	59	1.37
91730646--91730690	19	2.3	20	92	7	83	24	0	15	60	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91731885--91731951	19	3.3	19	65	15	53	44	19	14	20	1.86
91731879--91731963	42	2.0	42	100	0	170	45	18	14	21	1.84
91732336--91732362	13	2.1	13	100	0	54	22	25	7	44	1.79
91732513--91732580	23	2.9	23	89	8	102	36	16	22	25	1.94
91738634--91738751	39	3.1	38	68	21	102	38	23	8	28	1.84
91740460--91740588	45	2.9	44	75	16	138	12	34	11	41	1.79
91745297--91745323	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
91748821--91749028	40	5.2	39	84	1	227	25	26	22	25	2.00
91748821--91749027	80	2.6	80	84	2	254	25	26	22	25	2.00
91752696--91752758	28	2.3	27	86	5	90	20	9	25	44	1.82
91752710--91752764	28	2.0	28	100	0	110	18	10	23	47	1.80
91760029--91760236	40	5.2	39	84	1	227	25	26	22	25	2.00
91760029--91760235	80	2.6	80	84	2	254	25	26	22	25	2.00
91763900--91763962	28	2.3	27	86	5	90	20	9	25	44	1.82
91763914--91763968	28	2.0	28	100	0	110	18	10	23	47	1.80
91765841--91765906	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
91775667--91775698	8	4.0	8	100	0	64	50	25	25	0	1.50
91780639--91780780	40	3.5	40	83	0	158	22	28	23	26	1.99
91788757--91788898	40	3.5	40	83	0	158	22	28	23	26	1.99
91792125--91792154	8	3.8	8	90	0	51	53	20	23	3	1.60
91792125--91792156	16	2.0	16	100	0	64	50	18	25	6	1.70
91792782--91792922	60	2.4	59	82	9	162	25	19	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91794408--91794461	23	2.2	25	87	6	76	55	9	5	29	1.54
91797460--91797499	21	1.9	21	90	10	64	55	0	12	32	1.38
91799408--91799441	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
91801896--91802037	42	3.4	42	76	7	119	14	20	18	46	1.84
91801896--91802044	21	7.1	21	67	5	77	14	19	19	46	1.84
91806221--91806245	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
91807367--91807488	42	2.8	42	78	9	120	22	18	27	31	1.97
91809685--91809895	40	5.3	39	81	6	228	25	25	23	25	2.00
91820215--91820323	44	2.5	43	81	7	132	33	24	18	23	1.97
91820164--91820323	43	3.7	42	77	8	135	32	25	16	25	1.96
91832124--91832150	10	2.7	10	100	0	54	18	29	11	40	1.85
91834447--91834599	42	3.6	42	85	0	198	29	17	26	26	1.98
91837455--91837542	44	2.0	44	88	4	133	23	17	27	31	1.97
91837508--91837580	36	2.0	36	100	0	146	24	16	24	34	1.95
91837544--91837646	43	2.4	42	75	13	102	28	16	24	31	1.96
91840502--91840601	27	3.7	28	78	6	98	40	21	9	30	1.84
91840597--91840870	81	3.4	81	98	0	530	27	26	7	38	1.83
91840603--91841017	54	7.5	53	76	12	284	26	22	9	41	1.83
91840597--91840913	27	11.7	27	85	4	372	26	24	8	40	1.84
91840880--91840950	37	1.9	37	100	0	142	22	15	15	46	1.83
91840919--91841017	27	3.7	27	91	0	162	26	17	10	46	1.79
91840836--91841004	91	1.9	91	85	5	234	24	18	11	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91840919--91841033	27	4.3	27	87	0	158	28	16	9	45	1.79
91840919--91841033	54	2.1	54	90	0	176	28	16	9	45	1.79
91841078--91841133	27	2.1	26	87	9	78	39	10	10	39	1.75
91841189--91841251	27	2.3	27	81	5	74	38	20	20	20	1.94
91842412--91842459	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
91842498--91842554	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
91842496--91842566	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
91842507--91842561	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
91842613--91842778	23	7.1	23	89	2	260	28	23	21	27	1.99
91842613--91842780	47	3.6	47	93	0	275	28	23	21	26	1.99
91842611--91842778	70	2.4	71	91	2	268	28	23	20	26	1.99
91842951--91843055	43	2.4	43	100	0	210	26	10	20	41	1.85
91844297--91844325	14	2.1	14	100	0	58	51	27	0	20	1.47
91844508--91844676	43	4.0	42	77	6	144	33	24	14	27	1.95
91847294--91847392	17	5.8	17	67	17	53	42	6	3	48	1.43
91856430--91856782	179	2.0	179	88	2	521	30	10	23	35	1.89
91857767--91857870	28	3.8	28	83	2	120	42	11	21	25	1.86
91857767--91857870	55	1.9	55	86	4	147	42	11	21	25	1.86
91859250--91859374	62	2.0	62	100	0	250	39	11	9	40	1.74
91859929--91860034	44	2.4	43	83	6	142	33	25	15	26	1.95
91889027--91889175	43	3.5	42	72	11	124	33	26	15	24	1.95
91889026--91889187	86	1.9	85	83	8	213	35	25	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91901450--91901474	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
91910696--91910771	31	2.4	31	82	2	89	52	6	11	28	1.63
91911483--91911522	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
91912588--91912648	27	2.3	27	97	2	115	22	8	19	49	1.75
91917062--91917119	26	2.2	26	78	0	62	39	12	0	48	1.40
91918655--91918679	10	2.5	10	100	0	50	40	20	8	32	1.81
91922236--91922356	46	2.6	45	86	10	149	31	17	27	23	1.97
91922420--91922538	50	2.4	49	81	5	141	29	18	26	25	1.98
91923034--91923060	11	2.5	11	100	0	54	18	0	7	74	1.05
91923818--91923857	21	2.0	21	95	5	73	10	35	30	25	1.88
91928771--91928824	25	2.2	25	96	0	99	35	7	12	44	1.71
91932671--91932837	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
91940595--91940761	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
91943173--91943212	16	2.4	17	91	4	64	65	2	5	27	1.27
91943180--91943230	17	3.0	17	85	5	59	66	3	3	25	1.26
91948245--91948304	2	31.0	2	76	6	61	53	0	1	45	1.10
91952499--91952558	31	1.9	31	90	6	95	36	13	8	41	1.74
91953915--91953947	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
91954713--91954772	31	1.9	31	82	0	75	35	13	10	41	1.78
91956063--91956119	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
91956488--91956559	33	2.2	34	80	9	87	50	15	5	29	1.66
91956577--91956614	14	2.7	14	91	0	58	36	18	5	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91958155--91958199	16	3.0	16	84	12	60	44	0	2	53	1.13
91964855--91964883	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
91965102--91965162	7	8.7	7	100	0	122	0	13	44	42	1.43
91966398--91966432	16	2.2	16	89	0	52	48	17	22	11	1.79
91966643--91966767	29	4.3	29	83	1	171	28	14	28	28	1.95
91975393--91975619	46	5.0	46	87	2	278	22	23	14	39	1.91
91975404--91975619	91	2.4	92	85	3	283	22	23	13	39	1.90
91982827--91982925	43	2.3	43	77	10	112	32	10	18	39	1.84
91988259--91988332	34	2.2	34	97	2	141	27	5	18	48	1.70
91993062--91993203	55	2.6	55	80	2	151	28	30	28	11	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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