genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  305  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88516160--88516251	27	3.4	27	95	0	157	27	22	10	39	1.87
88516253--88516356	27	3.9	27	89	0	154	36	21	11	30	1.89
88516257--88516432	54	3.3	52	78	7	149	37	19	14	28	1.91
88516340--88516459	26	4.5	26	86	3	159	35	20	18	25	1.95
88516341--88516459	53	2.2	53	86	0	166	36	21	18	24	1.95
88516341--88516477	53	2.6	53	83	0	148	35	19	18	25	1.95
88516680--88516772	25	3.8	25	90	2	145	24	24	22	27	2.00
88516730--88516801	23	3.0	25	80	10	78	30	22	19	27	1.98
88523140--88523230	45	2.0	45	93	0	155	35	4	25	35	1.76
88523870--88523987	56	2.1	56	95	0	209	27	11	25	35	1.91
88527482--88527538	27	2.1	27	83	6	71	19	24	21	35	1.96
88530794--88530862	23	3.0	23	80	4	68	36	18	23	21	1.95
88533019--88533416	108	3.8	107	87	4	499	23	24	17	34	1.96
88533019--88533416	55	7.5	53	74	11	350	23	24	17	34	1.96
88533302--88533477	47	3.6	47	73	15	176	26	23	13	36	1.92
88533247--88533477	101	2.3	101	96	0	417	25	22	14	36	1.93
88537408--88537446	13	3.0	13	96	0	69	15	35	30	17	1.91
88548164--88548278	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
88548176--88548278	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
88548176--88548288	59	1.9	59	92	0	190	23	23	15	38	1.92
88549614--88549651	19	2.2	18	86	13	53	7	15	0	76	1.01
88556049--88556163	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88556061--88556163	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
88556060--88556193	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
88557497--88557535	20	2.1	19	86	13	55	7	15	0	76	0.99
88564576--88564886	53	5.7	54	79	10	330	23	25	18	33	1.97
88564581--88564878	55	5.5	53	79	11	318	23	25	18	32	1.97
88564582--88564878	108	2.7	108	90	2	461	23	25	18	32	1.97
88564593--88564939	108	3.3	106	86	6	395	23	25	17	33	1.96
88569629--88569730	39	2.6	39	81	10	118	26	12	25	35	1.92
88569700--88569816	41	2.8	42	79	6	132	23	15	27	33	1.95
88586263--88586338	34	2.3	33	80	8	91	28	19	25	26	1.99
88601388--88601438	27	1.9	26	84	4	66	19	25	19	35	1.95
88603508--88603541	18	1.9	18	94	5	61	47	11	26	14	1.79
88605472--88605678	67	3.2	64	76	13	190	30	17	29	22	1.97
88612491--88612550	27	2.3	26	82	2	66	23	23	18	35	1.96
88613879--88614076	43	4.6	43	93	0	333	30	32	25	12	1.92
88614069--88614192	38	3.2	38	83	2	140	28	26	21	23	1.99
88623960--88624042	29	2.8	29	87	5	114	30	9	28	31	1.89
88625634--88625706	29	2.5	29	88	4	103	26	24	17	31	1.97
88625720--88625764	15	3.0	15	96	0	81	20	40	17	22	1.92
88633695--88633769	29	2.6	30	87	8	102	25	26	17	30	1.97
88633783--88633827	15	3.0	15	96	0	81	20	40	17	22	1.92
88641359--88641522	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88641359--88641556	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
88644455--88645014	49	11.7	47	94	2	868	31	8	30	29	1.86
88644455--88645014	94	5.8	95	92	2	874	31	8	30	29	1.86
88646481--88646513	7	4.7	7	100	0	66	0	12	45	42	1.41
88648407--88648569	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
88648407--88648599	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
88651006--88651048	16	2.7	16	85	0	59	53	20	18	6	1.67
88651261--88651348	29	3.1	29	85	1	124	30	13	25	30	1.94
88655358--88655462	28	3.7	29	84	12	130	25	30	16	27	1.96
88655358--88655474	28	4.2	29	78	11	111	26	28	15	29	1.96
88662857--88662925	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
88664719--88664762	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
88665509--88665542	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
88666896--88666938	16	2.7	16	92	0	68	6	20	20	51	1.71
88670657--88670765	27	4.1	27	69	2	85	27	16	18	37	1.92
88670564--88670855	80	3.7	79	84	1	341	29	16	17	35	1.92
88670640--88670808	27	6.3	26	70	16	80	30	15	18	34	1.92
88671178--88671259	18	4.6	18	80	4	85	23	18	12	46	1.82
88671178--88671259	36	2.3	36	82	4	94	23	18	12	46	1.82
88676216--88676431	40	5.5	39	92	3	312	25	27	23	24	2.00
88683491--88683655	40	4.2	40	83	9	189	25	28	22	23	1.99
88683507--88683655	77	1.9	77	89	5	230	24	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88691487--88691654	40	4.2	40	85	5	207	26	28	22	23	1.99
88691487--88691654	80	2.1	80	87	4	241	26	28	22	23	1.99
88695481--88695714	40	5.9	40	91	1	348	26	26	22	24	2.00
88703077--88703239	56	2.9	56	84	6	197	28	14	24	33	1.94
88706002--88706113	55	2.0	55	98	0	215	16	16	37	29	1.91
88706411--88706567	27	5.8	27	90	0	233	30	22	7	38	1.82
88706411--88706567	54	2.9	54	93	0	260	30	22	7	38	1.82
88706366--88706701	27	12.4	27	79	4	167	36	20	7	35	1.81
88706398--88706593	81	2.4	81	81	0	239	34	21	7	36	1.82
88706398--88706578	54	3.4	54	85	3	238	33	22	7	36	1.82
88706560--88706798	54	4.4	55	75	11	190	41	18	8	31	1.80
88706678--88706757	29	2.9	26	76	20	81	45	15	7	32	1.74
88706828--88706889	27	2.3	27	80	5	72	35	16	25	22	1.94
88707599--88707685	20	4.3	20	91	2	131	41	9	18	31	1.82
88707735--88707857	26	4.8	26	95	1	196	26	23	23	26	2.00
88708003--88708091	42	2.1	42	87	0	124	30	13	19	37	1.90
88710972--88711010	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
88711109--88711202	29	3.2	29	93	0	152	26	28	14	29	1.95
88711072--88711186	58	2.0	58	82	3	142	26	32	15	26	1.96
88716416--88716530	29	4.0	29	88	4	99	25	22	15	36	1.94
88716428--88716530	29	3.5	29	94	2	179	23	24	15	36	1.93
88716427--88716560	59	2.2	60	88	1	198	24	25	14	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88717864--88717903	22	2.0	21	85	14	57	7	15	0	77	0.98
88722863--88722905	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
88723004--88723097	29	3.2	29	96	0	170	26	28	15	28	1.96
88722966--88723097	58	2.3	58	84	2	167	25	33	15	25	1.95
88739257--88739500	122	2.0	122	95	0	443	24	8	30	36	1.85
88740255--88740342	27	3.3	27	88	0	140	38	20	18	22	1.93
88740253--88740365	54	2.1	53	83	3	145	37	17	20	24	1.94
88740713--88740760	20	2.4	20	85	0	69	10	12	33	43	1.77
88740973--88741024	19	2.7	19	84	0	68	19	21	13	46	1.84
88763215--88763600	49	8.2	50	81	13	432	33	7	27	31	1.85
88763395--88763509	39	3.0	39	92	7	209	32	5	28	33	1.79
88763395--88763501	36	2.9	36	95	4	187	32	3	28	34	1.75
88763664--88763750	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
88775234--88775326	34	2.8	33	77	8	98	27	26	17	27	1.97
88781324--88781385	27	2.3	27	82	0	79	41	14	19	24	1.88
88781817--88782023	27	7.7	27	81	8	154	28	8	20	41	1.82
88781845--88782023	54	3.3	54	88	3	236	29	8	20	41	1.82
88781817--88782023	81	2.6	81	81	8	226	28	8	20	41	1.82
88786862--88786991	40	3.3	39	81	4	154	23	28	24	23	2.00
88794926--88795055	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
88797512--88797542	15	2.1	15	93	0	53	29	0	16	54	1.42
88798148--88798281	56	2.4	56	89	0	214	31	14	20	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88801106--88801422	47	6.7	47	87	5	433	32	7	31	29	1.84
88801106--88801422	96	3.3	93	86	8	424	32	7	31	29	1.84
88803239--88803290	23	2.3	23	96	0	95	19	3	19	57	1.55
88820520--88820626	47	2.3	47	93	0	187	31	8	28	30	1.87
88820612--88820654	21	2.0	22	95	4	79	30	9	27	32	1.88
88820565--88820701	68	2.0	69	95	1	249	32	9	29	29	1.89
88820520--88820748	115	2.0	116	96	0	424	31	9	29	30	1.88
88820633--88820933	47	6.4	47	97	0	530	32	8	30	28	1.86
88821051--88821133	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
88824971--88825027	19	3.0	19	100	0	114	31	26	10	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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