genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7564525--7564734	64	3.2	64	62	24	144	29	25	18	26	1.98
7564491--7564776	136	2.1	137	96	1	522	31	24	18	24	1.98
7563370--7565034	832	2.0	833	97	1	3126	33	25	17	23	1.96
7566553--7566636	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
7567523--7567603	40	2.0	40	92	7	137	41	19	24	13	1.88
7569069--7569146	3	26.3	3	77	12	72	33	6	1	58	1.31
7569075--7569189	26	4.2	25	77	16	97	37	5	2	54	1.37
7569148--7569188	2	21.0	2	80	14	50	43	0	4	51	1.23
7569475--7569514	19	2.2	18	86	4	53	32	0	10	57	1.32
7569561--7569620	21	2.9	21	80	9	61	36	3	6	53	1.44
7569609--7569648	18	2.2	19	86	4	55	35	0	5	60	1.19
7571523--7571733	99	2.1	99	93	6	358	33	25	17	24	1.96
7571843--7571890	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
7573489--7573622	26	5.2	26	92	3	227	37	24	4	33	1.76
7573489--7573622	51	2.6	50	95	3	232	37	24	4	33	1.76
7577369--7577585	64	3.3	64	63	16	152	32	25	16	25	1.96
7577335--7577619	136	2.1	136	95	0	516	32	24	17	24	1.97
7577626--7577673	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
7577883--7577958	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
7579399--7579533	26	5.2	26	94	0	234	36	25	5	33	1.78
7583049--7583136	43	2.0	43	100	0	176	26	19	15	38	1.92
7593955--7594122	91	1.8	91	90	0	273	37	13	14	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7595560--7595594	17	2.1	17	89	10	54	45	17	5	31	1.71
7598221--7598267	24	2.0	24	83	8	60	57	27	6	8	1.53
7599171--7599217	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
7600417--7600720	3	99.7	3	68	13	140	29	8	3	58	1.44
7600680--7600722	22	1.9	23	90	4	70	25	6	2	65	1.30
7601885--7602020	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
7603794--7604349	136	4.1	136	98	0	1051	25	17	25	32	1.97
7608046--7608181	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
7609967--7610522	136	4.1	136	97	0	1042	24	18	24	32	1.97
7611825--7611855	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
7616501--7616593	46	2.0	46	97	0	177	39	13	15	31	1.86
7618534--7618656	59	2.1	59	96	1	230	34	17	16	31	1.93
7634109--7634151	23	1.9	22	85	4	59	30	23	27	18	1.98
7641493--7641630	3	47.3	3	71	18	80	65	0	3	30	1.15
7641767--7641812	15	2.9	15	93	6	74	65	0	8	26	1.21
7641768--7641896	29	4.3	29	67	20	72	62	3	7	26	1.37
7641761--7641847	44	2.0	44	84	13	117	64	0	9	26	1.23
7641759--7641875	15	8.1	14	73	17	71	64	0	8	26	1.28
7642975--7644182	44	27.7	44	69	10	401	25	25	19	29	1.99
7642950--7643490	132	4.1	132	90	0	868	25	26	20	27	1.99
7643286--7644190	44	20.8	44	72	8	519	26	24	20	29	1.99
7643417--7644186	130	5.9	130	89	0	1103	26	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7650015--7650154	3	48.3	3	70	19	70	64	1	5	29	1.23
7650015--7650156	29	5.4	24	70	21	90	64	1	4	28	1.22
7650031--7650156	27	4.5	27	74	12	112	64	1	4	29	1.23
7650285--7650383	43	2.3	43	81	6	103	63	2	7	27	1.31
7650268--7650351	29	2.8	29	82	12	107	59	0	9	30	1.29
7656649--7656689	21	2.0	21	90	0	64	21	26	19	31	1.97
7662298--7662338	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7672265--7672440	50	3.5	49	85	6	228	30	27	17	25	1.97
7672265--7672448	101	1.8	99	87	2	269	29	27	17	25	1.97
7678505--7678771	27	9.7	27	81	7	250	21	16	22	39	1.92
7678520--7678737	114	1.9	114	87	0	319	20	17	21	40	1.91
7682023--7682246	27	8.3	27	87	2	263	19	16	22	41	1.91
7682034--7682249	81	2.7	80	87	5	326	18	17	21	41	1.90
7685569--7685925	27	13.3	27	84	3	425	20	16	22	40	1.91
7685569--7685924	80	4.4	80	87	3	464	20	16	22	40	1.91
7701344--7701485	71	2.0	70	87	1	203	30	16	24	28	1.97
7702682--7702713	15	2.1	15	94	0	55	65	0	3	31	1.08
7702964--7703019	29	2.0	28	85	3	76	57	7	5	30	1.48
7702993--7703053	27	2.3	27	80	5	72	54	8	8	29	1.59
7703095--7703153	27	2.2	26	82	8	66	55	5	8	30	1.51
7703369--7703554	3	63.0	3	74	18	119	65	3	1	30	1.18
7704160--7704218	27	2.2	27	82	8	77	30	16	1	50	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7704335--7704359	10	2.5	10	100	0	50	40	8	0	52	1.31
7705154--7705203	21	2.4	21	86	0	64	18	36	32	14	1.90
7709772--7710010	27	8.8	26	74	9	122	38	21	8	31	1.83
7709774--7710010	54	4.4	54	76	5	194	37	21	8	31	1.84
7709796--7710010	81	2.7	80	77	5	218	39	21	7	31	1.82
7709988--7710182	27	7.2	27	83	0	219	26	20	9	43	1.82
7709961--7710182	81	2.7	81	82	1	203	28	20	9	41	1.82
7710192--7710308	27	4.3	27	86	0	153	36	20	18	23	1.95
7710557--7710639	27	3.1	26	87	5	112	20	21	21	36	1.96
7710747--7710805	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
7711127--7711219	6	15.3	6	71	10	64	19	16	13	50	1.78
7711127--7711198	30	2.4	31	85	2	92	19	16	13	50	1.79
7711207--7711240	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
7720856--7720913	29	1.9	31	82	6	75	48	3	18	29	1.65
7726702--7726740	2	20.0	2	89	5	62	48	0	0	51	1.00
7727871--7728035	90	1.9	87	86	6	233	36	18	9	35	1.83
7728247--7728280	18	1.9	18	94	5	61	70	8	2	17	1.25
7728382--7728434	19	2.6	20	76	8	54	67	1	3	26	1.17
7728476--7728545	28	2.5	28	85	2	95	32	7	4	55	1.46
7728513--7728565	19	2.7	20	79	5	63	30	5	5	58	1.44
7728578--7728623	21	2.2	20	84	3	65	41	0	2	56	1.11
7728722--7728905	86	2.1	86	80	9	205	32	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7728933--7728967	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
7737901--7737962	29	2.1	29	100	0	124	20	9	14	54	1.68
7740415--7740477	12	5.2	12	90	1	54	53	3	0	42	1.16
7740434--7740488	2	27.5	2	88	0	83	47	1	3	47	1.30
7740647--7740710	22	3.0	21	73	13	58	54	3	6	35	1.41
7741577--7741617	10	4.1	10	80	20	50	70	2	19	7	1.22
7742318--7742560	41	5.8	41	80	9	276	30	19	17	33	1.95
7742337--7742681	130	2.6	129	89	4	433	28	19	17	34	1.95
7742670--7743064	68	5.8	68	91	3	618	27	23	22	26	1.99
7755482--7755517	2	18.0	2	88	0	54	50	0	2	47	1.15
7755677--7755740	22	3.0	21	73	13	58	54	3	6	35	1.41
7759484--7759516	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
7759552--7759592	14	3.1	14	79	10	50	41	0	0	58	0.98
7760374--7760507	26	5.2	26	94	3	225	34	5	23	37	1.77
7764325--7764359	5	7.0	5	87	12	54	0	17	0	82	0.66
7764325--7764358	15	2.2	16	94	5	61	0	14	0	85	0.60
7764396--7764437	14	3.2	13	80	9	50	64	2	0	33	1.07
7765172--7765228	25	2.3	25	81	6	71	26	0	5	68	1.11
7765382--7765744	3	121.3	3	66	11	145	29	8	3	58	1.44
7765380--7765417	19	2.0	19	89	0	58	23	15	5	55	1.61
7765417--7765464	13	3.6	13	83	13	62	27	6	2	64	1.28
7765684--7765749	23	2.9	23	86	4	98	25	4	4	65	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7765907--7766058	3	50.0	3	64	14	53	32	8	1	56	1.41
7771550--7771718	88	1.9	88	86	0	239	27	20	22	29	1.98
7771788--7772318	87	6.1	87	83	3	646	20	22	20	36	1.95
7771782--7772302	173	3.0	173	85	4	712	20	23	20	36	1.95
7771805--7772310	44	11.6	42	65	14	181	19	22	20	36	1.95
7771788--7772323	260	2.1	261	85	3	724	20	22	20	36	1.95
7774259--7774310	26	2.0	26	100	0	104	11	19	15	53	1.71
7780383--7780418	9	4.1	9	89	3	56	41	11	25	22	1.86
7784405--7785031	3	209.3	3	64	15	142	59	4	7	28	1.43
7784398--7784485	20	4.2	22	74	10	60	60	2	5	31	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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