genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  301  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87235634--87235756	40	3.1	40	89	0	174	42	21	21	14	1.88
87235648--87235747	20	5.0	20	72	9	87	42	21	22	15	1.89
87239859--87239927	34	2.0	34	100	0	138	23	20	5	50	1.69
87245021--87245055	15	2.3	15	90	9	54	37	0	2	60	1.12
87245554--87245604	25	2.0	25	100	0	102	23	7	19	49	1.74
87250445--87250554	51	2.1	51	83	5	132	42	10	19	28	1.83
87250940--87250997	19	3.0	19	82	7	64	53	5	1	39	1.33
87251134--87251168	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
87254256--87254305	24	2.1	24	100	0	100	32	18	16	34	1.92
87255647--87255687	12	3.3	13	80	13	50	73	0	14	12	1.11
87255640--87255693	18	3.2	18	72	12	53	72	0	14	12	1.13
87257443--87257550	26	4.2	26	89	4	173	31	7	25	35	1.84
87264532--87264639	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87271552--87271607	21	2.7	21	80	0	67	26	7	35	30	1.83
87273580--87273707	32	4.0	32	91	0	220	45	9	10	35	1.70
87274427--87274453	7	3.9	7	100	0	54	40	0	14	44	1.46
87279035--87279082	21	2.3	22	79	17	57	41	2	14	41	1.57
87290681--87290840	42	3.8	42	82	2	205	30	22	16	31	1.96
87305865--87306040	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
87305862--87306033	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
87307504--87307536	16	2.0	17	88	5	50	69	15	6	9	1.34
87312474--87312521	25	1.9	25	91	0	78	20	22	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87314378--87314416	21	1.9	20	84	5	51	20	28	38	12	1.89
87314594--87314627	12	2.8	12	100	0	68	5	35	26	32	1.81
87315576--87315894	46	6.7	47	71	11	217	22	30	19	27	1.98
87315720--87315944	94	2.4	91	81	8	242	22	30	19	28	1.98
87315768--87315944	46	3.8	46	78	14	184	20	31	19	28	1.97
87323367--87323635	46	5.7	46	77	9	192	22	30	20	26	1.98
87326210--87326251	17	2.6	16	75	17	50	59	23	0	16	1.37
87326287--87326312	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
87326833--87326879	18	2.7	17	72	18	51	72	0	12	14	1.13
87335932--87335973	21	2.0	21	95	0	75	23	0	21	54	1.44
87341539--87341595	25	2.2	26	81	9	64	17	3	10	68	1.33
87345413--87345538	49	2.5	50	85	3	157	21	30	20	27	1.98
87345462--87345723	94	2.8	91	78	12	246	24	28	16	30	1.97
87357635--87357742	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
87362589--87362651	32	2.0	32	96	0	117	15	33	1	49	1.55
87362598--87362649	16	3.2	16	68	10	52	15	30	1	51	1.54
87366230--87366320	44	2.1	44	95	0	164	28	7	8	54	1.58
87398735--87398927	47	4.1	47	87	2	255	32	9	30	27	1.89
87398764--87398835	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
87398735--87399110	96	3.9	93	83	6	262	33	7	28	29	1.86
87398809--87398884	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
87398886--87399129	48	5.0	48	89	4	382	34	6	27	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87398804--87399129	96	3.4	96	86	5	396	33	7	28	30	1.85
87398886--87399167	146	2.0	143	83	6	356	33	7	28	30	1.85
87399275--87399417	37	3.9	37	93	0	241	23	19	31	25	1.98
87403200--87403353	79	1.9	80	85	6	215	26	28	20	24	1.99
87403172--87403354	40	4.6	39	82	8	192	26	27	21	24	1.99
87404590--87404622	10	3.3	10	95	0	57	0	12	0	87	0.53
87404589--87404625	14	2.7	14	91	4	58	0	13	0	86	0.57
87414370--87414538	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
87422403--87422571	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
87426554--87426722	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
87428723--87428796	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
87436581--87436654	29	2.5	29	88	2	85	24	31	16	28	1.96
87444294--87444342	24	2.0	24	92	0	80	26	26	16	30	1.97
87449218--87449255	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
87452756--87452824	20	3.2	20	66	15	57	36	26	13	24	1.92
87452745--87452833	44	2.0	44	93	0	151	35	23	13	26	1.92
87460056--87460091	13	2.8	13	91	0	54	55	0	2	41	1.14
87464525--87464635	39	2.8	39	94	1	186	22	19	32	25	1.98
87466646--87466672	13	2.1	13	100	0	54	7	7	25	59	1.51
87469015--87469075	31	2.0	31	87	3	88	32	11	24	31	1.91
87469575--87470017	45	9.8	44	87	4	609	25	16	30	27	1.97
87472734--87472955	40	5.6	40	87	1	304	29	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87475496--87475541	24	2.0	22	83	8	56	10	30	32	26	1.90
87475880--87475930	24	2.1	24	100	0	102	41	5	19	33	1.76
87477340--87477406	34	2.0	34	82	5	82	31	19	20	28	1.97
87481797--87481851	19	2.8	19	83	2	74	34	12	34	18	1.89
87482202--87482261	27	2.3	27	85	2	77	21	20	20	38	1.94
87493753--87493967	119	1.8	119	93	0	376	31	20	18	29	1.96
87494844--87494952	37	2.9	37	90	0	164	27	29	18	24	1.98
87495098--87495234	50	2.8	49	86	6	206	31	26	5	36	1.80
87495204--87495585	47	8.1	47	91	0	593	26	29	11	32	1.92
87495297--87495419	22	5.3	22	65	24	74	25	29	13	32	1.93
87498270--87498310	18	2.3	19	79	12	50	29	41	17	12	1.85
87510868--87511154	27	10.6	27	85	1	335	39	21	8	30	1.83
87511150--87511505	27	13.2	27	84	1	408	29	21	7	41	1.80
87511150--87511505	54	6.6	54	86	1	462	29	21	7	41	1.80
87511025--87511505	81	5.9	80	81	5	263	32	20	8	39	1.82
87511096--87511528	81	5.3	78	80	6	373	30	20	8	40	1.83
87511957--87512093	60	2.3	59	85	8	170	28	20	25	25	1.99
87514335--87514566	27	8.6	27	86	0	313	40	21	7	30	1.81
87514329--87514593	107	2.5	108	84	2	300	39	21	7	31	1.82
87514335--87514627	27	10.9	27	77	7	274	39	21	8	31	1.82
87514616--87514868	27	9.4	27	83	0	290	30	20	7	42	1.79
87514575--87514746	81	2.1	81	81	0	191	34	18	8	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87514616--87514868	81	3.1	81	89	2	366	30	20	7	42	1.79
87514616--87514868	54	4.7	54	84	2	321	30	20	7	42	1.79
87514970--87515106	60	2.3	59	85	8	170	28	20	25	25	1.99
87517546--87517712	43	3.9	43	75	12	153	35	26	16	20	1.94
87517566--87517712	44	3.4	41	79	10	136	36	26	15	21	1.93
87521338--87521501	42	3.9	42	79	3	177	30	14	22	32	1.93
87524405--87524437	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
87530393--87530421	13	2.1	14	93	6	51	75	0	3	20	0.94
87530870--87530984	55	2.1	56	80	11	130	35	22	23	18	1.95
87530895--87530984	27	3.2	28	78	13	105	33	24	23	18	1.97
87531090--87531154	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
87531090--87531163	28	2.6	28	82	4	87	31	9	25	33	1.88
87532214--87532246	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
87533943--87534011	34	2.0	34	86	5	95	14	27	17	40	1.88
87547026--87547210	39	4.7	40	86	0	196	24	31	20	23	1.98
87547056--87547218	39	4.2	39	90	0	245	25	31	19	23	1.98
87550199--87550297	27	3.7	27	76	18	91	42	4	16	37	1.67
87550192--87550308	40	2.9	39	77	5	117	42	3	17	36	1.66
87550164--87550297	13	10.0	13	72	12	76	44	3	16	35	1.65
87552349--87552384	11	3.1	12	88	8	56	47	8	8	36	1.64
87552417--87552462	15	2.8	17	78	18	53	36	0	0	63	0.95
87555440--87555481	19	2.2	19	100	0	84	23	38	28	9	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87563095--87563260	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
87563095--87563265	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
87570580--87570745	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
87570580--87570750	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
87574069--87574109	22	1.9	21	85	5	55	31	39	4	24	1.76
87577976--87578029	24	2.2	25	83	9	67	46	3	3	46	1.38
87579716--87579759	23	2.0	22	81	4	52	13	6	13	65	1.44
87579849--87579891	18	2.4	19	80	11	63	27	0	2	69	1.00
87580464--87580494	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
87580840--87580903	31	2.0	32	82	14	80	42	4	1	51	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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