genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  36  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9063863--9063915	22	2.4	22	93	3	88	28	18	16	35	1.93
9068070--9068106	9	4.1	9	100	0	74	35	21	0	43	1.53
9073466--9073498	11	3.0	11	100	0	66	27	0	9	63	1.24
9074978--9075027	2	25.0	2	95	0	91	48	0	2	50	1.12
9075203--9075453	41	6.1	41	86	0	313	34	24	20	20	1.96
9075693--9075756	7	9.0	7	77	3	56	23	1	28	46	1.61
9075709--9075754	15	3.1	15	81	3	58	19	2	28	50	1.60
9079866--9079890	11	2.3	11	100	0	50	36	28	12	24	1.91
9081038--9081280	43	5.7	43	90	0	362	22	19	31	25	1.98
9081355--9081435	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
9081681--9081726	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
9083159--9083196	13	2.9	13	100	0	76	21	15	23	39	1.92
9083913--9083983	24	3.0	24	91	0	115	45	7	19	28	1.76
9084031--9084164	64	2.1	64	91	0	214	47	5	9	37	1.59
9087268--9087306	18	2.2	18	95	0	69	51	15	0	33	1.44
9088051--9088291	40	5.9	40	78	8	252	23	23	18	34	1.97
9088051--9088291	82	2.9	82	90	2	369	23	23	18	34	1.97
9091185--9091222	19	2.0	19	100	0	76	36	5	21	36	1.76
9094998--9095070	26	2.8	26	87	0	101	36	13	8	41	1.75
9110525--9110573	19	2.6	19	90	6	73	65	2	0	32	1.04
9110751--9110876	44	2.9	44	89	2	191	34	11	23	30	1.90
9113592--9113636	22	2.0	22	91	8	74	24	20	8	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9113771--9113811	18	2.1	21	86	13	61	58	2	0	39	1.11
9114349--9114391	20	2.2	20	95	0	77	69	0	0	30	0.88
9116169--9116227	23	2.6	23	82	12	77	38	20	1	38	1.63
9123637--9123675	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
9127869--9127926	21	2.8	20	79	7	71	37	24	5	32	1.77
9130215--9130377	56	2.9	56	96	0	299	34	16	12	36	1.86
9130892--9130946	21	2.5	22	88	8	76	56	0	3	40	1.17
9130891--9130946	22	2.5	23	82	11	71	57	0	3	39	1.16
9130936--9130984	21	2.3	21	85	3	62	71	2	4	22	1.13
9131328--9131390	30	2.1	30	90	0	99	28	4	11	55	1.55
9131513--9131545	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
9133275--9133316	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
9133552--9133588	18	2.0	19	94	5	67	43	5	0	51	1.24
9137502--9137612	21	5.0	21	73	16	89	28	27	10	32	1.91
9137544--9137638	48	2.0	48	89	0	145	29	28	10	31	1.90
9137532--9137667	27	5.1	27	78	13	131	28	29	10	31	1.90
9137587--9137667	30	2.9	28	83	7	101	27	32	8	32	1.87
9137619--9137667	15	3.2	16	72	21	59	28	30	6	34	1.82
9137832--9137876	19	2.3	19	84	7	54	44	35	15	4	1.67
9137841--9137876	19	1.9	19	88	5	56	41	36	16	5	1.72
9142724--9142767	20	2.2	20	87	4	61	50	13	0	36	1.42
9144747--9144789	12	3.7	11	81	6	50	51	9	2	37	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9150108--9150138	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
9156505--9156552	18	2.7	18	83	6	62	27	2	4	66	1.21
9158365--9158399	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
9165851--9165920	28	2.7	25	75	16	70	21	4	1	72	1.09
9165862--9165920	17	3.6	16	77	8	57	20	5	1	72	1.12
9165966--9165993	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
9166242--9166286	23	2.0	23	82	8	56	35	8	0	55	1.31
9166173--9166275	52	2.0	51	81	11	120	31	11	0	57	1.35
9166263--9166312	25	2.0	26	84	4	66	40	4	0	56	1.18
9166376--9166424	25	2.0	25	100	0	98	32	8	4	55	1.48
9172585--9172625	21	2.0	21	100	0	82	43	4	7	43	1.53
9173117--9173161	2	22.5	2	90	0	72	46	0	2	51	1.13
9176860--9176926	34	2.0	34	96	0	125	34	4	23	37	1.75
9177712--9177755	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
9177965--9178005	19	2.2	18	86	4	55	73	2	0	24	0.96
9177965--9178017	18	2.9	18	85	2	61	69	3	0	26	1.05
9185534--9185620	46	1.9	45	90	2	138	48	13	11	26	1.77
9185680--9185770	43	2.1	43	95	2	166	42	9	14	32	1.78
9187523--9187573	22	2.4	21	87	9	77	39	41	0	19	1.52
9187509--9187574	7	9.4	7	72	18	57	36	42	0	21	1.53
9187507--9187573	21	3.1	21	83	12	84	37	40	0	22	1.54
9187516--9187583	21	3.2	21	76	15	68	39	41	0	19	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9187507--9187588	22	3.1	27	71	20	75	41	37	0	20	1.53
9187576--9187626	14	3.6	14	79	10	59	49	27	0	23	1.51
9187851--9187939	40	2.2	40	89	0	133	25	19	20	34	1.96
9195322--9195428	56	1.9	56	82	3	135	27	14	27	30	1.95
9213427--9213528	27	3.7	28	76	13	95	40	20	9	29	1.85
9213428--9213486	29	2.0	29	83	6	75	44	16	10	28	1.81
9213524--9213733	80	2.6	81	83	7	250	27	23	9	39	1.86
9213524--9213720	107	1.8	107	85	8	276	25	24	10	39	1.87
9213524--9213733	27	7.8	27	87	5	257	27	23	9	39	1.86
9213631--9213933	27	11.1	27	79	6	137	35	20	9	33	1.85
9213457--9213744	54	5.4	54	78	6	181	31	22	9	36	1.86
9213601--9213760	81	2.0	80	81	1	185	28	21	10	39	1.86
9213712--9213851	54	2.6	54	85	4	192	38	22	8	30	1.84
9213712--9213933	54	4.1	52	78	10	162	39	20	9	30	1.84
9213890--9213941	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
9213995--9214059	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
9215220--9215267	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
9215304--9215354	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
9215401--9215661	23	11.1	23	88	4	378	27	23	21	26	1.99
9215400--9215663	24	11.2	23	88	4	366	28	23	21	26	1.99
9215401--9215663	47	5.6	47	92	1	429	28	23	22	26	1.99
9215874--9215939	31	2.1	31	88	0	96	37	15	22	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9220253--9220287	18	1.9	18	88	11	54	31	22	20	25	1.98
9222613--9222654	19	2.2	19	91	8	68	69	2	0	28	1.01
9225587--9225631	22	2.0	22	91	8	74	24	22	8	44	1.81
9227787--9227845	23	2.6	23	82	10	77	42	16	1	38	1.59
9228019--9228052	17	2.0	17	100	0	68	47	17	23	11	1.81
9228404--9228437	16	2.1	17	94	5	61	58	11	23	5	1.55
9233551--9233615	21	3.2	21	74	12	82	40	21	26	12	1.88
9233545--9233633	39	2.3	39	100	0	178	38	23	24	13	1.91
9241500--9241564	21	3.2	21	72	12	73	38	21	27	12	1.89
9241494--9241582	39	2.3	39	98	0	169	37	23	25	13	1.92
9245242--9245584	154	2.2	154	83	3	431	30	20	21	27	1.98
9245552--9245692	41	3.4	41	80	13	164	30	15	23	30	1.95
9245242--9245638	154	2.6	154	77	6	417	30	19	21	28	1.97
9246600--9246792	6	31.3	6	70	18	121	49	14	17	19	1.80
9246614--9246708	37	2.6	37	87	0	136	49	14	16	18	1.80
9246666--9246729	25	2.6	25	87	0	92	50	12	15	21	1.77
9246626--9246792	62	2.7	62	88	3	264	48	14	17	19	1.81
9246726--9246792	25	2.7	25	90	0	107	47	14	19	17	1.82
9246632--9246764	19	6.8	19	72	17	94	48	15	17	18	1.81
9246966--9246999	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9247338--9247580	27	9.0	27	88	0	317	23	20	18	37	1.94
9247338--9247580	81	3.0	81	91	0	362	23	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9247567--9247907	27	12.7	26	83	7	267	30	10	21	37	1.86
9247622--9247907	54	5.3	54	88	1	351	30	10	20	38	1.86
9247622--9247899	81	3.4	81	86	3	294	30	10	20	38	1.87
9249015--9249069	28	1.9	29	88	3	85	50	21	1	25	1.58
9249569--9249620	22	2.4	22	83	6	61	26	1	32	38	1.68
9249564--9249626	15	4.3	15	76	8	58	22	1	36	39	1.64
9249564--9249626	29	2.1	29	82	2	72	22	1	36	39	1.64
9249564--9249717	80	1.9	80	89	0	236	24	1	36	37	1.67
9252696--9252862	83	2.0	83	100	0	334	26	11	17	43	1.84
9254493--9254778	136	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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