genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  306  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88830782--88830835	26	2.1	26	82	6	65	27	16	22	33	1.95
88831708--88831743	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
88833084--88833215	29	4.5	29	93	1	219	37	13	24	25	1.92
88833084--88833215	59	2.3	58	91	1	219	37	13	24	25	1.92
88839143--88839178	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
88840521--88840651	29	4.5	29	96	3	237	37	14	23	24	1.92
88840491--88840651	87	1.8	88	90	1	261	36	14	24	25	1.93
88841882--88841926	17	2.6	17	96	0	81	28	37	4	28	1.77
88844491--88844633	40	3.6	40	84	0	160	23	28	22	25	1.99
88844531--88844673	40	3.6	41	82	5	141	22	25	23	28	1.99
88863009--88863853	48	17.4	48	92	1	1359	36	6	26	30	1.82
88863009--88863853	146	5.8	144	90	2	1359	36	6	26	30	1.82
88863009--88863892	389	2.3	386	90	3	1114	36	7	26	30	1.83
88875198--88875360	42	3.8	43	82	7	183	30	28	17	24	1.97
88875198--88875358	86	1.9	86	88	5	245	30	27	16	24	1.97
88900126--88900567	231	1.9	230	91	0	722	37	11	14	35	1.83
88902475--88902542	34	2.0	34	88	0	100	27	7	23	41	1.81
88904155--88904345	39	4.8	40	87	0	208	24	32	20	21	1.98
88904191--88904353	39	4.2	39	90	0	254	24	33	19	22	1.97
88920613--88920646	11	3.1	11	95	0	59	8	23	44	23	1.81
88921718--88921847	48	2.7	49	85	3	165	33	27	17	20	1.96
88925155--88925276	43	2.8	44	86	6	153	25	15	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88928813--88928996	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
88928853--88929041	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
88936991--88937120	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
88944753--88944826	36	2.1	36	97	0	139	28	16	1	54	1.50
88946473--88946577	51	2.1	51	96	0	192	36	15	20	28	1.93
88953212--88953281	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
88960999--88961068	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
88963493--88963521	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
88963882--88963968	45	1.9	45	88	0	129	40	22	11	25	1.88
88965446--88965544	32	3.1	32	86	0	126	28	23	11	37	1.89
88965622--88965721	28	3.6	28	81	0	128	24	29	19	28	1.98
88965587--88965747	56	2.9	56	84	6	195	24	29	18	27	1.98
88971675--88971770	32	3.0	31	86	4	120	28	21	10	39	1.86
88971848--88971947	28	3.6	28	81	0	128	23	28	20	29	1.98
88971813--88971974	56	2.9	56	83	5	186	24	29	17	28	1.97
88976042--88976132	27	3.5	27	78	13	82	28	15	15	40	1.88
88976061--88976212	27	5.8	27	79	7	118	30	11	17	40	1.85
88978654--88978936	27	10.4	27	81	3	156	32	22	9	35	1.86
88978636--88978783	54	2.7	54	78	2	154	33	23	8	34	1.86
88978749--88978849	28	3.6	28	84	4	116	39	21	9	28	1.86
88978735--88978865	55	2.4	54	78	6	138	37	21	9	31	1.86
88978968--88979082	27	4.3	27	80	4	115	41	22	7	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88979905--88979961	20	2.9	21	85	10	68	38	7	19	35	1.79
88980011--88980146	52	2.7	51	89	5	215	28	21	22	27	1.99
88980011--88980146	26	5.3	26	85	3	181	28	21	22	27	1.99
88980399--88980477	31	2.5	31	95	0	140	27	18	26	26	1.98
88982725--88982949	27	8.3	27	81	4	166	36	21	8	33	1.84
88982719--88983002	54	5.2	54	75	5	176	35	20	8	35	1.83
88982832--88982950	28	4.3	27	82	4	130	39	20	9	31	1.84
88982928--88983019	27	3.4	26	85	5	121	28	20	8	42	1.82
88982764--88982950	55	3.4	54	74	6	153	36	20	8	34	1.82
88983051--88983165	27	4.3	26	78	6	104	42	20	7	28	1.80
88983998--88984064	20	3.3	20	93	4	109	38	10	19	31	1.85
88984114--88984248	25	5.3	26	89	5	199	27	21	23	27	1.99
88984114--88984248	51	2.7	50	90	6	211	27	21	23	27	1.99
88984488--88984566	31	2.5	31	97	0	149	27	18	25	27	1.98
88988534--88988708	49	3.5	49	79	9	219	28	18	24	29	1.98
88988529--88988711	100	1.8	100	95	0	330	27	19	24	28	1.98
88992743--88992769	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
88995364--88995402	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
88995452--88995547	24	4.0	24	83	6	115	28	22	20	28	1.99
88995454--88995526	23	3.1	23	92	2	110	28	21	19	30	1.98
88995454--88995547	47	2.0	48	85	6	129	27	22	21	28	1.99
89003360--89003406	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89003454--89003596	24	6.0	24	89	4	200	27	22	23	26	1.99
89003455--89003608	48	3.2	48	89	3	231	29	21	22	26	1.99
89003456--89003622	72	2.3	71	88	4	237	28	20	22	27	1.99
89005032--89005221	56	3.4	56	88	0	265	36	24	14	24	1.92
89007290--89007350	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
89007471--89007517	14	3.4	14	82	8	53	23	2	2	72	1.06
89007554--89007605	21	2.5	20	82	14	61	25	9	0	65	1.23
89011743--89011775	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
89012868--89013370	48	10.0	48	78	13	478	35	7	28	29	1.84
89013019--89013068	22	2.3	22	96	0	91	28	12	32	28	1.92
89012875--89013206	166	2.0	166	97	0	628	34	7	28	29	1.85
89012971--89013110	70	2.0	70	97	0	262	32	9	27	30	1.88
89012923--89013164	118	2.1	118	94	0	421	33	8	28	28	1.86
89013041--89013370	144	2.3	144	93	0	561	35	7	28	29	1.84
89013512--89013656	37	3.9	37	93	0	236	24	17	31	26	1.97
89014928--89015243	159	2.0	156	88	4	474	23	19	29	27	1.98
89014927--89015254	40	8.2	40	87	7	429	23	20	28	27	1.99
89015286--89015383	28	3.5	28	78	8	99	20	17	29	32	1.95
89018763--89019147	48	8.0	48	94	0	644	35	7	27	29	1.85
89019289--89019434	37	3.9	37	95	0	256	22	18	31	27	1.97
89021557--89021732	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
89021554--89021725	93	1.8	93	94	0	308	21	22	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89027060--89027235	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
89027057--89027228	93	1.8	93	94	0	308	21	22	29	27	1.99
89029782--89030162	48	8.0	48	92	2	592	35	7	27	29	1.84
89030304--89030449	37	3.9	37	90	4	224	22	17	31	28	1.97
89032571--89032746	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
89032568--89032739	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
89040149--89040324	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
89040146--89040317	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
89044315--89044428	39	2.9	38	88	3	156	24	27	21	26	2.00
89044284--89044466	40	4.6	40	82	4	181	23	26	22	27	1.99
89052377--89052558	39	4.6	40	82	4	181	23	26	22	27	2.00
89052409--89052558	79	1.9	79	83	2	194	23	26	22	28	1.99
89062145--89062901	207	3.7	205	88	2	1088	31	17	21	29	1.96
89064530--89064585	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
89064631--89064705	12	6.5	11	78	7	60	32	4	0	64	1.12
89065127--89065156	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
89065127--89065192	25	2.6	27	71	26	63	25	4	1	68	1.18
89065203--89065261	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
89069396--89069702	27	11.4	27	85	1	373	36	16	19	26	1.94
89070435--89070476	2	21.0	2	100	0	84	50	50	0	0	1.00
89077117--89077421	27	11.4	27	84	2	373	37	16	20	26	1.93
89077118--89077418	133	2.3	135	89	2	448	37	16	19	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89078153--89078186	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
89084832--89085201	27	13.4	27	80	7	300	36	19	19	24	1.94
89084832--89085201	54	6.7	54	80	4	389	36	19	19	24	1.94
89084832--89085202	81	4.5	81	82	6	402	36	19	19	24	1.94
89084923--89085047	62	2.0	62	89	3	189	36	20	19	23	1.95
89084897--89085155	89	3.0	88	83	8	343	37	20	18	23	1.94
89085922--89085983	33	1.9	32	83	3	79	20	22	20	35	1.96
89085945--89086004	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
89088503--89088552	24	2.2	22	82	7	55	36	2	8	54	1.42
89088624--89088671	24	2.0	24	100	0	96	20	8	33	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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