genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  243  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69022743--69022847	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
69024969--69025047	36	2.2	35	79	2	86	36	26	11	25	1.90
69026547--69026625	35	2.3	35	80	4	88	34	21	21	22	1.97
69030755--69030787	7	4.7	7	96	0	57	39	30	3	27	1.72
69031097--69031145	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
69032726--69032751	11	2.4	11	100	0	52	61	7	0	30	1.24
69043029--69043078	25	2.0	25	84	0	64	42	16	6	36	1.72
69063933--69064096	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
69063933--69064130	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
69065780--69065996	40	5.5	40	89	3	316	23	22	28	25	1.99
69065776--69065996	79	2.8	80	88	4	324	24	21	28	25	1.99
69065780--69065996	119	1.8	119	87	4	321	23	22	28	25	1.99
69068867--69069040	40	4.4	40	90	3	273	25	27	21	24	1.99
69077050--69077181	59	2.3	58	84	4	158	25	31	15	27	1.96
69077099--69077181	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
69078340--69078394	20	3.0	18	82	17	69	5	14	1	78	1.02
69089791--69089922	59	2.3	58	84	4	158	25	31	15	27	1.96
69089840--69089922	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
69091081--69091137	21	3.0	20	80	14	59	5	15	1	77	1.03
69093664--69093830	40	4.2	40	80	3	178	26	26	21	25	1.99
69095923--69096140	40	5.5	40	89	3	309	23	21	28	26	1.99
69099314--69099381	27	2.5	27	95	2	118	30	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69100608--69100708	27	3.7	26	75	10	87	41	18	8	30	1.81
69100609--69100667	29	2.0	29	83	0	73	45	15	8	30	1.75
69100705--69101158	27	16.8	27	86	3	567	27	23	8	40	1.84
69100651--69101202	81	6.8	81	79	4	299	28	23	9	38	1.85
69102171--69102218	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
69102261--69102321	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
69102371--69102537	24	7.0	24	93	3	257	28	22	22	26	1.99
69102371--69102538	71	2.3	71	90	4	257	29	22	22	26	1.99
69102729--69102792	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
69110209--69110562	46	7.5	44	77	13	218	26	17	31	24	1.97
69118746--69118775	14	2.1	14	100	0	60	16	40	6	36	1.75
69127233--69127360	40	3.2	40	82	2	150	24	28	22	24	1.99
69149293--69149441	43	3.5	42	74	9	124	25	17	24	32	1.97
69150026--69150050	7	3.6	7	100	0	50	40	0	16	44	1.47
69161191--69161393	40	5.1	40	84	4	250	25	28	22	23	1.99
69162097--69162122	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
69169431--69169612	40	4.6	40	88	2	269	25	28	23	23	2.00
69183699--69183820	43	2.8	43	82	4	131	26	15	27	31	1.96
69197987--69198087	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
69214041--69214141	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
69219877--69220072	35	5.6	35	84	2	216	31	10	23	34	1.89
69219879--69220073	105	1.9	105	81	4	241	31	10	23	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69232563--69232593	15	2.1	15	100	0	62	35	19	38	6	1.77
69239683--69239727	20	2.2	20	88	7	65	48	0	13	37	1.42
69240528--69241012	239	2.0	240	97	1	911	35	11	20	32	1.88
69242507--69242572	31	2.1	31	100	0	132	27	21	16	34	1.95
69244350--69244385	18	2.0	18	100	0	72	38	27	11	22	1.88
69244391--69244455	26	2.5	26	82	7	87	29	18	4	47	1.68
69250776--69250907	59	2.3	58	84	4	158	25	31	15	27	1.96
69250825--69250907	29	2.9	29	100	0	166	26	28	14	30	1.95
69253124--69253258	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
69253070--69253259	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
69258528--69258611	29	2.9	29	92	0	141	27	30	14	27	1.95
69262813--69263027	40	5.5	40	89	6	316	23	22	28	25	1.99
69262809--69262994	78	2.4	78	91	4	304	23	22	27	26	1.99
69262813--69263027	117	1.8	117	88	5	328	23	22	28	25	1.99
69265758--69265924	40	4.2	40	90	5	243	24	27	23	24	2.00
69265758--69265924	79	2.1	80	87	6	243	24	27	23	24	2.00
69274168--69274385	40	5.5	40	92	2	343	23	23	28	24	2.00
69276220--69276580	47	7.7	46	74	14	174	26	17	30	24	1.97
69276223--69276390	46	3.6	46	79	10	182	28	19	29	23	1.98
69276220--69276437	46	4.7	46	75	16	166	27	17	29	24	1.98
69283745--69283775	12	2.6	12	100	0	62	48	0	12	38	1.42
69285454--69285739	136	2.1	137	95	0	511	32	23	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69287530--69287633	26	4.0	26	88	0	163	36	25	6	31	1.82
69289857--69289892	9	4.0	9	100	0	72	33	11	11	44	1.75
69290059--69290121	19	3.3	19	74	12	58	58	9	1	30	1.39
69292119--69292160	20	2.1	20	95	0	75	30	14	19	35	1.91
69293817--69293987	57	3.0	57	80	3	191	29	16	8	45	1.77
69301894--69302109	40	5.4	40	87	4	262	24	21	27	26	1.99
69307723--69307783	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
69312096--69312280	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
69312097--69312288	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
69312096--69312313	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
69313806--69313840	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
69314534--69314569	2	18.0	2	94	0	63	47	2	0	50	1.15
69314627--69314782	39	4.0	39	82	2	163	19	22	28	30	1.98
69314594--69314776	39	4.7	38	78	8	154	20	24	27	27	1.99
69317118--69317249	65	2.0	65	98	0	255	28	26	15	29	1.96
69323506--69323532	13	2.1	13	100	0	54	59	18	14	7	1.58
69326795--69326830	18	2.0	18	100	0	72	16	33	16	33	1.92
69332388--69332426	18	2.2	18	100	0	78	23	0	17	58	1.38
69338751--69338788	19	2.0	19	100	0	76	26	26	21	26	1.99
69345144--69346311	584	2.0	583	96	0	2174	43	16	13	26	1.86
69346955--69347020	27	2.4	27	77	5	71	16	9	31	42	1.80
69355647--69355685	11	3.5	11	80	19	53	61	2	0	35	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69357155--69357187	15	2.1	16	88	5	50	39	9	6	45	1.61
69358454--69358487	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
69369276--69369331	14	4.0	14	73	15	53	41	0	1	57	1.09
69369263--69369309	15	3.2	15	79	11	53	31	2	0	65	1.04
69369246--69369321	29	2.6	29	83	8	84	36	1	1	60	1.13
69372581--69372637	30	1.9	30	92	0	96	33	15	24	26	1.95
69373030--69373344	47	6.7	46	70	14	180	27	20	28	23	1.99
69376011--69376088	7	10.9	7	80	5	75	21	1	33	43	1.61
69376011--69376088	15	5.4	15	81	7	72	21	1	33	43	1.61
69376014--69376088	22	3.5	20	78	12	78	21	1	33	44	1.61
69380022--69380109	30	2.9	30	96	0	158	31	15	26	26	1.96
69380450--69380670	94	2.4	94	81	2	257	28	20	28	22	1.99
69382916--69383039	47	2.7	46	77	16	139	26	28	16	28	1.97
69382870--69383039	94	1.8	93	83	5	227	26	28	18	26	1.98
69386158--69386235	34	2.3	34	95	2	138	58	3	10	26	1.48
69386408--69386455	24	2.0	24	84	8	62	58	4	6	31	1.42
69386696--69386756	30	2.0	30	83	0	77	67	0	4	27	1.11
69388957--69389391	209	2.1	210	87	3	635	29	22	18	30	1.97
69391449--69391555	17	5.9	18	85	6	146	36	14	11	37	1.83
69391449--69391555	35	3.0	35	94	4	178	36	14	11	37	1.83
69391936--69392288	83	4.2	83	96	0	625	26	20	20	32	1.97
69392212--69392686	119	4.0	119	94	1	817	29	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69392678--69392856	44	4.1	44	77	9	204	29	25	15	29	1.96
69392685--69392851	87	1.9	87	84	4	221	29	25	16	28	1.97
69393722--69393777	22	2.5	22	86	8	78	1	14	0	83	0.72
69393723--69393782	12	4.8	13	80	15	65	1	13	0	85	0.69
69393722--69393781	21	2.8	21	82	5	75	1	13	0	85	0.69
69396282--69396312	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
69399592--69399698	17	5.9	18	87	6	155	36	14	11	38	1.81
69399592--69399698	35	3.0	35	95	4	187	36	14	11	38	1.81
69411126--69411203	34	2.3	34	95	2	138	58	3	10	26	1.48
69411386--69411433	24	2.0	24	84	8	62	58	4	6	31	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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