genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  111  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29364861--29364898	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
29365064--29365108	22	2.2	20	84	15	56	37	4	0	57	1.19
29365470--29365513	23	2.0	23	82	8	56	38	2	4	54	1.33
29369367--29369402	12	3.0	12	91	0	54	25	22	5	47	1.73
29377752--29377914	90	1.8	88	89	5	256	30	16	20	33	1.95
29377693--29378061	163	2.2	164	82	3	447	30	17	20	31	1.95
29377861--29378003	73	2.0	73	86	5	200	30	16	23	29	1.96
29379320--29379355	13	2.8	13	91	4	56	72	8	0	19	1.10
29380128--29380166	20	2.0	20	85	5	53	33	2	5	58	1.33
29380586--29380623	19	2.1	19	90	5	60	28	2	7	60	1.38
29380717--29380775	24	2.4	25	83	13	70	28	5	10	55	1.54
29380930--29380959	9	3.3	9	90	0	51	40	0	0	60	0.97
29380910--29380956	24	2.0	22	84	15	60	40	2	0	57	1.11
29380868--29380971	20	5.2	20	70	22	67	34	1	6	56	1.37
29382015--29382061	19	2.5	19	96	0	85	53	4	0	42	1.20
29382353--29382840	140	3.5	139	87	6	684	28	8	6	57	1.53
29382782--29382862	30	2.5	33	82	13	89	25	6	3	64	1.34
29382813--29382903	17	5.1	18	67	15	71	17	7	4	70	1.28
29382859--29382906	15	3.1	15	77	11	51	16	10	4	68	1.33
29382805--29382899	34	2.7	35	81	15	99	21	8	4	66	1.36
29383245--29383278	11	3.2	10	91	8	50	58	8	0	32	1.29
29383359--29383404	18	2.6	17	80	10	56	0	28	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29383428--29383467	18	2.2	19	90	4	64	0	32	0	67	0.91
29383640--29383689	18	2.7	18	93	3	82	8	8	8	76	1.18
29386724--29386759	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
29392301--29392401	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
29398204--29398378	71	2.5	69	85	3	217	28	14	22	34	1.93
29398378--29398543	72	2.3	71	87	4	235	22	15	20	41	1.89
29398476--29399243	140	5.5	140	96	0	1385	25	17	20	37	1.94
29399081--29399114	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
29399149--29399383	72	3.2	72	80	12	251	31	16	16	36	1.91
29399268--29399504	121	2.0	121	92	0	393	31	16	17	34	1.93
29399389--29399741	75	4.7	75	87	4	446	30	17	19	32	1.95
29399721--29399755	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
29399664--29399835	94	1.8	93	85	3	238	27	20	20	31	1.97
29399734--29399950	78	2.7	78	85	5	258	31	17	17	34	1.93
29399735--29400114	78	4.7	78	73	11	257	29	17	18	35	1.93
29399517--29400324	245	3.3	242	82	7	856	28	16	19	35	1.94
29400096--29400157	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
29401580--29401612	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
29402859--29402931	31	2.3	31	88	6	103	45	8	1	45	1.42
29402876--29402936	31	2.0	31	96	0	113	44	9	0	45	1.37
29405766--29405805	20	2.0	20	95	0	71	40	12	5	42	1.64
29406052--29406105	17	3.4	14	73	26	54	37	11	16	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29406058--29406126	17	4.0	17	92	3	111	37	11	14	36	1.83
29406055--29406125	34	2.1	35	94	2	126	36	11	15	36	1.83
29409301--29409343	10	4.2	11	80	14	56	69	0	30	0	0.88
29409303--29409335	12	2.8	12	90	0	57	69	0	30	0	0.88
29409299--29409340	20	2.1	20	90	0	66	71	0	28	0	0.86
29411278--29411453	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
29411274--29411445	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
29414401--29414469	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
29414392--29414479	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
29416861--29417036	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
29416857--29417028	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
29418709--29418738	16	1.9	15	93	6	51	93	0	6	0	0.35
29418709--29418741	17	2.0	16	94	5	57	90	0	9	0	0.44
29420221--29420286	14	4.8	14	83	9	91	84	0	15	0	0.61
29420222--29420280	26	2.3	25	88	2	91	84	0	15	0	0.62
29421214--29421504	84	3.4	84	83	3	377	31	22	21	24	1.98
29421223--29421449	43	5.3	43	66	18	125	31	22	21	24	1.98
29421629--29422764	207	5.5	207	93	1	1819	29	17	23	29	1.97
29423142--29423197	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
29423148--29423211	17	3.6	17	87	8	92	39	12	12	35	1.81
29423140--29423218	35	2.2	37	86	13	121	39	10	15	35	1.81
29427373--29427479	21	4.8	22	69	22	64	63	2	3	29	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29427351--29427479	57	2.4	54	79	20	137	63	2	3	30	1.25
29427484--29427525	17	2.5	17	80	7	50	50	0	7	42	1.30
29427518--29427577	22	2.6	21	84	12	66	66	0	1	31	1.01
29429011--29429214	80	2.6	79	82	3	241	26	26	16	30	1.96
29429170--29429346	44	4.0	44	79	2	194	23	27	18	30	1.98
29429710--29429817	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
29434651--29435249	297	2.0	297	97	0	1135	28	14	26	29	1.95
29437029--29437136	26	4.2	26	91	0	180	32	8	24	35	1.85
29439827--29439932	44	2.4	44	93	0	185	27	25	16	30	1.97
29440867--29440979	28	3.9	28	72	18	88	25	23	20	30	1.99
29440886--29441015	60	2.2	60	84	5	165	26	24	18	30	1.98
29443040--29443064	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
29446753--29446906	44	3.5	44	89	0	236	26	29	14	29	1.95
29446882--29447332	220	2.1	219	88	1	663	27	21	17	33	1.96
29450982--29451189	67	3.2	64	78	10	206	31	17	29	22	1.96
29455401--29455550	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
29455425--29455608	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
29463125--29463292	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
29463125--29463292	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
29471603--29471799	39	5.0	39	87	0	250	24	29	21	24	1.99
29474396--29474563	40	4.2	40	77	12	166	23	20	28	27	1.99
29474396--29474563	80	2.1	79	87	4	239	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29481683--29481784	33	3.3	29	77	20	91	63	2	3	29	1.27
29483162--29483198	18	2.1	18	94	0	65	16	2	5	75	1.10
29485030--29485060	15	2.1	15	93	0	53	22	12	9	54	1.67
29486896--29486954	30	2.0	30	82	0	73	23	10	6	59	1.54
29487229--29487286	17	3.4	16	77	20	55	32	3	3	60	1.30
29487241--29487286	18	2.6	17	83	13	58	34	4	0	60	1.16
29487242--29487286	21	2.2	20	88	4	63	35	4	0	60	1.17
29487369--29487421	11	4.4	12	80	15	56	30	1	1	66	1.13
29487369--29487423	25	2.2	25	78	18	60	30	1	1	65	1.13
29499433--29499856	220	1.9	220	87	0	616	33	17	21	27	1.96
29499843--29500223	44	8.7	44	89	1	575	30	14	27	26	1.95
29501962--29502111	39	3.8	40	83	5	171	28	22	25	23	1.99
29510076--29510259	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
29510116--29510304	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
29516318--29516350	16	2.1	16	100	0	66	42	6	21	30	1.77
29522567--29522717	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
29522604--29522733	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
29528290--29528492	39	5.2	38	92	3	298	28	26	21	23	1.99
29536258--29536461	40	5.2	40	94	2	333	27	27	21	23	1.99
29541986--29542183	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
29542052--29542169	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
29542020--29542183	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29549538--29549735	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
29549604--29549721	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
29549572--29549735	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
29551164--29551316	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
29559145--29559297	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
29564677--29564800	39	3.2	39	87	0	176	23	20	28	27	1.99
29571931--29571955	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
29596699--29596777	40	2.0	40	92	0	131	13	18	32	34	1.91
29599368--29599597	38	6.0	38	90	1	343	20	21	26	30	1.98
29603521--29603687	45	3.7	45	74	13	162	22	19	26	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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