genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  38  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9519375--9519674	73	4.0	73	80	6	305	33	21	16	29	1.94
9529747--9529776	13	2.3	13	94	0	51	63	10	0	26	1.26
9535852--9535891	19	2.1	19	90	0	62	72	7	2	17	1.19
9538009--9538068	28	2.1	28	100	0	120	21	6	28	43	1.78
9540215--9540288	26	2.9	27	86	9	102	37	20	22	18	1.94
9541188--9541275	37	2.4	35	78	14	97	53	7	4	34	1.51
9541259--9541319	24	2.5	23	76	12	61	52	4	13	29	1.61
9543925--9543982	29	2.0	29	100	0	116	27	31	17	24	1.97
9543871--9544034	83	2.0	83	96	0	301	34	23	15	26	1.94
9543954--9544422	54	8.6	54	94	1	821	38	17	14	28	1.90
9543954--9544422	164	2.9	163	95	1	823	38	17	14	28	1.90
9543954--9544422	218	2.2	218	96	0	850	38	17	14	28	1.90
9544390--9544874	89	5.5	89	88	5	718	35	19	17	27	1.94
9544603--9544637	14	2.5	14	90	0	52	60	5	14	20	1.54
9544391--9544890	266	1.9	262	90	6	812	36	19	17	27	1.94
9551823--9551910	37	2.4	35	78	14	97	53	7	4	34	1.51
9551894--9551954	24	2.5	23	76	12	61	52	4	13	29	1.61
9553499--9553532	17	2.0	17	94	0	59	20	17	44	17	1.87
9558229--9558268	21	1.9	21	85	10	55	67	2	0	30	1.04
9560126--9560323	43	4.6	43	84	0	216	28	28	16	26	1.97
9560126--9560323	86	2.3	86	84	0	243	28	28	16	26	1.97
9564345--9564378	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9565177--9565230	15	3.7	15	76	16	51	40	35	1	22	1.65
9565188--9565229	22	2.0	21	85	4	57	40	38	0	21	1.53
9565533--9565733	41	4.9	40	90	3	285	21	23	21	33	1.97
9565533--9565733	81	2.5	81	89	2	287	21	23	21	33	1.97
9571140--9571192	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
9571640--9571669	16	1.9	15	93	6	51	43	10	13	33	1.77
9574778--9574807	14	2.2	13	94	5	51	33	6	20	40	1.78
9574795--9574833	20	2.0	20	94	0	69	33	5	15	46	1.68
9575257--9575533	138	2.0	138	99	0	545	29	23	16	30	1.96
9579050--9579130	27	3.0	27	98	0	153	22	35	3	38	1.72
9581796--9581826	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
9581968--9581999	15	2.2	15	94	5	57	71	3	0	25	1.00
9581967--9582000	14	2.5	13	86	13	50	67	2	0	29	1.05
9584810--9584857	14	3.4	14	75	13	53	39	0	29	31	1.57
9593861--9593903	21	2.0	21	82	13	52	55	2	4	37	1.33
9594147--9594177	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
9595344--9595435	46	2.0	46	97	0	175	53	6	16	23	1.66
9596126--9596503	86	4.4	86	91	2	555	19	23	21	35	1.96
9596226--9596454	44	5.3	44	70	14	215	19	24	21	34	1.96
9596259--9596496	42	5.6	41	69	15	169	20	23	21	34	1.97
9596132--9596504	44	8.7	43	68	13	207	19	22	21	35	1.96
9596475--9596639	88	1.9	89	85	3	235	21	22	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9597027--9597111	43	2.0	43	85	2	116	20	18	22	38	1.93
9605567--9605614	19	2.3	21	79	10	55	14	14	8	62	1.53
9614086--9614167	23	3.5	23	81	3	101	37	4	19	37	1.73
9614574--9614620	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
9614906--9614951	20	2.3	20	100	0	92	52	21	21	4	1.64
9615787--9615891	25	4.2	26	91	6	180	31	5	25	37	1.80
9615787--9615891	51	2.1	50	94	5	185	31	5	25	37	1.80
9617372--9617423	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
9622813--9622945	26	5.2	26	96	1	250	30	6	26	36	1.82
9622813--9622945	51	2.6	52	95	2	250	30	6	26	36	1.82
9624428--9624479	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
9625627--9625738	42	2.7	42	95	0	206	33	4	25	37	1.76
9627228--9627280	26	2.0	26	85	7	72	33	24	18	22	1.97
9636210--9636267	28	2.1	28	100	0	116	46	10	10	32	1.72
9651130--9651193	18	3.6	18	78	0	74	35	12	12	39	1.81
9651121--9651201	36	2.2	36	84	0	99	39	13	9	37	1.78
9653072--9653114	22	2.0	22	85	0	59	0	27	0	72	0.85
9653080--9653110	15	2.1	14	94	5	53	0	25	0	74	0.82
9653292--9653378	20	4.3	20	70	22	58	47	3	0	49	1.18
9653321--9653386	15	4.7	15	70	21	61	53	1	0	45	1.09
9653325--9653396	21	3.5	21	75	17	78	51	2	0	45	1.15
9653317--9653384	18	3.5	18	74	18	73	52	1	0	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9653300--9653386	41	2.1	41	97	0	165	50	3	0	45	1.18
9654628--9654683	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
9654626--9654695	35	1.9	37	91	8	117	37	11	14	37	1.82
9654626--9654695	17	3.8	19	88	11	119	37	11	14	37	1.82
9654626--9654706	17	4.2	22	86	13	78	39	9	14	35	1.80
9662928--9663513	221	2.7	219	91	1	922	32	18	21	26	1.97
9663455--9663747	78	3.8	78	86	1	392	31	17	24	26	1.97
9663674--9664085	221	1.9	221	93	0	716	33	17	22	26	1.96
9664040--9664218	78	2.3	78	89	1	261	32	17	22	27	1.96
9663088--9664218	585	1.9	585	92	0	1906	32	17	22	26	1.96
9664069--9664256	78	2.4	78	84	3	243	34	18	19	27	1.95
9664270--9664417	45	3.3	45	82	1	181	31	12	29	27	1.93
9664774--9664871	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
9664774--9664864	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
9667256--9667330	38	2.0	37	84	2	96	29	10	20	40	1.86
9669080--9669140	29	2.1	29	100	0	122	26	6	26	40	1.80
9678357--9678392	17	2.1	17	100	0	72	44	11	22	22	1.84
9679920--9679964	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
9680031--9680113	26	3.2	26	76	15	73	33	1	2	62	1.16
9683248--9683316	35	1.9	36	94	5	122	14	24	34	26	1.94
9686191--9686271	40	2.0	40	97	0	153	35	25	8	29	1.86
9686462--9686784	41	7.9	41	92	1	479	30	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9687249--9687292	21	2.1	21	83	8	54	36	0	36	27	1.57
9687329--9687397	15	4.7	15	72	13	54	18	1	43	36	1.60
9687508--9687551	16	2.6	17	82	7	54	52	2	2	43	1.26
9687520--9687569	26	1.9	26	87	0	73	50	4	4	42	1.40
9692789--9693057	43	6.3	43	84	6	368	24	18	27	29	1.98
9692789--9693057	128	2.1	128	88	2	398	24	18	27	29	1.98
9692789--9693059	85	3.2	85	87	3	384	23	18	27	30	1.97
9699942--9699989	16	2.9	17	75	9	55	39	6	0	54	1.26
9703473--9703517	21	2.1	21	87	4	63	80	6	4	8	1.03
9705184--9705224	19	2.2	19	86	8	57	21	0	4	73	1.02
9706747--9706818	20	3.9	18	71	18	58	63	1	2	31	1.17
9706742--9706827	28	3.1	27	73	18	79	66	2	3	27	1.20
9706740--9706863	36	3.4	36	76	9	92	62	3	4	29	1.31
9706766--9706873	19	5.7	18	69	11	65	62	3	6	27	1.37
9706809--9706895	20	4.3	20	72	10	70	60	3	6	28	1.39
9707123--9707164	19	2.2	20	82	4	50	38	4	2	54	1.34
9707529--9707566	19	2.0	19	100	0	76	36	0	5	57	1.21
9708956--9709005	22	2.3	22	86	3	66	64	2	4	30	1.23
9709098--9709138	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
9709324--9709550	41	5.6	39	80	7	222	32	24	18	24	1.97
9709340--9709550	81	2.6	80	85	6	273	34	24	17	24	1.96
9709840--9709915	28	2.7	28	78	11	75	50	22	0	27	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9711504--9711577	29	2.6	29	95	0	130	24	16	32	27	1.96
9711560--9711698	24	5.8	24	94	0	242	20	18	26	34	1.96
9711563--9711720	48	3.3	48	84	7	205	22	18	25	32	1.97
9711559--9711720	72	2.2	72	90	2	245	22	18	25	33	1.97
9719304--9719376	28	2.6	29	91	4	121	24	16	31	27	1.96
9719359--9719497	24	5.8	24	94	0	242	20	18	26	34	1.96
9719362--9719519	48	3.3	48	84	7	205	22	18	25	32	1.97
9719358--9719519	72	2.2	72	90	2	245	22	18	25	33	1.97
9723755--9723784	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
9726825--9726892	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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