genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  237  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67297314--67297609	132	2.2	132	90	0	475	28	20	19	31	1.97
67297162--67297786	309	2.0	310	89	1	959	28	21	19	31	1.97
67297447--67298021	177	3.2	177	92	0	963	28	21	19	30	1.98
67298079--67298206	64	2.0	64	98	0	247	35	14	18	30	1.91
67302497--67302553	26	2.1	27	81	12	64	43	3	1	50	1.29
67302647--67302677	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
67303676--67303708	15	2.3	15	89	5	50	54	3	3	39	1.31
67304445--67304499	28	2.0	28	85	0	74	47	1	1	49	1.23
67304481--67304545	33	2.0	33	82	11	80	47	1	1	49	1.20
67304935--67304959	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
67308328--67308357	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
67308446--67308476	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
67314081--67314131	26	2.0	26	85	14	70	74	7	9	7	1.22
67314059--67314127	19	3.7	19	78	14	72	73	7	8	10	1.24
67314097--67314133	19	1.9	19	88	0	56	78	2	13	5	1.03
67315520--67315854	135	2.5	135	90	0	526	31	20	22	25	1.98
67318577--67318944	45	8.2	45	70	12	236	31	17	24	27	1.97
67318576--67318944	89	4.1	91	70	16	286	31	17	24	27	1.97
67318791--67318952	43	3.8	43	73	11	127	27	19	24	28	1.98
67320625--67320654	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
67320736--67320770	2	17.5	2	87	0	52	42	0	0	57	0.99
67320728--67320768	10	4.3	10	87	6	59	39	0	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67327474--67327513	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
67328025--67328051	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
67330238--67330288	25	2.0	25	100	0	102	37	19	15	27	1.92
67330408--67330510	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
67337489--67337575	42	2.1	42	91	0	138	28	22	17	31	1.97
67338219--67338305	43	2.0	44	86	2	122	22	19	20	36	1.95
67343569--67343624	27	2.1	27	83	6	69	78	14	5	1	1.00
67343561--67343649	34	2.7	32	93	6	160	75	16	4	3	1.11
67343561--67343658	33	3.0	32	89	7	151	75	16	4	4	1.11
67344422--67344523	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
67346184--67346229	19	2.4	19	89	7	67	28	21	4	45	1.71
67353055--67353244	72	2.6	71	85	4	254	25	15	23	35	1.94
67353121--67353484	125	3.0	122	78	11	397	25	14	21	38	1.91
67353368--67353590	72	3.1	72	83	3	268	25	17	21	35	1.95
67352947--67353546	313	1.9	314	96	1	1114	26	15	22	36	1.93
67353507--67353679	90	2.0	87	85	5	231	26	20	20	32	1.97
67353596--67354486	72	11.8	74	78	13	471	30	17	19	32	1.95
67353457--67353876	164	2.6	165	94	1	729	28	20	21	30	1.98
67353670--67353843	90	2.0	88	82	6	217	27	20	19	32	1.97
67353760--67354481	72	9.7	73	85	6	798	31	16	19	32	1.94
67353760--67354481	142	4.9	144	82	6	779	31	16	19	32	1.94
67353759--67354486	214	3.3	217	82	6	856	31	16	19	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67355349--67355445	37	3.1	30	77	21	108	73	17	5	4	1.18
67355352--67355445	34	2.9	31	77	20	102	72	18	5	4	1.20
67355366--67355445	37	2.3	35	91	8	135	76	15	6	2	1.09
67364276--67364308	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
67364452--67364480	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
67370364--67370432	27	2.6	26	84	6	95	62	7	2	27	1.36
67371770--67371794	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
67372630--67372689	28	2.2	28	87	3	86	48	5	1	45	1.34
67375378--67375745	3	120.3	3	75	9	307	28	6	1	63	1.30
67375811--67375892	29	2.8	29	80	5	85	18	3	3	74	1.12
67377089--67377332	126	1.9	126	93	0	416	38	13	17	30	1.88
67377431--67377481	13	3.9	14	77	12	54	64	0	3	31	1.11
67377546--67377596	21	2.4	21	83	0	57	54	5	11	27	1.59
67377786--67377821	19	1.9	18	94	5	63	66	0	0	33	0.92
67378208--67378243	18	2.0	18	94	0	63	16	0	58	25	1.38
67378226--67378288	29	2.2	29	85	5	83	17	1	49	31	1.56
67378526--67378827	85	3.6	84	87	6	450	19	26	25	28	1.99
67378848--67379079	44	5.3	44	71	12	181	23	17	20	38	1.93
67378801--67379000	43	4.6	44	72	14	155	23	19	22	35	1.96
67378521--67379084	87	6.6	87	84	5	426	21	22	23	33	1.98
67379082--67379426	133	2.6	132	89	1	521	24	22	22	30	1.99
67379270--67379712	179	2.5	178	87	3	701	23	23	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67379411--67379698	89	3.2	89	67	17	234	23	24	21	30	1.99
67379331--67379619	89	3.2	89	68	17	247	24	22	23	28	1.99
67380993--67381042	15	3.3	14	83	13	55	0	26	0	74	0.83
67381000--67381043	21	2.1	21	86	0	61	0	25	0	75	0.81
67380963--67381035	15	4.7	15	73	21	53	2	21	1	73	1.03
67387170--67387413	126	1.9	126	93	0	416	37	14	18	29	1.91
67387624--67387674	21	2.4	21	83	0	57	54	5	11	27	1.59
67387864--67387894	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
67387866--67387903	19	2.1	18	95	5	67	68	0	0	31	0.90
67387877--67388014	61	2.2	60	83	8	163	64	5	5	25	1.35
67388288--67388323	18	2.0	18	88	0	54	25	0	50	25	1.50
67388341--67388404	29	2.2	29	88	5	94	17	1	50	31	1.55
67392127--67392297	92	1.8	93	94	1	308	27	30	21	20	1.98
67392119--67392293	46	3.8	46	80	11	223	28	29	21	20	1.98
67392124--67392312	46	4.1	45	72	13	143	28	29	21	20	1.98
67400554--67400605	25	2.1	25	100	0	104	34	15	3	46	1.64
67401226--67401263	14	2.7	14	87	0	58	28	13	13	44	1.81
67401696--67401726	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
67402173--67402262	37	2.4	37	88	0	144	18	18	10	52	1.73
67411714--67411741	7	4.0	7	100	0	56	28	28	0	42	1.56
67411727--67412410	190	3.7	181	84	7	855	28	23	18	29	1.98
67411727--67412410	368	1.9	369	86	2	980	28	23	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67411727--67412410	178	3.8	178	84	7	766	28	23	18	29	1.98
67416242--67416287	18	2.6	18	92	0	74	50	0	4	45	1.21
67416601--67416896	161	1.8	161	98	0	574	38	7	22	31	1.81
67419768--67419828	28	2.2	28	96	0	113	47	13	13	26	1.79
67424023--67424059	19	1.9	19	94	0	65	45	10	0	43	1.39
67425084--67425110	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
67427831--67427879	19	2.4	22	77	16	61	65	2	2	30	1.15
67427933--67427958	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
67442890--67443042	39	3.9	39	90	0	234	24	31	20	24	1.98
67446537--67446581	21	2.2	22	84	11	60	46	0	22	31	1.52
67450987--67451068	35	2.3	35	81	4	85	40	26	2	30	1.69
67452531--67452698	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
67452547--67452698	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
67460534--67460701	40	4.2	40	81	1	167	23	26	23	26	2.00
67460550--67460701	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
67474704--67474756	25	2.2	24	83	10	63	22	16	1	58	1.48
67476356--67476414	28	2.1	28	96	0	109	33	0	16	49	1.47
67479749--67479966	90	2.4	90	77	1	204	28	25	18	26	1.98
67479842--67479933	42	2.2	42	74	0	94	26	29	18	26	1.98
67479835--67480016	48	3.9	48	71	13	155	27	28	19	25	1.99
67487823--67488031	40	5.2	39	81	6	134	23	26	22	27	2.00
67487799--67488032	80	2.9	79	77	5	218	23	26	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67494204--67494421	40	5.5	39	81	7	215	23	26	23	26	2.00
67494190--67494422	80	2.9	80	82	4	263	23	26	23	26	2.00
67497811--67497866	28	2.0	28	100	0	112	42	17	17	21	1.89
67508110--67508274	46	3.6	44	79	8	163	23	30	18	27	1.97
67512116--67512287	46	3.7	46	76	10	154	26	19	31	22	1.98
67514318--67514409	42	2.2	42	80	0	103	26	29	19	25	1.99
67514231--67514437	90	2.3	90	79	3	220	28	26	19	25	1.99
67518790--67518849	26	2.3	26	88	2	86	48	13	10	28	1.74
67521036--67521089	12	4.3	12	73	17	56	44	0	1	53	1.11
67537614--67537756	56	2.6	52	85	7	171	36	0	9	53	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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