genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  218  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61495436--61495603	46	3.6	46	73	12	146	24	17	26	31	1.97
61495431--61495695	93	2.8	93	85	1	343	24	18	25	30	1.98
61495431--61495641	46	4.5	46	70	7	140	25	18	26	30	1.97
61497699--61497764	3	22.0	3	75	6	62	62	6	4	27	1.39
61497699--61497764	21	3.1	21	80	4	71	62	6	4	27	1.39
61497799--61497870	27	2.8	28	82	14	75	70	5	8	15	1.30
61499187--61499225	19	2.1	19	85	9	53	7	0	15	76	0.99
61500150--61500235	23	3.8	22	80	7	84	26	22	19	31	1.98
61500159--61500238	23	3.5	22	85	8	90	26	21	18	33	1.96
61505176--61505213	19	2.0	19	100	0	76	31	10	26	31	1.90
61506028--61506067	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
61506626--61507740	44	25.6	44	87	2	1552	22	31	16	30	1.95
61507848--61507966	61	1.9	65	89	6	192	39	10	15	33	1.83
61519794--61519831	19	2.0	19	94	0	67	31	7	26	34	1.85
61520718--61520751	5	7.0	5	86	6	52	79	0	2	17	0.86
61521003--61521047	16	2.7	16	86	6	54	11	6	0	82	0.84
61521002--61521042	9	4.7	9	87	6	57	9	7	0	82	0.83
61525412--61525629	40	5.5	40	96	2	395	27	30	22	20	1.98
61527785--61527818	16	2.1	16	100	0	68	17	26	11	44	1.83
61530425--61530492	27	2.5	28	97	2	129	32	26	11	29	1.92
61539137--61539380	40	6.1	40	94	0	409	23	22	27	26	2.00
61541594--61541738	57	2.5	57	83	4	177	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61543433--61543589	37	4.3	37	80	4	156	42	14	15	28	1.85
61543843--61543957	58	2.0	58	81	6	135	31	22	23	22	1.99
61546188--61546239	27	1.9	27	88	0	77	34	19	21	25	1.96
61553271--61553605	40	8.5	40	91	3	502	23	22	27	26	1.99
61561426--61561642	40	5.5	40	90	3	298	23	23	28	24	2.00
61561426--61561642	79	2.7	79	89	3	303	23	23	28	24	2.00
61563390--61563521	47	2.8	48	87	1	185	34	25	15	24	1.95
61572197--61572244	24	2.0	24	100	0	96	16	37	16	29	1.91
61572201--61572252	24	2.2	24	89	0	77	19	40	15	25	1.90
61579957--61580003	21	2.2	21	85	7	60	51	2	0	46	1.13
61591859--61591916	27	2.1	28	87	9	84	43	3	10	43	1.55
61592360--61592394	2	17.0	2	94	5	61	48	2	0	48	1.16
61593286--61593327	14	2.8	16	82	10	52	23	0	4	71	1.05
61596282--61596649	48	7.8	47	73	12	236	28	19	27	24	1.99
61596330--61596644	141	2.2	141	82	7	370	29	19	26	24	1.98
61608242--61608415	48	3.6	49	81	7	171	28	19	28	23	1.98
61614195--61614234	13	3.1	13	92	0	62	72	0	27	0	0.85
61617556--61617580	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
61619530--61619764	24	9.8	24	96	0	425	20	17	25	35	1.95
61627405--61627615	24	8.8	24	96	0	377	20	18	25	35	1.95
61629328--61629395	30	2.3	30	89	0	100	23	20	30	25	1.98
61630984--61631031	24	2.0	24	95	0	87	22	8	39	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61633915--61633945	13	2.4	13	100	0	62	35	0	45	19	1.51
61638278--61638450	45	3.9	46	83	7	198	26	28	22	22	1.99
61638443--61638716	38	7.2	38	86	0	352	31	25	22	21	1.98
61638986--61639121	43	3.1	44	84	6	186	27	29	17	25	1.97
61643668--61643891	39	5.7	39	91	0	349	22	20	25	30	1.98
61651742--61651984	24	10.1	24	98	0	441	20	17	24	36	1.94
61659752--61659994	24	10.1	24	98	0	432	20	17	25	36	1.94
61668373--61668460	42	2.1	42	97	0	167	34	12	20	32	1.90
61673544--61673593	11	4.7	11	82	9	68	30	32	0	38	1.58
61673536--61673593	20	2.7	21	84	10	73	31	29	0	39	1.57
61674759--61674791	7	4.7	7	100	0	66	27	0	12	60	1.32
61675408--61675450	18	2.4	18	84	7	52	16	23	11	48	1.78
61676337--61676506	54	3.1	49	66	29	128	43	2	6	47	1.41
61675835--61676563	116	6.3	116	96	0	1255	40	3	8	47	1.51
61679571--61680109	126	4.3	126	90	0	819	27	20	17	33	1.95
61680226--61680402	96	1.8	98	84	8	245	40	14	1	42	1.56
61680399--61680440	15	2.6	17	85	11	61	54	23	0	21	1.44
61684198--61684382	43	4.3	43	90	0	262	27	27	18	27	1.98
61684706--61684739	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
61688935--61688981	18	2.6	19	86	6	62	36	0	38	25	1.56
61689111--61689328	74	3.0	74	92	5	351	25	9	10	54	1.65
61689537--61689571	14	2.5	14	85	0	52	42	31	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61689598--61689647	15	3.4	15	72	10	50	44	36	0	20	1.52
61689561--61689647	43	2.0	44	81	2	104	40	36	0	22	1.55
61689626--61689666	21	2.0	21	85	0	55	46	34	0	19	1.50
61689597--61689695	29	3.4	29	84	5	112	47	30	0	22	1.51
61689696--61689759	22	2.9	22	92	0	101	25	45	3	26	1.68
61689887--61689950	21	3.1	20	80	10	67	37	40	0	21	1.54
61690009--61690106	7	13.4	7	72	8	61	46	25	1	26	1.59
61690014--61690098	21	3.9	21	77	11	98	44	27	1	27	1.62
61689998--61690091	46	2.0	46	97	0	179	42	26	2	28	1.67
61689935--61690067	25	5.4	25	67	15	82	42	27	1	27	1.64
61690263--61690359	41	2.4	41	79	5	108	15	19	21	43	1.88
61690413--61690438	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
61693034--61693069	6	5.7	6	87	12	54	63	0	0	36	0.94
61693037--61693064	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
61695103--61695272	48	3.6	48	80	6	175	30	20	27	22	1.98
61695061--61695231	46	3.7	45	77	9	175	29	19	28	21	1.98
61695061--61695271	94	2.2	92	82	5	235	29	19	27	22	1.98
61695098--61695371	94	2.8	97	79	5	236	31	19	27	21	1.97
61703604--61703660	30	1.9	30	88	0	87	40	8	21	29	1.83
61708178--61708261	26	3.3	26	70	9	75	33	7	29	29	1.84
61709497--61709557	29	2.2	27	80	8	70	70	3	1	24	1.11
61709660--61709689	16	1.9	16	93	6	53	30	6	10	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61709953--61709977	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
61710733--61710796	3	21.3	3	100	0	128	67	0	32	0	0.91
61712039--61712076	14	2.8	14	84	4	51	28	5	23	42	1.76
61714595--61714629	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
61715648--61715739	24	3.8	24	86	0	121	33	28	13	25	1.93
61715653--61715751	24	4.1	23	82	8	85	32	27	15	25	1.95
61729610--61729807	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
61729676--61729793	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61729644--61729807	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61737178--61737375	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
61737244--61737361	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61737212--61737375	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61742260--61742447	50	3.8	49	80	4	164	29	27	17	26	1.98
61742272--61742401	50	2.6	50	85	6	167	30	28	16	24	1.96
61742272--61742458	101	1.9	99	83	4	241	28	28	17	25	1.97
61757869--61758019	78	1.9	80	83	5	200	23	28	22	25	1.99
61757838--61758019	40	4.6	39	77	8	163	23	28	24	24	2.00
61765857--61766047	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
61765897--61766047	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
61768715--61769004	48	6.0	48	95	0	508	35	6	27	31	1.82
61769145--61769247	37	2.8	37	95	0	179	23	21	31	24	1.99
61770622--61770668	23	2.0	22	84	12	58	48	23	8	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61771807--61771856	26	1.9	26	95	0	91	24	14	10	52	1.71
61778668--61778859	56	3.4	56	88	5	273	34	25	13	26	1.93
61786213--61786246	17	2.0	17	94	0	59	61	0	14	23	1.33
61794297--61794456	29	5.5	30	86	8	213	33	13	25	27	1.93
61797251--61797318	22	3.0	22	80	8	57	33	4	4	57	1.39
61797266--61797327	22	2.7	23	82	12	65	33	3	4	58	1.36
61797262--61797329	27	2.6	25	77	17	68	33	2	4	58	1.33
61803343--61803393	21	2.4	21	96	0	93	19	31	3	45	1.69
61810328--61811145	89	9.4	86	79	10	728	29	17	18	34	1.94
61810822--61810856	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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