genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11205809--11206377	3	189.3	3	67	15	189	60	2	7	29	1.37
11207694--11207805	41	2.6	43	83	4	138	29	17	20	32	1.96
11208153--11208442	77	3.8	76	85	3	359	35	19	14	29	1.92
11220552--11220599	17	2.8	17	85	14	64	64	0	8	27	1.22
11220662--11220720	3	19.7	3	96	0	109	33	1	32	32	1.68
11220972--11221013	17	2.5	17	88	0	57	59	2	4	33	1.31
11220719--11221299	3	194.3	3	67	15	183	60	2	7	29	1.38
11227386--11227426	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
11231691--11231738	10	5.0	10	80	16	57	47	0	0	52	1.00
11231693--11231738	18	2.4	20	82	10	60	47	0	0	52	1.00
11232776--11232840	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
11234686--11234767	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
11238791--11239068	51	5.5	51	74	11	178	29	20	19	30	1.97
11239184--11239233	22	2.2	22	85	3	64	42	18	10	30	1.82
11239196--11239239	22	2.0	22	95	0	79	40	15	4	38	1.68
11240646--11240679	14	2.4	14	90	0	50	2	2	8	85	0.80
11245398--11245442	18	2.5	18	81	0	54	68	2	4	24	1.19
11246850--11246887	9	4.4	9	83	9	53	63	0	5	31	1.17
11247569--11247633	30	2.2	29	83	8	78	35	20	3	41	1.68
11251338--11251395	8	7.1	8	79	11	55	37	8	0	53	1.32
11251490--11251552	32	2.0	32	87	0	90	28	3	1	66	1.16
11251491--11251820	3	109.3	3	70	15	139	28	6	3	61	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11253797--11253910	50	2.3	50	92	0	192	40	1	14	42	1.56
11255549--11255652	53	2.0	53	98	0	199	34	12	22	30	1.91
11260409--11260510	39	2.6	39	78	4	107	53	3	5	36	1.43
11260999--11261097	33	3.1	34	91	8	156	3	6	13	77	1.06
11261052--11261113	26	2.3	27	94	5	108	3	3	16	77	1.03
11261867--11262105	78	3.1	76	80	9	252	35	18	16	29	1.93
11262093--11262119	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
11262016--11262194	90	2.0	89	80	6	200	36	19	18	25	1.94
11262105--11262251	74	2.0	75	89	2	224	29	22	18	29	1.97
11261767--11262253	243	2.0	240	83	5	615	33	19	17	29	1.95
11261948--11262349	172	2.4	166	86	5	522	31	20	18	29	1.96
11262081--11262410	172	2.0	161	87	7	473	30	19	18	31	1.96
11262422--11262679	61	4.1	61	81	8	320	28	25	16	29	1.97
11262271--11262904	129	4.6	133	80	13	642	31	22	17	28	1.97
11262636--11262919	77	3.8	75	87	4	378	34	20	16	27	1.94
11262636--11262920	149	1.9	151	88	5	432	35	20	16	27	1.94
11262612--11263581	408	2.4	404	82	9	1144	34	20	16	28	1.94
11262970--11263313	77	4.4	76	82	9	405	32	20	15	31	1.94
11263163--11263331	88	1.9	86	87	2	248	37	18	14	29	1.90
11263315--11263359	13	3.4	13	81	6	63	68	4	11	15	1.34
11263339--11263506	73	2.3	74	86	3	232	35	20	16	27	1.94
11270597--11270696	39	2.6	39	77	4	105	54	4	6	36	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11271206--11271268	29	2.2	29	82	5	74	4	6	19	69	1.28
11271205--11271270	31	2.2	29	86	10	89	4	6	18	71	1.24
11273332--11273370	4	9.8	4	86	10	53	76	0	0	23	0.78
11273330--11273369	20	2.0	21	95	5	73	77	0	0	22	0.77
11277776--11277939	40	4.1	40	92	0	258	28	24	22	24	1.99
11285733--11285866	40	3.3	40	93	0	232	29	25	22	23	1.99
11292807--11292850	16	2.6	17	79	13	56	25	2	2	70	1.10
11294511--11294563	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
11296047--11296180	26	5.2	25	95	3	223	36	23	5	33	1.80
11296047--11296180	51	2.6	51	96	0	241	36	23	5	33	1.80
11300292--11300344	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
11301848--11301944	26	3.7	26	98	0	167	35	24	6	34	1.81
11306602--11306627	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
11312278--11312336	19	3.3	18	77	13	68	27	1	1	69	1.07
11313099--11313125	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
11315510--11315539	14	2.1	14	93	0	51	30	6	20	43	1.77
11316842--11317126	136	2.1	136	96	1	518	31	24	18	24	1.97
11318899--11319005	25	4.2	25	92	5	171	36	24	4	34	1.76
11318899--11319005	50	2.1	51	94	1	189	36	24	4	34	1.76
11323136--11323184	25	2.0	25	87	0	71	24	16	22	36	1.94
11324646--11324755	26	4.2	26	96	0	193	36	23	5	34	1.78
11326536--11326635	52	1.9	53	87	2	148	37	11	11	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11329594--11329729	26	5.2	26	93	0	227	33	5	25	36	1.78
11331513--11332070	136	4.1	137	95	0	1023	24	18	24	32	1.97
11331513--11332070	273	2.0	272	98	0	1080	24	18	24	32	1.97
11335753--11335887	26	5.2	26	94	1	227	33	5	24	37	1.78
11337669--11338089	136	3.1	136	98	0	799	24	18	24	31	1.97
11341690--11341722	17	1.9	17	93	0	57	24	3	9	63	1.38
11344224--11344523	3	99.7	3	64	20	53	31	6	4	58	1.41
11344226--11344271	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
11344235--11344311	14	5.4	14	71	13	50	24	7	3	63	1.38
11344616--11344734	21	5.5	22	78	13	104	34	3	2	59	1.27
11344618--11344669	9	5.2	9	77	20	50	32	0	1	65	1.04
11344632--11344734	24	4.5	23	73	13	88	34	3	2	58	1.31
11344619--11344734	44	2.6	44	80	11	130	34	3	2	59	1.28
11357393--11357836	75	6.0	74	83	6	547	30	16	20	33	1.94
11357389--11357836	149	3.0	147	84	5	603	30	16	19	33	1.94
11357802--11357869	33	2.1	33	94	0	118	25	20	17	36	1.94
11357731--11357933	108	1.9	108	91	2	336	29	17	20	33	1.95
11357835--11357986	72	2.1	75	86	3	211	30	18	21	30	1.97
11357653--11358015	182	2.0	182	85	7	488	29	17	19	33	1.95
11357943--11358107	87	1.9	87	83	2	215	29	18	18	33	1.95
11359100--11359133	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
11359766--11359811	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11359764--11359898	3	45.3	3	67	15	66	31	6	2	60	1.35
11359927--11359965	12	3.2	12	85	3	51	35	0	10	53	1.35
11360128--11360179	22	2.3	22	96	3	95	26	3	13	55	1.55
11372016--11372102	40	2.2	38	81	4	111	32	32	14	20	1.93
11372418--11372463	18	2.6	18	82	3	58	15	32	36	15	1.88
11375141--11375173	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
11377823--11378126	132	2.3	130	76	4	308	27	18	18	35	1.94
11379642--11379706	19	3.4	19	89	4	96	18	20	13	47	1.82
11381687--11381739	8	7.1	8	83	10	60	84	0	15	0	0.61
11381687--11381741	25	2.2	25	87	9	78	83	0	16	0	0.64
11382249--11382301	11	5.0	10	80	17	54	83	0	15	1	0.74
11382249--11382300	16	3.3	15	84	12	68	84	0	13	1	0.70
11382267--11382293	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
11383489--11383611	64	1.9	64	86	3	176	32	18	12	36	1.88
11383683--11385036	44	30.8	44	85	1	1721	27	14	30	27	1.95
11385725--11387023	44	29.5	44	85	2	1601	27	14	30	27	1.95
11393133--11393268	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
11398894--11399029	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
11400684--11400711	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
11400924--11401022	17	5.6	17	88	7	144	38	12	13	36	1.81
11400916--11401022	35	3.0	35	95	4	187	38	11	14	36	1.81
11400924--11401022	18	5.6	18	90	4	157	38	12	13	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11404515--11404549	18	1.9	18	88	0	52	34	0	5	60	1.21
11404663--11404707	16	2.8	17	80	16	51	37	11	0	51	1.38
11404668--11404742	12	5.8	13	73	9	57	36	6	0	57	1.25
11417262--11417415	75	2.1	74	86	4	211	26	17	22	33	1.96
11416931--11417521	159	3.6	163	81	8	659	27	17	20	34	1.95
11417586--11417768	74	2.5	72	77	4	197	28	17	21	32	1.96
11417714--11417931	54	4.0	54	87	5	312	31	15	16	37	1.89
11420308--11420342	18	1.9	18	88	0	52	34	0	5	60	1.21
11420455--11420499	16	2.8	17	80	16	51	37	11	0	51	1.38
11421825--11421975	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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