genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  10  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2960925--2960970	21	2.1	22	84	4	58	45	6	10	36	1.65
2966592--2966663	31	2.3	31	92	0	117	45	9	12	31	1.74
2968212--2968254	23	1.9	22	85	4	59	65	11	9	13	1.48
2970217--2970268	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
2970464--2970527	3	21.0	3	86	12	78	65	3	0	31	1.08
2970602--2970689	3	29.3	3	72	21	62	65	1	3	29	1.16
2970602--2970685	12	6.8	12	77	16	75	65	1	3	29	1.17
2970598--2970689	33	2.9	30	73	22	82	65	1	3	30	1.16
2970607--2970666	18	3.2	18	82	13	75	63	1	3	31	1.20
2971197--2971282	30	2.9	30	92	0	136	27	6	48	16	1.71
2971671--2971705	13	2.7	13	90	0	61	68	8	2	20	1.29
2971948--2971980	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2973107--2973187	41	2.0	41	97	0	153	33	7	2	56	1.40
2975240--2975329	27	3.3	27	90	6	155	34	6	0	58	1.24
2975240--2975400	54	3.2	54	78	20	202	34	6	0	58	1.25
2975282--2975373	44	2.1	44	93	4	159	35	6	0	57	1.25
2975263--2975409	71	2.1	71	100	0	294	35	6	0	57	1.25
2975326--2975400	27	2.8	27	93	4	125	34	6	0	58	1.24
2978009--2978053	22	2.1	22	87	4	65	75	0	22	2	0.91
2980938--2981120	40	4.6	40	80	6	131	22	30	22	24	1.99
2980965--2981120	79	2.0	80	82	3	190	23	30	21	23	1.99
2980978--2981160	40	4.6	40	81	5	174	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2980978--2981160	80	2.3	79	82	4	217	24	27	21	26	1.99
2985517--2985699	40	4.6	40	80	6	131	22	30	22	24	1.99
2985544--2985699	79	2.0	80	82	3	190	23	30	21	23	1.99
2985557--2985739	40	4.6	40	81	5	174	24	27	21	26	1.99
2985557--2985739	80	2.3	79	82	4	217	24	27	21	26	1.99
2989466--2989499	16	2.1	16	100	0	68	38	17	14	29	1.90
2991452--2991594	40	3.6	40	80	3	155	25	20	29	23	1.99
2998136--2998318	40	4.6	40	79	5	165	26	21	27	25	1.99
3005305--3005385	30	2.7	30	84	0	108	33	17	14	34	1.90
3005362--3005413	26	2.0	26	88	0	77	28	19	17	34	1.94
3018082--3018152	27	2.7	27	91	4	119	39	30	1	28	1.65
3024290--3024378	30	3.0	29	78	6	99	35	14	12	37	1.84
3024284--3024424	58	2.5	57	81	2	149	32	16	14	36	1.88
3025409--3025694	136	2.1	137	94	0	502	32	24	18	25	1.97
3027474--3027608	26	5.2	26	93	0	227	37	24	5	33	1.78
3031310--3031594	135	2.1	137	96	1	520	31	25	18	24	1.97
3033375--3033510	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
3038820--3038955	26	5.2	26	92	0	227	33	5	24	36	1.78
3040719--3041003	135	2.1	137	96	1	529	24	17	25	32	1.97
3044149--3044221	3	24.0	3	94	2	128	67	0	0	32	0.91
3045526--3045567	13	3.1	13	93	6	66	33	9	42	14	1.78
3049372--3049403	13	2.4	13	94	5	55	68	6	18	6	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3053726--3053815	27	3.6	27	73	17	102	37	26	3	32	1.73
3053737--3053779	21	2.0	21	90	0	68	39	25	0	34	1.56
3055345--3055486	28	5.0	28	78	11	128	32	17	14	35	1.91
3055345--3055486	58	2.5	57	85	5	171	32	17	14	35	1.91
3061956--3062003	23	2.1	23	84	0	60	20	20	16	41	1.90
3065194--3065237	22	2.2	20	81	18	63	68	4	2	25	1.20
3065203--3065268	24	2.7	22	82	15	69	71	3	3	22	1.14
3065312--3065345	13	2.9	11	84	16	50	61	0	8	29	1.26
3065544--3065611	27	2.7	26	77	6	77	67	2	2	26	1.19
3066860--3066965	39	2.7	39	98	1	205	31	4	26	37	1.77
3068444--3068496	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
3074937--3075021	42	2.0	42	97	0	161	34	4	24	36	1.77
3076860--3076925	32	2.0	34	82	8	82	27	18	25	28	1.98
3077259--3077349	45	2.0	45	95	0	164	37	14	13	35	1.85
3081520--3081573	24	2.2	24	78	12	65	44	0	1	53	1.11
3082992--3083053	30	2.1	31	81	6	74	53	12	1	32	1.49
3083180--3083222	21	2.0	21	86	8	61	23	11	0	65	1.25
3083952--3084003	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
3084145--3084188	17	2.7	16	82	13	54	45	0	0	54	0.99
3084144--3084184	16	2.5	17	76	11	50	41	0	0	58	0.98
3086619--3086681	31	2.0	31	93	0	108	42	11	9	36	1.73
3090084--3090124	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3094502--3094547	23	2.0	22	91	4	74	34	15	17	32	1.91
3095383--3095437	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
3098241--3098297	27	2.1	28	90	3	89	43	7	7	42	1.58
3102955--3103093	26	5.3	26	87	7	176	37	22	23	16	1.94
3103193--3103268	26	2.8	27	84	4	91	30	11	22	35	1.90
3104701--3104808	26	4.2	26	94	2	175	37	24	5	33	1.79
3108722--3108835	27	4.3	25	84	7	120	37	22	22	16	1.93
3108722--3108835	54	2.1	54	85	4	151	37	22	22	16	1.93
3108935--3109010	26	2.8	27	84	4	91	30	11	22	35	1.90
3110447--3110548	26	3.9	26	93	0	159	36	23	5	34	1.79
3110447--3110548	52	2.0	52	94	0	177	36	23	5	34	1.79
3115062--3115101	20	2.0	20	100	0	80	40	15	25	20	1.90
3115064--3115106	20	2.4	17	85	14	52	37	16	25	20	1.93
3115016--3115144	66	2.0	66	92	0	213	41	14	23	20	1.89
3117957--3118011	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
3124350--3124459	49	2.2	49	87	3	159	31	10	13	43	1.79
3125673--3125715	22	2.0	21	86	13	61	55	4	6	32	1.47
3126552--3126600	17	2.6	20	82	17	61	57	8	4	30	1.47
3127441--3127477	14	2.7	14	91	4	58	18	0	5	75	0.99
3128918--3129030	28	3.9	27	72	18	77	26	27	20	25	1.99
3128932--3129066	60	2.2	59	84	8	166	25	26	20	26	1.99
3134229--3134341	28	3.9	27	72	18	77	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3134243--3134377	60	2.2	59	84	8	166	25	26	20	26	1.99
3139536--3139648	28	3.9	27	72	18	77	26	27	20	25	1.99
3139550--3139684	60	2.2	59	84	8	166	25	26	20	26	1.99
3142914--3142948	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
3142933--3143079	73	2.0	71	88	5	215	31	21	17	29	1.96
3142876--3144176	167	7.9	162	76	14	987	33	19	17	29	1.94
3143296--3143501	75	2.8	73	83	9	240	33	20	16	28	1.95
3143481--3143515	14	2.5	14	90	9	54	62	5	11	20	1.48
3143411--3143747	90	3.8	88	82	8	391	36	19	16	27	1.93
3143596--3144169	244	2.3	246	81	10	655	32	19	17	30	1.95
3143713--3143920	76	2.7	74	86	6	258	32	20	15	31	1.93
3143917--3144165	84	3.0	81	81	10	245	32	19	17	30	1.95
3143417--3144165	173	4.4	171	75	13	645	33	19	16	29	1.94
3155735--3155765	13	2.4	13	94	0	53	16	0	3	80	0.83
3156041--3156083	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
3157219--3157435	107	2.0	108	96	0	400	33	10	6	49	1.63
3157246--3157416	54	3.2	54	63	20	131	31	11	7	50	1.65
3159627--3159688	27	2.3	26	78	8	70	40	0	8	51	1.31
3163168--3163299	25	5.2	26	90	6	209	36	4	21	37	1.74
3165080--3165364	135	2.1	136	96	1	527	24	18	25	31	1.98
3169349--3169392	22	1.9	24	86	9	65	38	4	6	50	1.50
3171151--3171193	21	2.0	21	86	8	61	23	11	0	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3172187--3172325	27	5.2	28	87	7	166	34	23	25	17	1.96
3172187--3172325	54	2.6	54	86	3	183	34	23	25	17	1.96
3172430--3172501	24	2.8	26	77	12	67	33	11	19	36	1.87
3173937--3174072	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.80
3174711--3174818	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
3178551--3178609	21	2.7	21	92	5	91	37	30	1	30	1.68
3180983--3181137	42	3.7	42	87	5	224	28	18	16	37	1.92
3185965--3186006	21	2.0	21	95	0	75	40	26	0	33	1.56
3187317--3187491	88	2.0	88	93	0	296	17	10	25	46	1.79
3188910--3188988	33	2.4	33	81	8	106	31	24	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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