genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  107  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28277036--28277134	41	2.4	41	80	11	114	26	24	24	25	2.00
28279856--28280113	49	5.4	49	92	5	420	28	9	32	29	1.88
28279856--28280096	93	2.5	94	92	2	394	28	8	32	29	1.87
28279863--28280129	142	1.9	141	88	2	410	29	8	31	29	1.88
28280213--28280333	37	3.3	37	95	2	217	25	19	33	21	1.96
28283508--28283766	49	5.4	49	94	2	438	27	8	33	30	1.87
28283866--28283987	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
28286545--28286586	20	2.2	19	91	4	66	0	16	0	83	0.65
28286548--28286586	14	2.8	14	84	7	53	0	15	0	84	0.62
28292619--28292651	17	1.9	17	93	0	57	21	12	21	45	1.84
28299518--28299551	15	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
28299949--28299987	16	2.4	16	86	0	60	56	7	0	35	1.28
28302388--28302449	24	2.6	24	89	2	99	50	16	6	27	1.69
28304467--28304639	46	3.8	45	78	10	188	21	19	30	28	1.98
28304460--28304631	93	1.8	93	91	0	281	21	19	30	28	1.98
28307213--28307275	29	2.2	29	91	0	108	23	33	23	19	1.97
28313040--28313404	46	8.0	46	85	1	419	41	13	23	21	1.89
28313050--28313389	183	1.9	184	85	0	475	41	13	22	21	1.88
28313054--28313426	137	2.7	136	79	6	394	41	14	22	21	1.89
28316997--28317029	6	5.7	6	92	7	50	78	0	0	21	0.75
28322810--28322934	62	2.0	62	100	0	250	47	22	8	22	1.77
28332841--28332951	49	2.4	47	79	7	127	27	18	8	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28332863--28332960	49	2.0	50	85	2	135	29	16	11	42	1.82
28334695--28334747	28	1.9	27	84	3	70	28	22	26	22	1.99
28335661--28335700	21	1.9	21	85	10	55	25	17	42	15	1.88
28344900--28344937	17	2.2	17	90	0	58	23	15	18	42	1.89
28352903--28353018	43	2.7	43	86	5	137	31	26	16	25	1.96
28358555--28358632	24	3.2	24	88	0	111	34	3	41	20	1.71
28360065--28360175	54	2.1	53	88	5	161	15	22	22	39	1.91
28360065--28360175	27	4.2	26	86	5	141	15	22	22	39	1.91
28367934--28368037	54	1.9	53	84	1	136	18	24	20	37	1.94
28367936--28368041	27	4.0	26	78	10	106	17	24	18	38	1.93
28373858--28373893	14	2.6	14	90	0	54	77	13	8	0	0.98
28377040--28377092	25	2.2	24	86	3	70	39	24	20	15	1.91
28377403--28377448	22	2.1	22	84	8	58	41	21	2	34	1.66
28381550--28381699	41	3.7	41	83	1	212	28	27	23	21	1.99
28389643--28389792	41	3.7	41	85	1	221	28	28	23	20	1.99
28397552--28397697	41	3.6	41	81	1	186	29	28	21	20	1.98
28398673--28398732	30	2.0	30	96	0	111	55	6	21	16	1.64
28409268--28409317	17	2.9	17	78	18	59	24	10	0	66	1.22
28409273--28409307	18	1.9	17	88	11	52	25	8	0	65	1.21
28410479--28410538	2	30.0	2	96	0	102	46	0	3	50	1.18
28410618--28410673	24	2.4	24	81	3	69	46	0	35	17	1.49
28412036--28412066	6	5.2	6	100	0	62	0	48	16	35	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28412107--28412142	7	5.1	7	100	0	72	27	0	0	72	0.85
28412710--28413183	231	2.1	231	85	2	630	36	5	32	26	1.79
28412796--28413263	231	2.0	231	79	4	507	38	5	31	24	1.79
28422851--28422884	14	2.5	14	85	4	52	47	8	11	32	1.71
28423170--28423241	37	1.9	37	91	0	117	47	19	18	15	1.83
28423556--28423615	24	2.5	23	78	13	59	20	33	18	28	1.96
28426428--28426484	28	2.0	28	100	0	114	14	14	28	43	1.83
28428223--28428378	72	2.2	72	89	1	242	19	33	25	22	1.97
28430644--28430706	30	2.1	29	94	2	108	42	14	9	33	1.78
28432376--28432430	26	2.1	26	82	0	65	29	18	12	40	1.87
28440041--28440137	49	2.0	49	89	0	149	18	8	28	44	1.79
28442197--28442278	31	2.6	31	90	0	119	57	1	1	40	1.14
28442197--28442296	31	3.2	30	83	5	101	57	1	3	39	1.21
28444273--28444370	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
28444263--28444370	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
28444898--28444932	18	1.9	18	88	11	54	28	0	0	71	0.86
28450558--28450614	1	57.0	1	75	0	51	87	0	12	0	0.54
28450561--28450614	7	7.7	7	88	12	76	87	0	12	0	0.56
28450558--28450614	27	2.1	26	90	6	87	87	0	12	0	0.54
28451798--28452090	88	3.3	88	68	17	264	35	20	17	27	1.94
28451674--28452168	175	2.8	176	89	1	771	33	19	19	27	1.96
28452611--28452708	19	5.2	19	91	7	155	36	10	17	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28452601--28452708	36	2.9	35	75	20	103	37	10	16	36	1.83
28452630--28452686	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
28453229--28453263	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
28459141--28459442	78	3.7	79	79	11	270	28	24	14	32	1.95
28459285--28460131	88	9.6	88	79	12	385	31	24	16	27	1.96
28459414--28459660	133	1.9	129	90	3	395	31	25	15	27	1.95
28459326--28459969	221	2.9	217	83	5	674	31	24	16	27	1.96
28459285--28460351	309	3.5	308	92	0	1751	31	25	16	27	1.96
28459459--28460379	47	20.8	46	65	22	178	30	25	16	27	1.97
28459402--28460278	221	4.0	221	82	8	808	31	24	16	27	1.96
28460165--28460351	87	2.1	87	97	1	347	31	26	16	25	1.96
28461049--28461164	59	2.0	59	89	0	178	49	12	16	22	1.78
28472661--28472700	21	2.0	21	85	14	57	62	2	0	35	1.09
28474201--28474237	6	6.3	6	90	3	58	83	0	2	13	0.74
28474828--28474905	5	15.2	5	74	18	63	61	0	1	37	1.04
28474832--28474905	12	6.5	12	76	16	61	62	0	1	36	1.04
28474971--28475025	28	2.0	27	82	7	65	61	0	1	36	1.06
28476133--28476167	13	2.7	13	91	8	54	20	0	17	62	1.32
28476898--28477031	40	3.2	40	72	13	128	27	26	17	29	1.97
28476857--28477133	84	3.3	84	88	4	407	25	25	18	31	1.97
28476868--28477090	41	5.3	41	70	16	179	24	24	19	31	1.98
28476602--28477248	44	15.0	44	78	12	547	27	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28488748--28488815	33	2.1	33	100	0	136	42	11	11	33	1.78
28489050--28489113	25	2.6	25	78	14	71	70	3	1	25	1.11
28489038--28489088	18	2.8	18	77	19	61	70	5	0	23	1.09
28489672--28489740	5	13.2	5	71	19	52	62	0	1	36	1.04
28489701--28489741	12	3.5	11	84	12	55	65	0	0	34	0.93
28491277--28491325	24	2.0	24	100	0	98	42	40	0	16	1.48
28492156--28492198	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
28493186--28493253	21	3.2	21	83	4	93	26	23	7	42	1.80
28498413--28498462	23	2.1	24	82	10	59	62	6	6	26	1.42
28499082--28499183	23	4.3	23	76	13	93	62	1	0	34	1.13
28499412--28499455	22	2.0	22	91	8	72	72	0	4	22	1.02
28500679--28501035	44	8.2	44	71	15	193	30	24	14	30	1.95
28500700--28501097	131	3.0	131	96	0	706	29	25	15	29	1.96
28501025--28501186	89	1.8	87	84	5	218	28	23	17	30	1.97
28507207--28507396	40	4.8	40	83	3	195	25	24	26	23	2.00
28507206--28507412	80	2.6	80	81	6	222	24	23	26	25	2.00
28515203--28515409	40	5.2	40	83	2	202	25	22	26	25	2.00
28521250--28521281	15	2.1	15	100	0	64	37	18	0	43	1.51
28524100--28524149	23	2.1	24	82	10	59	62	6	6	26	1.42
28525689--28525744	19	3.1	19	94	5	98	35	16	10	37	1.83
28525682--28525725	17	2.9	14	81	18	61	36	13	13	36	1.85
28526089--28526122	17	2.0	17	100	0	68	35	35	17	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28526165--28526661	87	5.7	84	67	17	282	28	19	18	33	1.96
28526205--28526698	175	2.8	175	91	0	783	27	19	19	32	1.96
28526282--28526574	88	3.3	87	68	19	237	27	18	19	34	1.95
28527758--28527817	7	8.4	7	84	15	79	0	13	0	86	0.57
28527764--28527813	9	5.6	9	86	6	57	0	14	0	86	0.58
28527758--28527817	21	2.8	21	89	5	93	0	13	0	86	0.57
28527758--28527817	16	3.8	16	85	10	79	0	13	0	86	0.57
28530561--28530620	30	2.0	30	83	0	75	30	23	8	38	1.84
28537012--28537045	17	2.0	17	88	11	52	73	0	0	26	0.83
28537012--28537046	18	2.0	17	88	5	52	74	0	0	25	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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