genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  45  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11007844--11007881	17	2.2	17	86	9	51	55	5	2	36	1.37
11010795--11010859	31	2.2	30	81	10	80	46	15	7	30	1.74
11012136--11012381	123	2.0	123	94	1	431	33	21	11	33	1.89
11017641--11017700	24	2.5	24	78	8	68	51	8	5	35	1.54
11023562--11023590	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
11024965--11024998	3	12.0	3	87	12	54	0	35	0	64	0.94
11030166--11030206	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
11033016--11033059	21	2.1	21	86	0	61	31	27	18	22	1.97
11035105--11035141	19	1.9	19	88	0	56	35	0	5	59	1.20
11038725--11038775	26	2.0	26	84	3	68	64	3	0	31	1.11
11038737--11038785	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
11038748--11038811	21	3.1	21	72	14	53	68	6	0	25	1.12
11041903--11042013	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
11049153--11049263	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
11053351--11053402	22	2.4	21	83	3	59	42	19	3	34	1.69
11061026--11061056	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
11061100--11061149	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
11064978--11065026	2	26.0	2	80	12	59	51	2	2	44	1.24
11065546--11065696	39	3.9	38	84	9	191	31	19	2	47	1.63
11065562--11065699	39	3.5	39	94	2	224	33	16	1	48	1.55
11065711--11065750	20	2.0	20	90	9	64	45	5	2	47	1.38
11066863--11067042	76	2.4	76	96	3	328	40	12	17	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11069242--11069281	18	2.2	18	86	4	53	62	10	2	25	1.39
11071655--11071740	43	2.0	42	81	2	100	40	5	20	32	1.77
11072961--11073008	19	2.5	19	96	0	87	43	12	20	22	1.86
11074628--11075267	132	4.9	132	78	6	588	34	17	19	28	1.94
11074628--11075267	263	2.4	264	81	5	701	34	17	19	28	1.94
11075712--11075756	22	2.0	22	100	0	90	55	8	17	17	1.67
11075706--11075760	22	2.4	24	84	12	87	58	7	14	20	1.60
11076218--11076246	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
11076446--11076483	2	20.0	2	84	10	53	52	2	0	44	1.14
11085211--11085273	32	2.0	31	87	6	92	53	19	1	25	1.53
11086021--11086300	61	4.8	61	77	9	241	42	13	19	25	1.87
11086134--11086243	55	2.0	55	87	0	157	45	12	16	25	1.83
11088772--11088812	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
11089556--11089613	30	1.9	30	93	6	100	65	27	3	3	1.25
11090602--11090638	17	2.1	18	90	5	58	24	0	8	67	1.17
11092407--11092442	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
11092415--11092446	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
11095972--11096476	88	6.0	84	70	17	266	38	18	15	28	1.91
11096316--11096570	79	3.3	77	80	6	271	34	17	18	29	1.94
11096329--11096893	77	7.2	77	72	14	282	33	18	17	30	1.94
11095975--11096812	244	3.4	245	82	7	823	36	18	16	28	1.92
11096564--11096913	77	4.7	75	88	3	447	32	19	17	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11096564--11096916	149	2.4	148	85	3	431	32	19	16	31	1.94
11096870--11096965	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
11096798--11097037	121	2.0	121	94	0	426	33	18	17	30	1.94
11096919--11097144	72	3.0	72	82	11	276	34	19	16	30	1.93
11097108--11097213	54	1.9	55	83	5	135	39	20	12	27	1.88
11097064--11097406	140	2.4	140	94	2	580	37	21	16	24	1.93
11097248--11097353	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
11097172--11097613	140	3.3	140	80	12	402	35	19	16	27	1.93
11097479--11097574	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
11097347--11097646	121	2.4	122	91	3	458	33	20	16	29	1.95
11097528--11097751	72	3.0	72	86	9	299	33	19	16	29	1.94
11097715--11097820	54	1.9	55	83	5	135	38	20	13	27	1.90
11097671--11098158	140	3.5	140	93	1	843	37	20	16	25	1.93
11096796--11098012	607	2.0	607	98	0	2346	35	19	16	28	1.94
11097951--11097975	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
11098091--11098256	72	2.3	71	89	3	251	42	20	14	22	1.88
11098131--11098376	122	2.0	123	89	3	381	39	22	13	24	1.90
11098256--11098428	69	2.5	70	85	5	219	33	23	14	28	1.94
11116378--11117013	72	8.5	72	84	7	761	30	16	20	32	1.95
11117429--11117538	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
11119327--11119612	136	2.1	137	96	0	520	24	17	25	32	1.97
11122164--11122195	15	2.0	17	88	11	50	31	0	6	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11127516--11127569	25	2.2	25	96	0	99	51	9	9	29	1.65
11128068--11128201	66	2.0	66	95	0	241	47	12	11	28	1.76
11128527--11128564	12	3.1	13	85	11	53	26	0	0	73	0.83
11132524--11132550	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
11133405--11133472	35	1.9	35	85	8	93	45	13	11	29	1.79
11136069--11136145	40	1.9	40	89	0	118	15	12	33	37	1.86
11136070--11136164	40	2.4	39	82	6	113	16	11	35	35	1.85
11138104--11138135	16	2.0	16	93	0	55	34	6	9	50	1.60
11139576--11139619	17	2.5	17	85	7	52	36	9	9	45	1.68
11144235--11144328	40	2.4	40	85	7	122	14	12	36	36	1.85
11151945--11152021	40	1.9	40	81	5	93	15	15	31	37	1.89
11151946--11152037	40	2.3	40	78	7	91	14	14	33	38	1.86
11152851--11152881	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
11153749--11153833	23	3.8	22	85	10	102	20	21	22	36	1.95
11155596--11155667	28	2.5	28	91	6	110	29	26	13	30	1.94
11170500--11170609	26	4.2	26	92	0	184	33	5	24	36	1.79
11170500--11170609	52	2.1	52	100	0	220	33	5	24	36	1.79
11174739--11174769	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
11174854--11174901	2	24.5	2	87	4	71	52	4	0	43	1.20
11175178--11175272	24	4.0	23	69	18	70	54	3	9	32	1.48
11176389--11176429	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
11178759--11178804	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11179429--11179474	19	2.5	18	82	3	56	13	2	4	80	0.95
11184739--11184770	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
11185488--11185578	44	2.1	44	100	0	182	26	21	12	39	1.89
11187173--11187220	2	24.5	2	89	4	62	41	0	6	52	1.27
11187189--11187225	19	1.9	19	94	0	65	35	0	10	54	1.36
11188557--11188611	28	2.0	28	85	7	76	52	9	3	34	1.50
11189178--11189226	11	4.5	11	81	0	62	59	4	0	36	1.17
11189178--11189224	20	2.2	22	88	7	71	59	4	0	36	1.17
11189953--11189993	18	2.3	18	76	19	50	73	0	9	17	1.09
11189956--11189994	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
11192154--11192217	33	2.0	32	84	3	83	53	3	6	37	1.42
11192435--11192473	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
11192575--11192656	3	28.0	3	92	4	141	65	1	0	32	1.00
11193128--11193164	11	3.3	11	96	3	65	43	0	56	0	0.99
11193259--11193298	11	3.5	11	96	3	71	15	0	7	77	0.98
11193258--11193298	12	3.5	12	93	6	75	14	0	7	78	0.96
11193672--11193740	35	2.0	35	94	0	120	21	10	49	18	1.77
11194340--11194735	116	3.4	116	94	2	683	35	23	14	26	1.94
11194753--11194914	76	2.2	77	85	9	228	33	20	18	27	1.96
11194900--11194928	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
11195761--11195804	22	2.0	22	81	0	52	13	15	15	54	1.71
11197537--11197676	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11199290--11199419	26	5.2	26	88	9	191	36	24	5	33	1.78
11199290--11199419	46	2.6	51	85	11	189	36	24	5	33	1.78
11203364--11203504	27	5.3	26	88	5	183	35	23	24	17	1.95
11203364--11203502	53	2.6	55	89	3	203	35	23	24	17	1.95
11205115--11205249	26	5.2	26	93	1	218	35	25	5	34	1.78
11205115--11205249	51	2.6	52	95	1	236	35	25	5	34	1.78
11205675--11205722	17	2.8	17	85	14	64	64	0	8	27	1.22
11205785--11205810	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
11205944--11206055	22	5.2	21	76	7	91	57	1	10	30	1.43
11206046--11206087	17	2.5	17	88	0	57	59	2	4	33	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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