genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  231  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65473066--65473123	30	1.9	30	100	0	116	25	34	10	29	1.89
65473017--65473172	79	2.0	79	100	0	312	27	32	10	30	1.90
65472968--65473221	128	2.0	128	96	0	463	27	31	10	30	1.90
65472923--65473445	195	2.9	176	87	6	643	29	30	9	31	1.89
65473096--65473447	146	2.4	146	91	0	535	29	28	9	32	1.88
65475702--65475965	131	2.0	131	100	0	528	29	21	15	32	1.95
65477405--65477628	119	1.9	119	92	1	378	26	29	21	23	1.99
65477405--65477628	40	5.7	40	95	1	380	26	29	21	23	1.99
65477405--65477742	119	2.8	119	83	5	337	26	28	20	23	1.99
65477405--65477745	40	8.6	40	87	5	363	26	29	20	23	1.99
65479601--65479687	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
65479736--65480151	48	8.6	49	85	7	514	30	29	8	31	1.86
65479736--65480151	142	2.9	142	85	8	531	30	29	8	31	1.86
65483998--65484180	79	2.3	79	91	1	296	25	28	22	24	1.99
65484030--65484205	79	2.2	79	87	5	257	28	27	21	22	1.99
65483998--65484180	40	4.6	40	93	2	298	25	28	22	24	1.99
65484189--65484301	40	2.8	40	81	6	122	26	27	20	25	1.99
65484000--65484294	119	2.5	118	79	8	289	27	28	20	23	1.99
65486158--65486244	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
65486308--65486887	49	12.2	49	81	10	406	29	30	9	31	1.88
65486293--65486900	98	5.9	98	77	13	511	29	30	9	31	1.88
65486418--65486671	129	2.0	129	96	0	463	27	31	10	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65486467--65486622	80	2.0	80	100	0	312	26	32	10	30	1.90
65486552--65486898	49	7.1	49	92	0	550	28	29	9	32	1.89
65489365--65489429	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
65489846--65489958	27	4.2	27	84	0	163	28	19	15	36	1.93
65489819--65489958	54	2.6	54	83	2	156	27	21	15	35	1.94
65494888--65494956	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
65496814--65496851	20	1.9	20	88	0	58	76	7	0	15	1.01
65501093--65501127	17	2.1	17	100	0	70	54	11	5	28	1.59
65507087--65507216	40	3.2	40	81	2	154	23	23	29	24	1.99
65511146--65511295	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
65511170--65511351	67	2.8	64	77	8	190	30	17	29	23	1.96
65516943--65517133	39	4.8	39	78	5	170	23	28	23	25	2.00
65516984--65517133	79	1.9	80	86	5	216	22	28	22	26	1.99
65522343--65522604	46	5.7	46	92	0	398	39	14	23	22	1.91
65522293--65522604	138	2.3	130	87	4	426	39	15	23	22	1.92
65533543--65533631	27	3.3	27	74	3	81	38	19	17	24	1.93
65534541--65534654	27	4.3	27	88	4	169	40	20	15	23	1.91
65534541--65534654	52	2.2	53	91	3	185	40	20	15	23	1.91
65535554--65535670	27	4.4	27	86	6	150	40	20	15	23	1.91
65535554--65535670	52	2.2	54	83	6	150	40	20	15	23	1.91
65535766--65535801	10	3.6	10	100	0	72	11	33	47	8	1.69
65536202--65536255	27	2.0	27	96	0	99	35	25	14	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65539102--65539229	27	4.8	27	84	0	159	39	18	14	27	1.89
65539102--65539236	54	2.5	54	85	3	175	40	18	14	26	1.90
65540592--65540620	12	2.4	12	100	0	58	20	44	0	34	1.52
65541230--65541260	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
65542041--65542127	31	2.8	31	89	0	138	26	28	18	26	1.98
65542103--65542279	50	3.5	50	88	0	255	25	21	16	36	1.94
65545342--65545547	40	5.2	40	82	3	218	24	25	23	26	2.00
65545342--65545549	80	2.6	80	83	3	240	24	25	23	26	2.00
65558748--65558846	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
65566419--65566517	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
65571312--65571437	40	3.2	39	78	10	123	30	24	24	20	1.99
65575366--65575523	53	2.9	53	75	5	129	20	24	18	36	1.94
65575376--65575522	55	2.7	53	75	6	134	19	24	19	37	1.94
65576001--65576106	53	2.0	53	92	0	176	32	20	11	35	1.88
65584382--65584428	10	4.7	10	94	5	78	38	8	19	34	1.82
65584494--65584566	25	2.9	25	79	0	92	28	23	23	24	1.99
65584546--65584592	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
65585122--65585163	22	1.9	22	85	0	57	40	11	2	45	1.54
65592627--65592980	49	7.3	49	92	3	567	29	29	8	32	1.86
65592627--65592980	97	3.7	97	93	1	554	29	29	8	32	1.86
65592627--65592980	146	2.4	147	92	3	576	29	29	8	32	1.86
65595496--65595680	40	4.6	40	81	6	221	23	27	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65603642--65603862	40	5.6	40	79	6	218	23	26	23	25	2.00
65607242--65607378	46	3.0	46	86	0	184	25	30	8	35	1.85
65607352--65607738	47	8.1	47	87	4	513	26	29	10	33	1.90
65607468--65607542	23	3.2	23	62	23	57	26	33	10	29	1.90
65607352--65607738	98	4.0	96	90	2	557	26	29	10	33	1.90
65613249--65613295	10	4.7	10	94	5	78	38	8	19	34	1.82
65613361--65613433	25	2.9	25	87	0	110	28	23	21	26	1.99
65613363--65613445	25	3.4	23	83	8	94	30	20	22	26	1.98
65613361--65613458	50	2.0	50	84	8	128	30	22	21	25	1.99
65614854--65615063	53	4.0	51	73	7	170	20	23	18	38	1.93
65618219--65618266	25	1.9	25	86	0	69	29	12	25	33	1.92
65622979--65623100	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
65623202--65623421	49	4.5	49	93	2	354	29	31	9	30	1.88
65626912--65627254	54	6.4	54	78	6	293	39	20	9	30	1.85
65626912--65627201	27	10.7	27	83	2	296	39	21	8	31	1.82
65627191--65627306	27	4.3	27	86	2	144	37	23	18	21	1.94
65627191--65627309	54	2.2	54	89	3	177	36	22	18	22	1.95
65627181--65627324	27	5.3	27	79	3	137	38	21	18	22	1.94
65627719--65627781	6	10.3	6	80	16	76	17	15	15	50	1.78
65629747--65629980	27	8.7	27	89	0	297	39	20	9	30	1.84
65630018--65630158	27	5.2	27	76	5	124	36	16	19	27	1.93
65630018--65630144	54	2.4	54	80	7	150	37	16	18	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65632804--65632914	34	3.3	34	84	0	150	36	5	21	36	1.77
65634216--65634331	43	2.7	43	74	13	114	31	25	16	27	1.96
65635330--65635372	20	2.2	20	100	0	86	46	18	9	25	1.79
65642840--65643024	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
65642833--65643024	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
65650860--65651044	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
65650853--65651044	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
65653721--65653926	40	5.2	40	78	3	191	26	23	24	25	2.00
65667629--65667758	40	3.2	40	79	2	154	23	28	23	23	2.00
65667645--65667795	40	3.8	40	78	6	146	22	26	23	27	2.00
65667645--65667793	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
65674252--65674332	40	2.0	40	100	0	162	37	24	14	23	1.93
65675688--65675817	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
65675704--65675855	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
65675704--65675853	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
65681459--65681511	25	2.1	25	82	6	63	37	30	3	28	1.75
65689096--65689126	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
65689093--65689132	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
65689318--65689572	55	4.8	53	79	9	236	21	24	17	36	1.95
65689365--65689565	108	1.8	110	88	4	309	22	24	18	34	1.96
65690794--65690843	21	2.4	21	89	0	82	16	28	36	20	1.93
65695138--65695377	40	6.1	39	81	7	220	24	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65695177--65695358	39	4.6	40	88	2	251	23	24	27	24	2.00
65695177--65695358	79	2.3	79	86	1	249	23	24	27	24	2.00
65706315--65706361	16	2.9	16	78	12	60	44	25	2	27	1.65
65708838--65708989	79	1.9	78	90	4	243	24	20	31	23	1.98
65708827--65709019	40	4.9	39	87	2	235	23	20	31	24	1.98
65716797--65716990	40	4.9	39	83	1	217	24	19	30	26	1.98
65716797--65716979	39	4.6	40	82	3	210	24	18	30	26	1.98
65716808--65716960	79	1.9	79	88	2	227	24	18	30	26	1.98
65720603--65720732	40	3.2	40	79	2	154	24	28	23	23	2.00
65720619--65720770	40	3.8	40	79	5	146	22	26	23	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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