Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  64  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15727986--15728038
21
2.5
21
75
0
61
32
33
7
26
1.84
15743696--15743730
17
2.1
17
88
0
52
54
0
0
45
0.99
15744636--15744710
29
2.6
29
95
2
132
57
6
8
28
1.53
15745541--15745569
15
2.0
15
93
6
51
68
0
0
31
0.89
15754606--15754645
20
2.0
20
100
0
80
35
5
10
50
1.58
15754880--15755052
46
3.7
46
78
13
210
21
21
27
28
1.99
15754877--15755047
93
1.8
93
96
0
315
21
21
28
28
1.99
15758688--15758798
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
15765944--15766054
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
15767750--15767805
15
3.7
15
88
7
87
12
16
10
60
1.58
15769949--15769988
20
2.0
20
100
0
80
35
5
10
50
1.58
15770226--15770395
46
3.7
46
78
13
204
22
20
28
29
1.98
15770220--15770390
93
1.8
93
93
0
297
21
20
28
29
1.98
15771923--15771957
14
2.5
14
95
0
61
34
20
5
40
1.76
15773528--15773581
22
2.4
21
80
17
56
33
5
0
61
1.19
15773537--15773593
27
2.1
28
78
15
66
36
5
0
57
1.21
15773654--15773708
27
2.1
25
90
6
83
27
3
5
63
1.33
15773680--15773730
22
2.3
22
83
6
59
27
3
1
66
1.20
15773715--15773764
26
1.9
26
91
0
82
34
6
2
58
1.34
15775955--15776055
33
3.1
32
73
11
87
19
38
16
24
1.92
15775885--15776055
66
2.6
65
79
8
175
21
35
17
26
1.95
15779890--15779947
27
2.1
27
83
0
71
41
10
3
44
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15780123--15780151
13
2.1
14
93
6
51
0
24
0
75
0.80
15780257--15780309
27
2.0
27
92
0
88
11
41
24
22
1.86
15782244--15782308
25
2.6
25
77
20
66
38
1
1
58
1.17
15782278--15782314
16
2.4
16
86
8
51
37
2
0
59
1.12
15782315--15782344
12
2.5
12
94
0
51
70
0
0
30
0.88
15784263--15784297
6
5.8
6
86
0
52
34
2
51
11
1.53
15784263--15784297
18
1.9
18
94
0
61
34
2
51
11
1.53
15795339--15795374
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
15797067--15797117
3
17.0
3
100
0
102
66
0
0
33
0.92
15798958--15799015
29
2.0
30
86
10
84
58
10
5
25
1.52
15802816--15802845
15
2.0
15
100
0
60
26
26
26
20
1.99
15804358--15804421
31
2.1
31
91
8
105
57
10
3
28
1.48
15804398--15804430
17
1.9
17
88
11
50
69
3
0
27
1.03
15805285--15805318
14
2.5
13
86
13
50
35
0
0
64
0.94
15806461--15806607
31
4.7
31
88
3
206
28
17
26
27
1.98
15806585--15806680
29
3.3
29
89
0
138
33
12
29
25
1.92
15806670--15806868
33
6.0
33
86
0
263
34
7
21
36
1.82
15809733--15809762
15
2.0
15
93
0
51
10
13
16
60
1.59
15812299--15812474
31
5.7
31
81
4
207
29
17
26
26
1.97
15812432--15812518
29
3.0
29
91
0
129
33
12
27
26
1.93
15812508--15812707
33
6.0
33
88
1
283
35
8
21
34
1.84
15812521--15812707
100
1.9
99
88
1
284
34
9
20
35
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15817196--15817276
26
3.2
26
94
3
146
37
24
7
30
1.83
15817196--15817276
25
3.2
25
96
3
144
37
24
7
30
1.83
15832008--15832086
25
3.2
25
100
0
158
36
24
7
31
1.83
15833779--15833824
20
2.2
22
84
7
60
39
17
2
41
1.62
15834215--15834258
3
14.3
3
90
4
70
65
0
2
31
1.05
15834288--15834322
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
15835112--15835164
24
2.2
24
83
6
63
39
1
5
52
1.36
15835106--15835184
27
3.0
27
67
23
62
36
1
5
56
1.29
15837402--15837471
31
2.3
31
100
0
140
44
2
8
44
1.49
15841269--15841308
15
2.6
16
84
15
57
70
0
10
20
1.16
15841269--15841308
16
2.6
15
88
11
55
70
0
10
20
1.16
15847225--15847257
7
4.6
7
96
3
57
18
0
69
12
1.18
15847219--15847257
14
2.6
15
88
12
62
23
0
64
12
1.28
15851664--15851712
26
2.0
25
88
8
73
65
8
6
20
1.41
15852202--15852267
19
3.2
21
87
6
64
36
19
9
34
1.84
15852219--15852304
19
4.5
19
91
8
140
36
16
9
38
1.81
15852241--15852297
17
3.5
15
88
11
53
35
15
10
38
1.82
15852219--15852304
36
2.3
37
92
8
138
36
16
9
38
1.81
15852674--15852759
45
1.9
45
90
0
136
27
27
12
31
1.93
15852945--15853215
87
3.1
87
68
16
241
26
20
19
33
1.97
15853043--15853365
95
3.5
93
69
16
280
26
20
20
33
1.97
15853405--15853604
84
2.4
84
93
3
341
23
22
23
31
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15853454--15853593
43
3.3
43
67
26
127
25
20
21
32
1.98
15854499--15854560
7
8.9
7
80
19
76
1
14
0
83
0.71
15859642--15859687
25
1.9
23
83
16
58
60
8
6
23
1.49
15860191--15860276
19
4.5
19
84
8
113
36
13
8
41
1.75
15860191--15860276
36
2.3
38
90
8
131
36
13
8
41
1.75
15864021--15864159
65
2.1
65
82
6
161
23
23
23
30
1.99
15864054--15864181
65
2.0
65
80
0
148
25
21
22
29
1.99
15871073--15871132
25
2.4
24
78
10
59
20
26
16
36
1.93
15872445--15872512
28
2.4
28
90
0
100
29
11
27
30
1.92
15873527--15873562
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
15890288--15890618
164
2.0
164
80
2
369
31
18
17
33
1.94
15891495--15891529
19
1.9
18
88
11
54
54
2
2
40
1.30
15891495--15891530
18
1.9
19
88
5
56
55
2
2
38
1.29
15892061--15892112
7
7.1
7
78
8
50
26
0
25
48
1.52
15892561--15892589
4
7.2
4
100
0
58
75
0
24
0
0.80
15899753--15899837
4
20.8
4
78
4
71
64
3
25
5
1.32
15903564--15903601
16
2.2
17
81
13
51
63
5
2
28
1.30
15919764--15919854
19
4.9
19
89
8
152
36
10
16
36
1.84
15919785--15919840
18
3.5
15
81
18
60
37
10
16
35
1.83
15919764--15919861
35
2.7
37
86
12
141
36
10
17
35
1.84
15919764--15919877
19
5.8
22
85
10
87
35
9
16
37
1.82
15922330--15922387
29
2.0
29
100
0
116
24
10
13
51
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15925088--15925158
1
71.0
1
71
0
52
85
0
14
0
0.59
15925088--15925158
35
2.0
35
91
5
117
85
0
14
0
0.59
15925088--15925158
7
10.3
7
86
7
101
85
0
14
0
0.59
15926111--15926845
43
17.3
43
64
17
302
32
23
21
22
1.98
15926100--15926913
84
9.6
83
87
4
1106
31
22
22
23
1.98
15926100--15926913
170
4.8
171
89
1
1197
31
22
22
23
1.98
15926101--15926913
254
3.2
254
87
4
1131
31
22
22
23
1.98
15927004--15927400
44
9.0
44
75
5
325
32
15
22
28
1.95
15927045--15927398
132
2.7
132
89
1
519
32
16
23
27
1.96
15927045--15927466
132
3.2
127
84
6
447
31
16
22
29
1.96
15927349--15927517
87
1.9
88
81
3
207
30
16
21
30
1.96
15928021--15928094
19
3.9
19
92
3
132
35
10
17
36
1.85
15928021--15928101
37
2.2
38
89
8
132
35
9
18
35
1.84
15928021--15928117
19
4.8
22
87
7
88
35
9
17
38
1.82
15928407--15928451
16
2.7
18
76
10
51
28
2
2
66
1.15
15931397--15931427
12
2.6
12
94
0
53
16
3
0
80
0.83
15931397--15931489
22
4.4
21
71
16
59
21
3
3
72
1.14
15931397--15931492
10
9.0
11
72
18
60
21
3
3
71
1.13
15931445--15931531
44
2.0
44
84
4
113
22
4
8
64
1.39
15931568--15931595
3
9.3
3
100
0
56
0
32
0
67
0.91
15931632--15931662
11
2.7
11
95
5
53
3
0
9
87
0.66
15949663--15950122
46
10.0
46
91
0
650
21
23
15
38
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15949663--15950122
139
3.3
138
90
0
677
21
23
15
38
1.92
15952280--15952316
20
1.9
20
88
5
58
51
8
0
40
1.32
15954342--15954503
55
3.0
53
85
5
195
26
20
16
35
1.94
15954482--15954613
54
2.4
54
93
0
219
29
20
18
31
1.97
15957257--15957283
13
2.1
13
100
0
54
40
0
7
51
1.30
15957303--15957426
21
5.8
21
68
12
56
23
0
29
45
1.58
15957364--15957411
15
3.3
15
85
5
71
18
0
33
47
1.49
15957400--15957514
43
2.7
42
78
8
106
20
0
38
40
1.53
15957393--15957535
50
2.9
51
78
6
132
20
0
37
41
1.53
15957364--15957534
7
24.0
7
71
8
76
21
0
36
42
1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427