genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  141  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38079079--38079132	21	2.5	21	76	8	56	37	3	1	57	1.27
38079486--38079537	2	26.0	2	92	0	86	48	1	0	50	1.12
38080602--38080715	41	2.8	41	79	13	137	38	22	17	21	1.93
38080696--38080727	13	2.4	14	85	15	50	50	15	15	18	1.79
38084990--38085051	30	2.1	30	100	0	124	38	3	25	32	1.72
38086070--38086121	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
38091760--38091894	48	2.8	48	82	2	155	27	18	26	27	1.98
38091816--38091939	48	2.6	49	83	6	146	26	18	26	28	1.98
38091915--38092024	41	2.6	42	86	1	141	25	15	30	29	1.96
38091866--38092112	131	1.9	132	83	0	325	27	18	27	27	1.98
38093373--38093419	19	2.5	19	96	0	85	27	21	42	8	1.81
38093377--38093427	19	2.7	19	90	0	66	27	23	37	11	1.90
38095235--38095326	22	4.3	21	66	12	53	21	32	27	18	1.97
38104822--38104852	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
38112622--38112798	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
38120635--38120812	40	4.5	40	80	4	175	23	25	22	28	1.99
38125892--38125970	29	2.7	29	84	7	99	27	32	15	24	1.95
38128088--38128254	40	4.2	40	79	2	158	23	26	23	26	2.00
38128104--38128252	80	1.9	79	83	6	194	22	26	24	26	2.00
38136071--38136238	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
38139064--38139117	21	2.5	21	76	8	56	57	1	3	37	1.27
38139389--38139413	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38139517--38139581	3	22.0	3	96	3	123	67	0	0	32	0.91
38141261--38141296	15	2.4	15	95	0	63	19	16	38	25	1.92
38144347--38144457	40	2.8	40	90	4	163	25	29	22	22	1.99
38150537--38150609	29	2.5	29	84	4	94	27	16	31	24	1.96
38155675--38155793	40	3.0	40	95	2	213	26	30	21	21	1.99
38160706--38160758	21	2.6	21	81	3	54	39	3	0	56	1.17
38160825--38160884	18	3.3	18	80	11	61	30	1	1	66	1.11
38160833--38160884	14	3.7	14	78	14	54	32	0	1	65	1.04
38163206--38163253	24	2.0	24	95	0	87	47	8	10	33	1.68
38163908--38164563	289	2.3	289	90	3	1018	29	20	16	32	1.95
38172397--38172422	12	2.2	12	100	0	52	19	19	23	38	1.93
38176455--38176548	34	2.8	33	80	6	100	59	1	4	35	1.24
38176503--38176539	14	2.5	15	91	4	58	59	0	5	35	1.20
38176517--38176574	23	2.5	22	80	5	62	65	0	5	29	1.14
38176657--38176845	15	12.9	15	72	19	109	62	0	3	33	1.15
38176653--38176845	13	14.0	14	69	22	76	62	0	3	33	1.15
38176660--38176897	93	2.5	91	76	14	209	62	1	3	32	1.21
38176752--38176887	63	2.2	63	78	15	149	64	2	2	30	1.20
38176653--38176895	11	21.5	12	68	19	132	62	1	2	32	1.19
38176721--38176893	23	7.5	22	70	16	95	63	1	2	31	1.19
38176742--38176893	47	3.4	43	77	15	148	64	1	2	30	1.18
38179200--38179253	10	5.2	11	80	17	53	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38179190--38179252	6	10.2	6	83	6	54	36	1	1	60	1.16
38179204--38179251	2	24.5	2	87	4	62	41	0	0	58	0.98
38180253--38180291	11	3.4	12	86	10	55	38	2	0	58	1.12
38181640--38181673	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
38183167--38183228	19	3.2	19	93	4	97	37	8	17	37	1.80
38190327--38190386	10	6.7	9	84	7	61	85	1	13	0	0.69
38190339--38190374	6	5.8	6	87	6	54	86	0	13	0	0.58
38190336--38190376	12	3.3	12	86	6	64	87	0	12	0	0.53
38190330--38190386	14	3.9	14	80	19	64	84	1	14	0	0.71
38190327--38190384	20	2.7	21	84	13	73	84	1	13	0	0.70
38190327--38190385	8	7.9	8	79	12	56	84	1	13	0	0.69
38191278--38191816	44	12.3	45	70	10	328	31	16	23	28	1.96
38191278--38191816	132	4.1	132	90	1	823	31	16	23	28	1.96
38191797--38191903	44	2.4	44	85	3	142	28	14	28	28	1.96
38191875--38192588	205	3.5	205	93	0	1225	30	19	22	28	1.98
38192662--38192760	45	2.2	45	92	1	164	31	15	30	23	1.95
38193160--38193264	19	5.5	19	83	10	124	39	9	14	37	1.78
38193143--38193230	36	2.5	36	87	10	112	38	9	14	37	1.78
38195461--38195560	39	2.6	39	81	0	128	32	6	19	43	1.75
38207008--38207059	24	2.2	24	92	0	86	19	15	19	46	1.85
38207327--38207381	26	2.1	26	86	6	76	7	0	29	63	1.21
38207330--38207381	25	2.0	26	85	3	70	7	0	26	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38212953--38213001	20	2.4	21	80	13	57	26	10	10	53	1.66
38213070--38213181	57	2.0	57	92	0	188	26	20	19	33	1.97
38214917--38215000	43	2.0	43	97	0	159	45	13	13	28	1.80
38216882--38216948	35	1.9	34	96	3	125	53	25	8	11	1.66
38218264--38218316	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
38219801--38219910	26	4.2	26	94	0	175	34	24	6	34	1.81
38220300--38220356	14	4.1	14	90	0	96	42	0	35	22	1.54
38220466--38220502	13	2.8	13	87	0	56	29	0	37	32	1.58
38221450--38221498	21	2.2	23	89	7	75	38	36	4	20	1.72
38221489--38221540	7	7.3	7	76	4	50	50	30	0	19	1.48
38221712--38221752	21	2.0	21	85	0	55	51	4	0	43	1.23
38221752--38221883	41	3.2	41	90	0	201	19	21	25	32	1.97
38223238--38223288	25	2.0	25	100	0	102	27	15	15	41	1.88
38227284--38227315	11	2.9	11	95	0	55	81	0	18	0	0.70
38238355--38238420	32	2.1	32	97	0	123	27	27	18	27	1.98
38266112--38266615	44	11.7	44	72	10	301	29	19	22	28	1.98
38266162--38266304	77	1.9	77	89	2	225	27	18	23	31	1.97
38266232--38266657	88	4.8	88	84	0	449	30	20	22	26	1.98
38266239--38266615	132	2.8	131	79	4	380	30	19	22	27	1.98
38268175--38268241	23	2.8	24	78	13	66	29	0	5	64	1.17
38268167--38268241	23	3.2	22	72	18	62	29	0	5	65	1.15
38273124--38273196	28	2.6	28	84	6	85	67	4	5	23	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38273167--38273209	6	7.0	6	81	2	50	74	4	2	18	1.10
38273884--38273941	24	2.5	22	78	8	62	65	22	1	10	1.32
38274777--38274834	30	1.9	30	82	6	73	37	5	27	29	1.78
38280341--38280410	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
38288308--38288377	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
38291647--38291683	16	2.3	16	95	0	65	45	16	24	13	1.83
38291904--38292018	28	4.1	28	82	2	140	31	13	29	25	1.94
38299072--38299112	19	2.2	19	86	4	57	29	9	21	39	1.86
38299672--38299786	28	4.1	28	84	2	149	31	14	29	24	1.95
38301497--38301704	79	2.6	80	77	6	181	24	29	23	22	1.99
38301558--38301710	40	3.8	40	79	0	137	24	28	23	23	1.99
38303871--38304001	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
38303870--38304001	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
38310440--38310570	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
38310439--38310570	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
38319337--38319544	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
38319437--38319544	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
38331600--38331643	22	2.0	22	86	4	63	63	9	2	25	1.35
38339457--38339543	44	2.0	44	88	0	129	32	25	20	21	1.98
38347823--38347872	15	3.3	15	81	13	66	0	26	2	72	0.96
38347827--38347901	22	3.2	24	70	12	57	5	22	2	69	1.22
38349539--38349568	15	2.1	15	93	6	53	53	0	10	36	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38349745--38349807	30	2.2	28	82	5	72	55	7	0	36	1.29
38350036--38350139	52	2.0	52	98	0	199	41	13	14	30	1.84
38350757--38350800	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
38357621--38357708	44	2.0	44	93	0	149	25	30	13	30	1.94
38358810--38358882	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
38365956--38366028	29	2.5	29	84	0	92	28	17	26	27	1.98
38378691--38378717	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
38380585--38380618	3	11.3	3	87	0	50	64	2	2	29	1.22
38380843--38380896	6	8.4	7	91	8	57	61	0	5	33	1.19
38380850--38380896	3	15.3	3	91	4	76	61	0	4	34	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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