Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  329  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95912228--95913035
413
1.9
417
83
7
1025
28
18
19
33
1.95
95912787--95913359
81
7.1
80
77
10
571
30
16
18
34
1.93
95912954--95913325
157
2.3
160
88
2
561
31
15
18
34
1.92
95912954--95913446
81
6.2
79
77
8
456
30
16
18
35
1.92
95912954--95913449
238
2.1
237
84
5
637
30
16
18
35
1.92
95914497--95914546
16
3.2
16
91
2
75
48
12
12
28
1.76
95919307--95919382
27
2.9
27
86
2
91
22
22
27
27
1.99
95920899--95920934
18
2.0
19
89
10
58
16
30
36
16
1.91
95925153--95925247
33
2.9
34
71
16
90
29
12
42
15
1.84
95927259--95927290
16
2.1
16
94
5
57
56
6
0
37
1.25
95927289--95927571
108
2.7
104
84
9
355
53
17
0
27
1.49
95928023--95928065
23
2.0
22
86
9
61
53
0
0
46
1.00
95930029--95930080
18
2.9
18
85
0
68
23
15
19
42
1.89
95930264--95930323
29
2.1
29
100
0
120
20
15
13
51
1.75
95943259--95943418
27
5.9
27
79
12
159
35
20
24
20
1.96
95943277--95943418
54
2.6
54
89
3
214
35
21
23
19
1.96
95945015--95945096
26
3.2
26
94
0
146
36
25
6
31
1.81
95946992--95947025
13
2.5
13
95
4
59
52
17
0
29
1.45
95947346--95947399
28
1.9
28
85
7
74
59
5
5
29
1.43
95947384--95947429
24
1.9
24
90
0
74
47
13
4
34
1.62
95949014--95949042
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
95955354--95955391
20
1.9
20
94
0
67
15
5
0
78
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
95955601--95955636
3
12.0
3
93
0
54
61
0
5
33
1.19
95960270--95960345
30
2.5
30
91
0
125
14
25
36
23
1.93
95967124--95967171
24
2.0
24
84
8
62
56
8
0
35
1.30
95967583--95967802
117
1.9
117
87
2
327
48
19
5
25
1.71
95972175--95972210
17
2.1
17
100
0
72
25
25
16
33
1.96
95978068--95978334
48
5.6
48
89
0
345
26
16
28
28
1.97
95978068--95978334
144
1.9
144
86
0
381
26
16
28
28
1.97
95978314--95978363
25
2.0
25
100
0
100
20
20
32
28
1.97
95978342--95978458
48
2.4
48
85
5
157
23
14
32
29
1.94
95982988--95983032
24
2.0
23
83
16
58
55
24
6
13
1.62
96000829--96000878
10
4.9
10
77
20
50
6
18
0
76
0.99
96008505--96008548
24
1.9
22
81
9
52
52
4
2
40
1.34
96009742--96009780
18
2.2
17
95
4
69
64
0
5
30
1.15
96010592--96010616
7
3.6
7
100
0
50
28
0
0
72
0.86
96011048--96011081
17
2.1
17
88
5
52
14
38
0
47
1.45
96015383--96015789
114
3.6
113
92
1
645
27
16
22
33
1.96
96018879--96018914
3
11.7
3
94
5
63
0
30
0
69
0.89
96025313--96025407
24
3.7
24
71
15
64
49
6
43
1
1.35
96025309--96025628
27
11.7
30
67
16
83
49
6
43
1
1.36
96025310--96025434
54
2.4
54
77
6
134
50
7
41
0
1.35
96025418--96025595
24
6.9
24
67
19
83
50
5
42
1
1.34
96025415--96025527
51
2.2
49
91
4
127
52
5
40
1
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
96025346--96025674
81
4.1
81
83
8
334
48
6
43
1
1.38
96025568--96025616
15
3.2
16
76
21
52
38
8
53
0
1.31
96025577--96025650
27
2.6
28
83
10
89
43
5
50
1
1.33
96025584--96025671
24
3.6
25
76
11
92
43
6
48
1
1.37
96025584--96025689
24
4.3
24
78
11
83
41
7
48
2
1.46
96029869--96029896
14
2.0
14
100
0
56
0
64
0
35
0.94
96039057--96039108
20
2.6
20
81
0
59
46
9
9
34
1.69
96042142--96042181
2
20.0
2
100
0
80
50
0
0
50
1.00
96044774--96044897
27
4.6
27
80
8
128
37
23
10
28
1.88
96044774--96044924
27
5.6
25
71
13
97
38
22
10
28
1.87
96044774--96044940
54
3.1
53
79
4
174
39
21
9
29
1.85
96044768--96044940
81
2.2
80
75
5
170
38
21
9
30
1.85
96044920--96045167
27
9.2
26
83
3
253
30
21
6
40
1.79
96044774--96044995
108
2.1
107
81
2
248
36
22
9
31
1.85
96044882--96045157
81
3.4
81
83
2
205
32
20
7
38
1.81
96044928--96045166
81
3.0
81
87
0
361
30
20
7
41
1.79
96045403--96045454
27
2.0
26
84
3
68
17
26
21
34
1.95
96045493--96045552
27
2.3
27
85
2
77
21
23
20
35
1.96
96045671--96045750
31
2.6
31
83
0
106
21
18
12
47
1.81
96045671--96045807
6
22.3
6
71
15
93
19
18
13
48
1.80
96045693--96045805
43
2.6
43
85
0
154
19
19
13
47
1.82
96047106--96047165
29
2.1
28
81
9
68
45
1
25
28
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
96047648--96047756
43
2.5
44
82
8
136
31
12
20
35
1.90
96050601--96050655
20
2.8
20
86
5
67
47
9
9
34
1.67
96052761--96052809
20
2.5
20
83
6
55
44
14
8
32
1.74
96055302--96055334
18
1.9
17
88
11
50
54
9
15
21
1.68
96059482--96059550
30
2.3
30
94
0
120
23
36
21
18
1.95
96073597--96073644
24
2.0
24
100
0
96
20
29
16
33
1.95
96075432--96075559
40
3.2
39
81
6
141
24
26
21
27
1.99
96079386--96079504
27
4.4
27
62
23
70
36
17
1
43
1.59
96079367--96079528
81
2.0
81
100
0
324
35
17
2
44
1.62
96081148--96081181
17
2.1
17
88
5
52
52
5
0
41
1.25
96086447--96086473
5
5.4
5
100
0
54
81
0
18
0
0.69
96094025--96094127
28
3.7
28
97
0
188
32
28
15
24
1.95
96094141--96094218
40
2.0
40
86
0
111
34
25
16
23
1.95
96098076--96098534
47
9.8
47
91
0
688
27
30
9
32
1.89
96101001--96101041
20
2.0
20
85
9
55
46
17
7
29
1.74
96102465--96102589
40
3.1
40
91
0
196
23
28
22
25
1.99
96104002--96104459
47
9.8
47
91
0
688
27
30
9
32
1.89
96108305--96108448
40
3.7
40
81
1
130
22
28
23
25
1.99
96116340--96116547
79
2.6
80
76
6
181
24
29
23
22
1.99
96116440--96116547
40
2.7
40
86
0
135
21
30
25
23
1.99
96118467--96118503
19
1.9
19
94
0
65
16
35
29
18
1.93
96124438--96124514
40
1.9
40
89
0
118
44
19
20
15
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
96127288--96127366
39
2.0
39
100
0
158
58
0
15
26
1.38
96127481--96127524
22
2.0
22
100
0
88
36
31
9
22
1.86
96133469--96133628
26
6.2
26
89
2
232
36
22
6
34
1.81
96133469--96133628
52
3.1
52
95
0
275
36
22
6
34
1.81
96135605--96135761
83
1.9
84
82
6
203
45
12
6
35
1.68
96136991--96137166
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
96136988--96137159
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
96144098--96144273
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
96144095--96144266
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
96146761--96146796
11
3.3
11
88
0
54
22
19
22
36
1.95
96147037--96147261
110
2.0
111
80
5
249
48
20
7
23
1.74
96149511--96149641
28
4.7
28
83
3
156
28
12
25
32
1.93
96158920--96159018
27
3.6
27
77
9
94
39
16
9
35
1.80
96159013--96159073
27
2.3
27
79
0
68
32
27
8
31
1.86
96159024--96159234
27
7.8
27
89
2
271
28
24
8
38
1.84
96159132--96159436
27
11.2
27
77
10
95
37
19
8
34
1.82
96159024--96159261
81
2.9
81
82
4
196
29
23
8
38
1.84
96159227--96159465
54
4.4
53
74
9
187
39
18
9
32
1.83
96159483--96159560
27
2.9
26
80
3
93
38
23
17
20
1.93
96160718--96160765
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
96160804--96160880
9
7.9
9
72
16
64
35
9
20
35
1.85
96160813--96160884
11
7.1
11
70
17
66
36
12
19
31
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
96160802--96160884
20
4.2
20
96
0
157
36
12
19
32
1.88
96160938--96161080
24
6.0
24
88
7
211
30
21
20
27
1.98
96160938--96161059
47
2.6
48
92
3
203
31
21
19
27
1.97
96160939--96161080
71
2.0
72
90
6
227
29
21
21
27
1.98
96161271--96161336
31
2.1
31
91
0
105
39
13
24
22
1.90
96166942--96167400
47
9.8
47
92
0
697
32
9
30
27
1.89
96168815--96168939
40
3.1
40
91
0
196
25
22
28
23
1.99
96172876--96173052
47
3.8
47
92
2
261
33
9
28
29
1.88
96174723--96174906
40
4.6
40
82
4
174
28
22
26
23
1.99
96182793--96182976
40
4.6
40
82
4
174
28
22
26
23
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427