Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  5  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1287959--1288023
19
2.9
23
84
13
66
24
0
9
66
1.21
1291346--1291376
8
3.9
8
100
0
62
64
12
22
0
1.27
1297372--1297401
14
2.1
14
93
0
51
76
0
0
23
0.78
1299060--1299092
12
2.8
12
86
13
50
81
3
0
15
0.80
1300443--1300472
2
15.0
2
92
0
51
50
0
3
46
1.18
1301552--1301628
29
2.6
29
82
14
86
48
10
11
29
1.73
1302708--1302746
2
19.5
2
100
0
78
51
0
0
48
1.00
1303522--1303587
32
2.1
30
81
10
71
40
6
7
45
1.57
1309223--1309252
12
2.5
12
88
0
51
6
30
6
56
1.51
1311631--1311691
30
2.0
30
100
0
122
39
27
9
22
1.86
1313372--1313421
24
2.0
24
81
11
57
48
4
2
46
1.32
1329083--1329119
18
2.1
18
89
0
56
48
18
18
13
1.80
1330542--1330581
21
1.9
21
94
0
71
27
22
10
40
1.86
1331851--1331884
17
1.9
18
88
5
52
29
8
2
58
1.43
1331862--1331911
20
2.5
20
75
15
50
24
10
2
64
1.35
1337596--1337704
58
1.9
55
87
7
157
33
21
11
33
1.90
1342219--1342249
15
2.1
15
100
0
62
54
0
38
6
1.26
1349675--1350260
44
13.4
44
76
6
451
32
17
23
26
1.97
1349675--1350253
132
4.4
132
89
1
837
31
17
23
26
1.97
1349675--1350233
263
2.1
261
89
3
852
31
18
23
26
1.97
1350243--1350280
13
2.9
13
100
0
76
47
15
28
7
1.74
1350711--1350756
22
2.0
23
83
4
58
28
4
34
32
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1351378--1351530
40
3.9
40
88
2
222
47
2
19
30
1.63
1351378--1351530
78
2.0
80
86
3
222
47
2
19
30
1.63
1353140--1353352
107
2.0
107
97
0
399
29
20
13
37
1.90
1355477--1355525
19
2.4
21
80
13
57
40
4
0
55
1.19
1355463--1355525
21
3.0
21
77
13
60
39
3
1
55
1.25
1357325--1357361
17
2.1
18
95
5
67
48
5
10
35
1.61
1358197--1358230
17
2.0
18
88
11
54
41
0
2
55
1.15
1360012--1360039
14
2.0
14
100
0
56
71
0
0
28
0.86
1368256--1368295
10
3.9
10
90
3
62
67
0
12
20
1.22
1369078--1369107
15
2.0
15
100
0
60
33
0
0
66
0.92
1375983--1376152
93
1.8
93
89
0
268
21
18
29
30
1.97
1375992--1376161
46
3.7
46
76
16
179
20
18
29
31
1.97
1382479--1382533
26
2.1
26
96
0
101
34
21
0
43
1.53
1383770--1383824
3
18.3
3
96
0
101
32
1
0
65
1.03
1391435--1391483
19
2.4
21
80
13
57
40
4
0
55
1.19
1391735--1391778
13
3.3
13
81
6
52
47
0
0
52
1.00
1393320--1393369
10
5.0
10
86
13
68
70
2
8
20
1.23
1400147--1400217
36
2.0
36
100
0
142
35
25
19
19
1.96
1412207--1412249
21
2.0
21
82
8
52
53
2
2
41
1.26
1412681--1412721
11
3.7
11
80
0
55
56
9
14
19
1.66
1412682--1412729
22
2.2
22
84
0
60
58
6
18
16
1.59
1413071--1413104
6
5.5
6
89
3
50
0
11
2
85
0.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1414016--1414057
22
1.9
22
85
9
59
33
16
30
19
1.94
1415203--1415275
5
14.6
5
71
25
57
56
4
1
38
1.27
1415199--1415239
21
2.0
21
100
0
82
58
0
0
41
0.98
1415203--1415240
16
2.4
16
86
4
60
60
0
0
39
0.97
1418024--1418092
28
2.3
30
87
7
97
14
4
36
44
1.65
1418396--1418442
24
2.0
23
91
4
76
10
4
36
48
1.57
1418529--1418556
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
1421806--1421856
2
27.0
2
81
18
65
47
1
0
50
1.12
1422261--1422295
18
1.9
18
88
0
52
62
0
22
14
1.31
1423584--1423632
25
2.0
25
84
8
64
38
2
0
59
1.09
1435406--1435455
25
1.9
25
84
8
64
62
16
12
10
1.55
1439611--1439636
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
1455674--1455703
15
2.0
15
93
0
51
40
10
0
50
1.36
1463073--1463117
16
2.8
16
86
0
63
28
26
15
28
1.96
1464690--1464729
20
2.0
20
100
0
80
50
5
0
45
1.23
1464690--1464738
20
2.5
20
90
3
64
48
4
4
42
1.40
1467357--1467381
11
2.3
11
100
0
50
36
0
0
64
0.94
1469699--1469922
112
2.0
112
99
0
439
22
9
16
52
1.72
1471231--1471257
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
1473027--1473086
30
2.0
30
96
0
111
41
13
25
20
1.88
1487553--1487728
46
3.8
46
79
12
216
20
21
29
28
1.98
1487550--1487721
93
1.8
93
96
0
317
20
21
29
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1490354--1490462
42
2.5
42
88
2
164
36
25
22
15
1.93
1490354--1490461
21
5.0
22
83
5
123
37
25
22
14
1.93
1493025--1493074
10
5.0
10
83
9
66
70
2
6
22
1.20
1509856--1509995
27
5.2
28
84
7
150
34
23
25
17
1.96
1511609--1511692
26
3.2
26
96
0
150
36
25
4
33
1.77
1515630--1515743
27
4.3
26
82
7
122
35
22
24
17
1.95
1515630--1515743
54
2.1
54
83
4
142
35
22
24
17
1.95
1517351--1517408
26
2.2
26
90
0
89
36
22
5
36
1.77
1534134--1534235
51
2.0
51
98
0
195
22
15
22
39
1.92
1534369--1534415
22
2.1
22
100
0
94
46
8
23
21
1.78
1538857--1538893
12
3.2
12
92
3
58
35
0
8
56
1.29
1543640--1543855
107
2.0
108
98
0
416
43
6
8
41
1.60
1565427--1565477
21
2.4
21
100
0
102
33
39
7
19
1.81
1567302--1567506
108
1.9
108
93
0
356
29
21
17
31
1.96
1568178--1568239
11
5.4
11
72
24
56
54
8
11
25
1.63
1584316--1584358
3
14.3
3
85
0
59
37
0
30
32
1.58
1589474--1589515
16
2.7
16
81
3
50
54
0
0
45
0.99
1593176--1593225
24
2.1
24
92
0
82
34
12
30
24
1.91
1605246--1605315
3
23.3
3
88
0
104
37
0
30
32
1.58
1605245--1605315
21
3.4
21
94
0
115
38
0
29
32
1.58
1614651--1614886
118
2.0
118
92
0
391
27
30
18
22
1.97
1615830--1615882
6
8.7
6
84
13
56
81
0
3
15
0.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1615829--1615886
16
3.6
16
79
11
64
79
0
5
15
0.90
1622118--1622963
424
2.0
423
98
0
1649
38
16
10
34
1.83
1624903--1624959
26
2.2
26
81
9
62
45
12
1
40
1.52
1624909--1624958
14
3.6
14
76
15
50
40
14
2
44
1.56
1625774--1625834
30
2.1
30
90
3
97
62
0
9
27
1.27
1629433--1629473
22
1.9
21
90
5
64
24
7
9
58
1.55
1634952--1635025
37
2.0
37
100
0
148
16
13
40
29
1.86
1640085--1640138
27
2.0
27
96
0
99
18
9
11
61
1.55
1640619--1640675
25
2.3
24
78
6
60
38
1
1
57
1.19
1659941--1659979
21
2.0
19
85
14
53
28
10
41
20
1.85
1676315--1676422
53
2.0
53
90
0
171
21
15
10
52
1.72
1679430--1679454
13
1.9
13
100
0
50
24
0
0
76
0.80
1684133--1684192
21
2.7
24
75
21
67
16
6
10
66
1.41
1687228--1687299
35
2.1
35
100
0
144
33
19
5
41
1.75
1689758--1690040
144
2.0
144
89
1
433
31
22
19
27
1.98
1700478--1700518
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
1703316--1703346
16
1.9
16
93
0
53
29
16
12
41
1.85
1704130--1704209
40
2.0
40
97
0
151
27
26
10
36
1.88
1710645--1710684
16
2.3
19
87
12
59
7
2
2
87
0.71
1717953--1717977
12
2.1
12
100
0
50
40
16
8
36
1.77
1724319--1724361
21
2.0
21
86
0
59
55
4
6
32
1.47
1727852--1727876
10
2.5
10
100
0
50
68
0
8
24
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1728973--1729032
32
1.9
31
82
3
75
38
15
1
45
1.56
1730787--1730812
10
2.6
10
100
0
52
61
0
0
38
0.96
1741070--1741110
21
2.0
21
95
0
73
19
26
21
31
1.97
1754150--1754180
14
2.2
14
100
0
62
61
6
0
32
1.21
1755146--1755205
31
1.9
32
90
6
97
43
0
18
38
1.50
1767676--1767700
12
2.1
12
100
0
50
20
8
16
56
1.65
1775021--1775122
51
2.0
51
88
3
152
36
12
25
25
1.91
1775100--1775124
12
2.1
12
100
0
50
36
16
16
32
1.90
1777435--1777470
2
18.5
2
94
5
65
50
0
0
50
1.00
1777698--1777758
31
2.0
31
87
6
88
45
4
9
39
1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427