genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  185  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51025637--51025720	43	2.0	43	81	13	102	29	29	16	23	1.96
51054543--51054794	40	6.3	40	85	5	298	25	20	27	26	1.99
51057125--51057183	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
51057154--51057212	26	2.4	24	83	10	75	28	0	3	67	1.06
51062226--51062482	40	6.4	40	88	3	331	25	22	26	25	2.00
51072316--51072488	46	3.8	45	78	10	188	22	21	26	29	1.99
51072313--51072483	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
51074374--51074407	9	3.8	9	100	0	68	23	23	0	52	1.47
51077454--51077670	6	35.8	6	73	15	180	48	14	17	19	1.80
51077454--51077670	30	7.4	30	84	9	286	48	14	17	19	1.80
51077454--51077670	115	1.9	115	96	0	398	48	14	17	19	1.80
51077793--51077859	27	2.5	28	83	9	79	37	20	23	17	1.94
51078024--51078082	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
51078173--51078251	27	3.0	26	87	7	106	35	20	24	20	1.96
51078450--51078645	27	7.3	27	85	0	239	26	19	18	35	1.95
51078439--51078547	54	2.0	54	80	7	123	28	22	18	30	1.97
51078650--51079020	27	13.7	27	84	6	475	39	10	23	26	1.86
51078650--51079287	54	12.1	54	78	9	548	40	10	22	27	1.86
51078928--51079218	94	2.9	95	85	10	338	41	9	22	26	1.84
51078952--51079087	67	2.0	68	84	4	177	41	8	25	25	1.82
51079020--51079287	27	10.0	27	84	7	325	42	10	20	27	1.84
51084680--51084873	40	4.8	40	77	9	180	22	26	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51084654--51084872	80	2.7	80	81	5	228	22	26	24	26	2.00
51088905--51089071	40	4.2	39	79	5	133	25	27	22	25	2.00
51092415--51092541	48	2.7	48	82	10	163	31	18	26	22	1.97
51093910--51094081	46	3.7	47	82	8	185	22	29	20	26	1.99
51095459--51095620	41	3.5	49	72	16	130	29	20	25	25	1.99
51097399--51097658	27	9.7	27	84	3	301	28	21	8	41	1.82
51097400--51097657	134	1.9	135	88	3	387	29	21	8	41	1.81
51097610--51097671	27	2.3	27	88	0	88	33	20	6	38	1.79
51098889--51098936	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
51098984--51099039	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
51098979--51099039	20	3.0	20	95	0	113	36	9	19	34	1.85
51099089--51099254	24	7.0	24	91	4	239	28	22	22	26	1.99
51099089--51099254	47	3.5	47	90	4	237	28	22	22	26	1.99
51099089--51099255	71	2.3	71	90	5	257	28	22	22	26	1.99
51099446--51099508	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
51104922--51104963	22	1.9	22	100	0	84	28	19	28	23	1.98
51109133--51109251	42	2.8	42	73	5	114	32	14	25	27	1.94
51111373--51111400	9	3.1	9	100	0	56	57	0	0	42	0.99
51112909--51113083	47	3.7	46	90	3	235	26	20	31	22	1.98
51112905--51113175	93	2.9	94	80	7	293	28	18	30	22	1.98
51112912--51113175	47	5.6	46	85	7	234	28	18	29	23	1.98
51116551--51116714	71	2.3	71	96	0	310	35	16	28	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51119231--51119274	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
51119245--51119286	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
51119298--51119334	16	2.3	17	81	13	51	59	2	0	37	1.12
51119353--51119423	15	4.6	15	74	16	65	50	1	0	47	1.09
51122962--51123060	49	2.0	49	96	0	180	30	13	17	39	1.87
51126208--51126257	25	2.0	25	96	0	91	52	4	22	22	1.64
51131107--51131141	16	2.2	16	94	0	61	14	5	28	51	1.65
51134806--51135323	131	3.9	131	79	3	526	26	19	18	35	1.95
51137397--51137566	93	1.8	92	87	6	254	23	20	28	28	1.99
51140477--51140545	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
51140468--51140549	30	2.7	30	83	7	103	10	17	15	56	1.67
51147793--51147861	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
51149488--51149525	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
51155775--51155843	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
51157330--51157354	13	1.9	13	100	0	50	92	0	8	0	0.40
51157341--51157449	56	2.0	53	82	12	132	37	18	15	28	1.91
51158643--51158809	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
51165346--51165454	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
51166645--51166811	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
51168726--51168843	43	2.8	41	75	12	114	27	20	25	27	1.99
51175707--51175735	8	3.6	8	100	0	58	27	0	34	37	1.57
51180008--51180194	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51180031--51180194	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
51180031--51180228	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
51187577--51187763	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
51187600--51187763	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
51187600--51187797	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
51198248--51198332	44	1.9	44	80	4	100	37	12	22	27	1.91
51198344--51199459	209	5.3	209	94	0	1899	36	16	23	23	1.95
51202823--51202970	40	3.7	39	85	5	163	23	27	22	25	2.00
51215859--51216002	39	3.7	39	90	0	234	26	21	29	22	1.99
51215860--51216042	78	2.3	79	89	1	269	24	22	29	22	1.99
51220253--51220289	17	2.2	17	90	4	58	59	5	5	29	1.42
51224033--51224104	36	2.0	36	97	0	135	34	19	9	36	1.85
51224300--51224324	13	1.9	13	100	0	50	8	24	0	68	1.16
51224431--51224494	6	10.5	6	72	3	56	6	20	1	71	1.15
51224429--51224494	18	3.6	19	81	6	73	6	21	1	71	1.16
51231330--51231389	30	2.0	31	83	3	77	43	18	23	15	1.87
51233182--51233697	27	19.2	27	86	4	501	44	22	15	17	1.86
51233182--51233682	54	9.3	54	85	1	556	44	23	15	17	1.86
51233182--51233672	81	6.1	81	86	1	617	44	23	15	17	1.86
51233688--51233823	27	5.0	27	81	3	157	24	14	22	38	1.91
51234123--51234195	18	4.1	18	78	0	83	21	21	13	42	1.88
51236262--51236286	13	1.9	13	100	0	50	16	8	28	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51236642--51236698	7	8.0	7	86	3	78	47	36	0	15	1.46
51236642--51236698	14	3.9	14	90	6	87	47	36	0	15	1.46
51236653--51236694	22	1.9	22	95	0	75	47	35	0	16	1.47
51237326--51237634	48	6.5	48	76	10	240	26	21	30	21	1.98
51237406--51237635	95	2.4	96	84	2	293	27	22	29	20	1.98
51237358--51237627	143	1.9	144	84	2	364	27	20	30	21	1.98
51243961--51243990	10	2.8	11	95	5	53	70	0	0	30	0.88
51243961--51243994	11	3.2	11	87	8	52	70	0	0	29	0.87
51244841--51244887	18	2.4	19	82	13	60	31	12	10	44	1.77
51246973--51247034	29	2.1	29	96	0	115	27	11	24	37	1.89
51250830--51250897	34	2.0	34	88	0	100	19	13	27	39	1.89
51250903--51250937	16	2.1	17	89	5	54	37	8	14	40	1.76
51256506--51256533	11	2.5	11	100	0	56	46	17	10	25	1.80
51259709--51259773	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
51267160--51267194	17	2.0	18	88	5	54	0	20	2	77	0.90
51267160--51267198	9	4.6	8	84	9	51	0	17	2	79	0.84
51268486--51268514	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
51269103--51269143	18	2.3	18	86	0	55	34	9	9	46	1.70
51269644--51269750	43	2.5	43	83	3	135	31	15	18	33	1.93
51269674--51269791	43	2.7	43	81	5	123	32	14	22	31	1.93
51270098--51270221	66	1.9	66	81	3	151	15	25	16	42	1.87
51273629--51273812	40	4.6	40	82	8	155	22	25	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51273634--51273812	80	2.2	81	81	3	200	22	26	23	27	2.00
51273672--51273812	40	3.5	40	87	0	156	23	26	23	26	2.00
51274516--51274543	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
51277412--51277507	42	2.3	43	79	1	104	29	35	15	19	1.93
51282230--51282304	23	3.3	23	64	19	57	37	9	12	41	1.74
51282235--51282321	45	1.9	45	88	4	131	37	9	12	40	1.75
51283509--51283544	17	2.1	17	94	0	63	52	5	8	33	1.55
51284577--51284616	21	1.9	21	84	0	53	50	12	10	27	1.72
51289408--51289447	19	2.1	19	100	0	80	70	0	0	30	0.88
51292910--51292943	17	2.0	17	88	0	50	47	11	5	35	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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