genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  215  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60575291--60575323	17	1.9	17	93	0	57	66	3	3	27	1.21
60575955--60576008	23	2.3	23	81	6	65	42	1	9	46	1.46
60582929--60583029	52	1.9	52	82	4	123	34	25	15	23	1.95
60587309--60587396	46	1.9	46	88	0	131	39	13	6	39	1.71
60591730--60591780	21	2.4	21	80	3	57	15	35	33	15	1.90
60597318--60597356	20	2.0	20	85	10	53	23	12	12	51	1.74
60598160--60598194	8	4.2	8	88	3	52	60	0	40	0	0.97
60608955--60609139	40	4.7	40	84	5	232	36	17	28	17	1.93
60608955--60609139	80	2.3	79	86	1	273	36	17	28	17	1.93
60608915--60609136	118	1.9	119	82	1	284	36	17	27	18	1.93
60608955--60609141	78	2.4	77	84	4	257	36	17	28	17	1.93
60620262--60620309	20	2.4	20	96	0	87	39	10	16	33	1.83
60620357--60620428	26	2.8	26	89	2	101	26	22	22	29	1.99
60620367--60620441	26	2.9	26	81	13	75	26	21	21	30	1.98
60620648--60620731	31	2.7	31	94	1	143	33	17	25	23	1.97
60626718--60626765	20	2.4	20	96	0	87	37	8	18	35	1.81
60626712--60626765	9	5.5	10	75	16	51	37	7	18	37	1.79
60626813--60626884	26	2.8	26	85	8	94	29	23	20	26	1.99
60626823--60626897	26	2.9	25	82	9	89	29	22	20	28	1.98
60627103--60627179	31	2.5	31	86	0	109	33	18	24	23	1.96
60629984--60630114	49	2.7	49	82	7	158	24	28	18	29	1.98
60630172--60630289	46	2.6	46	89	4	175	22	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60640201--60640228	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60640935--60641120	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
60640935--60641153	80	2.8	80	79	12	238	26	22	26	24	2.00
60651108--60651266	29	5.5	29	81	5	171	25	30	17	26	1.97
60660691--60660782	40	2.3	40	88	1	141	35	14	2	47	1.56
60668651--60668815	29	5.7	29	89	2	199	24	30	15	29	1.95
60668627--60668815	58	3.3	58	85	1	173	24	31	15	28	1.95
60668626--60668815	87	2.2	87	79	1	211	24	32	15	27	1.95
60676496--60676651	57	2.8	57	86	3	201	25	31	15	28	1.96
60676496--60676650	86	1.8	82	82	5	193	24	31	15	28	1.95
60676496--60676650	29	5.5	28	87	6	181	24	31	15	28	1.95
60677381--60677419	19	2.1	19	100	0	78	30	15	10	43	1.80
60678108--60678207	28	3.5	28	86	4	121	24	34	16	26	1.95
60678128--60678210	28	2.9	29	91	5	134	26	31	14	27	1.95
60685957--60686058	29	3.6	29	87	2	143	24	33	15	26	1.95
60685966--60686077	57	2.0	57	80	3	127	26	32	13	27	1.94
60692273--60692405	41	3.2	40	83	6	142	33	14	27	25	1.94
60693254--60693281	12	2.3	12	100	0	56	32	10	7	50	1.64
60696437--60696665	50	4.5	50	78	4	190	32	25	16	25	1.96
60696387--60696669	50	5.6	50	76	7	182	31	24	16	26	1.97
60699786--60699845	15	4.0	15	84	0	75	55	13	18	13	1.70
60703525--60703758	101	2.3	100	84	0	297	30	27	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60703525--60703758	50	4.7	50	83	1	297	30	27	17	24	1.97
60704048--60704074	11	2.5	11	100	0	54	25	18	25	29	1.98
60722633--60722792	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
60730677--60730836	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
60734959--60735026	24	3.0	23	77	10	68	76	1	16	5	1.05
60735408--60735470	29	2.2	29	94	0	108	31	15	28	23	1.96
60745734--60745897	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
60745734--60745931	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
60750554--60750786	39	6.0	39	88	1	308	18	21	28	31	1.97
60750524--60750785	39	6.7	38	84	5	197	19	21	29	30	1.97
60755133--60755170	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
60762840--60762912	29	2.5	29	88	0	83	23	32	16	27	1.96
60764083--60764140	24	2.4	24	85	8	73	6	18	1	72	1.16
60771831--60771877	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
60776497--60776614	45	2.7	46	84	6	172	27	17	27	27	1.98
60777702--60777935	27	8.7	27	87	3	328	28	23	9	39	1.85
60777953--60778029	27	2.9	27	86	0	109	40	23	10	25	1.86
60777957--60778258	81	3.8	81	81	5	247	34	18	20	26	1.96
60778011--60778239	106	2.1	107	89	1	343	34	18	22	24	1.96
60778011--60778239	27	8.6	27	86	1	318	34	18	22	24	1.96
60778457--60778536	27	3.0	26	90	3	115	20	23	21	35	1.96
60778627--60778685	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60778842--60778918	27	2.9	27	88	3	102	15	23	24	36	1.94
60779065--60779226	6	26.8	6	78	13	172	19	17	13	49	1.79
60779040--60779226	85	2.2	85	95	0	329	19	17	13	49	1.80
60779040--60779247	30	7.1	30	81	11	216	19	17	13	49	1.80
60779963--60780198	38	6.2	38	88	1	330	21	22	25	30	1.99
60780194--60780363	45	3.8	46	83	7	192	24	22	28	24	1.99
60800107--60800166	20	3.0	20	97	0	111	30	16	10	43	1.81
60801024--60801070	23	2.0	23	84	8	60	31	10	8	48	1.68
60803680--60803800	37	3.3	37	95	1	208	22	33	19	24	1.97
60803902--60804116	49	4.4	49	96	0	376	29	32	9	29	1.88
60806449--60806477	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
60807736--60807777	15	2.9	14	86	6	57	0	28	2	69	1.01
60808945--60808973	14	2.1	14	100	0	58	20	44	13	20	1.85
60808969--60809054	41	2.1	41	97	0	163	34	19	9	36	1.84
60809206--60809333	42	3.0	42	68	20	131	15	26	8	49	1.73
60809182--60809354	84	2.1	84	92	1	285	15	26	10	47	1.77
60814411--60814522	55	2.0	55	98	0	215	35	10	11	41	1.76
60814420--60814504	26	3.2	26	63	21	66	34	11	11	42	1.78
60821840--60821878	20	1.9	21	85	15	55	43	2	2	51	1.29
60823260--60823308	26	2.0	25	84	11	66	24	12	4	59	1.50
60826877--60826951	38	2.0	38	84	5	98	38	22	6	32	1.80
60826873--60826957	18	4.5	19	78	8	93	41	22	5	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60827146--60827192	24	2.0	24	91	8	78	31	21	27	19	1.97
60830433--60830534	29	3.6	29	87	2	143	26	15	33	24	1.95
60838286--60838387	29	3.6	29	87	2	143	26	15	33	24	1.95
60844568--60844739	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
60844560--60844735	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
60853711--60853780	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
60857847--60858002	40	3.9	40	77	10	151	27	23	26	22	1.99
60857888--60858018	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
60859892--60860152	40	6.6	40	92	1	420	22	22	26	27	2.00
60867539--60867925	192	2.0	193	98	0	758	33	8	20	37	1.82
60869000--60869117	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60868968--60869131	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60876539--60876656	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
60876507--60876670	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
60878553--60878620	27	2.5	27	90	4	102	22	25	19	33	1.97
60878649--60878887	27	8.8	27	77	5	194	32	9	18	38	1.84
60878680--60878928	27	9.1	27	77	6	171	33	8	19	38	1.82
60878879--60879013	27	5.0	27	85	3	164	42	8	20	28	1.82
60878969--60879050	38	2.2	38	81	0	92	39	6	30	24	1.79
60878952--60879074	65	1.9	65	84	0	165	36	6	29	27	1.82
60879007--60879074	27	2.5	27	95	0	118	35	5	32	26	1.81
60879071--60879169	27	3.7	26	82	5	92	30	10	18	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60879080--60879184	27	3.9	27	76	9	81	34	9	16	40	1.81
60881970--60882033	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
60882226--60882390	24	7.0	24	86	6	221	27	21	21	29	1.99
60882226--60882390	71	2.3	70	89	4	242	27	21	21	29	1.99
60882440--60882506	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
60882440--60882495	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
60883747--60883814	27	2.5	27	83	4	84	23	22	19	35	1.96
60883843--60884081	27	8.8	27	77	5	194	32	9	18	38	1.84
60883874--60884122	27	9.1	27	77	6	171	33	8	19	38	1.82
60884074--60884209	27	5.0	27	86	0	164	40	8	22	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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