genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  112  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29606614--29606663	15	3.4	15	83	2	57	8	20	12	60	1.57
29609048--29609217	46	3.7	46	77	10	175	23	18	28	30	1.98
29609042--29609212	93	1.8	93	89	0	270	22	19	28	29	1.98
29621580--29621625	22	2.1	22	88	4	67	45	2	0	52	1.13
29622906--29622954	10	4.9	10	87	0	71	18	12	2	67	1.32
29624494--29624535	21	2.0	22	85	4	59	21	28	33	16	1.95
29625355--29625401	24	2.0	24	86	0	67	59	12	10	17	1.60
29625371--29625458	6	14.3	6	71	17	65	50	15	17	17	1.79
29625380--29625458	31	2.5	31	89	0	122	50	15	17	16	1.78
29625389--29625455	25	2.7	23	82	15	73	47	16	19	16	1.82
29625866--29626061	27	7.3	27	90	0	275	25	21	18	34	1.96
29625870--29626061	81	2.4	81	91	0	305	25	21	17	34	1.95
29625866--29626115	81	3.1	81	83	3	236	26	19	19	35	1.95
29626046--29626171	27	4.7	27	77	3	92	27	8	21	42	1.82
29626073--29626185	54	2.1	54	83	0	136	27	7	23	40	1.82
29626164--29626428	27	9.8	27	89	0	386	37	7	24	30	1.84
29628418--29628505	6	14.3	6	71	17	65	50	15	17	17	1.79
29628427--29628505	31	2.5	31	89	0	122	50	15	17	16	1.78
29628436--29628502	25	2.7	23	82	15	73	47	16	19	16	1.82
29628913--29629080	27	6.3	27	86	1	239	25	20	19	34	1.96
29628917--29629082	53	3.1	54	87	3	246	25	21	18	34	1.96
29628926--29629107	54	3.4	52	80	11	176	26	18	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29628941--29629134	81	2.4	80	84	5	223	26	17	19	36	1.94
29629065--29629137	27	2.7	27	91	0	110	27	8	23	41	1.82
29629182--29629419	27	8.8	27	89	0	350	36	10	24	28	1.88
29629182--29629446	81	3.3	79	84	3	314	35	10	24	29	1.88
29633485--29633526	21	2.0	22	81	13	52	26	23	38	11	1.90
29634231--29634292	3	21.3	3	87	12	94	67	0	0	32	0.91
29637279--29637347	34	2.0	34	88	5	104	27	14	17	40	1.88
29637827--29637875	13	3.6	14	78	13	57	22	2	0	75	0.90
29637827--29637873	7	6.9	7	81	18	55	23	2	0	74	0.93
29637825--29637875	20	2.5	20	93	3	84	23	1	0	74	0.92
29639103--29639129	13	2.1	13	100	0	54	85	0	14	0	0.61
29640715--29640742	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29643432--29643559	47	2.8	44	80	13	134	27	19	29	23	1.98
29650843--29651052	46	4.6	46	76	12	157	27	17	30	25	1.97
29653886--29654118	40	5.6	40	84	12	299	23	22	27	27	1.99
29653950--29654051	51	2.0	51	96	0	186	22	20	26	30	1.98
29653910--29654088	91	2.0	91	96	0	331	22	21	26	28	1.99
29655977--29656085	56	1.9	56	88	0	164	33	22	16	27	1.95
29656590--29656644	26	2.1	26	100	0	110	40	20	0	40	1.52
29658317--29658471	75	2.1	75	93	0	265	23	24	34	18	1.96
29667362--29667397	18	2.0	18	88	0	54	36	0	27	36	1.57
29669828--29669879	26	2.0	25	92	3	86	19	9	17	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29670196--29670463	95	2.8	96	77	10	255	28	17	29	24	1.97
29671546--29671586	22	1.9	22	85	5	57	14	48	26	9	1.75
29674574--29674637	26	2.5	26	82	14	71	35	3	0	60	1.12
29674876--29674906	15	2.1	15	100	0	62	32	6	6	54	1.51
29674879--29674917	15	2.7	15	88	7	55	41	2	7	48	1.45
29681768--29681804	16	2.2	17	90	4	58	0	29	0	70	0.88
29681879--29681919	13	3.0	14	75	17	50	43	0	0	56	0.99
29683763--29683809	18	2.5	20	86	6	62	44	8	14	31	1.76
29691954--29692018	34	1.9	34	87	0	94	26	21	23	29	1.99
29693684--29693844	30	5.5	30	89	6	231	32	13	25	27	1.94
29693684--29693844	58	2.8	58	89	4	227	32	13	25	27	1.94
29696452--29696640	43	4.4	43	90	0	270	21	33	24	20	1.97
29696904--29696950	19	2.5	19	76	10	51	72	2	2	23	1.06
29696894--29696980	25	3.6	24	72	13	70	67	1	3	27	1.13
29701045--29701141	49	2.0	46	88	5	140	40	27	4	27	1.75
29701112--29701156	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
29701314--29701409	41	2.4	41	96	1	176	18	25	23	32	1.97
29708615--29708653	18	2.1	19	90	4	62	0	30	12	56	1.37
29709657--29709736	34	2.4	33	85	4	97	27	16	22	33	1.95
29713117--29713200	42	2.0	42	100	0	168	35	16	4	42	1.69
29713378--29713598	110	2.0	110	92	0	370	25	19	17	37	1.93
29717579--29717660	29	2.9	26	70	22	67	47	0	6	46	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29717899--29717933	13	2.6	14	95	4	63	62	2	5	28	1.32
29718317--29718366	27	1.9	25	84	8	64	42	2	6	50	1.38
29725185--29725265	39	2.1	39	97	0	153	43	23	17	16	1.88
29727724--29727789	34	1.9	34	87	0	96	34	18	15	31	1.92
29730473--29730505	16	1.9	18	88	11	52	39	33	6	21	1.78
29733504--29733544	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
29735849--29735950	51	2.0	51	96	0	186	36	29	15	18	1.92
29737758--29737933	83	2.1	84	90	6	279	15	15	23	45	1.84
29741919--29742005	43	2.0	43	100	0	174	22	27	18	31	1.97
29742575--29742633	26	2.3	26	85	5	75	35	13	11	38	1.82
29743995--29744019	11	2.3	11	100	0	50	28	0	12	60	1.32
29745201--29745286	45	1.9	44	90	2	136	24	13	25	36	1.93
29757528--29757567	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
29761606--29761789	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
29761646--29761834	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
29764681--29764833	40	3.8	40	79	5	148	25	28	23	22	2.00
29772737--29772840	40	2.6	41	79	8	115	25	25	22	25	2.00
29778412--29778788	48	7.9	48	77	8	286	25	19	30	24	1.98
29778409--29778788	96	3.9	97	79	5	396	25	19	30	24	1.98
29778409--29778788	144	2.6	144	80	3	399	25	19	30	24	1.98
29784507--29784687	46	3.9	46	80	9	224	20	20	29	28	1.98
29784509--29784679	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29788694--29788882	48	3.9	48	80	0	198	27	19	28	24	1.99
29788702--29788879	96	1.9	96	84	0	239	27	19	28	24	1.99
29792719--29792758	21	2.0	21	85	5	55	27	27	32	12	1.93
29793918--29794331	46	8.8	48	71	16	237	24	31	18	26	1.98
29793918--29794331	94	4.4	94	75	12	316	24	31	18	26	1.98
29796034--29796066	14	2.4	14	94	0	57	36	24	6	33	1.80
29796042--29796077	18	2.0	18	88	0	54	38	22	8	30	1.83
29796272--29796454	92	2.0	92	82	2	224	28	23	16	31	1.96
29798286--29798454	46	3.7	46	78	13	184	22	20	27	29	1.99
29798279--29798449	93	1.8	93	91	2	281	21	21	28	28	1.99
29800822--29800868	11	4.4	11	82	17	55	76	4	0	19	0.95
29800822--29800868	5	8.8	5	78	21	51	76	4	0	19	0.95
29804169--29804439	47	5.8	46	76	10	178	28	19	29	23	1.98
29804169--29804383	46	4.6	46	81	7	202	28	19	29	23	1.98
29804174--29804436	140	1.9	140	81	7	318	28	19	28	23	1.98
29808002--29808037	18	2.0	18	100	0	72	27	27	27	16	1.97
29813685--29813756	28	2.5	29	93	6	121	30	26	12	30	1.93
29814201--29814228	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29821508--29821577	28	2.4	29	93	6	117	31	25	11	31	1.91
29821508--29821606	28	3.4	28	81	6	101	31	27	12	29	1.92
29828388--29828464	29	2.7	28	70	9	66	40	16	16	25	1.90
29828736--29828803	2	34.0	2	100	0	136	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29833764--29833892	46	2.8	48	79	15	155	30	29	20	20	1.97
29836257--29836317	14	4.3	14	73	10	52	60	13	16	9	1.58
29836257--29836334	15	5.4	15	77	7	81	58	12	17	10	1.61
29836268--29836343	15	5.2	15	73	10	59	56	14	17	11	1.67
29849794--29849844	23	2.1	24	82	13	61	33	3	1	60	1.26
29849798--29849859	27	2.2	28	86	8	83	32	3	1	62	1.20
29855869--29855927	20	3.0	20	89	0	91	37	22	3	37	1.71
29856603--29856643	20	2.2	19	86	8	57	56	0	21	21	1.43
29859637--29859850	49	4.4	49	92	0	347	32	8	28	30	1.87
29862116--29862333	40	5.5	40	86	2	271	22	22	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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