genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  129  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34456856--34457129	49	5.7	48	82	6	304	25	16	26	30	1.97
34459864--34459902	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
34461943--34462002	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
34462670--34462752	23	3.2	28	63	33	76	24	16	28	30	1.97
34462577--34462760	49	3.8	49	85	5	241	25	19	26	29	1.98
34462577--34462761	100	1.9	97	86	5	264	25	18	25	29	1.98
34462724--34462799	39	1.9	39	91	0	125	28	18	25	27	1.98
34464634--34464675	17	2.5	17	84	0	57	66	0	0	33	0.92
34467533--34467591	30	2.0	30	86	0	82	32	15	25	27	1.95
34469953--34470176	40	5.6	40	85	4	308	23	22	27	25	2.00
34481363--34481587	40	5.6	40	84	3	272	23	21	28	27	1.99
34481367--34481587	83	2.7	80	84	5	259	22	21	28	26	1.99
34482745--34482784	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
34483156--34483200	20	2.2	21	84	4	56	44	11	13	31	1.78
34489167--34489273	43	2.4	43	83	10	119	28	21	20	29	1.98
34491770--34491993	40	5.7	40	87	6	296	26	26	20	25	1.99
34491770--34491993	78	2.8	80	84	8	287	26	26	20	25	1.99
34499922--34500146	40	5.7	40	89	3	296	27	26	20	24	1.99
34508540--34508723	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
34516654--34516837	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
34521883--34521923	20	2.0	20	90	9	66	4	19	0	75	0.98
34533103--34533160	27	2.1	28	83	3	73	25	24	29	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34537102--34537145	21	2.2	19	84	8	52	52	0	2	45	1.13
34539765--34539874	51	2.2	51	84	0	139	16	29	7	47	1.73
34549895--34549920	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
34555305--34555512	40	5.2	41	78	5	167	26	22	26	24	2.00
34555309--34555516	80	2.6	79	77	3	202	26	22	26	24	2.00
34562164--34562299	39	3.5	39	86	0	191	13	23	23	38	1.91
34564112--34564378	46	5.8	44	76	10	189	28	17	28	25	1.97
34564121--34564295	46	3.7	47	82	8	205	30	18	27	23	1.97
34581906--34582087	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
34581906--34582087	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
34589911--34590092	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
34589911--34590092	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
34597934--34598115	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
34597934--34598115	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
34603056--34603175	45	2.6	47	76	14	124	31	20	26	21	1.98
34604319--34604343	13	1.9	13	100	0	50	68	0	24	8	1.16
34612526--34612556	16	1.9	16	93	0	53	32	25	6	35	1.82
34624379--34624508	49	2.7	49	84	2	172	22	28	21	27	1.99
34639092--34639200	46	2.4	47	85	10	147	38	28	2	30	1.71
34648184--34648251	12	5.7	12	80	0	82	5	25	42	26	1.77
34648184--34648261	24	3.2	24	96	0	138	7	24	42	25	1.81
34648184--34648261	12	6.5	12	78	11	79	7	24	42	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34656711--34656744	16	2.1	16	94	0	59	20	2	0	76	0.92
34657086--34657133	17	2.8	17	83	0	60	75	8	2	14	1.13
34662180--34662281	12	8.3	12	71	15	75	32	3	1	61	1.25
34662132--34662277	16	9.4	15	70	18	79	31	4	2	61	1.29
34662435--34662459	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
34674375--34675277	210	4.3	210	94	0	1545	29	19	22	28	1.98
34675220--34675373	84	1.8	84	92	0	263	29	20	24	25	1.99
34676645--34676692	19	2.5	19	86	6	62	22	2	0	75	0.91
34676650--34676694	19	2.4	18	88	3	63	24	0	0	75	0.80
34676650--34676694	18	2.5	17	82	13	54	24	0	0	75	0.80
34676800--34676849	18	2.8	17	80	14	57	28	4	0	68	1.08
34676818--34676913	16	6.3	15	74	23	69	32	4	2	61	1.27
34676799--34676922	12	10.5	12	68	19	82	31	4	1	62	1.23
34677076--34677100	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
34680228--34680266	17	2.3	17	91	8	62	41	5	20	33	1.74
34685993--34686120	40	3.2	40	76	4	107	25	22	27	24	2.00
34694037--34694124	39	2.3	39	80	7	108	23	22	29	23	1.99
34697642--34697687	18	2.5	19	79	13	51	52	0	0	47	1.00
34703218--34703345	40	3.2	40	78	4	116	25	23	27	23	2.00
34711233--34711360	40	3.2	40	78	4	116	25	23	27	23	2.00
34713084--34713136	25	2.0	25	85	7	70	37	3	1	56	1.28
34713143--34713189	14	3.3	14	85	8	51	25	2	4	68	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34713148--34713395	15	16.1	15	65	25	58	31	4	3	60	1.33
34713290--34713396	46	2.3	45	78	10	110	34	3	1	59	1.26
34713406--34713450	21	2.1	21	84	8	56	33	8	2	55	1.43
34713498--34713570	14	4.9	14	80	11	74	32	6	4	56	1.45
34720451--34720503	14	3.9	14	82	7	56	83	1	15	0	0.74
34720463--34720503	7	5.9	7	83	11	57	82	2	14	0	0.76
34720465--34720503	13	2.9	14	85	14	55	84	2	12	0	0.72
34721399--34721975	44	13.1	44	70	12	269	29	16	25	28	1.97
34721387--34721975	132	4.5	132	92	0	971	29	16	25	28	1.97
34732755--34733205	44	10.2	44	71	10	298	31	17	23	27	1.97
34732709--34733205	132	3.8	131	90	2	737	30	17	23	27	1.97
34735028--34735194	40	4.2	40	83	3	187	24	26	22	25	2.00
34742856--34743022	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
34746017--34746118	29	3.5	29	94	5	188	36	14	24	24	1.93
34745987--34746118	58	2.2	60	91	2	214	34	14	25	25	1.94
34745987--34746122	29	4.6	29	84	8	116	34	13	25	26	1.93
34753990--34754092	29	3.5	29	90	2	170	37	12	25	24	1.90
34753960--34754092	29	4.5	29	86	3	167	36	12	25	25	1.92
34753960--34754092	59	2.2	60	90	1	205	36	12	25	25	1.92
34756287--34756311	7	3.6	7	100	0	50	16	0	28	56	1.41
34760087--34760180	43	2.2	43	84	5	127	25	13	25	35	1.93
34760101--34760194	43	2.2	43	88	3	136	26	14	23	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34779454--34779593	43	3.3	43	87	4	174	25	21	25	27	1.99
34787099--34787263	43	3.8	43	90	4	235	24	20	29	24	1.99
34787831--34787863	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
34788667--34788838	43	4.0	42	74	10	145	29	14	22	34	1.93
34788933--34788988	27	2.1	27	93	0	94	35	12	23	28	1.91
34790563--34790603	19	2.1	20	86	4	57	51	7	12	29	1.66
34790926--34791021	46	2.1	46	92	1	158	29	30	20	19	1.97
34794636--34794951	158	2.0	159	98	0	616	43	17	10	28	1.81
34799458--34799680	48	4.7	48	85	5	224	31	17	26	24	1.97
34799460--34799737	96	2.9	94	75	12	255	31	18	26	24	1.97
34802928--34803077	40	3.8	40	81	1	140	25	26	22	26	2.00
34808055--34808105	8	6.1	8	84	6	66	39	0	15	45	1.47
34808062--34808105	17	2.7	16	86	6	61	40	0	15	43	1.47
34808399--34808434	13	2.7	13	95	4	63	52	2	8	36	1.46
34808544--34808708	7	20.8	8	67	25	68	60	1	3	33	1.25
34808535--34808708	24	7.7	23	68	19	107	60	1	4	33	1.25
34808548--34808721	19	9.1	19	65	20	69	60	2	4	32	1.27
34808550--34808707	15	10.5	15	67	20	62	61	1	3	32	1.25
34808545--34808721	38	4.8	35	70	20	103	61	2	3	32	1.27
34809441--34809472	15	2.1	15	100	0	64	12	15	12	59	1.61
34811409--34811576	40	4.2	40	81	6	171	25	22	26	25	2.00
34812387--34812419	17	1.9	17	93	0	57	18	12	15	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34819247--34819413	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
34822752--34823021	47	5.7	47	94	1	425	32	7	30	29	1.85
34836198--34836356	38	4.1	38	82	3	210	30	24	22	23	1.99
34840711--34840782	25	2.9	25	87	0	108	25	19	26	29	1.99
34840827--34840865	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
34840827--34840866	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
34848640--34848674	10	3.4	10	84	7	52	28	17	20	34	1.95
34851790--34851955	40	4.2	40	81	6	178	25	27	21	25	1.99
34852780--34852825	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
34860839--34860953	29	4.0	29	89	4	108	26	22	14	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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