genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  251  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71657772--71657865	6	15.3	6	72	16	68	50	14	17	18	1.79
71657793--71657865	31	2.4	31	90	0	119	49	15	17	17	1.80
71658040--71658067	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
71658322--71658703	27	14.2	27	83	1	399	41	7	21	29	1.80
71658322--71658730	81	5.1	81	83	3	450	41	7	21	30	1.80
71658681--71658742	27	2.3	27	88	5	90	32	4	20	41	1.74
71660850--71660968	6	19.3	6	72	17	84	49	14	17	18	1.79
71660873--71660940	25	2.7	25	95	0	118	47	14	20	17	1.83
71660873--71660968	31	3.3	30	77	16	112	47	14	18	18	1.82
71660873--71660965	25	3.7	25	82	7	100	47	15	19	18	1.83
71661482--71661944	27	17.2	27	84	3	504	41	7	20	30	1.80
71661482--71661944	108	4.3	108	88	1	610	41	7	20	30	1.80
71664091--71664227	6	22.3	6	70	15	84	48	13	17	19	1.80
71664112--71664227	31	3.5	31	76	13	124	48	13	18	19	1.81
71664114--71664227	37	3.2	37	77	14	141	48	14	17	20	1.81
71664406--71664435	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
71664754--71665110	27	13.2	27	87	1	419	42	5	21	29	1.76
71664766--71665155	81	4.8	79	78	6	345	41	6	21	31	1.78
71670346--71670422	6	12.7	6	77	11	77	49	15	19	15	1.80
71670346--71670482	19	7.4	18	69	15	66	48	13	18	18	1.80
71670367--71670453	37	2.4	37	86	0	120	48	13	21	16	1.80
71670367--71670482	31	3.5	31	76	7	97	49	13	19	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71670369--71670482	37	3.2	36	70	22	107	49	14	19	17	1.80
71670991--71671342	27	13.1	27	84	5	435	40	6	21	30	1.79
71671296--71671385	27	3.3	27	78	7	76	33	5	24	36	1.79
71670991--71671389	54	7.4	52	82	6	383	40	6	21	32	1.78
71673242--71673342	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
71673271--71673346	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
71679871--71680045	46	3.8	46	79	14	216	21	20	29	29	1.98
71679868--71680037	92	1.8	93	94	1	306	21	21	29	28	1.98
71682989--71683057	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
71682980--71683067	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
71685427--71685602	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
71685424--71685594	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
71690627--71690724	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
71704470--71704524	25	2.2	25	100	0	110	30	23	34	10	1.89
71704470--71704538	25	2.8	24	89	8	77	33	20	36	10	1.86
71705276--71705653	27	14.0	27	84	5	469	31	21	6	41	1.78
71705977--71706012	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
71706009--71706068	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
71706193--71706253	31	2.0	31	90	0	95	21	18	11	49	1.78
71706216--71706278	25	2.5	25	86	0	90	19	19	12	49	1.79
71706237--71706299	18	3.4	18	75	16	67	17	15	14	52	1.75
71706237--71706299	6	10.3	6	74	16	58	17	15	14	52	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71708381--71708491	27	4.1	27	88	2	152	31	23	4	40	1.75
71708811--71708842	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
71708839--71708898	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
71709017--71709126	6	17.8	6	70	12	71	19	19	11	50	1.78
71709039--71709126	37	2.4	37	88	0	131	20	20	11	47	1.80
71709039--71709139	37	2.7	36	80	6	112	20	19	9	49	1.77
71712379--71712480	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71720271--71720372	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71723717--71723805	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
71723717--71723796	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
71723728--71723805	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
71726756--71726926	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
71726748--71726923	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
71734290--71734403	24	4.9	24	69	6	74	37	13	20	28	1.90
71734290--71734351	24	2.5	25	81	5	81	41	11	19	27	1.85
71741095--71741292	108	1.8	110	84	4	276	23	25	17	33	1.96
71741048--71741302	55	4.8	54	78	10	235	21	25	17	34	1.95
71743740--71743907	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
71743740--71743907	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
71751751--71751918	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
71751751--71751918	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
71759882--71759969	44	2.0	46	84	8	119	23	27	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71761672--71761795	42	2.9	42	80	2	140	29	17	23	29	1.97
71763062--71763088	12	2.2	12	100	0	54	33	0	18	48	1.49
71764851--71765181	47	7.1	47	88	1	468	32	12	29	25	1.93
71764852--71765176	140	2.3	141	94	1	582	32	12	29	25	1.93
71764852--71765227	140	2.7	139	89	4	499	32	12	29	25	1.92
71765167--71765290	46	2.7	46	85	0	167	35	9	29	25	1.88
71766781--71767252	40	11.8	40	84	0	613	24	22	27	26	2.00
71766781--71767252	80	5.9	80	92	0	719	24	22	27	26	2.00
71771485--71771819	47	7.1	47	91	1	499	33	11	29	25	1.91
71771485--71771869	94	4.1	94	87	3	506	34	11	29	24	1.91
71771485--71771819	141	2.4	142	94	1	582	33	11	29	25	1.91
71771793--71771930	46	3.0	46	85	1	186	34	8	31	26	1.87
71774524--71774668	27	5.4	27	83	0	173	36	16	20	26	1.93
71775320--71775371	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
71775412--71775469	27	2.2	27	84	3	73	20	24	20	34	1.97
71777111--71777212	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71784998--71785099	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
71803171--71803316	27	5.4	27	88	0	211	34	19	21	23	1.96
71803968--71804018	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
71806632--71806765	48	2.8	48	87	1	189	30	23	14	31	1.95
71808354--71808384	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
71808351--71808390	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71808575--71808773	49	3.8	52	79	7	210	21	26	17	34	1.95
71810393--71810565	46	3.7	46	74	13	165	22	20	26	30	1.99
71813021--71813312	48	6.1	48	96	0	514	35	6	27	29	1.83
71813459--71813603	37	3.9	37	96	0	254	24	19	31	25	1.98
71823199--71823310	43	2.6	42	76	6	118	31	16	22	30	1.95
71829579--71829661	34	2.4	34	85	0	112	32	34	15	16	1.91
71833950--71834056	54	2.0	53	96	3	198	42	13	14	29	1.84
71845419--71845523	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
71845478--71845578	29	3.5	28	94	2	175	25	29	14	29	1.95
71850012--71850168	43	3.7	43	77	7	140	26	17	22	33	1.96
71854088--71854272	40	4.6	40	83	7	207	21	24	29	24	1.99
71854208--71854291	40	2.1	40	86	0	114	21	22	30	25	1.98
71858179--71858283	43	2.5	43	82	4	124	27	19	23	29	1.98
71859553--71859661	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
71860855--71861021	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
71869580--71871246	553	3.0	568	90	4	2636	32	17	16	33	1.93
71881155--71881253	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
71887472--71887647	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
71887469--71887639	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
71890599--71890667	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
71890590--71890677	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
71893034--71893209	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71893030--71893201	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
71898578--71898753	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
71898574--71898745	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
71901663--71901731	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
71901654--71901741	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
71904120--71904295	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
71904116--71904287	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
71908046--71908259	48	4.6	46	75	12	170	28	27	16	27	1.97
71913271--71913429	43	3.8	43	75	11	159	28	27	17	25	1.98
71915757--71915933	40	4.4	40	79	6	191	25	22	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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