genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  89  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23333308--23333382	30	2.5	31	78	10	84	21	25	37	16	1.93
23335983--23336072	45	2.0	44	97	2	171	27	12	6	53	1.63
23339729--23339810	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
23341397--23341534	27	5.1	26	78	10	134	18	23	21	35	1.96
23341392--23341534	54	2.6	54	86	2	189	18	24	20	36	1.95
23345328--23345412	42	2.0	42	100	0	170	38	7	21	32	1.80
23348523--23348561	6	6.5	6	100	0	78	15	0	0	84	0.62
23352509--23352734	50	4.5	50	83	4	251	30	25	17	27	1.97
23352509--23352738	101	2.3	99	83	4	266	29	25	17	27	1.98
23359998--23360179	51	3.6	50	79	7	208	29	25	19	24	1.99
23359997--23360179	101	1.8	100	93	1	321	29	25	20	24	1.99
23361780--23361848	34	2.0	34	100	0	138	28	23	8	39	1.84
23363883--23363910	10	2.8	10	100	0	56	32	10	10	46	1.73
23365023--23365076	23	2.3	23	84	6	65	20	29	16	33	1.95
23369969--23370118	37	4.1	37	92	0	237	26	29	19	24	1.98
23370280--23370417	47	2.9	47	90	0	213	26	29	10	32	1.90
23370317--23370392	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
23374462--23374812	40	8.8	40	89	0	488	25	26	22	25	2.00
23376080--23376226	37	4.0	37	92	0	231	25	29	19	24	1.98
23376390--23376527	47	2.9	47	90	0	213	26	29	10	32	1.90
23376427--23376502	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
23380811--23380901	41	2.2	41	82	1	121	49	9	21	18	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23380825--23380974	41	3.7	41	80	5	144	50	9	20	20	1.75
23381521--23381615	38	2.5	38	92	1	154	54	3	14	27	1.55
23389804--23390009	45	4.6	44	86	4	220	20	18	14	46	1.83
23391014--23391071	3	19.3	3	81	13	66	34	0	1	63	1.04
23394678--23394768	41	2.2	41	82	1	121	49	9	21	18	1.77
23394692--23394841	41	3.7	41	80	5	144	50	9	20	20	1.75
23396849--23396942	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
23396845--23396979	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
23398444--23398519	38	2.0	39	89	2	118	51	3	14	30	1.60
23406706--23406911	45	4.6	44	86	4	229	20	18	14	46	1.84
23407916--23407972	3	19.3	3	79	16	57	35	0	1	63	1.05
23409423--23409466	18	2.4	18	96	0	79	38	6	13	40	1.71
23415403--23415677	114	2.4	114	87	1	390	22	20	24	32	1.98
23415403--23415677	38	7.2	38	84	0	354	22	20	24	32	1.98
23415671--23415798	46	2.9	45	85	7	149	24	21	28	25	1.99
23417280--23417328	22	2.2	23	85	3	64	32	10	12	44	1.75
23418839--23418978	26	5.2	26	85	10	192	32	5	25	35	1.80
23418845--23418962	31	4.2	30	77	17	128	30	5	27	35	1.81
23418845--23418962	57	2.1	56	95	1	209	30	5	27	35	1.81
23420763--23421047	135	2.1	137	96	1	520	24	18	25	31	1.97
23424727--23424862	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
23426646--23426928	134	2.1	136	95	2	509	24	18	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23430615--23430747	26	5.2	25	90	5	205	33	6	24	35	1.80
23430615--23430747	51	2.6	51	95	1	232	33	6	24	35	1.80
23433260--23433406	39	3.8	39	77	5	131	27	23	27	22	1.99
23436985--23437115	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
23437731--23437845	26	4.3	26	81	12	151	32	5	26	36	1.79
23437741--23437805	31	2.1	31	91	0	103	30	4	27	36	1.77
23440788--23440968	46	3.9	46	80	9	224	20	22	29	27	1.99
23440790--23440960	93	1.8	93	94	0	306	20	22	29	26	1.98
23442728--23442845	40	3.0	40	79	2	130	25	24	27	22	1.99
23449099--23449232	26	5.2	26	94	2	227	33	4	24	37	1.76
23452177--23452357	46	3.9	46	80	9	224	20	22	29	27	1.99
23452179--23452349	93	1.8	93	94	0	306	20	22	29	26	1.98
23454116--23454233	40	3.0	40	79	2	130	25	24	27	22	1.99
23456538--23456823	136	2.1	137	95	0	511	24	18	24	32	1.97
23458800--23458835	16	2.2	17	90	5	56	55	8	33	2	1.44
23462533--23462578	20	2.3	20	100	0	92	41	30	13	15	1.85
23468948--23469302	27	13.1	27	80	8	247	31	23	8	36	1.85
23468948--23469302	54	6.6	54	78	8	283	31	23	8	36	1.85
23469021--23469153	28	4.9	27	81	3	131	37	22	8	31	1.84
23469021--23469153	55	2.4	55	80	6	144	37	22	8	31	1.84
23469301--23469459	27	5.9	27	80	5	169	38	20	11	29	1.88
23469334--23469484	27	5.6	25	82	6	115	40	21	9	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23469334--23469542	54	3.8	53	78	8	181	39	20	9	30	1.84
23469415--23469543	27	4.7	27	77	7	116	40	20	8	31	1.82
23469588--23469660	26	2.7	26	77	12	76	36	20	19	23	1.95
23470360--23470416	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
23470466--23470588	52	2.4	51	94	2	212	26	24	21	26	2.00
23470466--23470588	26	4.8	26	90	1	178	26	24	21	26	2.00
23470733--23470824	42	2.2	42	94	0	157	27	10	21	40	1.87
23470848--23470926	31	2.5	31	97	0	149	26	18	26	27	1.98
23474147--23474188	18	2.3	18	84	8	50	69	4	19	7	1.31
23476296--23476358	24	2.7	23	85	7	81	33	28	15	22	1.95
23484888--23485136	63	3.8	64	77	9	204	29	16	28	24	1.97
23489363--23489567	67	3.2	63	76	8	196	32	17	28	21	1.96
23490648--23490674	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23498437--23498484	20	2.3	20	79	13	53	43	12	4	39	1.62
23501130--23501257	43	3.0	43	78	6	143	32	21	18	27	1.97
23504423--23504470	20	2.4	20	89	0	69	39	14	16	29	1.88
23507960--23507998	20	1.9	21	89	5	62	48	0	0	51	1.00
23507983--23508025	12	3.6	11	81	12	50	32	2	2	62	1.20
23514713--23514743	14	2.2	14	100	0	62	48	9	6	35	1.62
23515070--23515109	18	2.2	18	95	0	71	27	7	0	65	1.20
23516760--23516801	21	1.9	21	85	9	57	66	11	2	19	1.34
23516942--23516988	23	2.0	24	87	8	69	31	6	0	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23518346--23518402	20	2.8	20	79	10	62	28	5	1	64	1.25
23523604--23523655	26	2.0	26	96	0	95	21	19	9	50	1.76
23533574--23533682	55	2.0	55	100	0	218	39	14	14	31	1.87
23537087--23537412	48	6.8	46	75	11	221	27	18	29	24	1.98
23537092--23537412	96	3.3	95	79	7	294	27	18	29	24	1.98
23537081--23537412	144	2.3	144	80	6	368	27	18	29	24	1.98
23544535--23544580	21	2.2	21	96	3	85	32	8	8	50	1.64
23550930--23550961	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
23551901--23551954	26	2.1	26	92	0	90	29	18	22	29	1.97
23553409--23553485	26	3.0	25	74	9	75	24	3	1	70	1.12
23553392--23553476	17	4.6	18	77	11	75	24	4	0	70	1.06
23553401--23553481	36	2.2	36	79	14	87	23	3	1	71	1.09
23553448--23553485	17	2.3	17	86	4	51	26	2	2	68	1.16
23563715--23563853	42	3.2	42	80	8	154	37	23	14	24	1.92
23563684--23563848	86	1.9	85	81	8	201	34	23	16	25	1.95
23568306--23568353	24	2.0	24	91	0	78	31	22	10	35	1.88
23571434--23571591	43	3.7	43	75	7	142	32	28	16	22	1.96
23571465--23571569	42	2.4	44	81	7	126	38	26	13	21	1.91
23574471--23574512	20	2.1	20	95	0	75	42	7	23	26	1.80
23575310--23575513	106	1.9	107	93	1	356	24	24	23	28	2.00
23578208--23578443	118	2.0	118	97	0	445	26	18	22	32	1.97
23579294--23579326	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23583096--23583129	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
23589164--23589188	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
23590295--23590461	43	3.9	42	77	6	165	25	15	26	32	1.96
23590308--23590446	42	3.2	43	81	5	147	25	15	26	31	1.96
23592682--23592853	93	1.8	93	91	2	283	28	29	20	21	1.98
23592675--23592850	46	3.8	46	78	11	191	29	28	20	21	1.98
23592727--23592869	46	3.1	44	75	15	139	28	28	20	22	1.98
23598463--23598502	16	2.5	16	91	0	62	22	0	2	75	0.93
23598956--23598988	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
23600157--23600370	107	2.0	107	98	0	410	40	7	3	48	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427