genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  252  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71915757--71915924	80	2.1	80	84	3	214	25	22	26	26	2.00
71918537--71918661	51	2.5	51	89	6	191	32	13	26	28	1.94
71919670--71919694	13	1.9	13	100	0	50	16	28	24	32	1.96
71921310--71921449	43	3.3	43	78	10	135	31	28	15	24	1.96
71930617--71930731	55	2.1	56	80	11	130	34	21	24	19	1.96
71930642--71930731	27	3.2	27	78	7	92	32	23	24	20	1.98
71930837--71930901	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
71931149--71931179	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
71931970--71932002	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
71942089--71942160	28	2.6	28	88	4	101	33	25	12	29	1.92
71946428--71946598	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
71946420--71946595	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
71948963--71949051	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
71948963--71949042	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
71948974--71949051	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
71951991--71952162	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
71951983--71952158	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
71954494--71954572	15	5.4	15	79	8	83	58	13	17	10	1.63
71954494--71954581	30	3.0	30	79	9	92	56	15	17	10	1.66
71954507--71954581	15	5.0	15	77	9	73	56	16	17	10	1.67
71963147--71963339	39	4.9	39	85	4	246	26	20	30	22	1.98
71963157--71963349	78	2.5	78	90	3	300	25	20	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71970188--71970383	39	5.0	39	83	3	232	27	19	29	23	1.98
71970190--71970383	78	2.5	79	83	3	257	26	19	29	24	1.98
71978788--71978869	42	2.0	42	95	0	146	29	15	23	31	1.95
71980078--71980167	45	2.0	45	89	2	137	36	23	15	24	1.94
71987776--71987820	22	2.0	22	91	0	72	15	26	11	46	1.79
71988044--71988079	18	2.1	18	89	5	56	27	8	19	44	1.79
71989147--71989257	29	3.9	29	80	5	118	29	26	16	27	1.97
71990656--71990690	8	4.4	8	86	13	54	8	0	34	57	1.29
71990656--71990690	16	2.1	17	94	5	63	8	0	34	57	1.29
71992451--71992484	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
72002823--72002907	29	3.0	28	84	3	107	28	28	15	28	1.96
72002967--72003000	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
72012547--72012598	11	4.6	11	78	9	52	9	9	1	78	1.03
72019225--72019395	93	1.8	93	92	2	290	28	26	21	23	1.99
72019220--72019392	46	3.7	46	76	14	185	28	26	21	23	1.99
72020907--72021031	43	2.9	43	77	5	128	30	24	14	30	1.95
72031646--72031818	46	3.7	46	79	13	210	21	21	27	28	1.99
72031643--72031813	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
72039218--72039390	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
72039215--72039385	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
72047154--72047195	22	1.9	22	100	0	84	30	40	9	19	1.83
72049086--72049124	21	1.9	20	84	5	51	43	23	0	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72052794--72053013	40	5.6	40	88	6	317	25	27	22	24	2.00
72052794--72053013	117	1.9	120	87	6	333	25	27	22	24	2.00
72060849--72061030	78	2.3	80	86	6	255	24	28	22	24	2.00
72060847--72061030	40	4.7	40	86	8	252	25	28	22	24	1.99
72065810--72065987	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
72073933--72074110	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
72079360--72079462	29	3.6	28	81	5	116	28	33	17	21	1.96
72088140--72088362	49	4.5	49	85	2	275	24	16	28	30	1.97
72105585--72105709	48	2.7	47	82	10	127	25	22	23	28	1.99
72105605--72105709	48	2.2	48	89	0	156	25	23	21	28	1.99
72109639--72109682	20	2.2	20	91	0	70	34	15	22	27	1.95
72115037--72115138	29	3.5	28	73	7	80	28	34	16	20	1.95
72119896--72120007	45	2.5	44	85	8	147	27	27	20	24	1.99
72120811--72120905	47	2.0	46	91	2	154	44	13	13	28	1.82
72123543--72123577	17	2.1	17	100	0	70	34	31	28	5	1.81
72122648--72124001	688	2.0	672	91	3	2174	31	23	14	29	1.95
72133499--72133537	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
72142130--72142214	42	2.0	42	100	0	170	42	18	2	36	1.64
72147119--72147159	17	2.4	17	84	11	57	0	17	2	80	0.82
72149721--72149785	29	2.2	29	83	0	85	32	18	27	21	1.97
72152478--72152509	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
72160599--72160699	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72168554--72168654	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
72175760--72175972	94	2.3	94	81	5	225	23	30	16	29	1.97
72175848--72175975	47	2.8	45	77	11	134	23	29	17	28	1.97
72178199--72178252	23	2.5	23	82	8	60	61	5	0	33	1.19
72178455--72178582	21	5.9	21	70	21	70	66	0	6	26	1.20
72178463--72178508	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
72178501--72178585	8	12.1	7	72	19	54	67	1	4	27	1.18
72178473--72178582	15	7.7	15	72	19	76	65	0	6	27	1.23
72178473--72178538	29	2.2	30	82	15	84	63	0	7	28	1.21
72179600--72180290	85	8.1	86	88	2	952	19	22	21	36	1.95
72179600--72180290	171	4.1	170	89	2	944	19	22	21	36	1.95
72180537--72180663	64	2.0	65	90	4	204	35	18	18	27	1.94
72182233--72182258	6	4.3	6	100	0	52	0	0	15	84	0.62
72182257--72182285	14	2.0	15	93	6	51	0	17	6	75	1.01
72185548--72185581	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
72186701--72186741	20	2.0	20	95	0	73	39	12	4	43	1.63
72186759--72186798	19	2.1	19	86	9	55	75	5	5	15	1.15
72189147--72189268	29	4.2	28	89	0	145	23	27	15	32	1.95
72189147--72189269	58	2.1	58	87	0	183	23	27	16	32	1.96
72189909--72190206	145	2.1	142	96	2	553	38	28	10	22	1.87
72208738--72208887	40	3.8	39	85	4	185	22	22	27	28	1.99
72208738--72208887	80	1.9	79	88	1	228	22	22	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72216835--72216994	40	4.0	40	83	5	200	23	21	27	28	1.99
72216842--72216997	80	2.0	79	88	6	235	24	20	26	28	1.99
72217222--72217263	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
72223816--72223853	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
72226549--72226583	18	2.1	17	89	10	54	51	11	0	37	1.38
72232962--72232987	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
72233816--72233972	43	3.7	42	76	15	144	29	29	16	23	1.96
72235097--72235121	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
72237517--72237667	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
72237554--72237683	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
72245520--72245670	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
72245557--72245686	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
72247872--72248022	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
72247872--72248022	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
72255859--72256025	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
72255875--72256025	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
72266890--72266941	22	2.5	21	76	17	54	36	1	19	42	1.62
72267431--72267684	57	4.5	58	75	13	172	30	17	20	31	1.96
72267532--72267685	56	2.7	56	78	8	143	30	16	20	33	1.94
72270352--72270378	8	3.4	8	100	0	54	66	0	0	33	0.92
72297882--72298151	47	5.7	50	75	15	227	27	19	28	24	1.99
72297879--72298152	146	1.9	141	82	9	340	27	19	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72299845--72299869	12	2.1	12	100	0	50	24	8	24	44	1.80
72301999--72302074	18	4.2	18	79	0	80	38	14	11	35	1.83
72303561--72303593	13	2.3	15	90	10	52	54	0	0	45	0.99
72304044--72304147	52	2.0	52	98	0	199	32	22	11	33	1.90
72307622--72307721	50	2.0	50	98	0	191	47	9	8	36	1.65
72308379--72308478	39	2.6	39	93	0	164	41	23	23	13	1.89
72313510--72313755	49	4.9	50	82	2	289	25	17	26	30	1.98
72313615--72313698	28	3.2	27	65	25	72	23	16	28	30	1.96
72320009--72320038	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
72322403--72322467	31	2.1	31	85	0	85	52	10	13	23	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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