genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  197  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54852175--54852513	123	2.8	123	95	0	597	30	11	25	33	1.91
54852482--54852685	40	5.1	40	87	0	237	24	21	26	26	1.99
54859484--54859821	122	2.8	123	94	0	588	30	10	25	33	1.90
54859790--54860034	40	6.1	40	85	3	287	24	20	26	28	1.99
54859790--54860011	81	2.8	80	86	4	286	26	21	25	27	1.99
54865222--54865289	35	1.9	35	88	5	102	30	27	13	27	1.94
54876239--54876496	42	6.2	42	81	4	274	26	20	22	30	1.98
54876231--54876496	84	3.2	84	82	6	326	26	19	22	30	1.98
54881937--54882184	47	5.3	47	90	0	388	27	29	8	34	1.87
54885144--54885367	40	5.6	40	88	3	315	24	23	26	25	2.00
54885148--54885367	83	2.7	80	89	5	311	23	23	27	25	2.00
54887532--54887601	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
54887532--54887613	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
54891857--54892039	39	4.6	39	86	0	231	23	30	21	24	1.99
54905398--54905565	40	4.2	40	92	1	268	20	23	26	29	1.99
54911114--54911277	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
54911114--54911311	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
54913684--54914176	48	10.1	48	89	5	731	36	5	25	32	1.78
54914323--54914509	37	5.1	37	95	0	320	23	19	31	25	1.98
54915720--54916365	40	16.1	40	86	0	770	23	20	28	27	1.99
54915720--54916365	200	3.2	199	91	0	977	23	20	28	27	1.99
54919766--54920304	48	11.1	48	91	3	841	36	5	25	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54920451--54920600	37	4.1	37	96	0	255	22	20	30	26	1.98
54922713--54922813	31	2.9	35	78	17	120	23	21	14	39	1.91
54922736--54922830	31	3.1	31	95	0	163	25	21	14	38	1.91
54923022--54923164	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
54923022--54923163	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
54923021--54923164	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
54923214--54923274	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
54923317--54923364	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
54924521--54924585	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
54924639--54924694	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
54924647--54924785	27	5.0	27	71	14	95	30	8	20	40	1.83
54924712--54925138	27	15.8	27	82	5	301	38	8	23	29	1.84
54925117--54925312	27	7.3	27	84	6	186	31	8	19	40	1.81
54924738--54925138	54	7.4	54	82	4	396	39	8	23	28	1.84
54924764--54925138	81	4.6	81	89	2	441	39	8	23	27	1.84
54925189--54925329	27	5.3	26	84	2	138	31	7	19	41	1.78
54931436--54931672	42	5.6	42	84	2	271	25	17	22	33	1.96
54931436--54931669	84	2.8	85	82	5	303	25	17	22	34	1.96
54934580--54934618	20	2.0	20	89	0	60	53	2	7	35	1.43
54935655--54935756	6	16.8	6	75	17	95	48	14	17	19	1.82
54935655--54935756	30	3.4	30	89	6	152	48	14	17	19	1.82
54935875--54935926	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54936055--54936117	27	2.3	27	72	0	63	38	25	17	19	1.93
54936098--54936319	27	8.3	27	87	0	275	25	19	19	35	1.96
54936356--54936671	27	11.7	27	84	1	346	32	9	19	39	1.83
54938636--54938707	6	11.8	6	77	14	76	47	15	19	18	1.83
54938825--54938876	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
54939135--54939338	27	7.6	27	89	0	291	25	20	20	34	1.96
54939322--54939639	27	11.9	27	78	9	138	32	9	19	38	1.84
54939145--54939368	81	2.8	80	84	5	202	27	19	19	34	1.95
54939359--54939660	27	11.3	27	83	4	308	32	9	19	39	1.83
54941664--54941765	6	16.8	6	77	17	104	50	15	15	18	1.79
54941643--54941740	30	3.3	30	73	13	94	48	15	16	19	1.80
54941885--54941935	27	1.9	26	88	4	75	37	17	25	19	1.94
54941868--54942021	67	2.3	67	96	0	281	31	22	27	18	1.97
54941951--54942002	27	2.0	26	88	3	77	36	21	25	17	1.94
54942271--54942440	27	6.3	27	90	2	252	25	20	18	35	1.95
54942267--54942440	81	2.1	81	89	2	278	25	20	18	35	1.96
54942284--54942464	54	3.4	54	82	5	213	25	18	18	37	1.94
54942271--54942464	81	2.4	81	86	1	246	26	19	17	36	1.94
54942460--54942534	27	2.8	27	81	0	87	34	6	22	36	1.81
54942502--54942794	27	10.9	27	80	7	152	31	8	20	40	1.82
54942486--54942796	81	3.8	80	81	5	254	31	8	19	39	1.82
54942530--54942753	54	4.1	54	81	5	168	30	8	20	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54942557--54942816	27	9.6	27	85	0	322	31	7	20	40	1.80
54943009--54943062	20	2.8	20	80	2	56	9	44	24	22	1.81
54943150--54943174	13	1.9	13	100	0	50	36	56	8	0	1.29
54946329--54946390	27	2.3	27	82	0	70	35	20	19	24	1.96
54950908--54950954	23	2.0	23	95	0	85	36	8	19	36	1.82
54952595--54952748	44	3.6	43	73	17	149	29	25	19	25	1.99
54960388--54960595	49	4.3	49	92	2	332	31	8	29	30	1.86
54960388--54960581	97	2.0	98	92	1	327	30	8	30	30	1.87
54962694--54963044	40	8.8	40	96	0	623	24	20	28	26	1.99
54963788--54963968	40	4.5	40	78	9	145	27	23	25	24	2.00
54966662--54966821	49	3.3	49	92	1	252	31	8	30	30	1.86
54976119--54976170	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
54988160--54988189	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
54988389--54988683	50	5.8	50	79	7	283	30	25	17	26	1.98
54988389--54988683	102	2.9	98	78	8	290	30	25	17	26	1.98
54991582--54991641	15	4.0	15	91	0	66	56	13	16	13	1.67
54991582--54991641	30	2.0	30	87	6	86	56	13	16	13	1.67
54994186--54994215	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
54996043--54996145	29	3.6	29	80	3	118	26	15	30	28	1.96
54996030--54996145	29	4.0	28	78	8	99	27	14	29	28	1.95
54996043--54996154	58	1.9	58	85	7	156	25	15	30	28	1.96
54999333--54999474	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54999372--54999500	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
55007260--55007322	29	2.2	29	82	0	72	31	17	26	23	1.97
55031765--55031827	27	2.3	27	97	0	117	30	25	22	22	1.99
55035077--55035115	5	8.2	5	88	5	55	0	23	0	76	0.78
55035077--55035111	18	1.9	18	88	11	54	0	22	0	77	0.78
55035077--55035126	23	2.2	23	85	7	66	2	20	0	78	0.86
55035356--55035411	29	1.9	30	85	7	80	55	0	0	44	0.99
55039524--55039674	43	3.6	42	89	6	211	27	17	25	28	1.98
55040370--55040445	40	1.9	40	88	0	116	38	34	11	15	1.84
55040865--55040898	17	1.9	18	94	5	61	17	35	26	20	1.95
55044963--55045006	18	2.4	19	88	11	74	20	29	20	29	1.98
55044963--55045014	18	2.8	18	88	2	59	23	28	17	30	1.97
55048947--55049120	46	3.8	46	77	11	194	22	20	28	29	1.98
55050039--55050064	12	2.2	12	100	0	52	46	0	19	34	1.50
55050526--55050581	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
55052962--55053127	46	3.6	46	77	8	185	21	21	30	27	1.98
55056617--55056791	46	3.8	45	80	11	212	20	21	29	29	1.98
55056614--55056784	92	1.9	92	96	0	315	21	21	29	28	1.98
55065148--55065323	46	3.8	46	78	12	207	22	21	27	28	1.99
55065145--55065315	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
55067129--55067212	29	2.9	29	96	0	150	29	26	13	30	1.93
55067100--55067212	58	1.9	58	85	3	156	28	29	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55067195--55067228	16	2.1	16	100	0	68	26	23	14	35	1.94
55067166--55067257	45	2.0	45	100	0	184	27	26	14	32	1.94
55067211--55067273	29	2.2	29	100	0	126	26	26	15	30	1.96
55074587--55074691	29	3.6	29	80	2	95	25	32	17	24	1.97
55074646--55074716	29	2.4	29	100	0	142	26	28	15	29	1.96
55083794--55083942	40	3.8	39	75	11	117	22	26	24	26	2.00
55086241--55086527	48	6.0	48	92	0	484	36	6	26	30	1.83
55086660--55086806	37	4.0	37	95	0	249	23	18	31	26	1.97
55088503--55088748	43	5.7	43	97	0	438	12	23	32	32	1.91
55088920--55089078	29	5.5	29	70	12	96	22	18	28	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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