genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  100  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26437879--26438582	297	2.4	297	84	4	902	18	32	31	18	1.95
26438475--26438806	128	2.6	127	81	5	341	18	29	32	19	1.96
26437834--26438818	43	23.1	42	73	9	252	18	30	31	19	1.96
26445152--26445339	47	4.0	47	92	1	286	32	8	29	29	1.87
26445331--26445529	48	4.2	48	92	1	337	33	6	28	32	1.83
26445331--26445529	95	2.1	96	95	0	355	33	6	28	32	1.83
26445569--26445658	37	2.4	37	94	3	155	23	18	32	25	1.97
26447679--26447861	79	2.3	80	93	2	325	24	20	28	26	1.99
26447562--26447861	40	7.6	40	84	6	317	24	20	28	26	1.99
26451493--26451680	47	4.0	47	95	1	322	34	8	28	28	1.87
26451672--26451871	48	4.2	48	95	0	355	32	6	29	32	1.83
26451911--26452001	37	2.4	37	96	1	164	23	18	32	25	1.97
26455920--26456034	58	2.0	58	85	0	158	32	20	21	26	1.98
26467386--26467505	58	2.1	59	85	1	161	34	22	18	25	1.96
26474173--26475114	43	21.9	42	73	11	402	17	29	31	21	1.96
26474173--26474473	42	7.1	43	77	8	224	17	27	32	21	1.96
26474313--26475114	127	6.2	128	74	11	568	17	29	31	21	1.96
26474338--26475093	43	17.6	43	75	10	580	17	30	31	20	1.96
26474313--26475093	170	4.5	170	79	7	697	17	30	30	20	1.96
26474329--26474867	213	2.5	211	81	6	608	17	30	31	21	1.96
26474954--26475114	85	1.9	86	84	1	216	16	27	32	22	1.96
26483412--26483621	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26487177--26487349	46	3.7	46	74	13	174	23	20	26	29	1.99
26487174--26487344	93	1.8	93	91	0	279	23	21	26	28	1.99
26498241--26498292	25	2.0	26	88	3	79	13	38	11	36	1.81
26498448--26498708	42	6.1	42	81	7	258	18	28	33	20	1.96
26498611--26498849	43	5.6	43	81	3	266	17	32	31	18	1.94
26498571--26498857	86	3.3	85	82	3	281	17	31	31	19	1.95
26498465--26498761	43	7.0	42	79	7	260	17	29	32	19	1.95
26501092--26501120	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
26502091--26502191	37	2.7	37	90	0	148	21	23	25	28	1.99
26502189--26502290	42	2.4	42	91	3	170	9	25	32	32	1.88
26502259--26502317	27	2.2	27	96	0	109	6	22	37	33	1.80
26518315--26518501	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
26518338--26518501	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
26518338--26518535	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
26519836--26519997	43	3.8	43	88	0	243	18	32	30	18	1.95
26520476--26520518	11	4.0	11	81	6	61	48	0	6	44	1.29
26522507--26522577	16	4.4	16	85	3	90	38	4	26	30	1.76
26522724--26522773	26	2.0	26	88	4	75	38	2	8	52	1.43
26522825--26522899	12	6.8	11	70	22	52	52	2	0	45	1.15
26522837--26522899	12	5.4	12	73	21	55	49	3	0	47	1.17
26523261--26523335	31	2.4	31	87	12	102	37	14	6	41	1.72
26528174--26528280	37	2.9	37	95	0	187	26	31	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26528422--26528794	48	7.7	48	95	1	665	30	28	6	34	1.83
26528761--26528827	33	2.0	33	94	0	116	22	29	8	38	1.85
26528794--26529082	48	6.0	48	97	0	524	31	27	6	34	1.82
26528614--26529082	177	2.6	181	92	5	757	30	28	6	34	1.82
26528569--26529019	225	2.0	225	98	0	866	29	28	6	35	1.83
26528529--26529067	273	2.0	273	98	0	1042	30	28	6	34	1.83
26534777--26534803	14	1.9	14	100	0	54	14	40	14	29	1.86
26537687--26537805	46	2.6	46	83	2	141	21	31	16	29	1.96
26543425--26543600	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	29	1.98
26543422--26543592	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
26549645--26549688	22	2.0	22	86	8	63	65	0	4	29	1.12
26551225--26551283	9	5.9	9	80	20	64	49	0	13	37	1.43
26551784--26551831	20	2.4	20	82	0	51	18	4	16	60	1.51
26559338--26559370	12	2.6	13	90	4	50	6	27	45	21	1.75
26561020--26561282	69	3.8	68	84	7	291	44	18	10	26	1.82
26561020--26561282	138	1.9	137	83	5	343	44	18	10	26	1.82
26564919--26565046	49	2.6	49	83	3	150	22	26	21	29	1.99
26565107--26565280	46	3.8	45	76	8	161	24	27	18	28	1.98
26565104--26565275	94	1.8	94	87	5	258	25	26	19	28	1.99
26565096--26565289	94	2.1	94	82	5	241	25	26	18	29	1.98
26571461--26571500	21	2.0	21	90	5	64	22	25	37	15	1.93
26583766--26583808	14	3.0	14	81	15	52	4	20	4	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26586657--26586805	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
26586698--26586805	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
26594751--26594899	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
26594792--26594899	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
26597233--26597276	7	6.3	7	89	10	72	11	0	0	88	0.51
26597232--26597273	15	2.9	15	96	3	77	9	0	0	90	0.45
26597233--26597273	22	1.9	21	95	5	73	9	0	0	90	0.46
26598723--26598785	27	2.3	27	76	15	67	36	15	15	31	1.90
26601800--26601974	50	3.5	50	86	3	221	30	25	17	26	1.97
26603585--26603612	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
26607608--26608225	47	13.3	47	91	2	946	27	30	9	32	1.88
26607979--26608056	25	3.2	25	66	23	76	29	32	7	30	1.85
26608098--26608172	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
26613679--26613904	101	2.3	99	81	7	253	30	24	18	26	1.98
26613679--26613906	50	4.6	50	74	13	200	30	24	18	27	1.98
26615843--26615926	39	2.1	41	82	4	100	28	16	21	33	1.95
26632367--26632416	21	2.2	21	82	10	55	38	2	12	48	1.52
26637234--26637283	26	1.9	26	91	0	82	46	10	2	42	1.49
26641403--26641446	22	2.0	22	100	0	88	50	13	0	36	1.42
26666172--26666213	15	2.7	16	78	14	52	71	0	26	2	0.98
26667354--26667378	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26684800--26685023	40	5.6	40	83	8	235	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26684802--26685024	79	2.8	78	81	8	261	25	26	22	25	2.00
26684800--26685024	119	1.9	120	81	8	280	25	27	22	25	2.00
26691627--26691769	77	1.9	77	87	0	214	30	13	20	35	1.91
26697002--26697189	40	4.7	40	93	2	299	23	22	28	26	1.99
26708884--26709060	45	3.9	45	87	4	250	27	25	22	24	1.99
26711301--26711360	31	1.9	31	100	0	120	30	20	15	35	1.93
26716363--26716466	45	2.3	45	88	3	156	26	25	23	25	2.00
26717871--26718023	39	3.9	39	88	0	216	23	30	21	24	1.99
26717840--26718022	78	2.3	79	89	1	269	22	29	22	24	1.99
26725362--26725504	39	3.7	39	90	2	234	22	30	20	26	1.99
26725322--26725503	77	2.3	79	89	2	269	23	29	22	24	1.99
26729424--26729487	32	2.0	32	100	0	128	28	18	18	34	1.95
26742235--26742288	26	2.1	26	100	0	108	25	25	12	35	1.92
26751866--26751913	22	2.2	22	81	11	62	16	31	20	31	1.95
26751872--26751913	21	2.0	22	90	4	68	16	30	19	33	1.94
26764249--26764292	19	2.4	19	84	3	54	70	4	4	20	1.23
26767144--26767189	25	1.9	23	82	8	56	39	10	2	47	1.51
26767649--26767711	33	1.9	33	96	0	117	25	17	22	34	1.95
26768816--26768898	33	2.5	33	86	3	114	15	30	30	24	1.96
26771196--26771245	24	2.1	24	100	0	100	36	16	30	18	1.92
26777604--26777860	40	6.4	40	85	2	302	27	26	20	25	1.99
26779250--26779307	29	2.0	29	100	0	116	37	6	10	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26781790--26781858	35	2.0	35	85	5	95	46	5	7	40	1.55
26783516--26783567	26	2.0	26	100	0	104	30	7	7	53	1.57
26786020--26786391	86	4.4	85	77	9	332	32	14	9	44	1.77
26786452--26786513	30	2.1	30	93	0	106	29	19	9	41	1.83
26786685--26786877	104	1.8	103	82	3	242	28	18	20	33	1.96
26786770--26786980	111	1.9	114	86	3	302	29	21	19	29	1.98
26787368--26787404	15	2.4	16	86	13	60	24	0	29	45	1.53
26787363--26787413	22	2.3	22	83	6	59	25	0	29	45	1.54
26787293--26787410	7	16.4	7	70	5	65	25	0	27	47	1.52
26787325--26787416	15	6.3	15	72	3	53	22	0	31	45	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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