genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  136  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36615684--36615807	40	3.1	40	87	2	169	29	22	22	25	1.99
36615693--36615817	39	3.2	39	88	1	169	27	23	25	24	2.00
36615746--36615830	39	2.2	39	91	0	134	25	22	29	22	1.99
36616085--36616119	2	17.5	2	87	0	52	48	2	0	48	1.16
36616782--36616822	13	2.9	15	78	14	50	21	0	7	70	1.11
36620142--36620244	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
36628131--36628232	29	3.6	29	80	4	100	29	33	15	21	1.94
36631561--36631626	33	2.0	33	100	0	132	18	27	24	30	1.98
36635670--36635767	51	1.9	51	95	0	178	32	10	16	40	1.82
36645679--36645767	15	5.7	15	72	12	72	26	38	17	16	1.92
36645742--36645809	33	2.1	33	83	5	84	23	36	23	16	1.94
36646018--36646058	21	2.0	21	85	9	57	21	29	19	29	1.98
36646078--36646119	15	2.8	15	85	0	57	42	11	21	23	1.86
36647901--36647978	28	2.8	28	86	5	104	46	1	5	47	1.33
36648381--36648425	21	2.1	21	84	8	56	42	8	4	44	1.56
36649244--36649293	23	2.3	21	83	13	57	42	20	2	36	1.63
36649932--36649978	23	2.0	23	88	8	69	44	6	4	44	1.49
36653311--36653439	29	4.6	29	86	13	198	25	23	13	37	1.92
36653369--36653415	23	2.0	23	100	0	94	25	21	12	40	1.89
36653914--36653938	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
36654784--36654819	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
36661043--36661167	29	4.5	29	84	15	183	24	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36661101--36661146	22	2.0	23	95	4	85	23	21	13	41	1.88
36662509--36662544	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
36663293--36663344	26	2.0	26	84	0	68	19	30	17	32	1.95
36667548--36667671	29	4.5	29	82	17	174	24	24	14	37	1.93
36667606--36667649	21	2.0	22	95	4	81	25	22	13	38	1.91
36667576--36667671	50	1.9	51	95	2	176	23	23	14	37	1.92
36667548--36667701	80	1.9	81	90	1	247	25	24	14	35	1.93
36669014--36669049	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
36669796--36669847	26	2.0	26	84	0	68	19	30	17	32	1.95
36674056--36674182	29	4.5	29	86	11	192	24	23	14	37	1.92
36674114--36674161	24	2.0	23	96	4	87	25	20	12	41	1.87
36675525--36675560	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
36676309--36676360	26	2.0	26	84	0	68	19	30	17	32	1.95
36680892--36680918	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
36681465--36681562	49	2.0	51	83	4	128	27	39	17	15	1.89
36685753--36685899	61	2.5	60	79	8	176	48	12	9	29	1.72
36686006--36686036	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
36690732--36690773	18	2.3	18	95	0	75	50	0	2	47	1.14
36690849--36690894	19	2.3	20	92	3	76	47	15	10	26	1.78
36701978--36702011	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
36706596--36706673	33	2.3	33	88	4	111	37	14	6	42	1.71
36706640--36707791	632	1.8	625	85	3	1605	34	21	11	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36710200--36710243	13	3.4	14	82	17	60	68	0	0	31	0.90
36715658--36715736	29	2.7	29	86	3	106	24	18	34	22	1.97
36720036--36720346	55	5.8	53	81	6	347	21	23	18	36	1.95
36720036--36720332	108	2.7	108	92	1	488	21	23	18	36	1.95
36720323--36720440	47	2.5	47	92	0	200	24	23	13	38	1.91
36727639--36727778	27	5.2	27	83	8	180	35	22	25	16	1.94
36727639--36727775	53	2.6	54	88	4	215	35	21	25	16	1.95
36729388--36729495	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
36736287--36736356	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
36744173--36744243	27	2.5	28	95	4	126	28	12	26	32	1.93
36744173--36744255	27	3.0	27	87	7	78	28	14	24	32	1.94
36744393--36744448	27	2.1	27	100	0	112	33	10	17	37	1.85
36744399--36744458	27	2.2	27	87	0	84	38	11	15	35	1.83
36747349--36747501	43	3.5	44	77	11	156	32	24	16	26	1.96
36747349--36747498	42	3.5	41	78	9	140	32	24	16	26	1.96
36749813--36749877	20	3.2	19	75	14	51	20	33	23	23	1.97
36750392--36750485	37	2.5	38	79	10	113	11	9	40	38	1.74
36757629--36757686	27	2.1	27	81	12	66	50	8	22	18	1.74
36757858--36757936	39	2.0	39	92	0	131	51	12	10	25	1.70
36771031--36771058	11	2.5	11	100	0	56	39	14	0	46	1.44
36772416--36772495	42	1.9	42	84	5	108	27	12	23	36	1.91
36782338--36782415	24	3.2	24	90	3	122	16	26	14	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36791592--36791653	31	2.0	31	100	0	124	32	0	35	32	1.58
36792385--36792418	6	5.7	6	89	10	52	82	0	0	17	0.67
36792385--36792410	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
36792784--36792824	13	3.1	13	89	3	55	75	0	7	17	1.02
36795950--36796179	40	5.8	40	89	4	324	23	21	26	28	1.99
36802425--36802584	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
36802425--36802584	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
36808241--36808292	25	2.1	25	96	0	95	32	15	15	36	1.89
36811950--36812085	43	3.2	42	80	11	143	32	23	14	29	1.94
36813458--36813543	46	1.9	45	85	4	120	32	27	17	22	1.96
36820397--36820503	29	3.7	29	75	6	101	27	29	14	28	1.96
36831017--36831076	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
36834053--36834101	20	2.5	20	96	0	89	34	26	28	10	1.89
36838244--36838295	21	2.5	21	93	0	86	13	38	36	11	1.81
36841072--36841111	20	2.0	20	100	0	80	30	20	25	25	1.99
36842474--36842668	97	2.0	97	97	0	372	27	12	15	44	1.83
36844317--36844431	29	4.0	29	80	2	126	30	31	13	25	1.93
36853286--36853463	40	4.5	40	82	4	191	26	28	20	25	1.99
36858563--36858604	20	2.1	20	100	0	84	30	23	14	30	1.94
36860489--36860666	40	4.5	40	81	6	166	26	26	20	26	1.99
36871161--36871193	15	2.2	15	94	0	57	42	6	21	30	1.77
36876956--36877097	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36876995--36877123	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
36880200--36880463	40	6.6	39	84	4	316	25	22	28	24	2.00
36880200--36880461	79	3.3	80	91	4	399	25	22	27	24	2.00
36880200--36880463	119	2.2	121	84	6	351	25	22	28	24	2.00
36880200--36880496	79	3.7	78	87	5	343	25	21	27	24	1.99
36883309--36883403	27	3.6	27	91	1	147	29	22	9	38	1.85
36883289--36883592	27	11.3	27	78	7	138	37	21	9	32	1.85
36883425--36883548	27	4.6	27	87	3	187	41	22	8	28	1.82
36883397--36883574	54	3.3	54	82	5	173	41	20	9	28	1.84
36883425--36883630	27	7.6	28	78	9	178	39	21	8	30	1.84
36883271--36883592	81	4.0	80	68	7	220	36	21	9	31	1.86
36883425--36883632	81	2.6	82	80	4	217	38	21	9	30	1.84
36884494--36884563	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
36884493--36884608	25	4.6	24	79	9	99	30	22	21	25	1.99
36884494--36884588	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
36886377--36886484	47	2.3	47	82	4	128	31	10	22	36	1.87
36887251--36887287	10	3.6	10	89	7	56	37	0	2	59	1.12
36894912--36894958	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
36894914--36894955	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
36898024--36898198	49	3.5	49	80	6	208	29	25	17	27	1.98
36898016--36898203	100	1.9	100	94	0	331	28	25	19	27	1.98
36900664--36900870	53	3.8	53	77	4	173	22	22	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36901335--36901382	24	2.0	24	100	0	96	37	25	8	29	1.85
36902126--36902185	25	2.4	25	80	8	68	33	5	1	60	1.29
36913903--36913941	17	2.3	17	90	0	60	23	7	12	56	1.62
36926963--36927108	35	4.2	35	83	1	177	26	26	19	28	1.99
36937903--36937960	30	1.9	30	85	0	80	25	3	15	55	1.56
36942176--36942227	4	13.5	4	81	4	54	44	0	3	51	1.19
36942176--36942227	6	9.0	6	77	6	54	44	0	3	51	1.19
36943318--36943381	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
36943573--36943691	24	5.0	24	89	5	170	26	22	21	28	1.99
36943573--36943691	47	2.5	48	89	5	170	26	22	21	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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