Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   

This is table  408  of  427  ( 51162 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118462399--118462499
44
2.3
44
83
6
116
13
29
19
36
1.91
118463669--118463694
10
2.6
10
100
0
52
69
0
0
30
0.89
118465498--118465552
26
2.1
26
89
0
83
43
14
10
30
1.80
118469498--118469525
7
4.0
7
100
0
56
71
0
0
28
0.86
118471056--118471091
18
1.9
19
88
5
56
27
5
2
63
1.30
118471790--118471862
13
5.7
13
80
1
76
35
24
5
34
1.79
118473923--118473951
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
118478691--118478960
24
11.0
24
89
4
342
26
24
33
15
1.95
118483576--118483620
17
2.5
18
85
7
56
33
4
17
44
1.69
118484071--118484176
13
8.2
13
71
8
81
44
2
18
33
1.65
118484071--118484163
26
3.6
26
76
2
98
44
3
19
33
1.67
118485869--118486041
93
1.9
93
90
4
278
23
20
27
28
1.99
118485879--118486040
46
3.5
46
75
9
177
23
20
26
29
1.99
118487821--118488130
46
6.7
46
87
2
417
20
23
13
41
1.88
118487821--118488131
138
2.3
139
89
1
482
20
24
13
41
1.88
118489889--118489936
11
4.2
11
79
10
51
62
2
0
35
1.07
118490763--118490798
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
118491262--118491316
22
2.5
22
96
0
101
29
30
16
23
1.96
118492128--118492303
46
3.8
46
77
12
198
22
21
27
28
1.99
118492125--118492295
93
1.8
93
93
0
297
22
22
27
28
1.99
118497460--118497514
27
2.0
27
85
0
74
32
34
14
18
1.91
118497488--118497656
38
4.4
38
97
2
320
19
31
23
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118497488--118497656
77
2.2
76
97
2
320
19
31
23
26
1.98
118505040--118505195
38
4.1
39
98
1
298
19
31
23
25
1.98
118505040--118505195
77
2.0
77
97
2
296
19
31
23
25
1.98
118513084--118513240
24
6.3
24
75
13
138
24
24
32
17
1.97
118513055--118513240
51
3.7
49
83
9
157
25
25
32
16
1.96
118513055--118513240
27
7.2
27
76
10
149
25
25
32
16
1.96
118516816--118516856
17
2.3
19
83
8
50
65
0
0
34
0.93
118516819--118516894
25
2.9
27
78
9
84
64
3
1
30
1.20
118528456--118528493
20
1.9
20
94
0
67
39
5
21
34
1.76
118529755--118529797
20
2.2
20
83
8
52
65
9
4
20
1.40
118529705--118529802
50
2.0
50
82
8
119
61
8
4
26
1.42
118531148--118531192
2
22.5
2
100
0
90
48
0
0
51
1.00
118533954--118533993
12
3.3
12
85
0
53
22
15
25
37
1.93
118535530--118535563
17
2.0
17
88
11
52
88
2
8
0
0.62
118539869--118539957
44
2.0
44
100
0
178
31
11
6
50
1.64
118545105--118545137
16
2.1
16
94
0
57
21
0
0
78
0.75
118553921--118554032
47
2.4
47
83
5
147
37
22
14
25
1.92
118554315--118554343
15
2.0
15
93
6
51
58
13
0
27
1.36
118555104--118555156
27
2.0
27
100
0
106
50
22
0
26
1.49
118555446--118555500
19
2.8
19
77
22
60
12
12
1
72
1.20
118555446--118555501
20
2.8
20
73
24
55
14
12
1
71
1.23
118555555--118555625
22
3.1
23
76
7
74
45
0
7
47
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118555569--118555632
23
2.8
24
79
9
71
39
0
4
56
1.20
118555617--118555660
21
2.1
21
95
4
81
34
0
4
61
1.16
118555597--118555716
36
3.5
33
80
8
134
40
1
3
55
1.27
118555700--118555767
33
2.1
33
89
5
104
41
1
0
57
1.08
118555772--118555797
13
2.0
13
100
0
52
38
0
7
53
1.30
118555876--118555921
19
2.4
18
85
7
65
60
0
0
39
0.97
118555890--118555914
13
1.9
13
100
0
50
60
0
0
40
0.97
118555879--118555935
20
2.9
20
87
7
73
59
1
0
38
1.08
118555960--118556006
20
2.2
22
92
7
80
46
2
2
48
1.25
118556017--118556045
14
2.1
14
100
0
58
48
0
0
51
1.00
118556017--118556049
14
2.5
13
90
9
50
54
0
0
45
0.99
118556113--118556170
20
2.8
20
92
2
89
60
3
0
36
1.14
118555907--118556181
145
1.9
141
80
8
315
52
2
1
43
1.24
118556131--118556173
11
4.1
11
88
11
72
60
0
0
39
0.97
118556162--118556205
22
1.9
24
86
9
65
54
0
0
45
0.99
118556221--118556281
13
4.6
13
78
10
52
77
3
3
16
1.04
118556287--118556340
19
2.7
20
75
16
58
75
1
9
12
1.11
118560855--118560895
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
118569795--118569835
2
20.5
2
94
0
73
48
0
0
51
1.00
118571529--118571635
41
2.8
37
72
7
88
29
27
21
21
1.98
118574057--118574091
13
2.7
13
95
0
61
42
14
2
40
1.60
118575666--118575718
3
18.0
3
92
3
90
64
0
1
33
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118579878--118579942
23
2.9
23
77
6
80
40
23
20
16
1.92
118581379--118581414
15
2.3
17
81
18
51
0
30
0
69
0.89
118586513--118586660
73
2.0
73
98
0
287
33
17
16
32
1.92
118589555--118589640
40
2.2
40
97
2
165
24
13
23
38
1.91
118593095--118593133
17
2.3
17
90
0
60
46
2
2
48
1.29
118593172--118593241
9
7.8
9
73
10
54
58
1
0
40
1.07
118593196--118593234
17
2.3
17
86
0
60
64
0
0
35
0.94
118593202--118593342
62
2.3
61
79
7
171
50
2
1
46
1.22
118593426--118593460
16
2.2
16
100
0
70
60
0
0
40
0.97
118596592--118596658
33
2.0
33
100
0
134
26
16
17
38
1.91
118599213--118599360
73
2.0
73
100
0
296
33
18
16
32
1.93
118600357--118600387
11
2.8
11
95
0
53
22
6
19
51
1.69
118601715--118601779
23
2.9
23
77
6
80
40
23
20
16
1.92
118603351--118603415
23
2.9
23
77
6
80
40
23
20
16
1.92
118609612--118609642
11
2.8
11
95
0
53
22
6
19
51
1.69
118622422--118622467
21
2.2
21
100
0
92
32
8
15
43
1.77
118627875--118627986
47
2.4
47
82
5
147
36
23
15
25
1.93
118632851--118632926
39
2.0
38
84
7
100
26
26
23
23
2.00
118634027--118634122
21
4.5
21
89
2
129
36
27
22
13
1.92
118634027--118634132
42
2.5
43
84
3
142
35
26
22
15
1.93
118635572--118635607
15
2.3
17
81
18
51
0
30
0
69
0.89
118637684--118637719
5
7.0
5
93
6
63
61
0
0
38
0.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118642189--118642250
30
2.1
30
100
0
124
32
14
19
33
1.92
118662541--118662725
67
3.0
59
82
14
212
38
16
8
36
1.78
118662612--118662725
59
1.9
58
91
1
183
37
15
8
37
1.79
118666910--118666936
13
2.1
13
100
0
54
22
0
7
70
1.12
118673262--118673289
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
118674112--118674166
27
2.0
27
96
0
101
29
36
9
25
1.87
118676889--118676919
16
1.9
16
93
0
53
54
3
0
41
1.16
118682413--118682439
7
3.9
7
100
0
54
14
0
0
85
0.61
118683865--118683994
67
1.9
67
98
0
251
20
5
39
35
1.75
118689432--118689461
14
2.1
14
93
0
51
26
20
20
33
1.97
118692374--118692551
87
2.0
87
97
0
338
31
16
35
16
1.91
118692457--118692633
96
1.8
96
82
6
230
32
17
34
15
1.92
118701783--118701831
21
2.4
20
86
3
62
30
0
0
69
0.89
118709679--118709718
21
1.9
21
89
0
62
30
0
2
67
1.04
118710015--118710050
19
1.9
19
88
5
56
77
0
13
8
0.98
118718432--118718500
33
2.1
33
97
0
129
44
21
17
15
1.86
118721162--118721219
28
2.1
28
100
0
116
36
17
10
36
1.84
118724554--118724606
9
5.9
9
77
14
56
32
1
0
66
1.03
118724555--118724592
20
1.9
20
88
0
58
34
2
0
63
1.09
118724590--118724619
14
2.1
14
93
0
51
30
0
0
70
0.88
118726259--118726304
16
2.9
16
75
15
51
65
2
2
30
1.16
118729055--118729097
16
2.7
15
82
10
59
46
0
18
34
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
118729216--118729266
26
2.0
26
88
3
77
45
0
3
50
1.20
118741157--118741232
30
2.5
30
85
6
100
46
0
0
53
1.00
118741729--118741771
19
2.2
20
87
4
61
48
0
4
46
1.22
118745913--118745966
28
2.0
27
82
13
67
51
1
3
42
1.30
118751499--118751579
42
1.9
42
92
0
135
6
27
8
58
1.52
118751499--118751595
42
2.3
42
87
3
133
8
25
7
58
1.53
118757014--118757067
4
13.2
4
83
11
65
1
25
0
72
0.95
118757001--118757055
25
2.2
25
100
0
110
3
25
0
70
1.03
118757045--118757141
42
2.3
43
85
7
137
8
26
7
57
1.54
118758361--118758385
13
1.9
13
100
0
50
64
28
0
8
1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427