genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  194  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53948668--53948706	21	1.9	20	84	5	51	7	28	7	56	1.55
53950571--53950628	25	2.3	25	82	11	66	65	1	12	20	1.34
53950571--53950635	26	2.4	25	82	15	67	66	1	12	20	1.32
53964015--53964199	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
53964016--53964207	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
53964015--53964232	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
53968355--53968521	43	3.9	42	81	6	167	34	23	14	28	1.94
53971161--53971347	40	4.7	40	88	2	252	27	28	19	24	1.99
53980559--53980741	39	4.8	39	77	12	168	26	28	21	23	1.99
53980566--53980741	74	2.3	74	78	12	180	26	28	21	23	1.99
53989361--53989527	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
53992967--53993013	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
53993472--53993649	51	3.5	50	75	10	182	25	20	24	29	1.99
53993417--53993655	101	2.4	101	89	1	354	24	19	26	29	1.99
53993472--53993753	151	1.9	152	84	3	381	27	18	24	28	1.98
53993417--53993699	101	2.8	100	85	2	350	26	18	25	29	1.98
53993366--53993760	50	7.8	50	75	5	296	26	18	25	29	1.98
53993960--53993991	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
53995837--53995937	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
54004019--54004160	40	3.5	40	78	4	133	25	23	27	23	2.00
54004019--54004197	80	2.2	81	80	6	195	26	23	25	24	2.00
54006146--54006367	40	5.6	40	87	3	288	22	27	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54006146--54006367	80	2.8	80	88	2	322	22	27	22	27	1.99
54014165--54014385	40	5.6	40	93	2	340	23	27	22	26	1.99
54017162--54017336	47	3.7	47	80	11	196	24	29	16	29	1.97
54017166--54017383	94	2.3	93	81	3	240	24	29	17	28	1.97
54024773--54024997	47	4.8	49	79	11	206	25	28	16	29	1.96
54024773--54024997	46	4.8	46	79	11	208	25	28	16	29	1.96
54024773--54025033	140	1.9	141	82	7	334	25	27	16	29	1.97
54025341--54025396	27	2.1	27	86	6	78	19	25	14	41	1.89
54028409--54028473	32	2.0	32	93	0	112	24	18	12	44	1.84
54032880--54032956	23	3.5	22	79	12	77	31	22	28	18	1.97
54035042--54035067	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
54035662--54035882	40	5.6	40	87	4	288	27	22	27	22	1.99
54041630--54041778	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
54041671--54041778	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
54045356--54045481	27	4.7	26	84	5	153	38	18	19	23	1.93
54045356--54045481	54	2.3	55	86	2	184	38	18	19	23	1.93
54051149--54051316	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
54054746--54054896	40	3.8	39	77	11	128	21	27	23	26	1.99
54067983--54068079	42	2.3	42	83	5	133	35	24	14	25	1.94
54067958--54068118	43	3.7	43	79	9	168	34	27	14	23	1.94
54067958--54068123	86	1.9	85	81	6	201	34	27	15	22	1.94
54072010--54072098	45	2.0	45	88	6	135	34	24	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54076310--54076360	24	2.1	24	88	0	75	49	13	23	13	1.78
54076310--54076354	16	2.8	16	79	0	54	48	13	24	13	1.78
54077810--54077962	40	3.8	40	78	5	139	25	27	23	23	2.00
54079791--54079906	29	4.0	28	82	4	124	28	15	30	25	1.96
54083165--54083329	42	3.9	42	76	4	134	30	24	17	27	1.97
54089588--54089639	26	2.1	24	82	7	59	34	1	5	57	1.33
54089726--54089799	37	2.0	37	100	0	148	27	16	13	43	1.85
54094389--54094548	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
54103716--54103885	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
54111811--54111980	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
54113932--54114091	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
54120716--54120864	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
54120757--54120864	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
54131868--54131920	25	2.2	24	86	3	70	39	24	20	15	1.91
54132549--54132589	20	2.0	20	90	0	64	34	19	4	41	1.73
54134983--54135011	15	1.9	15	100	0	58	20	27	6	44	1.77
54140467--54140525	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
54140471--54140525	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
54140576--54140718	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	27	1.99
54140576--54140718	47	3.0	47	89	5	198	28	21	22	27	1.99
54140576--54140719	71	2.0	72	87	4	211	29	21	22	27	1.99
54140910--54141004	31	3.1	31	96	0	172	40	15	21	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54141704--54141737	17	2.0	17	100	0	68	23	11	29	35	1.90
54142424--54142531	34	3.0	35	77	12	103	27	23	23	25	2.00
54150968--54150996	14	2.0	15	93	6	51	34	10	20	34	1.87
54153017--54153224	27	7.9	26	77	12	192	17	24	20	37	1.93
54153032--54153179	76	2.0	75	82	6	183	18	22	19	39	1.93
54153017--54153231	54	4.1	53	76	9	224	17	23	20	38	1.93
54160998--54161102	27	3.9	26	79	12	104	19	24	20	35	1.96
54164528--54164719	95	2.0	95	97	0	366	15	29	10	44	1.81
54165977--54166047	34	2.1	33	82	12	83	28	23	23	23	2.00
54168506--54168546	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
54173450--54173650	40	5.1	40	93	1	291	28	25	23	22	1.99
54178381--54178583	79	2.5	80	77	6	187	23	30	24	21	1.99
54178476--54178583	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
54186041--54186247	79	2.6	80	78	6	188	24	30	23	22	1.99
54186141--54186247	40	2.7	40	86	0	133	21	30	24	23	1.99
54192484--54192687	40	5.1	40	96	1	324	27	27	22	22	1.99
54203409--54203609	47	4.3	47	75	8	176	30	18	28	22	1.98
54207432--54207681	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
54214729--54214978	40	6.2	40	90	1	385	25	24	28	22	1.99
54227644--54227684	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
54227891--54227959	25	2.8	25	84	4	95	28	20	23	27	1.99
54228525--54228570	23	2.0	24	86	4	67	17	8	17	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54233800--54233834	16	2.2	16	94	0	61	51	11	25	11	1.71
54234219--54234375	54	2.9	54	82	5	151	24	16	17	41	1.89
54234239--54234375	27	5.1	27	75	3	132	24	16	18	40	1.90
54234239--54234377	54	2.6	54	89	0	197	23	17	18	40	1.91
54234703--54234856	27	5.7	26	73	3	101	27	14	18	39	1.90
54234700--54234856	54	2.9	54	85	0	197	26	14	18	40	1.89
54234203--54235663	485	3.0	485	91	2	2317	25	13	25	35	1.93
54235188--54235288	27	3.7	27	72	7	89	26	16	16	39	1.90
54235187--54235344	54	2.9	54	76	3	165	25	15	16	41	1.88
54240101--54240340	47	5.1	47	88	3	324	32	10	29	27	1.90
54240130--54240248	22	5.1	22	64	28	59	31	12	30	25	1.93
54240298--54240394	50	1.9	50	91	4	160	37	7	25	29	1.83
54240545--54240653	37	2.9	37	94	0	182	25	19	29	25	1.98
54247158--54247276	6	19.3	6	69	17	75	47	13	19	19	1.81
54247179--54247248	25	2.8	25	93	0	122	45	12	22	18	1.83
54247179--54247276	31	3.4	30	78	16	116	46	13	20	19	1.83
54247179--54247273	25	3.8	25	83	6	104	46	13	21	18	1.83
54247788--54247981	27	7.2	27	90	0	262	42	7	21	28	1.80
54247788--54247981	54	3.6	54	88	0	289	42	7	21	28	1.80
54247799--54248008	81	2.6	81	84	1	233	40	8	20	30	1.82
54256116--54256155	21	2.0	20	85	14	55	35	7	10	47	1.65
54260939--54261093	43	3.6	43	89	0	229	30	30	25	13	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54261091--54261209	38	3.1	37	82	4	112	31	24	20	24	1.98
54264782--54264894	48	2.3	48	82	7	122	18	30	21	30	1.97
54266403--54266563	85	1.9	83	94	2	286	29	32	26	10	1.90
54266412--54266563	42	3.6	43	92	3	265	30	32	26	9	1.89
54266561--54266676	37	3.1	38	87	5	155	28	25	23	23	1.99
54275013--54275121	23	4.7	23	88	0	146	24	15	27	32	1.96
54278719--54278871	39	3.9	39	89	0	216	24	30	20	24	1.99
54278688--54278870	78	2.3	79	89	1	269	24	29	21	24	1.99
54286711--54286863	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
54286706--54286862	78	2.0	79	93	1	271	24	29	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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