genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.310.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  310  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90238572--90238692	38	3.1	38	89	2	170	20	19	26	33	1.96
90242414--90242645	49	4.7	48	80	6	266	25	17	26	30	1.97
90242413--90242645	101	2.3	98	84	2	304	25	17	27	30	1.97
90242564--90242644	26	3.2	26	66	22	73	25	13	28	32	1.94
90247629--90247861	49	4.7	50	80	2	245	27	18	25	29	1.98
90253696--90253776	42	1.9	42	92	0	135	24	27	23	24	2.00
90254212--90254254	23	1.9	22	85	4	59	44	27	9	18	1.80
90254995--90255157	43	3.8	43	81	9	188	33	26	16	23	1.96
90261561--90261610	8	6.4	8	77	11	50	52	20	20	8	1.71
90261821--90261944	29	4.3	29	82	6	146	29	12	27	29	1.93
90264808--90264838	16	1.9	16	100	0	62	51	32	6	9	1.60
90266096--90266138	16	2.7	16	88	0	68	51	20	20	6	1.71
90266096--90266138	8	5.4	8	78	10	52	51	20	20	6	1.71
90266247--90266295	18	2.6	19	78	12	57	24	20	36	18	1.94
90266362--90266438	29	2.7	29	87	0	91	24	12	29	32	1.93
90266377--90266463	29	3.0	28	81	8	95	28	12	27	31	1.93
90269508--90269605	42	2.3	43	77	10	103	32	21	17	28	1.96
90278152--90278409	40	6.6	40	89	2	382	28	23	26	22	1.99
90278152--90278409	79	3.3	79	89	4	373	28	23	26	22	1.99
90278152--90278409	119	2.2	118	88	4	378	28	23	26	22	1.99
90286107--90286366	40	6.6	40	88	2	366	27	22	26	22	1.99
90286107--90286366	79	3.3	80	87	4	359	27	22	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90286117--90286340	119	1.9	118	91	0	367	27	20	27	24	1.99
90286121--90286366	119	2.1	119	87	3	352	27	22	26	23	2.00
90289691--90289812	49	2.5	50	84	6	151	27	29	19	22	1.98
90292952--90292988	18	2.1	18	89	0	56	37	5	5	51	1.48
90294718--90294817	27	3.7	28	82	9	109	40	20	10	30	1.85
90294713--90294836	54	2.3	54	79	6	135	37	20	10	31	1.86
90294813--90294980	27	6.2	27	89	0	228	27	27	8	36	1.85
90294984--90295222	27	8.8	27	78	3	194	41	19	8	30	1.81
90294985--90295135	81	1.9	81	85	2	214	42	19	7	29	1.80
90295243--90295338	27	3.6	27	81	4	79	34	23	20	20	1.97
90295261--90295343	27	3.1	27	87	0	112	32	24	22	20	1.98
90296145--90296216	26	2.8	26	89	2	110	27	23	22	26	1.99
90296361--90296452	42	2.2	42	90	0	139	30	13	21	34	1.91
90296476--90296554	31	2.5	31	87	0	113	29	15	27	27	1.96
90296505--90296587	29	2.8	30	78	9	89	30	16	26	26	1.97
90300686--90300741	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
90302761--90302855	49	1.9	49	97	0	181	25	24	29	21	1.99
90306775--90306932	26	6.2	26	88	2	248	34	7	22	35	1.83
90306775--90306932	76	2.1	78	91	2	257	34	7	22	35	1.83
90321937--90322001	28	2.3	28	89	5	96	33	30	7	27	1.85
90322107--90322207	28	3.6	28	78	6	107	20	22	22	33	1.97
90322660--90322698	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90327998--90328044	22	2.1	21	85	14	60	82	8	8	0	0.83
90327995--90328044	18	2.9	16	80	13	55	82	10	8	0	0.86
90328462--90328598	42	3.3	42	80	2	141	24	16	21	37	1.93
90329046--90329140	3	31.3	3	87	2	73	33	12	0	53	1.39
90329477--90330089	149	4.1	149	88	1	890	43	4	9	42	1.58
90331051--90331105	27	2.0	27	100	0	110	29	14	7	49	1.70
90340241--90340311	36	2.0	36	88	0	106	19	30	25	23	1.98
90340245--90340324	36	2.2	36	79	0	88	21	30	22	26	1.99
90340456--90340549	27	3.5	27	91	0	143	29	20	13	36	1.91
90340454--90340568	27	4.3	27	84	3	117	27	19	16	36	1.93
90343960--90344053	27	3.5	27	94	0	152	27	20	14	37	1.92
90344443--90344497	26	2.1	27	89	3	85	40	21	20	18	1.92
90344461--90344533	36	2.0	36	89	0	110	38	13	24	23	1.91
90344497--90344561	27	2.4	27	94	0	112	36	12	24	26	1.91
90354728--90354915	43	4.3	43	75	15	183	24	20	26	29	1.99
90354714--90354915	87	2.3	87	93	0	341	24	20	25	29	1.99
90357622--90357716	48	2.0	48	89	0	145	38	28	14	17	1.90
90359707--90359781	38	2.0	38	100	0	150	21	24	17	37	1.94
90363083--90363350	70	3.8	70	89	0	421	32	12	16	38	1.87
90363749--90363871	48	2.6	48	92	0	192	31	18	25	24	1.98
90363788--90364023	48	4.8	48	81	10	217	32	20	26	21	1.97
90363847--90363956	55	2.0	55	100	0	220	32	20	27	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90364718--90364803	42	2.0	42	97	0	163	34	17	6	40	1.77
90366147--90366346	43	4.7	43	79	6	174	34	23	15	27	1.94
90366127--90366339	86	2.5	87	82	4	254	35	23	14	26	1.94
90376760--90376890	48	2.7	49	83	6	162	34	27	19	19	1.95
90378549--90378605	22	2.6	22	88	0	87	17	24	29	28	1.97
90381133--90381192	29	2.0	30	96	3	113	36	13	25	25	1.92
90383719--90383761	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
90385149--90385198	25	2.0	25	84	7	66	38	0	10	52	1.35
90389750--90389927	46	3.9	46	92	0	284	25	30	8	34	1.87
90389770--90389968	92	2.2	91	84	5	258	24	32	10	33	1.88
90389770--90390167	94	4.3	90	83	6	245	24	30	11	33	1.91
90389931--90390237	47	6.6	47	95	0	526	26	28	12	33	1.92
90392373--90392475	51	2.0	51	100	0	206	36	21	11	30	1.89
90398834--90399001	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
90406846--90407013	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
90410216--90410253	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
90416811--90416991	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
90416813--90416983	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
90420876--90420913	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
90424418--90424456	19	2.1	19	100	0	78	33	0	10	56	1.33
90428533--90428607	31	2.4	31	90	0	123	28	26	16	29	1.96
90428637--90428721	42	2.0	42	90	0	134	36	20	14	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90428866--90428989	26	4.8	26	88	1	196	25	23	24	27	2.00
90429792--90429875	27	3.1	27	86	3	116	21	27	21	29	1.98
90429914--90430220	27	11.3	27	79	4	197	34	9	19	36	1.84
90429914--90430166	81	3.1	79	75	11	233	32	9	20	38	1.84
90429941--90430258	81	3.9	80	76	5	201	35	9	19	35	1.84
90430144--90430348	27	7.6	27	87	2	214	40	8	22	27	1.84
90430145--90430348	81	2.5	81	85	1	266	40	8	23	27	1.84
90430145--90430349	54	3.8	54	83	2	259	40	8	23	27	1.84
90430361--90430427	27	2.5	27	87	0	89	37	14	11	35	1.84
90430377--90430465	27	3.3	27	80	9	94	38	10	13	38	1.78
90432853--90432955	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
90440905--90441007	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
90444445--90444480	17	2.1	17	94	0	63	47	13	11	27	1.77
90445868--90446038	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
90445860--90446035	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
90448415--90448493	15	5.4	15	75	15	76	58	12	17	11	1.63
90448426--90448502	15	5.2	15	73	14	70	55	14	16	12	1.69
90451643--90451814	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
90451636--90451811	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
90455117--90455164	25	1.9	25	91	0	78	33	22	14	29	1.94
90455310--90455364	25	2.2	25	87	9	78	34	16	21	27	1.95
90455572--90455656	31	2.8	31	84	8	129	31	18	25	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90460290--90460320	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
90463171--90463224	18	3.0	18	91	0	90	55	0	33	11	1.35
90463783--90463902	7	16.9	7	73	10	55	41	37	0	20	1.53
90463835--90463874	14	2.8	14	88	3	62	37	47	0	15	1.45
90463782--90463882	43	2.3	43	77	3	114	40	37	0	21	1.54
90463953--90464006	14	3.9	14	78	4	56	48	25	0	25	1.52
90463930--90464006	28	2.7	28	78	7	93	48	24	1	25	1.59
90464430--90464572	40	3.6	40	80	0	169	29	23	19	27	1.98
90467043--90467108	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
90467060--90467157	19	5.2	19	86	7	137	34	15	10	39	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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