genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  182  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50241108--50241332	83	2.8	81	84	6	260	24	22	27	25	2.00
50243056--50243216	27	6.0	27	80	2	180	25	12	19	42	1.86
50243056--50243216	81	2.0	81	82	4	200	25	12	19	42	1.86
50257634--50257658	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
50258777--50258931	42	3.7	43	80	9	185	25	16	25	33	1.95
50260752--50260860	27	4.1	27	83	1	121	38	20	23	17	1.93
50263552--50263723	46	3.7	46	80	13	217	29	29	20	21	1.98
50263560--50263730	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
50265021--50265097	24	3.2	24	96	0	136	22	42	2	32	1.67
50271348--50271456	27	4.1	27	85	5	132	36	23	23	15	1.94
50271348--50271456	54	2.0	53	85	1	146	36	23	23	15	1.94
50272882--50272971	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
50272882--50272988	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
50272966--50273027	27	2.3	28	83	8	83	37	29	6	27	1.82
50272978--50273198	27	7.8	27	79	12	120	29	25	7	37	1.83
50272977--50273198	54	3.9	54	76	14	203	29	25	7	37	1.83
50273000--50273082	38	2.2	38	82	2	103	25	31	7	36	1.83
50272977--50273100	65	1.9	65	86	3	178	27	30	8	33	1.86
50273039--50273200	27	6.0	27	90	2	236	30	21	7	40	1.81
50273069--50273397	27	12.1	27	79	9	143	37	19	7	35	1.81
50273177--50273316	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
50273069--50273333	81	3.3	80	76	6	187	35	20	7	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50273354--50273405	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
50273457--50273536	27	3.0	28	83	10	96	32	18	23	25	1.97
50274684--50274731	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
50274779--50274850	11	7.1	11	67	17	57	36	13	19	30	1.91
50274768--50274850	40	2.1	40	97	0	157	36	14	19	30	1.91
50274768--50274850	20	4.2	20	92	0	139	36	14	19	30	1.91
50274904--50275021	23	5.0	24	86	9	154	29	19	22	28	1.98
50281023--50281119	30	3.2	30	76	2	106	27	27	16	27	1.97
50283819--50283875	11	5.5	10	73	22	55	77	1	17	3	1.00
50283808--50283875	21	3.2	20	80	12	66	76	2	17	2	1.04
50283819--50283875	5	11.0	5	77	17	55	77	1	17	3	1.00
50283819--50283875	16	3.7	14	80	17	60	77	1	17	3	1.00
50283938--50283993	18	3.1	18	76	5	60	71	0	19	8	1.12
50283946--50283989	12	3.7	12	78	0	52	68	0	20	11	1.20
50283955--50284025	30	2.4	31	83	11	94	61	0	23	14	1.32
50283936--50283995	24	2.5	23	76	7	66	66	0	20	13	1.24
50286119--50286215	30	3.2	30	76	2	106	28	27	15	27	1.96
50289163--50289304	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
50289202--50289330	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
50299606--50299815	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
50304844--50304874	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
50304841--50304880	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50305138--50305320	55	3.4	53	79	7	172	22	24	18	35	1.95
50315357--50315419	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
50317192--50317352	27	6.0	27	83	2	207	42	19	12	25	1.86
50317192--50317352	54	3.0	54	88	1	243	42	19	12	25	1.86
50326099--50326188	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
50326202--50326512	27	11.5	27	86	0	406	29	21	8	41	1.81
50326472--50326576	27	3.9	27	82	7	88	41	21	4	31	1.74
50326202--50326512	54	5.8	54	91	0	460	29	21	8	41	1.81
50326505--50326631	54	2.4	53	79	11	141	43	19	9	27	1.82
50326505--50326603	27	3.7	27	87	5	121	45	20	7	27	1.76
50326530--50326649	27	4.4	27	83	4	109	40	18	13	27	1.88
50329304--50329349	18	2.6	18	100	0	92	17	36	36	8	1.81
50336760--50336796	18	2.0	19	89	5	58	59	0	2	37	1.12
50336760--50336798	19	2.1	19	85	9	53	58	0	2	38	1.12
50337138--50337176	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
50344239--50344275	18	2.1	19	85	10	51	27	8	27	37	1.84
50346364--50346526	40	4.1	40	84	3	213	25	21	26	26	1.99
50351324--50351543	123	1.8	121	83	4	289	32	10	24	33	1.89
50351502--50351652	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
50351504--50351652	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
50351502--50351668	80	2.1	79	81	7	196	26	23	26	22	2.00
50358045--50358253	40	5.2	40	87	6	275	24	25	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50358056--50358253	80	2.5	80	87	6	303	25	25	21	27	1.99
50360942--50361118	40	4.4	40	79	7	182	24	22	26	25	2.00
50370154--50370243	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
50370154--50370260	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
50370238--50370298	27	2.3	27	79	0	68	32	27	8	31	1.86
50370249--50370459	27	7.8	27	88	2	262	28	24	8	38	1.85
50370357--50370607	27	9.2	27	76	10	109	36	20	8	34	1.83
50370192--50370598	54	7.5	54	77	3	192	34	21	9	34	1.85
50370411--50370609	27	7.3	27	74	8	143	38	20	8	32	1.83
50371976--50372034	9	6.1	9	74	14	55	35	8	20	35	1.83
50371974--50372032	20	3.0	20	94	0	109	35	10	20	33	1.86
50372091--50372253	24	7.0	24	82	8	185	30	22	20	27	1.98
50372091--50372254	47	3.5	47	81	9	185	30	21	20	27	1.98
50372091--50372253	69	2.3	71	86	6	217	30	22	20	27	1.98
50372446--50372509	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
50381874--50381975	43	2.4	43	89	0	159	24	21	27	26	1.99
50388902--50389086	40	4.6	40	78	7	164	27	23	27	22	2.00
50396671--50396739	6	11.3	6	76	11	52	55	13	13	18	1.69
50396859--50397000	27	5.3	26	88	5	160	38	17	23	21	1.93
50396889--50397000	55	2.1	52	86	8	154	37	18	23	20	1.94
50397151--50397212	22	2.8	22	78	11	65	32	20	24	22	1.98
50397642--50397964	27	12.0	27	87	0	414	24	20	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50397670--50397964	81	3.6	81	92	0	473	24	20	18	36	1.95
50397957--50398238	27	10.6	27	75	10	233	31	10	19	38	1.85
50397957--50398238	53	5.3	53	77	7	252	31	10	19	38	1.85
50400210--50400297	6	14.3	6	71	17	65	48	13	19	18	1.80
50400231--50400297	25	2.7	25	81	4	82	47	13	20	17	1.81
50400415--50400522	27	4.0	26	86	5	144	37	22	22	17	1.94
50400415--50400548	54	2.5	55	79	8	134	38	22	21	17	1.93
50400681--50400742	22	2.8	23	85	7	83	32	22	24	20	1.98
50401155--50401583	27	16.0	27	82	4	429	24	20	17	37	1.94
50401588--50401807	53	4.1	54	80	5	160	32	9	19	38	1.84
50401596--50401858	27	9.9	27	78	7	225	31	10	20	37	1.87
50401617--50401813	53	3.7	53	82	6	218	31	10	18	39	1.84
50401611--50401838	80	2.8	81	78	9	241	31	10	19	38	1.86
50403668--50403818	45	3.4	45	90	0	239	28	23	21	25	1.99
50403668--50403835	45	3.7	45	90	0	237	30	23	21	25	1.99
50404613--50404757	47	3.1	47	90	2	220	46	13	10	29	1.76
50412089--50412119	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
50412086--50412125	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
50412311--50412559	55	4.7	53	81	10	244	21	24	17	36	1.95
50412358--50412559	107	1.9	110	88	5	313	22	25	16	35	1.95
50419922--50420132	55	3.9	54	79	9	241	22	25	17	34	1.96
50419925--50420123	108	1.8	110	85	4	287	23	25	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50421912--50422129	40	5.5	40	92	2	343	23	23	27	24	2.00
50429948--50430161	40	5.5	40	88	6	298	24	22	27	25	2.00
50433828--50433992	40	4.2	40	82	6	147	21	26	24	27	1.99
50433854--50434024	40	4.3	40	85	3	193	22	26	23	27	2.00
50433854--50434024	79	2.2	80	82	3	202	22	26	23	27	2.00
50441909--50442084	78	2.2	80	82	4	214	22	27	23	26	2.00
50441909--50442085	40	4.5	40	84	6	200	23	27	23	25	2.00
50442612--50442664	24	2.3	25	81	15	69	39	16	5	37	1.73
50450257--50450466	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
50456584--50456744	27	6.0	27	83	2	189	26	11	18	42	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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