genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  74  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18326817--18326977	43	3.7	42	80	8	164	25	21	21	31	1.98
18326817--18326977	86	1.9	86	82	7	202	25	21	21	31	1.98
18331888--18331921	14	2.4	14	90	0	50	41	14	20	23	1.89
18338233--18338290	24	2.5	22	79	17	64	60	1	1	36	1.17
18341575--18341640	31	2.1	31	85	0	87	22	16	10	50	1.76
18345189--18345511	166	1.9	166	96	0	592	39	13	14	33	1.84
18348569--18348638	28	2.7	25	77	12	68	38	11	14	35	1.82
18350173--18350237	22	2.8	23	76	17	71	52	7	1	38	1.40
18350655--18350702	25	2.0	24	87	4	69	52	10	4	33	1.55
18350825--18350944	3	40.0	3	94	3	215	65	1	0	33	1.03
18352539--18353427	89	10.4	85	78	12	650	34	20	17	27	1.95
18353043--18353191	73	2.0	74	88	1	210	34	21	16	28	1.95
18352958--18353505	159	3.4	159	84	5	678	33	22	17	26	1.96
18353202--18353364	73	2.2	73	89	4	256	34	22	17	25	1.95
18353283--18353451	89	1.9	86	82	4	205	35	19	18	26	1.95
18353528--18353720	75	2.6	72	86	7	271	31	24	17	26	1.97
18353398--18353632	127	1.9	126	88	2	355	33	22	16	26	1.96
18360112--18360176	22	2.8	23	76	17	71	52	7	1	38	1.40
18360590--18360637	25	2.0	24	87	4	69	52	10	4	33	1.55
18360761--18360833	3	24.3	3	84	15	98	65	1	1	31	1.09
18360846--18360870	13	1.9	13	100	0	50	84	8	8	0	0.79
18362221--18362383	39	4.2	39	93	0	281	36	22	27	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18369422--18369471	25	2.0	25	100	0	100	24	0	32	44	1.54
18376928--18376956	14	2.1	14	100	0	58	31	20	6	41	1.79
18377888--18377931	22	2.0	22	82	8	54	27	2	11	59	1.44
18378923--18378953	12	2.6	12	94	0	53	35	0	45	19	1.51
18380100--18380125	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
18382482--18382617	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
18384085--18384615	24	22.1	24	98	0	936	35	25	18	20	1.95
18392383--18392913	24	22.1	24	98	0	936	35	25	18	20	1.95
18395849--18395923	26	2.8	26	85	4	87	34	21	12	32	1.90
18396027--18396166	27	5.2	27	85	2	165	17	22	22	36	1.95
18396027--18396166	54	2.6	55	89	2	203	17	22	22	36	1.95
18398441--18398754	43	7.3	43	76	4	247	31	23	17	27	1.97
18398441--18398757	129	2.5	129	81	4	327	30	23	17	28	1.97
18399583--18399611	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
18400096--18400137	15	2.9	15	78	3	50	28	9	9	52	1.65
18404654--18404691	9	4.3	9	80	6	51	42	0	10	47	1.38
18404635--18404711	26	3.1	25	71	22	72	42	0	12	44	1.43
18408339--18408416	40	2.0	40	92	0	129	17	14	35	32	1.90
18415578--18415655	40	2.0	40	81	0	93	19	12	34	33	1.90
18418739--18418846	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
18430861--18431008	41	3.7	41	84	8	162	27	22	17	33	1.96
18430885--18431008	41	3.0	41	89	1	187	26	22	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18431250--18431279	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18431392--18431459	29	2.4	29	78	7	68	54	32	0	13	1.39
18431483--18431512	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
18432023--18432392	41	9.1	41	79	5	369	23	17	23	36	1.94
18445673--18445715	22	2.0	22	95	0	77	32	20	13	32	1.92
18453239--18453434	91	2.2	91	88	1	286	25	15	25	33	1.95
18453330--18453698	132	2.8	132	94	0	641	23	16	26	33	1.95
18454032--18454086	22	2.5	22	77	19	60	20	0	29	50	1.48
18454699--18454912	47	4.6	47	94	0	374	35	16	14	33	1.89
18457820--18458106	36	7.8	36	74	10	154	24	20	14	41	1.89
18457859--18458243	73	5.3	72	77	8	350	24	21	15	38	1.92
18457859--18458243	37	10.5	35	74	12	258	24	21	15	38	1.92
18459144--18459280	42	3.2	42	76	11	129	30	15	19	34	1.93
18460736--18460765	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
18461319--18461347	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
18462535--18462599	23	2.8	23	90	0	94	36	10	15	36	1.82
18463774--18463826	26	2.0	27	82	7	65	24	15	24	35	1.94
18465312--18465473	26	6.2	26	91	1	254	35	24	6	33	1.80
18465312--18465473	78	2.1	78	95	0	288	35	24	6	33	1.80
18468039--18468069	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
18468967--18469084	29	4.1	29	83	0	110	27	24	24	22	2.00
18468967--18469011	13	3.0	16	68	18	51	26	26	24	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18469015--18469093	29	2.7	28	76	7	86	29	24	22	24	1.99
18469040--18469177	63	2.2	63	80	7	156	31	23	21	23	1.98
18470058--18470087	12	2.5	12	94	0	51	26	3	6	63	1.35
18473935--18474045	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
18481192--18481302	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
18484509--18484563	12	4.6	12	79	0	65	29	1	9	60	1.38
18485802--18485862	31	2.0	31	87	6	88	37	19	3	39	1.68
18487406--18487444	14	2.9	14	84	3	53	46	2	2	48	1.29
18487900--18487958	31	1.9	30	83	10	75	40	5	22	32	1.75
18490657--18490698	21	2.0	21	90	4	66	71	7	0	21	1.09
18492235--18492275	21	1.9	22	85	5	57	26	2	29	41	1.69
18492642--18492741	35	2.8	36	80	15	118	23	0	30	47	1.52
18492941--18492978	14	2.7	14	100	0	76	44	0	5	50	1.24
18493021--18493072	16	3.2	16	78	10	52	73	3	3	19	1.15
18496845--18496886	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
18497693--18497738	2	23.5	2	91	4	76	50	0	0	50	1.00
18497738--18497767	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
18497894--18497950	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
18498333--18498406	21	3.5	21	83	5	78	13	21	25	39	1.90
18498568--18498608	19	2.2	19	87	12	59	43	0	26	29	1.55
18498703--18498744	17	2.5	17	100	0	84	40	4	23	30	1.75
18499925--18500872	241	3.9	241	96	0	1745	33	17	14	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18500992--18501119	9	13.6	9	75	9	112	46	21	0	32	1.57
18501009--18501086	39	2.0	39	94	0	138	44	21	0	33	1.53
18501005--18501117	57	2.0	57	87	0	163	45	23	0	30	1.59
18501003--18501115	39	3.0	36	78	18	122	45	22	0	31	1.59
18507114--18507251	43	3.2	43	92	0	222	23	29	18	28	1.98
18514304--18514371	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
18518516--18518655	39	3.6	39	95	0	244	12	26	23	37	1.91
18523817--18523973	27	5.8	27	90	0	215	28	24	9	38	1.86
18523952--18524144	27	7.2	27	79	8	187	40	20	8	30	1.82
18523804--18523984	81	2.2	81	78	0	209	31	23	8	35	1.86
18523804--18523984	54	3.4	54	81	0	173	31	23	8	35	1.86
18523952--18524146	81	2.4	81	88	2	286	40	21	8	30	1.82
18524045--18524171	27	4.7	26	78	13	100	41	22	8	27	1.83
18524014--18524172	54	2.9	54	79	10	150	40	20	8	30	1.82
18523952--18524199	81	3.0	81	82	8	283	40	20	8	30	1.82
18524288--18524375	27	3.3	27	84	6	115	35	19	26	19	1.95
18525536--18525583	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
18525631--18525686	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
18525620--18525686	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
18525736--18525901	23	7.0	23	89	4	235	28	22	21	26	1.99
18525736--18525900	71	2.3	70	91	4	260	28	23	21	26	1.99
18526094--18526157	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18531496--18531529	14	2.3	15	85	5	52	38	5	0	55	1.24
18531770--18531825	28	2.0	29	85	3	78	30	1	8	58	1.39
18535115--18535148	17	2.1	16	94	5	59	29	8	0	61	1.26
18535130--18535164	13	2.8	13	86	4	54	28	8	0	62	1.24
18535238--18535263	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
18543367--18543627	76	3.5	74	80	2	243	25	20	16	37	1.93
18544338--18544385	21	2.2	21	77	3	51	25	12	6	56	1.59
18549695--18549735	21	1.9	21	85	5	55	41	17	2	39	1.62
18553335--18553382	17	2.6	18	87	9	62	87	0	6	6	0.67
18554547--18554584	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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