genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  97  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25697433--25697479	25	1.9	24	86	4	67	42	0	2	55	1.12
25700866--25700921	17	3.3	16	68	22	51	33	28	12	25	1.92
25700869--25700927	18	3.3	18	69	21	61	35	23	13	27	1.92
25700864--25700934	35	2.0	35	100	0	142	35	25	14	25	1.93
25703044--25703097	24	2.6	20	80	19	58	48	0	3	48	1.19
25703134--25703175	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
25705766--25705869	48	2.2	48	84	3	129	43	17	25	14	1.86
25720049--25720107	3	19.7	3	86	6	84	30	1	3	64	1.20
25721686--25721732	6	8.0	6	78	21	55	12	2	2	82	0.84
25721686--25721763	25	3.2	24	78	10	77	14	6	3	75	1.14
25721697--25721784	26	3.5	25	76	14	74	17	7	4	70	1.28
25721686--25721740	24	2.2	24	87	9	76	12	5	3	78	1.06
25724133--25724191	29	2.0	29	100	0	118	30	13	13	42	1.83
25724375--25724403	14	2.1	14	93	6	51	37	0	13	48	1.43
25725756--25725826	35	2.0	35	91	0	115	39	11	22	26	1.88
25729369--25729420	25	2.0	26	82	10	63	25	15	23	36	1.93
25730885--25730992	25	4.2	25	96	2	180	37	24	5	33	1.79
25730885--25730992	51	2.1	51	93	3	182	37	24	5	33	1.79
25735096--25735149	26	2.1	27	86	6	76	25	14	22	37	1.93
25735105--25735161	26	2.2	25	84	3	69	29	14	19	36	1.91
25736630--25736765	26	5.2	26	95	0	227	36	24	5	33	1.80
25739113--25739170	29	2.0	29	100	0	116	24	24	17	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25739724--25739794	35	2.0	35	88	0	106	36	11	23	28	1.89
25750751--25750918	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
25758769--25758967	40	5.2	39	77	12	164	25	27	21	25	1.99
25758802--25758870	32	2.1	33	91	8	113	26	28	20	24	1.99
25762068--25762243	50	3.5	49	85	3	226	28	27	18	25	1.98
25762068--25762251	101	1.8	99	87	2	269	27	27	19	25	1.98
25764654--25764718	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
25764654--25764720	30	2.3	30	82	15	86	61	16	13	8	1.56
25767715--25767906	49	3.9	49	78	6	197	30	26	16	27	1.96
25767722--25767899	50	3.6	49	83	3	176	31	26	15	26	1.96
25770315--25770379	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
25770315--25770383	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
25772181--25772283	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
25781903--25782032	50	2.6	49	90	1	188	30	28	16	24	1.97
25781903--25782086	101	1.8	99	83	2	242	28	27	19	25	1.98
25784489--25784553	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
25784489--25784557	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
25785001--25785032	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
25787636--25787713	22	3.3	22	65	25	59	30	30	15	23	1.95
25787564--25787743	50	3.6	50	92	0	272	30	28	16	25	1.96
25790213--25790272	30	2.0	30	87	12	88	63	16	10	10	1.51
25790203--25790267	15	4.4	15	76	16	64	64	13	12	9	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25793276--25793451	50	3.5	49	84	3	190	30	27	17	25	1.97
25793276--25793459	101	1.8	99	83	2	242	29	27	17	25	1.97
25802282--25802348	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
25802399--25802471	23	3.1	23	92	3	119	30	20	19	30	1.97
25802398--25802492	24	4.0	24	86	6	131	29	21	21	28	1.98
25802686--25802749	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
25808149--25808183	12	2.9	12	95	0	61	28	34	22	14	1.93
25810246--25810294	18	2.7	18	93	0	80	42	12	20	24	1.86
25813209--25813293	40	2.2	39	82	2	98	30	30	20	18	1.96
25816571--25816645	39	1.9	39	97	0	141	24	14	28	33	1.94
25819855--25819956	29	3.6	29	80	4	100	29	33	16	20	1.95
25823347--25823676	27	12.7	27	74	7	191	32	10	19	38	1.85
25823345--25823656	53	6.0	54	78	9	238	32	10	19	37	1.85
25823359--25823676	80	4.1	80	78	8	318	32	10	18	38	1.84
25823463--25823498	18	1.9	19	88	5	56	36	13	16	33	1.89
25823437--25823522	44	1.9	44	90	2	127	33	12	17	36	1.88
25823991--25824082	28	3.3	28	90	0	139	26	35	17	20	1.95
25829918--25830066	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
25829959--25830066	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
25834354--25834521	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
25842355--25842522	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
25852289--25852337	13	3.6	13	81	8	53	83	0	4	12	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25853533--25853619	27	3.2	26	80	9	95	37	20	24	17	1.93
25856292--25856537	64	3.8	64	89	0	375	27	17	14	39	1.89
25856615--25856829	45	4.8	45	72	7	152	30	21	21	25	1.99
25856811--25857226	176	2.4	176	84	5	538	30	16	25	27	1.97
25856811--25857283	176	2.7	175	82	5	429	31	17	24	27	1.97
25860754--25860802	24	2.1	24	85	7	66	38	6	20	34	1.77
25860762--25860815	24	2.2	24	90	0	81	25	5	22	46	1.73
25861288--25861338	3	16.7	3	95	4	93	35	0	0	64	0.94
25861432--25861461	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
25861559--25861601	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
25861705--25861736	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
25861736--25861866	3	43.7	3	73	14	92	34	6	1	58	1.32
25861748--25861779	13	2.6	13	90	9	50	25	6	3	65	1.31
25861826--25861912	12	7.0	13	78	15	62	32	5	1	60	1.27
25861939--25861998	22	2.6	23	76	5	68	21	6	6	65	1.40
25865914--25865942	15	1.9	15	100	0	58	55	0	37	6	1.27
25868303--25868444	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
25868342--25868470	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
25877069--25878063	205	4.9	204	93	1	1573	29	18	23	29	1.97
25878117--25878203	44	2.0	43	84	6	113	31	16	26	26	1.96
25879967--25879996	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
25886017--25886114	19	4.7	19	70	20	79	63	5	1	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25886013--25886120	33	3.3	33	70	23	109	63	5	0	29	1.23
25885999--25886125	66	1.9	66	93	0	218	64	5	1	28	1.25
25886083--25886116	10	3.5	10	84	8	52	61	2	0	35	1.11
25886010--25886171	33	5.0	29	70	21	101	66	4	0	28	1.15
25886116--25886171	10	5.5	10	73	12	51	73	1	0	25	0.93
25887324--25887352	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
25887521--25888298	140	5.8	139	76	11	690	27	17	22	31	1.97
25887683--25888298	127	4.7	126	76	9	511	27	17	22	32	1.96
25887547--25888298	266	2.8	265	82	4	906	27	17	22	32	1.97
25888300--25888390	7	12.9	7	71	6	67	20	0	30	48	1.50
25888310--25888390	21	3.9	21	83	8	94	20	0	29	49	1.50
25889753--25889821	17	3.7	18	71	21	52	59	0	4	36	1.17
25892340--25892387	20	2.4	20	92	0	78	25	16	14	43	1.86
25900887--25900934	24	2.0	24	84	15	64	64	6	2	27	1.28
25901163--25901195	17	1.9	17	93	0	57	57	12	6	24	1.57
25902367--25902393	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
25902568--25902906	176	1.9	179	83	6	447	27	24	16	31	1.96
25902794--25903046	131	1.9	130	86	4	357	27	24	15	32	1.96
25903988--25904177	66	2.9	65	84	3	247	38	13	17	31	1.88
25905283--25905340	22	2.6	21	81	8	53	8	6	1	82	0.90
25905304--25905343	22	1.9	20	90	10	62	7	2	2	87	0.71
25905276--25905343	32	2.1	32	83	8	84	10	5	1	82	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25905276--25905334	8	7.4	8	77	11	50	10	6	0	83	0.82
25910329--25910376	24	2.0	24	84	15	64	64	6	2	27	1.28
25912876--25912992	62	1.9	60	82	6	146	38	4	7	49	1.51
25915994--25916491	127	4.0	127	91	1	734	26	16	18	39	1.91
25915994--25916491	252	2.0	252	87	1	730	26	16	18	39	1.91
25916604--25916710	34	3.2	33	84	10	153	42	15	0	41	1.54
25918509--25918565	29	1.9	30	85	3	80	35	1	7	56	1.37
25918815--25919134	163	2.0	164	89	1	498	43	6	10	39	1.65
25931661--25931753	40	2.4	40	80	7	111	36	35	10	17	1.84
25938063--25938133	34	2.1	34	100	0	142	54	15	2	26	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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