genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.287.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 124536837 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  124536837

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  287  of  427  ( 51162 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82546844--82546903	25	2.4	25	80	0	75	55	1	5	38	1.32
82546841--82546973	48	2.7	48	74	9	126	55	2	5	36	1.35
82547266--82547304	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
82547467--82547535	30	2.3	30	87	0	102	17	5	46	30	1.71
82548405--82548437	15	2.2	15	94	0	57	69	0	9	21	1.15
82548373--82548663	88	3.4	87	90	2	444	39	17	13	29	1.87
82548331--82548663	172	1.9	175	86	3	474	39	18	13	28	1.89
82548184--82548829	88	7.7	86	74	14	439	36	19	15	29	1.92
82548594--82549114	73	7.1	73	89	4	748	31	22	17	28	1.96
82548594--82549114	217	2.4	219	87	4	764	31	22	17	28	1.96
82561057--82561111	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
82561167--82561241	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
82561173--82561235	25	2.5	24	84	7	72	58	6	4	30	1.43
82561875--82561928	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
82561870--82561968	30	3.3	30	88	0	153	18	6	47	28	1.72
82561903--82561958	18	3.4	18	65	27	52	19	7	44	28	1.77
82563978--82564129	56	2.7	56	84	4	191	26	15	22	36	1.93
82571479--82571548	12	5.8	12	72	21	58	50	1	1	47	1.19
82577547--82577612	35	1.9	35	93	3	116	34	7	6	51	1.55
82580199--82580736	48	11.0	48	91	4	880	36	7	25	30	1.83
82580199--82580736	195	2.7	196	96	1	981	36	7	25	30	1.83
82580883--82580990	37	2.9	37	93	1	173	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82582251--82582609	40	9.0	40	89	0	538	22	20	28	27	1.99
82582773--82582823	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
82584268--82584801	48	11.1	48	86	9	759	36	6	25	31	1.83
82584271--82584798	198	2.7	191	90	6	836	36	7	25	31	1.83
82584571--82584653	37	2.2	37	93	0	139	36	9	24	30	1.87
82584423--82584801	185	2.0	187	94	2	665	36	7	25	31	1.83
82584475--82584755	137	2.1	133	91	4	456	35	8	25	30	1.85
82584272--82584801	98	5.5	99	87	9	756	36	6	25	30	1.83
82584948--82585056	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
82586187--82586390	59	3.4	59	93	0	354	50	7	5	35	1.55
82590100--82590156	28	2.1	27	78	18	66	29	24	5	40	1.77
82590108--82590162	28	2.0	28	100	0	110	25	25	3	45	1.70
82592860--82593068	40	5.3	40	80	6	194	24	25	22	26	2.00
82592860--82593068	77	2.7	78	80	5	235	24	25	22	26	2.00
82600878--82601087	40	5.3	40	80	5	203	24	26	22	26	2.00
82600878--82601087	78	2.7	79	80	4	237	24	26	22	26	2.00
82606265--82606329	28	2.3	29	81	2	69	29	23	3	44	1.68
82609193--82609257	22	2.8	23	76	17	71	52	7	1	38	1.40
82609327--82609352	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82609680--82609727	25	2.0	24	87	4	69	52	10	4	33	1.55
82609849--82609914	3	22.0	3	88	11	100	65	1	0	33	1.02
82611476--82612269	87	9.4	85	76	13	495	34	20	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82611476--82612133	87	7.7	87	77	11	556	35	19	17	27	1.94
82611883--82612033	74	2.1	73	89	1	221	35	21	15	27	1.94
82611902--82612366	74	6.0	74	73	15	382	34	22	17	26	1.95
82611958--82612116	85	1.9	86	91	1	266	36	21	15	26	1.93
82611802--82612366	159	3.5	159	83	5	683	35	21	16	25	1.95
82612044--82612206	73	2.2	73	89	4	256	34	22	17	25	1.95
82612125--82612293	89	1.9	87	82	4	207	35	19	18	26	1.95
82612240--82612473	126	1.9	126	89	3	364	33	23	16	26	1.96
82612370--82612646	74	3.7	75	87	5	411	30	21	17	30	1.96
82612626--82612660	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
82612556--82612817	84	3.0	87	80	13	315	37	19	17	26	1.93
82612729--82612963	72	3.2	72	87	7	341	34	21	17	26	1.96
82612437--82612893	247	1.9	240	87	7	679	33	19	18	28	1.96
82619334--82619398	22	2.8	23	76	17	71	52	7	1	38	1.40
82619812--82619859	25	2.0	24	87	4	69	52	10	4	33	1.55
82619982--82620045	3	21.0	3	90	9	103	65	1	0	32	1.02
82627428--82627469	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
82628653--82628717	28	2.3	29	81	2	69	29	23	3	44	1.68
82634618--82634754	27	5.2	27	74	18	137	18	23	23	34	1.96
82634615--82634754	54	2.7	53	86	8	191	18	23	23	34	1.96
82636678--82636778	49	2.1	49	94	0	175	35	20	4	38	1.75
82637558--82637596	21	1.9	21	94	5	71	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82637954--82637989	16	2.2	17	90	5	56	13	0	16	69	1.19
82640747--82640790	22	2.0	22	86	0	61	52	2	0	45	1.13
82640810--82640851	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
82640814--82640850	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
82640883--82640940	15	3.6	15	72	17	53	50	1	1	46	1.22
82641358--82641396	14	2.7	15	84	11	55	38	15	2	43	1.60
82643217--82643270	27	2.0	27	100	0	108	48	14	11	25	1.77
82644895--82645013	58	2.1	58	81	12	138	36	3	3	57	1.32
82645519--82645555	18	2.1	18	89	0	56	70	2	0	27	1.01
82646227--82646262	11	3.3	11	96	0	63	88	11	0	0	0.50
82646226--82646258	17	2.0	16	94	5	57	90	9	0	0	0.44
82653200--82653239	13	3.0	13	96	3	71	67	7	25	0	1.16
82655624--82655677	25	2.2	25	86	0	72	22	7	18	51	1.70
82659367--82659443	38	2.0	38	92	0	127	38	10	19	31	1.85
82669188--82669212	13	1.9	13	100	0	50	20	16	16	48	1.82
82669533--82669566	13	2.6	13	86	13	52	29	0	0	70	0.87
82669533--82669566	14	2.6	13	90	9	52	29	0	0	70	0.87
82670691--82671065	48	7.8	48	84	3	461	27	19	29	23	1.98
82670691--82671065	144	2.6	144	90	1	583	27	19	29	23	1.98
82675769--82675916	73	2.0	73	100	0	296	44	8	14	32	1.75
82679571--82679617	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
82682030--82682241	48	4.5	48	77	3	189	22	29	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82682030--82682200	94	1.8	94	85	0	243	23	29	20	26	1.99
82682030--82682241	94	2.3	93	81	3	237	22	29	20	27	1.98
82688429--82688467	21	1.9	20	94	5	69	15	25	41	17	1.89
82689696--82689864	48	3.6	46	80	4	160	23	27	20	28	1.99
82691341--82691434	47	2.0	47	85	4	127	68	2	4	25	1.19
82691368--82691447	10	8.8	9	73	13	65	70	1	2	26	1.08
82691391--82691448	9	6.8	8	75	21	55	70	0	1	27	0.97
82691368--82691431	27	2.2	29	86	8	87	68	1	3	26	1.13
82691665--82691697	10	3.2	10	95	4	57	72	0	0	27	0.85
82691779--82691913	9	13.9	9	66	17	56	34	4	0	60	1.22
82691780--82691839	19	3.3	19	79	6	63	33	3	0	63	1.11
82691814--82691872	20	3.0	20	71	14	50	35	3	1	59	1.24
82692111--82692177	18	3.8	17	75	7	53	29	2	1	65	1.16
82692121--82692170	9	5.6	9	81	6	57	30	0	2	68	1.01
82692110--82692178	27	2.6	27	79	4	77	30	2	1	65	1.16
82696091--82696128	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
82699485--82699517	16	2.1	16	100	0	66	36	6	18	39	1.75
82699553--82699587	2	18.0	2	88	5	54	48	2	0	48	1.16
82702470--82702498	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
82704371--82704556	41	4.5	41	84	1	203	37	13	26	23	1.92
82704367--82704541	82	2.1	82	86	2	235	38	13	26	21	1.90
82704394--82704558	82	2.0	82	86	2	233	37	13	27	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82715686--82715732	20	2.3	20	88	0	67	14	31	36	17	1.90
82722150--82722194	14	2.9	16	87	9	58	42	8	0	48	1.34
82722148--82722194	16	2.9	16	81	12	53	42	8	0	48	1.33
82723911--82724027	46	2.5	46	80	14	125	28	16	29	25	1.97
82731467--82731636	46	3.6	47	72	16	138	31	17	27	23	1.97
82731513--82731734	47	4.7	46	74	8	135	29	18	28	23	1.97
82731468--82731729	140	1.9	140	84	3	357	30	17	28	23	1.97
82734752--82734783	13	2.4	14	90	10	50	50	0	3	46	1.17
82734917--82734967	23	2.3	22	77	16	52	23	1	9	64	1.34
82736019--82736043	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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